Håkansson begann seine Karriere beim BTK Serve Laholm, 1992 wechselte er zum Falkenbergs BTK. Er nahm während seiner Karriere sechsmal an Weltmeisterschaften teil, dabei wurde er mit der Mannschaft im Jahr 2000 Weltmeister und gewann zweimal auch eine Bronzemedaille. Außerdem qualifizierte sich der Schwede im Jahr 2000 für die Olympischen Spiele, kam hier jedoch nur im Doppel zum Einsatz, wo er mit Peter Karlsson im Achtelfinale ausschied. Einmal wurde er mit dem Team Europameister, zudem konnte er noch zwei weitere Bronzemedaillen und eine Silbermedaille gewinnen. Große Erfolge im Einzel, Doppel und Mixed blieben ihm verwehrt. Jedoch sicherte Fredrik Håkansson sich auf der Pro Tour einige Medaillen. Von 1998 bis 2000 spielte er beim deutschen Bundesligisten TTF Liebherr Ochsenhausen, mit dem er 2000 Mannschaftsmeister wurde. Im Dezember 2008 wurde er zuletzt in der ITTF-Weltrangliste geführt und trat danach auch nicht mehr auf.[1]