Smacoviridae

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Smacoviridae

Smacoviridae

Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Monodnaviria[1]
Reich: Shotokuvirae[1]
Phylum: Cressdnaviricota[1]
Klasse: Arfiviricetes[1]
Ordnung: Cremevirales[1]
Familie: Smacoviridae
Taxonomische Merkmale
Genom: (-)ssDNA zirkulär
Baltimore: Gruppe 2
Symmetrie: ikosaedrisch
Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
Smacoviridae
Links
ICTV Taxon History: 201905993
NCBI Taxonomy: 2169574
ViralZone (Expasy, SIB): 8416

Smacoviridae ist die Bezeichnung einer Familie von Einzelstrang-DNA-Viren. Das Genom vom Mitgliedern dieser Familie ist zirkulär und klein – die Länge beträgt etwa 2,3–2,8 kb (Kilobasen). Das Genom kodiert für ein Rolling-Circle-Replikationsinitiationsprotein (Rep) und familienspezifische Kapsidproteine.[2] Derzeit (Stand Ende März 2021) sind sechs Gattungen in dieser Familie vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) anerkannt.[3] Die Viren in diesem Taxon wurden durch Metagenomanalysen aus Fäkalproben von Insekten und Wirbeltieren identifiziert. Über ihre Biologie ist wenig bekannt.

Beschreibung

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Genomkarte von „Capybara associated smacovirus“, vorgeschlagenes Mitglied der Smacoviridae aus Capybaras.[4] Ganz oben die Haarnadelstruktur (stem-loop).
Genom (A) eines Vertreters der Smacoviridae mit Ambisense-Typ-IV-Genom (Papio cynocephalus associated smacovirus 3, PcSmV3) und (B) eines anderen[5] mit Unisense-Typ-V-Genom (Papio kindae associated smacovirus-like virus 1, PkSmV1) aus sambischen Steppen- bzw. Kindapavianen mit Darstellung der ORFs (Rep: rolling circle replication-associated protein; CP: Kapsidprotein), Haarnadelstruktur (stem loop, Stammschleife) und Nonanukleotid.

Die Smacoviridae haben ein nicht-segmentiertes, zirkuläres Einzelstrang-Genom mit einer Länge von 2,3–2,8 kb (Kilobasen). Das Genom kodiert für sechs Proteine, darunter ein Replikator (Rep) und ein Kapsidprotein (CP).[6][2]

Systematik

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Die Systematik der Familie ist mit Stand Mai/Juni 2024 wie folgt:[3][7]

Familie Smacoviridae

  • Gattung Babosmacovirus
    • Spezies Babosmacovirus babas1 mit Papio cynocephalus associated smacovirus
  • Gattung Bonzesmacovirus (abgetrennt von Gattung Huchismacovirus)
    • Spezies Bonzesmacovirus bovas1 (früher Bovine associated huchismacovirus 1) mit Bovine faeces associated smacovirus 1
    • Spezies Bonzesmacovirus camas1 mit Smacoviridae CM13_Smaco
  • Gattung Bostasmacovirus (abgetrennt von Gattung Huchismacovirus)
    • Spezies Bostasmacovirus bovas1 (früher Bovine associated huchismacovirus 2) mit Bovine faeces associated smacovirus 6
  • Gattung Bovismacovirus
    • Spezies Bovismacovirus bovas1 (früher Bovine associated bovismacovirus 1) mit Circoviridae bovine stool/BK/KOR/2011
    • Spezies Bovismacovirus bovas2 (früher Bovine associated bovismacovirus 2) mit Bovine faeces associated smacovirus 3
    • Spezies Bovismacovirus bovas3 mit Genomoviridae sp. C021765
    • Spezies Bovismacovirus cervi1 mit CRESS virus sp. UJSL004
    • Spezies Bovismacovirus draga1 (früher Dragonfly associated bovismacovirus 1) mit Odonata-associated circular virus 21
    • Spezies Bovismacovirus equid1 mit Smacoviridae sp. 215Smaco-1
    • Spezies Bovismacovirus equid2 mit Smacoviridae D33_Smaco_3
  • Gattung Cosmacovirus
    • Spezies Cosmacovirus bovas1 (früher Bovine associated cosmacovirus 1) mit Bovine faeces associated smacovirus 4
  • Gattung Dragsmacovirus
    • Spezies Dragsmacovirus budor1 mit Smacoviridae sp. 132Smaco-3
    • Spezies Dragsmacovirus cervi1 mit Smacoviridae sp. 195Smaco
    • Spezies Dragsmacovirus draga1 (früher Dragonfly associated dragsmacovirus 1) mit Odonata-associated circular virus 5
  • Gattung Drosmacovirus
    • Spezies Drosmacovirus bovas1 (früher Bovine associated drosmacovirus 1) mit Bovine faeces associated smacovirus 5
    • Spezies Drosmacovirus camas1 (früher Camel associated drosmacovirus 1) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1359
    • Spezies Drosmacovirus camas2 (früher Camel associated drosmacovirus 2) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1330
    • Spezies Drosmacovirus camas3 mit Smacoviridae sp. 190Smaco
    • Spezies Drosmacovirus cervi1 mit Smacoviridae sp. 195Smaco
    • Spezies Drosmacovirus kobus1 mit Smacoviridae sp. 180Smaco
    • Spezies Drosmacovirus macro1 mit Smacoviridae sp. 172Smaco
    • Spezies „Pig stool associated circular ssDNA virus“ (Vorschlag)
  • Gattung Felismacovirus (23 Spezies)
    • Spezies Felismacovirus avias1 mit Smacoviridae sp. w3chi091cir5
    • Spezies Felismacovirus avias2 mit Smacoviridae sp. w3chi090cir1
    • Spezies Felismacovirus babas1 mit Papio kindae associated smacovirus 1/ZM09-64 alias Papio kindae associated smacovirus[8] Papio kindae associated smacovirus-like virus 1 (PkSmV1)[5][9]
    • Spezies Felismacovirus canid1 mit Raccoon dog stool-associated smacovirus 3 CJY6
    • Spezies Felismacovirus cervi1 mit Smacoviridae sp. 198Smaco
    • Spezies Felismacovirus chicas1 mit Cressdnaviricota sp. Y02-smal-02
    • Spezies Felismacovirus chicas2 mit Chicken virus mg5_1345
    • Spezies Felismacovirus chicas3 mit Chicken virus mg6_1197
    • Spezies Felismacovirus lynas1 (erste Art der Gattung) mit Lynx rufus smacovirus 1
    • Spezies Felismacovirus macas1 mit Unidentified circular ssDNA virus cg5862
    • Spezies Felismacovirus macro1 Smacoviridae sp. 167Smaco-2
    • Spezies Felismacovirus porci1 mit CRESS virus sp. 17489x95_4644
    • Spezies Felismacovirus porci2 mit CRESS virus sp. 17668x41_1812
    • Spezies Felismacovirus porci3 mit CRESS virus sp. 17499x9_1430
    • Spezies Felismacovirus porci4 mit Pig stool associated circular ssDNA virus GER2011
    • Spezies Felismacovirus porci5 mit CRESS virus sp. 17489x12_563
    • Spezies Felismacovirus porci6 mit CRESS virus sp. 17489x27_1313
    • Spezies Felismacovirus porci7 mit CRESS virus sp. 17668x7_933
    • Spezies Felismacovirus porci8 mit CRESS virus sp. 17489x57_911
    • Spezies Felismacovirus porci9 mit CRESS virus sp. 17489x90_2227
    • Spezies Felismacovirus porci10 mit CRESS virus sp. 17668x34_1256
    • Spezies Felismacovirus ratas1 mit Rat associated smacovirus 22084x8_1043
    • Spezies Felismacovirus vulpe1 mit Vulpes vulpes-associated smacovirus SMCO22
  • Gattung Huchismacovirus
    • Spezies Huchismacovirus chicas1 (früher Chicken associated huchismacovirus 1) mit Chicken associated smacovirus RS/BR/2015/2
    • Spezies Huchismacovirus chicas2 (früher Chicken associated huchismacovirus 2) mit Chicken associated smacovirus RS/BR/2015/3
    • Spezies Huchismacovirus humas1 (früher Human associated huchismacovirus 1) mit Human smacovirus 1 Oregon/6/2011/GottageGrove/5A1
    • Spezies Huchismacovirus humas2 (früher Human associated huchismacovirus 2) mit Human smacovirus 1 France/8/2008/2444
    • Spezies Huchismacovirus humas3 (früher Human associated huchismacovirus 3) mit Human smacovirus 1 France/1/2009/3664
  • Gattung Inpeasmacovirus (abgetrennt von Porprismacovirus)
    • Spezies Inpeasmacovirus avias1 mit Smacoviridae sp. wbp226sma1
    • Spezies Inpeasmacovirus humas1 mit Human associated porprismacovirus, Isolat 16845x3_952
    • Spezies Inpeasmacovirus peafo1 mit Smacoviridae sp. blp210cre2
000 Die Spezies dieser Gattung im Detail anzeigen:
  • Spezies Porprismacovirus alecas1 mit Alces alces faeces associated smacovirus MP78
  • Spezies Porprismacovirus anati1 mit Cygnus columbianus Smacoviridae sp. swn66sma1
  • Spezies Porprismacovirus avias1 mit Avian associated porprismacovirus BR_DF13
  • Spezies Porprismacovirus avias2 mit Smacoviridae sp. w3chi091cir1
  • Spezies Porprismacovirus babas1 mit Papio cynocephalus associated smacovirus[10] mit Papio cynocephalus associated smacovirus 3 (PcSmV3),[11][9] Isolat ZM09-74
  • Spezies Porprismacovirus bovas1 (früher Bovine associated porprismacovirus 1) mit Bovine faeces associated smacovirus 2
  • Spezies Porprismacovirus bovas2 mit Cattle blood-associated circovirus-like virus Bvch001
  • Spezies Porprismacovirus bovas3 mit Genomoviridae sp. C025899
  • Spezies Porprismacovirus camas1 (früher Camel associated porprismacovirus 1) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1378
  • Spezies Porprismacovirus camas2 (früher Camel associated porprismacovirus 2) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1072
  • Spezies Porprismacovirus camas3 (früher Camel associated porprismacovirus 3) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1345
  • Spezies Porprismacovirus camas4 (früher Camel associated porprismacovirus 4) mit Dromedary stool-associated circular ssDNA virus c1258
  • Spezies Porprismacovirus camas5 mit Smacoviridae sp. 173Smaco
  • Spezies Porprismacovirus canid1 mit Canine associated porprismacovirus SmacoviridaeDogfe369C1
  • Spezies Porprismacovirus canid2 mit Canine associated porprismacovirus SmacoviridaeDogfe322C1
  • Spezies Porprismacovirus canid3 mit Raccoon dog stool-associated smacovirus 4 CJY7
  • Spezies Porprismacovirus canid4 mit Canine associated porprismacovirus SmacoviridaeDogfe433C1
  • Spezies Porprismacovirus canid5 mit Canine associated porprismacovirus SmacoviridaeDogfe373C1
  • Spezies Porprismacovirus canid6 mit Canine associated porprismacovirus SmacoviridaeDogfe373C1
  • Spezies Porprismacovirus canid7 mit Canine associated porprismacovirus SmacoviridaeDogfe342C1
  • Spezies Porprismacovirus canid8 mit Raccoon dog stool-associated smacovirus 1 CJY4
  • Spezies Porprismacovirus canid9 mit Raccoon dog stool-associated smacovirus 2 CJY5
  • Spezies Porprismacovirus capas1 mit Capybara associated smacovirus 1_cap1_104 alias Capybara associated smacovirus[4] mit Capybara associated smacovirus 1_cap1_104[12]
  • Spezies Porprismacovirus chicas1 mit Chicken associated smacovirus RS/BR/2015/1
  • Spezies Porprismacovirus chicas2 mit Chicken smacovirus mg4_881
  • Spezies Porprismacovirus chicas3 mit Chicken smacovirus mg5_1212
  • Spezies Porprismacovirus chicas4 mit Chicken smacovirus mg4_885
  • Spezies Porprismacovirus chicas5 mit Chicken smacovirus mg7_67
  • Spezies Porprismacovirus chicas6 mit Chicken smacovirus mg4_964
  • Spezies Porprismacovirus chicas7 mit Chicken smacovirus mg5_1081
  • Spezies Porprismacovirus chimas1 (früher Chimpanzee associated porprismacovirus 1) mit Chimpanzee stool associated circular ssDNA virus DP152[13][14]
  • Spezies Porprismacovirus chimas2 (früher Chimpanzee associated porprismacovirus 2) mit Chimpanzee stool associated circular ssDNA virus GM495[13][14]
  • Spezies Porprismacovirus envor1 mit Virus sp. D3_464
  • Spezies Porprismacovirus envor2 mit Virus sp. D3_567
  • Spezies Porprismacovirus equid1 mit Smacoviridae D23_Smaco
  • Spezies Porprismacovirus equid2 mit Smacoviridae D33_Smaco_2
  • Spezies Porprismacovirus flas1 mit Fly associated circular virus 4
  • Spezies Porprismacovirus goas1 mit Goat associated porprismacovirus, Isolat 16915x9_1969
  • Spezies Porprismacovirus goras1 (früher Gorilla associated porprismacovirus 1) mit Gorilla smacovirus
  • Spezies Porprismacovirus howas1 (früher Howler monkey associated porprismacovirus 1) mit Black howler monkey smacovirus
  • Spezies Porprismacovirus humas1 (früher Human associated porprismacovirus 1) mit Human feces smacovirus 2
  • Spezies Porprismacovirus humas2 (früher Human associated porprismacovirus 2) mit Chimpanzee smacovirus
  • Spezies Porprismacovirus humas3 mit Human feces smacovirus 3
  • Spezies Porprismacovirus humas4 mit Human associated porprismacovirus 3
  • Spezies Porprismacovirus lemas1 (früher Lemur associated porprismacovirus 1) mit Lemur smacovirus
  • Spezies Porprismacovirus leo1 mit Panthera leo smacovirus 1
  • Spezies Porprismacovirus lynas2 mit Lynx rufus smacovirus 2
  • Spezies Porprismacovirus macas1 mit Macaca mulatta feces associated virus 7
  • Spezies Porprismacovirus macas2 mit Macaca mulatta feces associated virus 4
  • Spezies Porprismacovirus macas3 mit Macaca mulatta feces associated virus 3
  • Spezies Porprismacovirus macas4 mit Macaca mulatta feces associated virus 2
  • Spezies Porprismacovirus macas5 mit Macaque stool associated virus 11
  • Spezies Porprismacovirus macas6 mit Macaca mulatta feces associated virus 10
  • Spezies Porprismacovirus macas7 mit Macaca mulatta feces associated virus 1 cg6982
  • Spezies Porprismacovirus macro1 mit Smacoviridae sp. 167Smaco-1
  • Spezies Porprismacovirus macro2 mit Smacoviridae sp. 171Smaco
  • Spezies Porprismacovirus malbas1 mit Chlorocebus cynosuros associated smacovirus
  • Spezies Porprismacovirus molos1 mit Smacoviridae sp. 164Smaco-1
  • Spezies Porprismacovirus peafo1 mit Smacoviridae sp. bpk075sma01
  • Spezies Porprismacovirus phasi1 mit Chrysolophus pictus Smacoviridae sp. gps222sma2
  • Spezies Porprismacovirus phasi2 mit Pavo cristatus Smacoviridae sp. blp211sma3
  • Spezies Porprismacovirus phasi3 mit Chrysolophus pictus Smacoviridae sp. gps222sma6
  • Spezies Porprismacovirus porci1 (früher Porcine associated porprismacovirus 1) mit Porcine associated stool circular virus
  • Spezies Porprismacovirus porci10 (früher Porcine associated porprismacovirus 10) mit Porcine faeces associated smacovirus 1
  • Spezies Porprismacovirus porci11 mit Porcine associated porprismacovirus 17499x73_1865
  • Spezies Porprismacovirus porci12 mit Porcine associated porprismacovirus 17499x3_679
  • Spezies Porprismacovirus porci13 mit Porcine associated porprismacovirus 17499x80_1385
  • Spezies Porprismacovirus porci14 mit Porcine associated porprismacovirus 17489x67_1878
  • Spezies Porprismacovirus porci15 mit Porcine associated porprismacovirus 17499x75_2040
  • Spezies Porprismacovirus porci16 mit Porcine associated porprismacovirus 17489x75_2609
  • Spezies Porprismacovirus porci17 mit Porcine associated porprismacovirus 17668x35_2540
  • Spezies Porprismacovirus porci18 mit Porcine associated porprismacovirus 17668x43_2798
  • Spezies Porprismacovirus porci19 mit Porcine associated porprismacovirus 17489x27_1438
  • Spezies Porprismacovirus porci2 (früher Porcine associated porprismacovirus 2) mit Porcine stool-associated circular virus 2 und/alias Bovine stool associated circular virus.[15][16]
  • Spezies Porprismacovirus porci20 mit Porcine associated porprismacovirus 17499x31_375
  • Spezies Porprismacovirus porci3 (früher Porcine associated porprismacovirus 3) mit Porcine stool-associated circular virus 3
  • Spezies Porprismacovirus porci4 (früher Porcine associated porprismacovirus 4) mit Porcine stool-associated circular virus 1 DP2
  • Spezies Porprismacovirus porci5 (früher Porcine associated porprismacovirus 5) mit Porcine stool-associated circular virus 1 DP3
  • Spezies Porprismacovirus porci6 (früher Porcine associated porprismacovirus 6) mit Porcine stool-associated circular virus 6
  • Spezies Porprismacovirus porci7 (früher Porcine associated porprismacovirus 7) mit Porcine stool-associated circular virus 7
  • Spezies Porprismacovirus porci8 (früher Porcine associated porprismacovirus 8) mit Porcine stool-associated circular virus 8
  • Spezies Porprismacovirus porci9 (früher Porcine associated porprismacovirus 9) mit Porcine stool-associated circular virus 9
  • Spezies Porprismacovirus ratas1 (früher Rat associated porprismacovirus 1) mit Rat stool-associated circular ssDNA virus
  • Spezies Porprismacovirus sheas1 (früher Sheep associated porprismacovirus 1) mit Sheep faeces associated smacovirus 1
  • Spezies Porprismacovirus sheas2 (früher Sheep associated porprismacovirus 2) mit Sheep faeces associated smacovirus 2
  • Spezies Porprismacovirus sheas3 (früher Sheep associated porprismacovirus 3) mit Sheep faeces associated smacovirus 3
  • Spezies Porprismacovirus strut1 mit Smacoviridae sp. 207Smaco
  • Spezies Porprismacovirus turas1 (früher Turkey associated porprismacovirus 1) mit Turkey stool associated circular ssDNA virus
  • Gattung Simismacovirus
    • Spezies Simismacovirus malbas1 mit Chlorocebus cynosuros associated smacovirus ZM09-95
    • Spezies Simismacovirus malbas2 mit Chlorocebus cynosuros associated smacovirus ZM09-83

Literatur

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Einzelnachweise

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  1. ↑ a b c d e ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
  2. ↑ a b Arvind Varsani, Mart Krupovic: ​Smacoviridae: a new family of animal-associated single-stranded DNA viruses. In: Virology Division News, Arch Virol, 163, 2005–2015, 23. März 2018; doi:10.1007/s00705-018-3820-z (englisch).
  3. ↑ a b ICTV: Taxonomy Browser.
  4. ↑ a b Rafaela S. Fontenele, Cristiano Lacorte, Natalia S. Lamas, Kara Schmidlin, Arvind Varsani, Simone G. Ribeiro: Single Stranded DNA Viruses Associated with Capybara Faeces Sampled in Brazil. In: MDPI Viruses, Band 11, Nr. 8, Special Issue Viromics: Approaches, Advances, and Applications; doi:10.3390/v11080710 (englisch).
  5. ↑ a b NCBI: LC386203.
  6. ↑ SIB: Smacoviridae, auf: Expasy ViralZone.
  7. ↑ ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).
  8. ↑ NCBI: Papio kindae associated smacovirus (species).
  9. ↑ a b Paulina D. Anindita, Michihito Sasaki, Gabriel Gonzalez, Wallaya Phongphaew, Michael Carr, Bernard M. Hang’ombe, Aaron S. Mweene, Kimihito Ito, Yasuko Orba, Hirofumi Sawa: Discovery and genetic characterization of diverse smacoviruses in Zambian non-human primates. In: Nature Sci Rep, Band 9, Nr. 5045, 8. pril 2029; doi:10.1038/s41598-019-41358-z (englisch); mit Korrektur doi:10.1038/s41598-019-44438-2. Siehe insbes. Fig. 1 und Tbl. 1.
  10. ↑ NCBI: Papio cynocephalus associated smacovirus (species).
  11. ↑ NCBI: LC386205.
  12. ↑ NCBI: Capybara associated smacovirus 1_cap1_104.
  13. ↑ a b O. Blinkova, J. Victoria, Y. Li, B. F. Keele, C. Sanz, J. B. Ndjango, M. Peeters, D. Travis, E. V. Lonsdorf, M. L. Wilson, A. E. Pusey, B. H. Hahn, E. L. Delwart: Novel circular DNA viruses in stool samples of wild-living chimpanzees. In: J. Gen. Virol. 91. Jahrgang, Nr. 1, 2010, S. 74–86, doi:10.1099/vir.0.015446-0, PMID 19759238, PMC 2887567 (freier Volltext) – (englisch).
  14. ↑ a b NCBI: Chimpanzee stool associated circular ssDNA virus (species).
  15. ↑ H. K. Kim, S. J. Park, V. G. Nguyen, D. S. Song, H. J. Moon, B. K. Kang, B. K. Park: Identification of a novel single stranded circular DNA virus from bovine stool. In: J Gen Virol, 1. März 2012; doi:10.1099/vir.0.037838-0 (englisch).
  16. ↑ NCBI: Porcine stool-associated circular virus (species).
Abgerufen von „https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=Smacoviridae&oldid=246837165“