Brooks stieg ins Profiboxen ein, konnte jedoch keinen mit dem Olympiasieg vergleichbaren Erfolg mehr erzielen. Gegen Eddie Crawford kassierte er bereits in seinem siebten Kampf seine erste Niederlage. 1954 konnte Nate Brooks zwar den Nordamerikanischen Bantamgewichtstitel durch ein Sieg über Billy Peacock gewinnen, doch verlor er den ersten Verteidigungskampf gegen Raul Macias in Mexiko-Stadt. Bis zu seinem letzten Profikampf im Juli 1958 auf Hawaii verlor er alle seine Kämpfe.