Diskussion:Primer
Primer: DNA/RNA
[Quelltext bearbeiten]Ich würde vorschlagen, den Artikel aufzubauen indem die PrimerARTEN abgehandelt werden:
1) RNA-Primer (natürliche DNS-Vermehrung, durch Primase hergestellt)
2) DNA-Primer (PCR, Sequenzierungen, Site-directed-Mutagenesis, durch Firmen hergestellt)
3) Sonstige Primer (Scorpions), gelabelte Primer
Jiver 11:19, 1. Jun 2006 (CEST)
Aktiv/Passiv
[Quelltext bearbeiten]Hallo,
dieser Eintrag ist so MMN nicht richtig. Ein Primer ist ein kurzes Stück einsträngige DNA, welche an einen komplementären Strang binden kann. Dies ist jedoch ein passiver Vorgang, weder sucht der Primer irgendetwas noch verändert er seine Größe. Wenn der Primer angelagert hat passiert erstmal nix mehr mit ihm. Das Anlagern der freien Nucelotide übernimmt dann das Emzym Polymerase. Gruß Gorwin 20:24, 18. Mai 2004 (CEST)
- Du hast Recht, das war Unsinn. Ich hab das mal geändert. --Nina 15:39, 13. Jun 2004 (CEST)
- Ist ja nicht geändert worden, denn noch immer steht "Primer = RNA", während Gorwin oben von DNA spricht. Was ist denn nun richtig? --Wikipit 11:41, 4. Jan 2006 (CET)
Klarheit bitte
[Quelltext bearbeiten]"Die Primer werden, wenn sie ausgewählt wurden, eigens für eine PCR aus den Bausteinen (den Nucleotiden) hergestellt (synthetisiert)." - Was kann mir der Satz sagen? Wieso, warum und wann kann ich Primer auswählen? Was ist gemeint mit "eigens für eine PCR"? Sind Primer für eine PCR andere als für andere Zwecke? Gibt es verschiedene PCR und daher verschieden benötigte Primer? --Wikipit 11:41, 4. Jan 2006 (CET)
Wenn DNA im Reaktionsgefäß durch PCR amplifiziert werden soll, dann ist die Primerauswahl deswegen eigens, da man gezielt einen bestimmten Abschnitt vervielfältigen möchte. Dafür müssen eigens die entsprechenden Primer (DNA) synthetisch hergestellt werden. Aber auch in Zellen, welche sich teilen, muss die gesamte genomische DNA durch Replikation verdoppelt werden. Bei diesem natürlichen Prozess werden ebenfalls kurze Primer benötigt, die jedoch aus RNA bestehen! Diese ermöglichen der DNA-Synthese-Maschiniere (DNA-Polymerase) mit der DNA-Synthese des jeweiligen Abschnittes zu beginnen. In diesem Zusammenhang wäre ein weiterführender Artikel über die Okazaki-Fragmente hilfreich. Es gibt aber auch verschiedene PCR-Methoden, um zum Beispiel alle exprimierten Gene einer Zellen, die dann meist als sog. mRNA vorliegen, zu amplifizieren und analysieren. Für diesen Zweck werden universelle Primer, die z.B. gegen den sog. Poly-A-Schwanz der mRNA gerichtet sind (Oligi-dT-Primer) verwendet. Bei dieser PCR handelt es sich dann um eine "Reverse Transkriptase PCR" (RT-PCR), da RNA in DNA umgeschrieben wird.
Andere Begriffsbedeutungen
[Quelltext bearbeiten]Der Begriff "Primer" wird mittlererweile auch in der Wirtschaft speziell bei Banken benutzt. Genaue Definition hierzu kommt noch
Außerdem ist der Begriff in der Elektronik und/oder in der Verbindungstechnik, insbesondere beim Kleben, ein gängiger Begriff. Der Artikel sollte nach * (Biologie) bzw. * (Molekularbiologie) o.ä. verschoben werden und hier eine Begriffsklärung stehen. --84.190.115.97 11:26, 23. Jun. 2008 (CEST)
Verdrängende DNA-Synthese
[Quelltext bearbeiten]3 Anmerkungen zum letzten Satz im 1.Absatz:
"In eukaryotischen Zellen werden die Primer durch verdrängende DNA-Synthese der die Polymerase δ und Restriktion durch die Flap-Endonuklease entfernt."
1. Das "der die" hört sich irgendwie seltsam an. Ich kann es leider nicht selber verbessern, da ich
2. nicht weiß, was eine verdrängende DNA-Synthese ist, wie sie abläuft usw. Eine Erklärung dazu wäre prima, am Besten in einem eigenen Artikel, für den Primer-Artikel führt das sicherlich zu weit.
3. Der Link auf die "Flap-Endonuklease" ist irreführend, da sich dahinter nur ein Artikel zur ganz allgemeinen Erläuterung einer Endonuklease verbirgt, kein Wort von einer Flap-Endonuklease. Als Link sollte nur der Wortteil "Endonuklease" erscheinen.
--superknoxi 20:29, 3. Feb. 2008 (CET)
Schmelztemperatur
[Quelltext bearbeiten]Folgender Satz ergibt irgendwie keinen Sinn: "Ist die Schmelztemperatur allerdings zu hoch (im allgemeinen über 80°C), können die verwendeten Enzyme wie z.B. die DNA-Polymerase denaturieren."
- Die Schmelztemperatur ist die Temperatur bei der sich der Primer vom Template löst.
- Die Annealingtemperatur ist die, bei der der Primer mit dem Template hybridisiert.
Beim PCR möchte man während des Annealings und der Elongation gerne zwischen diesen Temperaturen bleiben. Also ist eine hohe Schmelztemperatur ja gerade von Vorteil, da die Temperatur während der Elongation angehoben wird, damit die Polymerase überhaupt erst anfängt. "Schmelzen" will man den Primer höchstens erst bei der Denaturierung, aber da spielt die Schmelztemperatur zweier DNA-Stränge eher eine Rolle, und die liegt Prinzipbedingt schon wesentlich höher als die des Primers.
Also: Wo ist die Verbindung der Schmelztemperatur eines Primers zur Denaturierung der DNA-Polymerase? --85.178.107.171 12:28, 10. Jun. 2008 (CEST)
Als Annealing-Temperatur bezeichnet man für gewöhnlich die Temperatur, die man zum Annealen der Primer an das Templat am Gerät (PCR-Maschine) einstellt. In der Regel liegt diese zwichen 3 °C über bis 10 °C unter der Schmelztemperatur des niedriger schmelzenden Primers. Normalerweise ist es nicht sinnvoll die Schmelztemperatur des Primers so hoch zu wählen, dass man oberhalb der optimalen Arbeitstemperatur der Polymerase liegt (meist 72 °C).
Ich geb dir allerdings recht, dass der Satz für den Laien etwas unverständlich ist, weil man nicht genau weiß wie er gemeint sein soll. Vielleicht könnte man das ein wenig umschreiben.--Killerbiber 01:24, 11. Jun. 2009 (CEST)
- Ich habe mal eine Vereinfachung geschrieben, die hoffentlich besser verständlich ist. Mehr Details gehen m.E. fast zu weit für eine Enzyklopädie. --Firefly's luciferase 18:07, 29. Nov. 2009 (CET)
Missverständliche Aussage: "Die Schmelztemperatur nimmt also mit der Anzahl an G- und C-Nukleotiden zu". Das tut sie aber genauso bei den Nukleotiden A und T! Richtig wäre, dass die Schmelztemperatur bei höherem GC-Gehalt [%] höher ist, als bei niedrigem! Darauf kommt es nämlich vor allem an. Die Temperatur also bei 50 % GC-Gehalt z.B. bei 52 °C liegt, bei 40 % bei 48 °C und bei 60 % bei 56 °C (Vereinfachend wurden zufällige Zahlenwerte genommen, nichts berechnet!) (nicht signierter Beitrag von 89.182.216.41 (Diskussion) 10:14, 4. Nov. 2011 (CET))
Visuelle Hilfsmittel
[Quelltext bearbeiten]
Verwendung? Geezernil nisi bene 18:16, 31. Aug. 2010 (CEST)
Doppelsträngige Primer
[Quelltext bearbeiten]Hallo, ich schlage vor, den Abschnitt über das Primerdesign nochmal zu überarbeiten. Es ist mMn unsinnig, hier von einer Schmelztemperatur der Primer zu sprechen, da diese ja einzelsträngig vorliegen und nicht aufgeschmolzen werden müssen. (nicht signierter Beitrag von 132.199.77.222 (Diskussion) 15:46, 7. Nov. 2011 (CET))