Der Spielbetrieb wurde durch die Kriegsereignisse bisher kaum beeinträchtigt; ein Bild, das von der nationalsozialistischen Staatsführung intensiv gefördert wurde, um im Kriegsalltag Normalität zu vermitteln. Für die neue Fußballsaison wurde eine neue Sprachregelung angeordnet, die Fußballgaue hießen ab sofort „Sportbereiche“, die vom Kriegsgegner England übernommene Bezeichnung Liga wurde durch „Klasse“ ersetzt.
In den „Sportbereichen“ kehrte man nach dem Vorjahr zumeist zu einstaffeligen Klassen zurück. Veränderungen gab es allerdings durch die kriegsbedingten Annexionen des Deutschen Reiches; mit dem Elsass, Danzig-Westpreußen (Danzig wurde dabei vom bisherigen Sportbereich Ostpreußen abgetrennt), dem Wartheland und dem Generalgouvernement wurden insgesamt vier neue Sportbereiche eingerichtet. Im Bereich Generalgouvernement wurde die Meisterschaft allerdings nicht beendet, sodass am 6. April 1941 21 Sportbereichsmeister um die deutsche Meisterschaft spielten. Durch eine so genannte Ostland-Qualifikation, in der die Meister aus Danzig-Westpreußen und dem Wartheland aufeinander trafen, wurde die Teilnehmerzahl auf 20 reduziert. Für die zwei zusätzlichen Teilnehmer wurde in der Vorrunde eine zweite Sechsergruppe mit zwei Untergruppen und einem Gruppenfinale eingeführt.
Mit dem SK Rapid Wien, bereits 1938 deutscher Pokalsieger, wurde einmalig in der Geschichte der deutschen Fußballmeisterschaft eine österreichische Mannschaft Deutscher Meister. Die Wiener gewannen das Endspiel nach einem 0:3-Rückstand mit 4:3 gegen den FC Schalke 04. Dieser verpasste es damit, in seiner fünften Finalteilnahme in Folge in der Zahl der Meistertitel am 1. FC Nürnberg vorbeizuziehen.
Rapid Wien ging in das Endspiel mit dem Vorsatz, Wiens Fußballehre wiederherzustellen und bezog sich dabei auf die schmachvolle 0:9-Niederlage von Admira Wien gegen Schalke im Endspiel von 1939. Die Schalker gingen jedoch als klarer Favorit in das Endspiel 1941. Dieser Rolle wurden sie auch sofort gerecht und führten bereits nach 7 Minuten durch Tore von Heinz Hinz und Hermann Eppenhoff mit 2:0. Den Anschlusstreffer vergab der Wiener Franz Binder, als er einen Strafstoß nicht verwandeln konnte. So sahen die Westdeutschen bereits zur Halbzeit wie der sichere Sieger aus, und Hinz untermauerte diese Vermutung mit seinem zweiten Treffer zwölf Minuten nach Wiederanpfiff. Doch dann wandelte sich das Spiel. Die Wiener legten ihre bis dahin erfolglose Schönspielerei ab und begannen zu kämpfen. Drei Minuten nach dem 0:3 erzielte Wiens Halbrechter Schors nach einer langen Eingabe das erste Tor für Rapid, denen fast im Minutentakt zwei weitere Tore von Mittelstürmer Binder zum 3:3-Ausgleich folgten. Für die Nervenstärke Binders spricht die Tatsache, dass er nach seinem verschossenen Strafstoß in der ersten Halbzeit (41.) sich nicht scheute, in der 63. Minute erneut als Elfmeterschütze anzutreten, um diesmal sicher zum Ausgleich zu verwandeln. Sieben Minuten später entschied Schiedsrichter Adolf Reinhardt auf Freistoß, nachdem der Schalker Otto Tibulsky seinen Gegenspieler Fritz zu Fall gebracht hatte. Erneut trat Binder als Vollstrecker an und schoss den Ball nach kurzem Anlauf unhaltbar zum 4:3 für Rapid ins Tor. In den restlichen zwanzig Minuten berannte Schalke das gegnerische Tor pausenlos, aber vergeblich. Anschließend zeigten sich die Spieler von Schalke 04 als schlechte Verlierer, sahen sich durch den Schiedsrichter betrogen. Kapitän Ernst Kuzorra weigerte sich, die Ehrennadel für die Vizemeisterschaft anzunehmen. Die Fachleute vertraten jedoch die Ansicht, dass Schalke an seiner eigenen Siegessicherheit scheiterte und verwiesen auf die zahlreichen Torwartfehler des Schalkers Hans Klodt.
Hermann Eppenhoff (15 Tore)
