Benutzer:Galaxy-Europe/Galaxy Europe

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Galaxy[1] ist ein weltweit entwickeltes Open-Source Projekt. Das Galaxy Europe team betreibt dafür die größte Galaxy-Instanz in Europa: den Europäischen Galaxy Server an der Universität Freiburg. Das Projekt unter der Leitung von Dr. Björn Grüning wird seit 2010 an der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg entwickelt. Anfangs mit 800 Benutzern vor allem aus dem Raum Freiburg, entwickelte sich das Galaxy-Projekt rasant mit dem Beitritt zum Deutsches Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur (de.NBI) im Jahr 2015 und der Öffnung des Servers für ganz Europa. Im Juni 2022 erreichte der Europäische Galaxy Server 50.000 user und wächst mit derzeit über 66.000 Nutzern (Stand März 2023) monatlich um ca. 1000 neuen Nutzern. Nach kostenfreier Registrierung stehen jedem Nutzer 250GB Speicher zur Verfügung.

Daten, Datenbanken und Tools

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Daten können entweder lokal vom eigenen Rechner oder per copy/paste oder URL direkt aus Datenarchiven wie z.B. GEO über das Upload Formular in Galaxy hochgeladen werden. Direkt aus Galaxy erhalten Nutzer Zugriff auf verschiedene Datenarchive, z.B. EBI SRA ENA, NCBI SRA, BioMart (Ensembl), UCSC Main Table browser, UniProt oder Organismus-spezifische Datenbanken, z.B. Wormbase, Yeastmine.

Der Europäische Galaxy Server stellt mehr als 3200 verschiedene Bioinformatik-Tools zur Verfügung. Darunter sind einfache Textmanipulationstools oder alle Kalkulationen, die man von Excel kennt, komplexe Tools für Imaging, Sequenzanalyse, Genomassembly- und Annotation etc.

Galaxy User und Communities

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Viele Wissenschaftler nutzen für ihre Forschung den Europäischen Galaxy Server[2]. Galaxy user kommen aus verschiedenen wissenschaftlichen Disziplinen. Für viele Communities bietet der Europäische Galaxy Server sogenannte Subdomains an. Diese haben neben einer angepassten Community Homepage der einfacheren Übersicht halber nur eine Auswahl an Tools, die relevant für das jeweilige Wissenschaftsfeld ist. Derzeit gibt es 28 verschiedene Subdomains auf Galaxy-EU.

Training

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Neben dem Europäischen Galaxy Server entwickelt das Galaxy Freiburg Team mit vielen anderen Wissenschaftlern in einem Community-Effort zusammen Trainingsmaterial und Tutorials zur Datenanalyse mit Galaxy und gibt regelmäßig hands-on Workshops für Studierende an der Universität Freiburg und Wissenschaftler weltweit. Das Trainingsmaterial wird über das Galaxy Training Network (GTN) frei zur Verfügung gestellt und beinhaltet derzeit über 300 verschiedene Tutorials, z.b. für die RNA-Analyse, Metagenomics, Genome Assembly etc.. Neben Tutorials für Forscher gibt es auch Anleitungen für Galaxy-Entwickler und -Administratoren und wie zum Trainingsmaterial beigetragen werden kann.

Das Trainingsmaterial wird ergänzt durch zahlreiche Galaxy-Workshops, die von allen Instanzen und Trainern weltweit gegeben werden. Dabei finden die Trainingskurse zumeist in Präsenz, manche auch online statt.

Galaxy in (inter)nationalen Forschungsprojekten

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Der Europäische Galaxy Server ist eine wichtige Infrastruktursäule in zahlreichen nationalen und internationalen Projekte und Forschungsverbünden. Im Horizon Europe Pojekt EuroScienceGateway, einem Verbundprojekt mit 17 europäischen Partner, hat das Galaxy Freiburg Team das erste mal die Leitung eines großen europäischen Projekts.

Das Galaxy Team Freiburg bietet Zugang zur Galaxy-Infrastruktur, maintenance, Datenanalyseplanung, Tool- und Workflowentwicklung und Training für verschiedene Konsortien an:

Nationale Projekte

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Internationale Projekte

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Einzelnachweise

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  1. ↑ Galaxy Project. Abgerufen am 31. März 2023.
  2. ↑ Galaxy citations. Abgerufen am 31. März 2023.

Kategorie:Software

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