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Diskussion

RML, Oligo-capping, SMART und CapFinder

Beschreibung der vorgefundenen Situation:

In der gegenwärtigen Version vom Artikel RACE-PCR (oldid=200918548) gibt es den Abschnitt "Methoden", in welchem verschiedene RACE-Techniken beschrieben werden. Referenzen werden bisher selten verwendet. Es werden verschiedene Varianten der RACE beschrieben, die mal mit ihrem Namen angesprochen werden (z. B. RML-RACE) und mal nicht (z. B. „Mittels der hier beschriebenen RACE ...“).

In früheren Versionen wurden die verschiedenen RACE-Varianten nicht gegliedert, seit Januar 2009 gibt es Unter-Überschriften (oldid=55919448). Allerdings ist nicht immer genau zu erkennen, ob es sich beim Text unterhalb einer übergeordneten Überschrift um die Beschreibung einer einzelnen RACE-Variante oder um die Beschreibung von Gemeinsamkeiten mehrerer RACE-Varianten handelt. Dass einige RACE-Varianten nur das 3'-Ende oder nur das 5'-Ende und andere beide Enden erfassen können, macht die Gliederung in 5'-Ende und 3'-Ende nicht einfacher.

Bei den verschiedenen RACE-Methoden gibt es außerdem einen Wust an Bezeichnungen, die eigentlich der Zuordnung dienen, aber auch zu Verwechslungen führen können.

Unterhalb des Abschnitts 5'-RACE gibt es die Abschnitte RLM-RACE und SMART-RACE. Dort ist die „Capfinder-Strategie“ der RLM-RACE zugeordnet; CapFinder ist aber der Vorläufer von SMART. Beides (CapFinder™ und SMART™) waren (nicht eingetragene) Handels-Namen der ehemaligen Firma CLONTECH. Die "Clontech Laboratories" sind heute "Takara Bio USA". Während aus SMART ein eingetragener Handelsname wurde (SMART®), ist CapFinder nie eingetragen worden.

Während die bei der RLM-RACE verwendete Strategie darauf beruht, dass ein Oligonukleotid ligiert wird, beruht die bei CapFinder bzw. SMART verwendete Strategie darauf, dass ein Oligonukleotid durch komplementäre Basenpaarung zur Verfügung steht. Wenn das Oligonukleotid fest mit dem Vorlage-Strang verbunden wird (RLM-RACE), bleibt die Reverse Transkriptase auf diesem Strang; im anderen Fall (CapFinder bzw. SMART) wechselt die Reverse Transkriptase an der Capping-Struktur von der mRNA zum Oligonukliotid als Vorlage.

Wenn man von der „Capfinder-Strategie“ spricht (oder schreibt), müsste man dies also unter der Überschrift SMART-RACE anbringen. Dann könnte man aber auch von der „SMART-Strategie“ schreiben, da SMART etwa „Wechsel-Mechanismus oder Switch-Mechanismus am 5'-Ende vom RNA-Transkript“ bedeutet. In CLONTECHs Beschreibung des ersten CapFinder-Produkts mit diesem Wechsel-Mechanismus [CLONTECH (1996) CapFinder™ PCR cDNA Library Construction Kit CLONTECHniques XI(1):2-4] gab es übrigens ein "CapSwitch™ oligonucleotide". Wie nennt man also die zugrunde liegende Strategie? Vielleicht ist es besser, die Strategie nur zu erläutern und sie nicht zu benennen.

Ein weiterer Punkt ist die Beschreibung der Methode "RLM-RACE" selbst. Mir sind zwei Methoden bekannt, die man einer „RLM-Strategie“ („RNA-Ligase vermittelte Strategie“) zuordnen könnte: Die ursprüngliche, „eigentliche“ RML-RACE von Liu & Gorovsky 1993 [Xiuwen Liu, Martin A. Gorovsky: Mapping the 5′ and 3′ ends of Tetrahymena thermophila mRNAs using RNA ligase mediated amplification of cDNA ends (RLM-RACE). In: Nucleic Acids Research. Band 21, Nr. 21, 1993; PMID 8177745] und das Oligo-capping von Kazuo & Sumio 1994 [Maruyama Kazuo, Sugano Sumio: Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides. In: Gene. Band 138, Nr. 1-2, Januar 1994].

Im Abschnitt "RLM-RACE" wurde eine Methode beschrieben, die besser zum Oligo-capping (Kazuo & Sumio 1994) passt, als zur ursprünglich beschriebenen RLM-RACE (Liu & Gorovsky 1993). Lediglich die Angabe zur Alkalischen Phosphatase passt hinsichtlich der Original-Arbeiten zu RLM-RACE (Liu & Gorovsky 1993) statt zu Oligo-capping (Kazuo & Sumio 1994).

Nun gibt es sicherlich weitere RACE-Variationen, die einer „RLM-Strategie“ zugeordnet werden könnten. Unter der Maßgabe, dass möglichst Einzelnachweise erbracht werden sollten, ist es aber besser, die RLM-RACE und das Oligo-capping getrennt zu beschreiben.

Schlussfolgerungen:

Die Angaben zur „Capfinder-Strategie“ gehören nicht in den Abschnitt "RLM-RACE", sondern in den Abschnitt "SMART-RACE". Die Bezeichnung „Capfinder-Strategie“ sollte nicht auftauchen, da es dafür keine Quellen gibt.
Die Beschreibung der Methode unterhalb der Überschrift "RLM-RACE" gehört besser – in etwas abgewandelter Form – unter eine neue Überschrift "Oligo-capping".
Für die alte Überschrift "RLM-RACE" wird neuer Text benötigt.
In allen drei Abschnitten (RLM-RACE, Oligo-capping und SMART-RACE) werden Einzelnachweise benötigt.

Plan:

In den Artikel "RACE-PCR" werden Planungskommentare eingefügt, die der Orientierung dienen und wovon die Normalansicht unbetroffen bleibt.
Zwischen den Planungskommentaren wird der Text ausgetauscht, der in der Normalansicht wirksam wird (Vorbereitung auf einer Benutzerseite, Baustelle).
Nach der Textanpassung werden die Planungskommentare entfernt.

Mfg --~

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4954-4960 Nucleic Acids Research, 1993, Vol. 21, No. 21

Mapping the 5' and 3' ends of Tetrahymena therrmophila

mRNAs using RNA ligase mediated amplification of

cDNA ends (RLM-RACE)

Xiuwen Liu and Martin A.Gorovsky*

Department of Biology, University of Rochester, Rochester, NY 14627, USA

Received June 23, 1993; Revised and Accepted September 3, 1993

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Nucleic Acids Research, 1993, Vol. 21, No. 21 4955

Ligation of short RNA transcripts to 5' ends

Tetrahymena RNA was de-capped by β-elimination as described (9). ...

β-elimination, Zitat:

4960 Nucleic Acids Research, 1993, Vol. 21, No. 21

9. Greenberg, J.R. and Burn, V.E. (1988) Nucleic Acids Res., 16, 3437-3454.

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Nucleic Acids Res. 1988 Apr 25;16(8):3437-54. doi: 10.1093/nar/16.8.3437.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC336504/pdf/nar00151-0314.pdf

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Oligo-capping: Kazuo & Sumio 1994; 10.1016/0378-1119(94)90802-8;

Einführung von Überschriften: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=RACE-PCR&diff=next&oldid=55593018, Version vom 27. Januar 2009: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=RACE-PCR&oldid=55919448

"CapFinder™ PCR cDNA Library Construction Kit"

Diss

CLONTECH (1996) CapFinder PCR cDNA Library Construction Kit CLONTECHniques XI(1):2-4

In einem Buch: Zhang Y. (2003) Rapid Amplification of cDNA Ends. In: Ying SY. (eds) Generation of cDNA Libraries. Methods in Molecular Biology™, vol 221. Humana Press | 10.1385/1-59259-359-3:13;^[1]

4. Clontech Laboratories. (1996) CapFinder™ PCR cDNA Library Construction Kit. Clontechniques 11, 1.

Wikistyle (Literatur)

Clontech Laboratories: CapFinder™ PCR cDNA Library Construction Kit. In: CLONTECH (Hrsg.): CLONTECHniques. Band 11, Nr. 1, 1996, S. 2–4.

Takara

https://www.takarabio.com/assets/documents/User Manual/SMART cDNA Library Construction Kit User Manual (PT3000-1)_121218.pdf

"SMART™ cDNA Amplification Construction Kit" - keine Zitate gefunden

Diss

CLONTECH (1999) SMART cDNA Amplification Construction Kit CLONTECHniques XIV(3):4-7

Wikistyle (Literatur)

Clontech Laboratories: SMART™ cDNA Amplification Construction Kit. In: CLONTECHniques. Band 14, Nr. 3, 1999, S. 4–7.

Suche mit "clontechniques"

http://www.ebiotrade.com/emgzf/clnt/ctqoct01.pdf
CLONTECHniques / October 2001 / Volume XVI, No. 4 / NEW PRODUCTS AND APPLICATIONS /
- P R O D U C T O V E R V I E W -- SMART™ RACE cDNA Amplification Kit -- {The smartest choice for cloning complete cDNAs with 5'- and 3'-RACE} -- Seiten 12-13 /
- A P P L I C A T I O N N O T E -- A Super SMART™ Protocol Increases Sensitivity and Reproducibility of Gene Expression Data -- {Christine Glidewell-Kenney, Brad Scherer, Ph.D., and Alex Chenchik, Ph.D. -+- Custom Atlas™ Array Hybridization and Analysis Service -+- BD Biosciences Clontech} -- Seiten 14-15

Diss-ähnl.

CLONTECH (2001) SMART cDNA Amplification Construction Kit CLONTECHniques XVI(4):12-13

Wikistyle (Literatur)

Clontech Laboratories: SMART™ cDNA Amplification Construction Kit. In: CLONTECHniques. Band 16, Nr. 4, Oktober 2001, S. 12–13 (PDF-Datei online - Webort: http://www.ebiotrade.com/emgzf/clnt/ctqoct01.pdf; Abruf: 13. Juni 2020).

„und einem Oligo(dA)-Ankerprimer für das 3'-Ende“

https://www.reuters.com/article/idUSWNAS267120070530 -- Mitteilung (29. Mai, Reuters; Website 30. Mai 2007) über die Beilegung eines Streits zwischen Invitrogen (Invitrogen Corp. IVGN.O) und der Clontech-Abteilung von Takara (Clontech Laboratories Inc./ Takara Bio Inc.). Clontech hat die Invitrogen-Patente auf die RNase H minus Reverse Transkriptase anerkannt.

Suche nach "RNA ligase mediated" findet doi:10.1093/nar/21.21.4954; (Liu & Gorovsky 1993) und wird von 10.1038/srep19420;^[2] (Chen et al. 2016) zitiert.

Ähnlich ist das Oligo-capping: 10.1016/0378-1119(94)90802-8;^[3]

a

RLM-RACE

Die sogenannte Capfinder-Strategie der RACE (auch RLM-RACE, RNA ligase mediated RACE) dient zur Untersuchung des vollständigen 5'-Endes der cDNA. Hierfür werden zuerst RNA-Bruchstücke, die freie 5' Phosphatenden tragen durch Alkalische Phosphatase (calf intestine phosphatase, CIP) dephosphoryliert. Nur durch capping geschützte mRNAs sind hiervon nicht betroffen. Im zweiten Schritt werden die Caps mit Hilfe einer Nikotinsäure-Pyrophosphatase (tobacco acid pyrophosphatase, TAP) abgespalten, wobei das 5'-α-Phosphat erhalten bleibt. Mit Hilfe der T4-RNA-Ligase wird dann ein RNA-Adapter-Oligonukleotid mit bekannter Sequenz an die mRNA ligiert. Anschließend kann mit einem antisense Primer eine cDNA-Synthese durchgeführt werden. Darauf folgt eine PCR mit dem zur cDNA-Synthese genutzten Primer und dem am 5'-Ende angefügten Adapter-Primer.

SMART-RACE

Bei der SMART-RACE (switching mechanism at 5' end of RNA transcript) wird die gesamte mRNA von einem Oligo(dT)-Primer aus in cDNA umgeschrieben. An das 3'-Ende der cDNA (entspricht dem 5'-Ende der mRNA) wird ein Oligo(dC) angefügt. Mit Hilfe eines Ankerprimers mit einem passenden Oligo(dG) und einem Oligo(dA)-Ankerprimer für das 3'-Ende wird dann eine PCR durchgeführt. Die weitere Untersuchung verläuft analog zu den anderen RACE-Methoden.

b

x

RLM-RACE

Bei der RLM-RACE (RNA ligase mediated RACE) werden durch eine entsprechende Ligase Einzelstränge von Nukleinsäuren zusammen gefügt.^[4] Die Methode dient zur Untersuchung von Gen-Enden. In der Original-Arbeit^[4] wurden zwei Varianten vorgestellt; eine für das 3'-Ende des jeweiligen Gens und eine für das 5'-Ende. Im Folgenden wird die Variante für das 5'-Ende dargestellt:^[4]

Die 5'-Cap-Struktur der mRNA wird chemisch unter Verwendung von Natriumperiodat entfernt (die Methode basiert auf^[5]). Anschließend enthält die mRNA an den 5'-Enden mehr als eine Phosphat-Gruppe und wird deshalb durch Alkalische Phosphatase (calf intestine phosphatase, CIP) dephosphoryliert. Da im Weiteren für die Ligation genau eine Phosphat-Gruppe am jeweiligen 5'-Ende der mRNA benötigt wird, kommt eine Kinase zur Anwendung (T4-Polynukleotidkinase). Mit Hilfe der T4-RNA-Ligase werden kurze, in ihrer Sequenz einheitliche RNA-Oligonukleotide an die 5'-Enden der mRNA-Moleküle gefügt. (In der In der Original-Arbeit^[4] entstammten die kurzen, in ihrer Sequenz einheitlichen RNA-Oligonukleotiden einer zuvor durchgeführten Polymerase-Reaktion, bei der die T7-RNA-Polymease zum Einsatz kam.) Mit den veränderten mRNA-Molekülen wird nun eine cDNA-Synthese durchgeführt, indem kurze DNA-Oligonukleotide zufälliger Sequenz an die mRNA durch komplementäre Basenpaarung gebunden werden. Eine Reverse Transkriptase nutzt diese DNA-Oligonukleotide (Hexamere) als Primer, während sie das jeweilige mRNA-Molekül als Vorlage für die cDNA-Erststrang-Synthese verwendet. Die cDNA-Einzelstränge weisen an ihren 3'-Enden jeweils eine einheitliche Sequenz auf. (Diese einheitliche Sequenz geht auf die RNA-Ligation zurück, die zuvor mit den kurzen, in ihrer Sequenz einheitlichen RNA-Oligonukleotiden durchgeführt wurde.) Eine cDNA-Zweitstrang-Synthese ist nicht erforderlich; die PCR kann nun mit einem einheitlichen und einem Gen-spezifischen Primer erfolgen.

Oligo-capping

Das von Maruyama Kazuo und Sugano Sumio 1994 vorgestellte Oligo-capping^[3] ähnelt der RLM-RACE, die 1993 von Xiuwen Liu und Martin A. Gorovsky beschrieben^[4] wurde. In beiden Fällen werden an die 5'-Enden der RNA-Moleküle, die das biologische Untersuchungsmaterial darstellen, einheitliche, künstlich erzeugte RNA-Oligonukleotide ligiert, welche die 5'-Cap-Struktur ersetzen sollen. Unterschiede bestehen unter anderem in der Art der Entfernung der Cap-Struktur und in der Zahl und der Reihenfolge der Schritte.

Das Oligo-capping dient zur Untersuchung des vollständigen 5'-Endes der cDNA. Hierfür werden zuerst RNA-Bruchstücke, die freie 5' Phosphatenden tragen durch Alkalische Phosphatase (bacterial alkaline phosphatase, BAP) dephosphoryliert. Nur durch capping geschützte mRNAs sind hiervon nicht betroffen. Im zweiten Schritt werden die Caps mit Hilfe einer Nikotinsäure-Pyrophosphatase (tobacco acid pyrophosphatase, TAP) abgespalten, wobei das 5'-α-Phosphat erhalten bleibt. Mit Hilfe der T4-RNA-Ligase wird dann ein RNA-Adapter-Oligonukleotid mit bekannter Sequenz an die mRNA ligiert. Anschließend kann mit einem antisense Primer eine cDNA-Synthese durchgeführt werden. Darauf folgt eine PCR mit dem zur cDNA-Synthese genutzten Primer und dem am 5'-Ende angefügten Adapter-Primer.

SMART-RACE

Die Bezeichnung SMART™ (switching mechanism at 5' end of RNA transcript) ist ein zuerst von Clontech Laboratories (Inc.) genutzter Handelsname.^[6]^[7] Der Vorläufer von SMART™ war CapFinder™.^[8] Heute werden SMART-Produkte, z. B. das "SMART® cDNA Library Construction Kit",^[9] von Takara Bio (Inc.) vertrieben.

Bei der SMART-RACE wird die gesamte mRNA von einem Oligo(dT)-Primer ausgehend in cDNA umgeschrieben. Die Reverse Transkriptase hängt an das 3'-Ende der cDNA gegenüber der CAP-Struktur (entspricht dem 5'-Ende der mRNA) eine kurze Oligo(dC)-Sequenz an, die vorerst nicht komplementär gepaart ist. Mit Hilfe eines weiteren Ankerprimers, der eine passende Oligo(dG)-Struktur für eine komplementäre Paarung aufweist, kann die Reverse Transkriptase den cDNA-Strang verlängern, indem sie von der mRNA als Vorlage zum Ankerprimer wechselt. Der cDNA-Einzelstrang, der nun vorliegt, hat durch die verwendeten Ankerprimer an beiden Enden spezifische Sequenzen, die sich für eine RACE-PCR eignen, die anschließend durchgeführt wird. Die weitere Untersuchung verläuft analog zu den anderen RACE-Methoden.

y

Die Anfänge der RACE

Frohman et al. (1988) / Michael A. Frohman, Michael K. Dush, and Gail R. Martin: Rapid production of full-length cDNAs from rare transcripts: Amplification using a single gene-specific oligonucleotide primer (polymerase chain reaction/5' and 3' cDNA ends/cDNA cloning/low-abundance mRNAs/int-2 gene) / 10.1073/pnas.85.23.8998;

https://www.pnas.org/content/pnas/85/23/8998.full.pdf

Liste der Referenzen (Fußnoten) zu Frohman et al. 1988 -- 1

0. Frohman, M. A., Dush, M. K., Martin, G. R. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. 85, 8998-9002 / PMID: 2461560; ^[10]

1. Gubler, U. & Hoffman, B. J. (1983) Gene 25, 263-269. / PMID: 6198242;^[11]

2. Heidecker, G. & Messing, J. (1987) Methods Enzymol. 159, 28-40. / 10.1016/0076-6879(87)54068-X;^[12]

3. Efstratiadis, A., Kafatos, F. C. & Maniatis, T. (1977) Cell 10, 571-586. / 10.1016/0092-8674(77)90090-3;^[13]

4. Okayama, H., Kawaichi, M., Brownstein, M., Lee, F., Yokota, T. & Arai, K. (1987) Methods Enzymol. 159, 3-27. / PMID: 2828856;^[14]

5. Coleclough, C. (1987) Methods Enzymol. 159, 64-83. / PMID: 2448584;^[15]

6. Saiki, R. K., Scharf, S., Faloona, F., Mullis, K. B., Horn, G. T., Erlich, H. A. & Arnheim, N. (1985) Science 230, 1350-1354. / PMID: 2999980;^[16]

7. Saiki, R. K., Gelfand, D. H., Stoffel, B., Scharf, S. J., Higuchi, R., Horn, G. T., Mullis, K. B. & Erlich, H. A. (1988) Science 239, 487-491. / PMID: 2448875;^[17]

8. Kogan, S. C., Doherty, M. & Gitschier, J. (1987) N. Engl. J. Med. 317, 985-990. / PMID: 3657865;^[18]

9. Embury, S. H., Scharf, S. J., Saiki, R. K., Gholson, M. A., Golbus, M., Arnheim, N. & Erlich, H. A. (1987) N. Engl. J. Med. 316, 656-661. / PMID: 3821796;^[19]

10. Lee, M. S., Chang, K., Cabanillas, F., Freireich, E. J., Trujillo, J. M. & Stass, S. A. (1987) Science 237, 175-178. / PMID: 3110950;^[20]

11. Lee, C. C., Wu, X., Gibbs, R. A., Cook, R. G., Muzny, D. M. & Caskey, C. T. (1988) Science 239, 1288-1291. / PMID: 3344434;^[21]

12. Ou, C.-Y., Kwok, S., Mitchell, S. W., Mack, D. H., Sninsky, J. J., Krebs, J. W., Feorino, P., Warfield, D. & Schochetman, G. (1988) Science 239, 295-297. / PMID: 3336784;^[22]

13. Powell, L. M., Wallis, S. C., Pease, R. J., Edwards, Y. H., Knott, T. J. & Scott, J. (1987) Cell 50, 831-840. / PMID: 3621347;^[23]

14. Cathala, G., Savouret, J., Mendez, B., West, B. L., Karin, M., Martial, J. A. & Baxter, J. D. (1983) DNA 2, 329-335. / PMID: 6198133;^[24]

15. Maniatis, T., Fritsch, E. F. & Sambrook, J. (1982) Molecular Cloning:A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Lab., Cold Spring Harbor, NY). / ISBN 0879691360;^[25]

16. Church, G. M. & Gilbert, W. (1984) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81, 1991-1995./ PMID: 6326095;^[26]

17. Joyner, A. L., Kornberg, T., Coleman, K., Cox, D. & Martin, G. R. (1985) Cell 43, 29-37. / PMID: 2416459;^[27]

18. Birnboim, C. & Doly, J. (1979) Nucleic Acids Res. 7, 1513-1523. / PMID: 388356;^[28]

19. Jakobovits, A., Shackleford, G. M., Varmus, H. E. & Martin, G. R. (1986) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83, 7806-7810. / PMID: 2429320;^[29]

20. Moore, R., Casey, G., Brookes, S., Dixon, M., Peters, G. & Dickson, C. (1986) EMBO J. 5, 919-924. / PMID: 3013624;^[30]

21. Mansour, S. B. & Martin, G. R. (1988) EMBO J. 7, 2035-2041. / PMID: 3416832;^[31]

22. Strickland, S., Smith, K. K. & Marotti, K. R. (1980) Cell 21, 347-355. / PMID: 6250719;^[32]

23. Melton, D. A., Konecki, D. S., Brennand, J. & Caskey, C. T. (1984) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81, 2147-2151. / PMID: 6326107;^[33]

24. Reynolds, G. A., Baser, S. K., Osborne, T. F., Chin, D. J., Gil, G., Brown, M. S., Goldstein, J. L. & Luskey, K. L. (1984) Cell 38, 275-285. / PMID: 6088070;^[34]

25. Ishii, S., Merlino, G. T. & Pastan, I. (1985) Science 230, 1378-1381. / PMID: 2999983;^[35]

Tabelle der Referenzen (Fußnoten) zu Frohman et al. 1988 -- 2

FNr.	Original-Zitierweise	Kurzform	Ref.-Nummer	FNr.	Name (ref name=...)	Literatur-Vorlage
0.	Frohman, M. A., Dush, M. K., Martin, G. R. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. 85, 8998-9002	Frohman et al. (1988)	PMID: 2461560;	0.	Frohman-etal-1988_PMID-2461560	M. A. Frohman, M. K. Dush, G. R. Martin: Rapid production of full-length cDNAs from rare transcripts: amplification using a single gene-specific oligonucleotide primer. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. Band 85, Nr. 23, 1. Dezember 1988, ISSN 0027-8424, S. 8998–9002, doi:10.1073/pnas.85.23.8998, PMID 2461560, PMC 282649 (freier Volltext).
1.	Gubler, U. & Hoffman, B. J. (1983) Gene 25, 263-269.	Gubler & Hoffman (1983)	PMID: 6198242;	1.	Gubler-and-Hoffman-1983_PMID-6198242	U. Gubler, B. J. Hoffman: A simple and very efficient method for generating cDNA libraries. In: Gene. Band 25, Nr. 2-3, November 1983, ISSN 0378-1119, S. 263–269, doi:10.1016/0378-1119(83)90230-5, PMID 6198242.
2.	Heidecker, G. & Messing, J. (1987) Methods Enzymol. 159, 28-40.	Heidecker & Messing (1987)	DOI: 10.1016/0076-6879(87)54068-X;	2.	Heidecker-and-Messing-1987_DOI-end-68X	Gisela Heidecker, Joachim Messing: A method for cloning full-length cDNA in plasmid vectors. In: Methods in Enzymology. Band 154. Elsevier, 1987, ISBN 978-0-12-182055-8, S. 28–41, doi:10.1016/0076-6879(87)54068-x.
3.	Efstratiadis, A., Kafatos, F. C. & Maniatis, T. (1977) Cell 10, 571-586.	Efstratiadis et al. (1977)	DOI: 10.1016/0092-8674(77)90090-3;	3.	Efstratiadis-etal-1977_DOI-end-903	Argiris Efstratiadis, Fotis C. Kafatos, Tom Maniatis: The primary structure of rabbit β-globin mRNA as determined from cloned DNA. In: Cell. Band 10, Nr. 4, April 1977, S. 571–586, doi:10.1016/0092-8674(77)90090-3.
4.	Okayama, H., Kawaichi, M., Brownstein, M., Lee, F., Yokota, T. & Arai, K. (1987) Methods Enzymol. 159, 3-27.	Okayama et al. (1987)	PMID: 2828856;	4.	Okayama-etal-1987_PMID-2828856	H. Okayama, M. Kawaichi, M. Brownstein, F. Lee, T. Yokota, Arai, K.: High-efficiency cloning of full-length cDNA; construction and screening of cDNA expression libraries for mammalian cells. In: Methods in Enzymology. Band 154, 1987, ISSN 0076-6879, S. 3–28, doi:10.1016/0076-6879(87)54067-8, PMID 2828856.
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21.	Mansour & Martin (1988)	PMID: 3416832;	^[57]
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z

Untersuchung zu Frohmann 1993

M. A. Frohman: Rapid amplification of complementary DNA ends for generation of full-length complementary DNAs: thermal RACE. In: Methods Enzymol. Band 218, 1993, S. 340–356, PMID 7685466. / Frohman-1993_PMID-7685466 / ^[62]

Kein freier Text, "Publisher Summary" enthält (vermutlich das erster Mal) die Abkürzung RACE ("Thermal rapid amplification of cDNA ends (RACE) is a polymerase chain reaction (PCR) technique ..."). Keine methodischen Angaben.

Wo wird Frohman 1993 zitiert?

D. A. Schafer, Y. O. Korshunova, T. A. Schroer, J. A. Cooper: Differential localization and sequence analysis of capping protein beta-subunit isoforms of vertebrates. In: The Journal of Cell Biology. Band 127, Nr. 2, Oktober 1994, ISSN 0021-9525, S. 453–465, doi:10.1083/jcb.127.2.453, PMID 7929588, PMC 2120197 (freier Volltext). / PMID: 7929588 / Schafer-etal-1994_PMID-7929588 / ^[63]

Nur Zitat, keine eigenen Methoden-Angaben.

Liu X, Gorovsky MA. Mapping the 5' and 3' ends of Tetrahymena thermophila mRNAs using RNA ligase mediated amplification of cDNA ends (RLM-RACE). Nucleic Acids Res. 1993 Oct 25;21(21):4954-60. doi: 10.1093/nar/21.21.4954.PMID: 8177745 Free PMC article.

RLM-RACE, nar00070-0108.pdf, zitiert ⟨28. Frohman,M.A. (1993) Methods Enzymol., 218, 340-356.⟩ "In these cases, additional rounds of PCR amplification using the end primer and a third (sequence-specific) 'nested' primer (26-28) may be necessary as we found to be the case for the TATA binding protein message. ..."

Suche bei PubMed: 1970:1997[dp] RACE[Title/Abstract] "rapid amplification"[Title/Abstract]

Frohman MA. On beyond classic RACE (rapid amplification of cDNA ends). PCR Methods Appl. 1994 Aug;4(1):S40-58. doi: 10.1101/gr.4.1.s40. PMID: 9018326 Free article. Review. No abstract available. / https://genome.cshlp.org/content/4/1/S40.long / PMID: 9018326;^[64]

Untersuchung zu Frohman 1994

a

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3.	Ohara, O., R.I. Dorit, and W. Gilbert. 1989. One-sided PCR: The amplification of cDNA. Proc. Natl. Acad. Sci. 86: 5673-5677.	{-* PMID 2788276; / PMCID: PMC297692; / doi:10.1073/pnas.86.15.5673; *-}	! Free PMC article; !	/(comm)/
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12.	Bertling, W.M., F. Beier, and E. Reichenberger. 1993. Determination of 5' ends of specific mRNAs by DNA ligase-dependent amplification. PCR Methods Applic. 3: 95-99.	{-* PMID 8268792; / doi:10.1101/gr.3.2.95; *-}	! Free article; !	/(comm)/
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z

a.2

FNr.	Original-Fußnote	IDs	Link	Frei?	Kommentar
0.	Frohman, M.A. 1994. On beyond classic RACE (rapid amplification of cDNA ends). PCR Methods Appl. 4:S40-58.	{-* PMID 9018326; / doi:10.1101/gr.4.1.s40; *- }	! Free article; !	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9018326/	/( Review (PDF), https://genome.cshlp.org/content/4/1/S40.long )/
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3.	Ohara, O., R.I. Dorit, and W. Gilbert. 1989. One-sided PCR: The amplification of cDNA. Proc. Natl. Acad. Sci. 86: 5673-5677.	{-* PMID 2788276; / PMCID: PMC297692; / doi:10.1073/pnas.86.15.5673; *-}	! Free PMC article; !	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2788276/	/(comm)/
4.	Frohman, M.A. 1989. Creating full-length cDNAs from small fragments of genes: Amplification of rare transcripts using a single gene-specific oligonucleotide primer. In PCR protocols and applications: A laboratory manual (ed. M. Innis, D. Gelfand, J. Sninsky, and .. White), pp.28-38. Academic Press, New York.	{-* keine IDs; *-}	! nicht frei; !	Sep( kein Link )	/(! Buch, für 1989 nicht gefunden.)/
5.	Frohman, M.A. and G.R. Martin. 1989. Rapid amplification of cDNA ends using nested primers. Techniques 1: 165-173.	{-* keine IDs; *-}	! nicht frei; !	Sep( kein Link )	/( Wird zitiert, aber keine Doi o. ä. )/
6.	Dumas, J.B., M. Edwards, J. Delort, and J. Mallet. 1991. Oligodeoxyribonucleotide ligation to single-stranded cDNAs: A new tool for cloning 5' ends of mRNAs and for constructing cDNA libraries by in vitro amplification. Nucleic Acids Res. 19: 5227-5223.	{-* PMID 1923806; / PMCID: PMC328880; / doi:10.1093/nar/19.19.5227; *-}	! Free PMC article; !	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/1923806/	/(comm)/
7.	Fritz, J.D., M.L. Greaser, and J.A. Wolff. 1991. A novel 3' extension technique using random primers in RNA-PCR. Nucleic Acids Res. 119: 3747.	{-* PMID 1712941; / PMCID: PMC328412; / doi:10.1093/nar/19.13.3747; *-}	! Free PMC article; !	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/1712941/	/(comm)/
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11.	Schuster, D.M., G.W. Buchman, and A. Rastchian. 1992. A simple and efficient method for amplification of cDNA ends using 5' RACE. Focus 14: 46-52.	{-* keine IDs; *-}	! nicht frei; !	Sep( kein Link )	/( Wird zitiert, aber nicht gefunden. )/
12.	Bertling, W.M., F. Beier, and E. Reichenberger. 1993. Determination of 5' ends of specific mRNAs by DNA ligase-dependent amplification. PCR Methods Applic. 3: 95-99.	{-* PMID 8268792; / doi:10.1101/gr.3.2.95; *-}	! Free article; !	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/8268792/	/(comm)/
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Inhaltsverzeichnis

RML, Oligo-capping, SMART und CapFinder

a

RLM-RACE

SMART-RACE

b

x

RLM-RACE

Oligo-capping

SMART-RACE

y

Die Anfänge der RACE

Liste der Referenzen (Fußnoten) zu Frohman et al. 1988 -- 1

Tabelle der Referenzen (Fußnoten) zu Frohman et al. 1988 -- 2

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a

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Kopie

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Untersuchung zu Frohmann 1993

Untersuchung zu Frohman 1994

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a.2

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Einzelnachw.

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