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Benutzer:Dirk123456/Baustellenbaustelle 001/Baustelle-D/Baustelle-D.42

SARS | SARS-CoV | SARS-CoV-2 |

Entwurf Systematik
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Das Coronavirus SARS-CoV-2 ist neben SARS-CoV-1 (kurz SARS-CoV) der einzige Vertreter der Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARS-assoziiertes Coronavirus, kurz SARSr-CoV). SARS-CoV war Ursache der Erkrankung SARS, während SARS-CoV-2 die COVID-19-Erkrankung auslösen kann.

Die Spezies SARSr-CoV ist aktuell die einzige Spezies der Untergattung Sarbecovirus.

Die Untergattung Sarbecovirus gehört der heutigen Gattung Betacoronavirus an. Die frühere Gattung Coronavirus wurde abgeschafft und deren Mitglieder auf die neuen Gattungen Alpha-, Beta-, Gamma- und Deltacoronavirus aufgeteilt. Zu den Beta-Coronaviren gehören u. a. auch SARS-CoV und MERS-CoV.

Die Gattung Betacoronavirus gehört zur Unterfamilie der Orthocoronavirinae und diese zur Familie der Coronaviridae, diese zur Unterordnung Cornidovirineae, diese zur Ordnung Nidovirales. Letztere wird noch in den virologischen Realm der RNA-Viren bzw. Riboviren (Riboviria) klassifiziert, da ihr Erbmaterial aus RNA besteht. Dadurch werden aber keine weiteren Verwandtschaftsbeziehungen im phylogenetischen Sinne ausgedrückt.

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Systematik, oberhalb von SARS-CoV-2
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{Anker|Dirk123456.2021-1122.sys-tax}Hallo, da es in der Virentaxonomie zwar keine Taxa unterhalb der Art gibt, aber verschiedene Viren und -gruppen mit unterschiedlicher Bedeutung, die irgendwie klassifiziert werden müssen, ist eine übersichtliche Darstellung der komplexen Verhältnisse – gerade bei SARS-CoV-2 – nicht einfach.  [Dirk123456.2021-1122.sys-tax.Ende|Zum Beitragsende↓]  

{Anker|Dirk123456.2021-1122.sys-tax.001}Ziel

Hier geht es mir um eine Anpassung des Abschnitts „Systematik“.

{Anker|Dirk123456.2021-1122.sys-tax.002}Bisheriger Text

Im Folgenden habe ich die Absätze und Sätze im bisherigen Abschnitt „Systematik“ kommentiert (UTC 2021-11-21T20:39:32 – oldid=217482338#Systematik). Referenzen u. ä. wurden durch „+“-Zeichen maskiert:

Weder ist SARS-CoV-2 der einzige Vertreter seiner Spezies, noch ist es SARS-CoV (bzw. SARS-CoV-1, wie das Virus seit 2020 auch genannt wird), noch sind die beiden Viren zusammen die einzigen Vertreter ihrer Spezies. Es gibt massig Isolate bzw. Stämme, die der Art angehören. In der Schlüsselpublikation zur Benennung und Klassifizierung von SARS-CoV-2 steht dazu Folgendes:

CSG, Gorbalenya et al., 2. März 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z:

Überschrift „Defining the place of SARS-CoV-2 within the Coronaviridae“ –

„... Being the first identified representatives of a new species, unique names were introduced for the two viruses and their taxa in line with the common practice and state of virus taxonomy at the respective times of isolation. The situation with SARS-CoV-2 is fundamentally different because this virus is assigned to an existing species that contains hundreds of known viruses predominantly isolated from humans and diverse bats. ...“

Übersetzt:

Überschrift „Bestimmung des Platzes von SARS-CoV-2 innerhalb der Coronaviridae“ –

„... Als erste identifizierte Vertreter einer neuen Spezies wurden entsprechend der gängigen Praxis und dem Stand der Virustaxonomie zum jeweiligen Isolationszeitpunkt eindeutige Namen für die beiden Viren und ihre Taxa eingeführt. Die Situation bei SARS-CoV-2 ist grundlegend anders, da dieses Virus einer bestehenden Spezies zugeordnet wird, die Hunderte von bekannten Viren enthält, die überwiegend vom Menschen und diversen Fledermäusen isoliert wurden. ...“

SARS-CoV und SARS-CoV-2 sind zwar nicht die einzigen Viren derselben Spezies, aber die beiden einzigen, die innerhalb der Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus als Erreger zweier Seuchen (SARS und COVID-19) in Erscheinung getreten sind. Die meisten Stämme der Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus haben keine medizinische Bedeutung erlangt. Die als Synonyme für die Spezies gemachten Angaben „SARS-assoziiertes Coronavirus, kurz SARSr-CoV“, sind veraltet und mehrdeutig. Eine Erklärung würde in möglicherweise dort hinpassen, wo der Werdegang der Benennung abgehandelt wird; es sind keine systematischen Begriffe. „SARS-CoV“ und „SARS-CoV-1“ sind Synonyme, aber SARS-CoV ist keine Kurzform von SARS-CoV-1.

Es gibt keine Spezies „SARSr-CoV“. Die Abkürzung ist inoffiziell und mehrdeutig; die Spezies hat nur einen Namen und heißt: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus. Der Ausdruck „SARSr-CoV“ ist manchmal (aber nicht überall) als Teil der Namen von einzelnen Virusstämmen gewählt worden, die kein SARS auslösen, aber mit SARS-CoV verwandt sind. Die Aussage stimmt, dass die Spezies die einzige der Untergattung Sarbecovirus ist. Die Master Species List 2018b.v2 (bzw. MSL #34) ist nicht die aktuelle Liste. Die erste Liste, in der auch SARS-CoV-2 auftaucht (als eines von vier Isolaten), ist eine Version von Mai 2020, die auf der Master Species List 2019.v1 (bzw. MSL #35) basiert.

  • Die Untergattung Sarbecovirus gehört der heutigen Gattung Betacoronavirus an.
  • Die frühere Gattung Coronavirus wurde abgeschafft und deren Mitglieder auf die neuen Gattungen Alpha-, Beta-, Gamma- und Deltacoronavirus aufgeteilt.

Wenn man schreibt, dass Sarbecovirus einer „heutigen Gattung“ angehört, suggeriert dies, dass die Untergattung schon mal einer anderen Gattung angehört hätte, was nicht der Fall ist. Das Subgenus wurde innerhalb des Genus gegründet, und zwar erst 2018 (unter https://talk.ictvonline.org/taxonomy/p/taxonomy_releases: „EC 50, Washington, DC, July 2018; Email ratification October 2018 (MSL #33)“). Die frühere Gattung Coronavirus wurde 2008 letztmalig ratifiziert („EC 39: Kingston, June, 2007; EC 40: Istanbul, August 2008; Email ratification 2008 (MSL #24)“) und seit 2009 gibt es die Gattung Betacoronavirus („ICTV 9th Report; EC41: Leiden, June 2009; Email ratification 2009 (MSL #25)“).

  • Zu den Beta-Coronaviren gehören u. a. auch SARS-CoV und MERS-CoV.[3]<+ref name="rki_11122020" /+>

Das steht zwar genau so im Steckbrief des RKI (...Neuartiges_Coronavirus/Steckbrief...), auf der anderen Seite ist „Beta-Coronaviren“ ein Trivialname. Ich würde den Gattungsnamen bevorzugen und verdeutlichen, warum in diesem Kontext SARS-CoV und MERS-CoV erwähnenswert sind.

Daran ist erst einmal nichts falsch, außer dass Referenzen fehlen.

{Anker|Dirk123456.2021-1122.sys-tax.003}Geplanter Text

Ich habe versucht, alle thematischen Punkte, die bisher dastanden, auch in der Anpassung zu berücksichtigen. Die Referenzen, welche erst einmal bemüht werden sollen, sind bereits im Artikel SARS-CoV-2 vorhanden. Vom Aufbau her gehe ich von innen nach außen, erwähne dabei auch die englischen Namen der Taxa und die Besonderheiten (mehrdeutige Namen, weitere Viren im Kontext usw.) beim jeweiligen Taxon. Am Ende werde ich noch einmal auf die Lücke eingehen, die zwischen offizieller Virentaxonomie und der Notwendigkeit entsteht, unterhalb des niedrigsten Taxons Gruppierungen vorzunehmen. Dabei werde ich das Pango-Nomenklatursystem für SARS-CoV-2 erwähnen.

{Anker|Dirk123456.2021-1122.sys-tax.004}Vorgehensweise

Einfügen von Planungskommentaren, Status: in Vorbereitung.

  • Der zu ändernde Text wird mit Kommentaren markiert, ohne ihn selbst zu ändern.

Umsetzung von Planungskommentaren, Status: umgesetzt.

  • Der zu ändernde Text wird angepasst. Die Planungskommentare bleiben vorerst erhalten und der Status wird von „in Vorbereitung“ auf „umgesetzt“ geändert.

Entfernen der Planungskommentare.

  • Die vorherige Ordnung, ohne die zwischenzeitlichen Planungskommentare, wird wieder hergestellt.

{Anker|Dirk123456.2021-1122.sys-tax.Ende}Zum Schluss sollte der bisherige gegen den angepassten Text ausgetauscht sein.  [#Dirk123456.2021-1122.sys-tax|Zum Beitragsanfang↑]  

MfG --~~

Zitate

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ref name="CSG-naming-it-SARS-CoV-2_PMID32123347"

Inhalt der ref in Infobox / [1]

ref name="ICTV_MSL#35"

Inhalt der ref in der Infobox / [2]

ref name="Anm-Schwesterkladen-CSG" group="A"

Inhalt der ref in references, group A / [A 1]

ref name="rki_11122020"

Inhalt im Text / [3]

ref name="nature20210909" | Pango-Nomenklatur: Zitat Nr. 90; (Bas B. Oude Munnink et al.)

Inhalt irgendwo im Text / [4]

... die ursprünglichere ist.[125] | A dynamic nomenclature proposal ... unter „Nomenklatursysteme der Varianten“

ref name="Rambaut-etal2021-pmid-32669681"

Eigentliche Veröffentlichung: [5]

... schließlich von B abstammt.[124] | Addendum: A dynamic nomenclature proposal ... unter „Nomenklatursysteme der Varianten“

ref name="Add_Rambaut-etal2021-pmid-33514928"

Addendum / [6]

Text mit Referenzen
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Das Virus SARS-CoV-2 wurde mit seiner offiziellen Benennung und Klassifizierung durch das ICTV der Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus zugeordnet.[1] Diese Spezies enthält hunderte von Virusstämmen und Isolaten; die beiden Viren SARS-CoV (das seit 2020 auch SARS-CoV-1 genannt wird) und SARS-CoV-2 sind aber die einzigen in ihrer Spezies, die bisher als gefährliche Krankheitserreger (Virulenz) für den Menschen in Erscheinung getraten sind.[1] Unterhalb der Spezies gibt es keine offiziellen taxonomischen Einheiten (Taxa), sodass SARS-CoV, SARS-CoV-2 und andere Vertreter derselben Spezies nicht innerhalb von Unterarten gruppiert werden können.[1] Benennungen unterhalb der Spezies sind von der Klassifizierung unabhängig, das heißt, dass gleiche Namensteile für Virusstämme und Isolate, wie z. B. „SARSr-CoV“, nicht in jedem Fall eine unmittelbare verwandtschaftliche Gruppierung ausdrücken.[1]

In Gegensatz zu einer Einteilung von Viren unterhalb einer Art wird die Zuordnung von Virusarten bzw. der Spezies zu ihren übergeordneten Taxa durch das ICTV vorgenommen; die Spezies („Species“) Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus gehört zur Untergattung („Subgenus“) Sarbecovirus und ist die einzige Spezies innerhalb dieser Untergattung.[2] Die Untergattung Sarbecovirus gehört in die Gattung („Genus“) Betacoronavirus.[2]

Innerhalb dieser Gattung gibt es weitere Untergattungen („Subgenera“), z. B. die Untergattung Merbecovirus, welche die Spezies Middle East respiratory syndrome-related coronavirus enthält. Innerhalb dieser Virusspezies ist in der Vergangenheit ein Virus, MERS-CoV, als krankmachender Erreger in Erscheinung getreten.[2]

Die Beta-Coronaviren, wie die Mitglieder der Gattung Betacoronavirus auch gelegentlich genannt werden,[3] enthalten letztlich bisher drei für den Menschen bekanntermaßen gefährliche Viren:

  • SARS-CoV, das zur SARS-Pandemie 2002/2003 führte,
  • MERS-CoV, das 2012 einem Ausbruch der entsprechenden Krankheit (MERS) bewirkte und
  • SARS-CoV-2, das Ende 2019 zu einem einem Ausbruch von COVID-19 geführt hat, der wiederum der Ausgangspunkt einer COVID-19-Pandemie ist.[1]

Die Gattung („Genus“) Betacoronavirus befindet sich in der Unterfamilie Orthocoronavirinae („Subfamily“) und diese wiederum in der Familie Coronaviridae („Family“).[2] Der Trivialname für diese Familie, „Coronavirus“ in der Einzahl-Form und „Coronaviren“ in der Mehrzahl, bietet Verwechslungsmöglichkeiten, z. B. weil es bis 2009 eine offizielle Gattung gleichen Namens (Coronavirus) gegeben hat.[7] Auf der Höhe dieses taxonomischen Ranges, Familie („Family“), ist die Zuständigkeit einer Arbeitsgruppe angesiedelt, der „Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“, die auch die Benennung und Klassifizierung von SARS-CoV-2 vorgenommen hat.[1]

Die Coronaviridae gehören zu den Cornidovirineae („Suborder“, Unterordnung) und diese zu den Nidovirales („Order“, Ordnung).[2] Letztere wird noch in den virologischen Realm der RNA-Viren bzw. Riboviren (Riboviria) klassifiziert, da ihr Erbmaterial aus RNA besteht.[2] Dadurch werden aber keine weiteren Verwandtschaftsbeziehungen im phylogenetischen Sinne ausgedrückt.

Es gibt also in der Systematik hinsichtlich der Kategorien eine Lücke zwischen dem niedrigsten offiziellen taxonomischen Rang, der Spezies („Species“, Virusart), und den Viren innerhalb der Spezies, welche die Krankheit COVID-19 als Erreger auslösen können, die aber keine benannten Ränge haben.[1] Als Ersatz wurden anfangs die Begriffe „Klade“ und „Schwesterklade“ zur Adressierung von SARS-CoV-2 innerhalb seiner taxonomischen Spezies vorgeschlagen.[1] Eine Klade berücksichtigt aber lediglich angenommene Verwandtschaftsbeziehungen, nicht aber die medizinischen Aspekte für die Mitglieder einer Gruppe von Viren; unter Anderem deshalb wurde die sogenannte Pango-Nomenklatur entwickelt, bei der Abstammungslinien von SARS-CoV-2 nach epidemiologischen Kriterien benannt und klassifiziert werden.[6][5]

Danach
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Formatierte Versionsgeschichte

{Anker|Dirk123456.2021-1122.umsetz-sys}Umsetzung

Die Änderungen im Artikel SARS-CoV-2 wurden entsprechend dem vorausgehenden Beitrag vorgenommen.

Versionen

Vergleich

Geänderter Text im Abschnitt „Systematik“

| [#Systematik, oberhalb von SARS-CoV-2|Zur Überschrift↑] | Im vorausgehenden Beitrag: Ziel

MfG --~~

Anmerkungen

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  1. ↑ In dieser Übersicht (Infobox Virus) wurde das Virus mit dem Namen „severe acute respiratory syndrome coronavirus 2“ bzw. „SARS-CoV-2“ vereinfachend als Unterart bzw. Subspezies eingeordnet. Die zuständige Institution, das Internationale Komitee für die Taxonomie von Viren (ICTV, International Committee on Taxonomy of Viruses), welches sich mit der offiziellen Einteilung und Benennung von Viren beschäftigt, definiert die „species“ (also die „Virusart“ oder die „Spezies“) als kleinste verwendbare Einheit (Taxon) für diese Einteilung. Die zuständige Arbeitsgruppe für die Coronaviridae, CSG („Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“), verwendet den Begriff Klade bzw. „Schwesterklade“ („sister clade“) für die Zuordnung von „SARS-CoV-2“ gegenüber anderen Viren innerhalb derselben Spezies, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (CSG, Gorbalenya et al., 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z).

Einzelnachweise

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  1. ↑ a b c d e f g h i Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses., Gorbalenya, A.E., Baker, S.C. et al.: The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. In: Nature Microbiology. Band 5, Nr. 4, April 2020, ISSN 2058-5276, S. 536–544, doi:10.1038/s41564-020-0695-z, PMID 32123347, PMC 7095448 (freier Volltext) – (englisch, nature.com).
  2. ↑ a b c d e f g ICTV: ICTV Taxonomy history: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, EC 51, Berlin, Juli 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35)
  3. ↑ a b Epidemiologischer Steckbrief zu SARS-CoV-2 und COVID-19 → Erreger. (Stand: 11. Dezember 2020). In: Website des Robert Koch-Instituts: COVID-19 in Deutschland. Robert Koch-Institut, 11. Dezember 2020, abgerufen am 6. Januar 2021.
  4. ↑ Bas B. Oude Munnink et al.: The next phase of SARS-CoV-2 surveillance: real-time molecular epidemiology. (PDF; 1,2 MB) In: Nature Medicine, review articles. nature.com, 9. September 2021, abgerufen am 13. September 2021 (englisch): „In Pango, the earliest sequences from Wuhan were designated as lineage A (represented by Wuhan/WH04/2020; sampled 5 January 2010; GISAID accession EPI_ISL_406801) and lineage B (represented by Wuhan-Hu-1; sampled 26 December 2019; GenBank accession MN908947). Subsequent lineages were assigned a number, for instance, B.1, B.2 and so on, or letters, depending on the system used […] A first example was the emergence and global dispersal of viruses with an amino acid substitution (aspartic acid to glycine) in the spike protein at position 614 (ref. 41). This substitution was first described in B.1 lineage viruses identified toward the end of January 2020 in Guangzhou, Sichuan and Shanghai […] this mutation has been fixed in the genome and is now—as of 19 May 2021—present in 99.27% of the genomes sequenced since the start of 2021.“ doi:10.1038/s41591-021-01472-w, PMID 34504335
  5. ↑ a b Andrew Rambaut, Edward C. Holmes, Áine O'Toole, et. al.: A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. In: Nature Microbiology. Band 5, Nr. 11, November 2020, ISSN 2058-5276, S. 1403–1407, doi:10.1038/s41564-020-0770-5, PMID 32669681, PMC 7610519 (freier Volltext) – (Am 15. Juli 2020 online veröffentlicht.).
  6. ↑ a b Andrew Rambaut, Edward C. Holmes, Áine O'Toole, et al.: Addendum: A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. In: Nature Microbiology. Band 6, Nr. 3, März 2021, ISSN 2058-5276, S. 415, doi:10.1038/s41564-021-00872-5, PMID 33514928, PMC 7845574 (freier Volltext) – (Nachtrag, am 29. Januar 2021 online veröffentlicht (zur eigentlichen Publikation, die am 15. Juli 2020 online veröffentlicht wurde).).
  7. ↑ Taxonomy Release History. ICTV, abgerufen am 21. November 2021 (englisch).
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