Die 61. Vuelta a España fand vom 26. August bis zum 17. September2006 statt. Auf den 21 Etappen mussten die Fahrer eine Gesamtstrecke von 3212,7 km zurücklegen. Die Pyrenäen waren in dieser Ausgabe nicht Bestandteil der Rundfahrt. Insgesamt gab es fünf Bergankünfte.
Einen Tag vor dem Start der Rundfahrt verbannte das Team Saunier Duval-Prodir seinen Fahrer Koldo Gil aus dem Team, da er angeblich ebenfalls in den Dopingskandal Fuentes verwickelt gewesen sein soll.
Nachdem die ersten Tage im Zeichen der Sprinter und Zeitfahrer standen war die Gesamtwertung nach der ersten Woche noch ohne wenig Aussagekraft. Im Mannschaftszeitfahren hatte sich Carlos Sastre das Goldene Trikot gesichert und lag zeitgleich mit seinen acht Teamkollegen an der Spitze. Am darauffolgenden Tag holte sich Thor Hushovd das Führungstrikot durch einen zweiten Platz im Massensprint.
Erst auf der fünften Etappe, die mit einer Bergankunft endete, kam es zu Veränderungen im Gesamtklassement. Danilo Di Luca, der die Bergankunft in La Covatilla gewann, sicherte sich für die nächsten zwei Tage die Führung, gab sie dann aber nach der 7. Etappe, einer weiteren Bergankunft, an den überraschend auftrumpfenden Janez Brajkovič ab. Dieser verlor das Trikot auf der 9. Etappe an Alejandro Valverde, der sich an diesem Tag nur Alexander Winokurow geschlagen geben musste.
Die nächsten Etappe wurden dann von Ausreißergruppen geprägt. Sérgio Paulinho, Egoi Martínez und Luca Paolini sicherten sich Siege. Die Etappe nach Cuenca entschied Samuel Sánchez für sich. Valverde verteidigte sein Leader-Trikot auch über das erste Einzelzeitfahren hinaus, das David Millar hauchdünn vor Fabian Cancellara gewann. Die Königsetappe zur Sternwarte Calar Alto entschied überraschend der junge Igor Antón zu seinen Gunsten, da er davon profitierte, dass sich die Favoriten belauerten. Am darauffolgenden Tag wechselte die Führung erneut.
Nach einer grandiosen Fahrt übernahm Alexander Winokurow, der im Verlauf der Rundfahrt immer besser in Form kam, die Führung. Dieser Eindruck bestätigte sich auch auf der folgenden Etappe, wo Winokurow abermals Valverde hinter sich lassen konnte und seinem Teamkollegen Andrei Kaschetschkin den Sieg überließ. Mit dem Sieg im zweiten Einzelzeitfahren und dem insgesamt dritten im Verlauf der Rundfahrt, untermauerte Winokurow seinen am Ende unangefochtenen Gesamtsieg. Die Schlussetappe nach Madrid gewann Erik Zabel, der sich damit seinen zweiten Tagessieg sicherte.
Die Tabelle zeigt den Träger des jeweiligen Trikots während der einzelnen Etappe bzw. den Führenden der jeweiligen Gesamtwertung am Abend des Vortags an.