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RACE-PCR | en:Rapid amplification of cDNA ends |

CAPture
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PMID 7760832; PMCID: PMC230570; DOI: 10.1128/mcb.15.6.3363 / Edery et al., 1995 /[1]

Cited In for PMID: 7760832 - 27 Treffer: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?linkname=pubmed_pubmed_citedin&from_uid=7760832

  1. Edery et al., 1995 / PMID 7760832 „An efficient strategy to isolate full-length cDNAs based on an mRNA cap retention procedure (CAPture)“ / Edery I, Chu LL, Sonenberg N, Pelletier J.Mol Cell Biol. 1995 Jun;15(6):3363-71. doi: 10.1128/mcb.15.6.3363.
    • Worum gehts?: Um die Arbeit selbst: CAPture.
  2. Lin et al., 2019 / PMID 31775391 - https://www.mdpi.com/1422-0067/20/23/5929 / Ref-Nr. 41: „There are several procedures to make a FL-cDNA library, mostly based on the mRNA cap structure [40,41].“
    • →40. Carninci P., Kvam C., Kitamura A., Ohsumi T., Okazaki Y., Itoh M., Kamiya M., Shibata K., Sasaki N., Izawa M., et al. High-efficiency full-length cDNA cloning by biotinylated CAP trapper. Genomics. 1996;37:327–336. doi: 10.1006/geno.1996.0567.
    • →41. Edery I., Chu L., Sonenberg N., Pelletier J. An efficient strategy to isolate full-length cDNAs based on an mRNA cap retention procedure (CAPture) Mol. Cell Biol. 1995;15:3363–3371. doi: 10.1128/MCB.15.6.3363.
    • Worum gehts?: Volle-Länge-Bibliotheken von Tee-Pflanzen. Fazit: Es ist die SMART-Technologie ausgewählt worden. „Full-length cDNA (FL-cDNA) is the DNA complement to an mRNA sequence that covers the region near the 5′ cap structure to the poly(A) tail [1].“ →1. Suzuki Y., Yoshitomo-Nakagawa K., Maruyama K., Suyama A., Sugano S. Construction and characterization of a full length-enriched and a 5′-end-enriched cDNA library. Gene. 1997;200:149–156. doi: 10.1016/S0378-1119(97)00411-3.
  3. Yadav et al., 2014 / PMID 25183040; Ref-Nr. 10.: „Various library construction methods that enrich long cDNAs have been proposed. For example, several approaches that use the 5′ end-specific cap structure of eukaryotic poly-A mRNAs have been devised [9-14].“
    • / Nr. 9. / Theissen H, Etzerodt M, Reuter R, Schneider C, Lottspeich F, Argos P, Luhrmann R, Philipson L. Cloning of the human cDNA for the U1 RNA-associated 70K protein. EMBO J. 1986;5:3209–3217. [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar]
    • / Nr. 10. / Edery I, Chu LL, Sonenberg N, Pelletier J. An efficient strategy to isolate full-length cDNAs based on an mRNA cap retention procedure (CAPture) Mol Cell Biol. 1995;15:3363–3371. [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar]
    • / Nr. 11. / Carninci P, Kvam C, Kitamura A, Ohsumi T, Okazaki Y, Itoh M, Kamiya M, Shibata K, Sasaki N, Izawa M, Muramatsu M, Hayashizaki Y, Schneider C. High-efficiency full-length cDNA cloning by biotinylated CAP trapper. Genomics. 1996;37:327–336. doi: 10.1006/geno.1996.0567. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • / Nr. 12. / Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S. Construction and characterization of a full length-enriched and a 5′-end-enriched cDNA library. Gene. 1997;200:149–156. doi: 10.1016/S0378-1119(97)00411-3. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • / Nr. 13. / Seki M, Narusaka M, Kamiya A, Ishida J, Satou M, Sakurai T, Nakajima M, Enju A, Akiyama K, Oono Y, Muramatsu M, Hayashizaki Y, Kawai J, Carninci P, Itoh M, Ishii Y, Arakawa T, Shibata K, Shinagawa A, Shinozaki K. Functional annotation of a full-length Arabidopsis cDNA collection. Science. 2002;296:141–145. doi: 10.1126/science.1071006. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • / Nr. 14. / Fernandez C, Gregory WF, Loke P, Maizels RM. Full-length-enriched cDNA libraries from Echinococcus granulosus contain separate populations of oligo-capped and trans-spliced transcripts and a high level of predicted signal peptide sequences. Mol Biochem Parasitol. 2002;122:171–180. doi: 10.1016/S0166-6851(02)00098-1. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Weiteres Zitat (Nr. 17, eigentliche Methode): „Reverse transcriptase (RT) template switching is another approach for generation of cDNAs resulting from the reverse transcription of entire RNAs [17]. This technique, implemented in the commercial SMART (Clontech) or Mint (Evrogen, Moscow, Russia) kits, makes use of two activities of MMLV RT.→Nr. 17.: Zhu YY, Machleder EM, Chenchik A, Li R, Siebert PD. Reverse transcriptase template switching: a SMART approach for full-length cDNA library construction. Biotechniques. 2001;30:892–897.
    • Es wurde ein Long-Distance-Amplifikationsschritt eingeschlossen. Der Erfolg wurde mit einem redundant exprimierten Gen „bewiesen“: „Success of cDNA synthesis was demonstrated by PCR amplification of an EF1α gene fragment (data not shown).“
    • Worum gehts?: Aus Boden sollte RNA isoliert werden, die einer cDNA-Bank dienen sollte. Die Methode basiert im Prinzip auf SMART von Clontech und wir "template switching" genannt (Außer SMART von Clontech auch "Mint kits" aus Russland).
  4. Kim et al., 2014 / PMID 24682075 „High-throughput sequencing and de novo assembly of Brassica oleracea var. Capitata L. for transcriptome analysis“ / Introduction: „Full-length cDNAs can be constructed and selected based on the 5′-cap, a distinctive feature of mRNA structure [15]–[18].“
    • /15.: Edery I, Chu LL, Sonenberg N, Pelletier J (1995) An efficient strategy to isolate full-length cDNAs based on an mRNA cap retention procedure (CAPture). Mol Cell Biol 15: 3363–3371.
    • /16.: Carninci P, Kvam C, Kitamura A, Ohsumi T, Okazaki Y, et al. (1996) High-efficiency full-length cDNA cloning by biotinylated CAP trapper. Genomics 37: 327–336.
    • /17.: Seki M, Carninci P, Nishiyama Y, Hayashizaki Y, Shinozaki K (1998) High-efficiency cloning of Arabidopsis full-length cDNA by biotinylated CAP trapper. Plant J 15: 707–720.
    • /18.: Clepet C (2011) RNA captor: a tool for RNA characterization. PLoS One 6: e18445. (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21533245/)
    • Worum gehts?: Kohl wirtschaftlich wichtig, aber kein Modellorganismus; cDNA-Sequenzierung durch RNA-Seq: „Die cDNAs wurden gemäß dem Illumina RNA-Seq-Protokoll amplifiziert und unter Verwendung des Illumina HiSeq 2000-Systems sequenziert, ...“
  5. Al-Balool et al., 2011 / PMID 21948523 „Post-transcriptional exon shuffling events in humans can be evolutionarily conserved and abundant“ /
    • Abschnitt Results →„PTES transcripts can be highly expressed relative to canonical transcripts“: „The higher number of reads recovered from distal canonical junctions is consistent with more efficient recovery of 3′ sequence from oligo-dT captured RNA (Edery et al. 1995). “
    • Worum gehts?: Es geht um Vielfalt an Spleißvarianten - PTES-Varianten (Post-transcriptional exon shuffling; shuffle=mischen, umordnen). Sequenzierung durch RNA-seq „... using the Illumina mRNA-seq sample preparation kit (part no. 1004898) according to manufacturer's recommendations, ...“
  6. Clepet 2011 / PMID 21533245 „RNA captor: a tool for RNA characterization“ / Ref-Nr. 4.: Abschnitt Introduction „In some methods, cap-dependent tagging is used as a way of selecting for complete cDNAs; in other protocols the tag is added on cDNAs previously enriched for molecules extending to the 5′cap [4], [5].“
    • Worum gehts?: RNA-captor ist eine Methode, die RML ähnelt. Sie geht für verkappte und andere RNA. Die Ligation wird über eine zufällige Hybridisierung am 5'-Ende vermittelt (teilweiser Doppelstrang durch NNN) und basiert auf einer speziellen RNA-Ligase (T4 RNA ligase 2; rnl2).
  7. Al-Taweel et al., 2011 / PMID 21340003 „Construction and characterization of a cDNA library from wheat infected with Fusarium graminearum Fg 2“ / Ref-Nr. 8.: Abschnitt "1. Introduction": „In some methods, cap-dependent tagging is used as a way of selecting for full-length cDNAs while in others the tag is added on cDNAs previously enriched for molecules extending to the 5′cap [8,9].“
    • Worum gehts?: Abstract: „Switching Mechanism at 5' end of the RNA Transcript (SMART) technique and CDS Ill/3' primer were used for first-strand cDNA synthesis using reverse transcriptase by RT-PCR.“
  8. Kapteyn et al., 2010 / PMID 21340003 / template-switching weiterentwickelt, Edery (Ref-Nr. 8.) nur erwähnt.
    • Worum gehts?: Das Template-Switching sollte durch einen abgewandelten Template-Switching-Primer (iso3TS oligo) gegenüber einem "standard TS oligo" verbessert werden. Das sollte in Abbildung 1 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2996941/figure/F1/) unter A, B und C gezeigt werden; aber Figure 1C gibt es nicht. Die Verbesserung beruht auf modifizierten Basen (Iso-C und Iso-G), die das mehrfache Template-Switching verhindern sollen.
  9. Marques et al., 2009 / PMID 19747386 / Ref-Nr. 12.: Edery lediglich erwähnt.
    • Worum gehts?: cDNAs in Zitrusfrüchten; keine Methodenentwicklung. Titelübersetzung: Ein neuer Satz von ESTs und cDNA-Klonen aus Bibliotheken voller Länge und normalisierten Bibliotheken zur Entdeckung von Genen und zur funktionellen Charakterisierung von Zitrusfrüchten. „With this objective we decided to use the SMART™ method, ...“
  10. Tsuchihara et al., 2009 / PMID 19237398 / Ref-Nr. 13.: lediglich Erwähnung. Ref-Nr. 13.: „Several methods based on cDNA analysis have been developed for large-scale identification of TSSs (10–13). We have also developed a method to selectively replace the cap structure of the mRNA with a synthetic oligo, which we named the oligo-capping method (11).“
    • 11.: Suzuki Y, Sugano S. Construction of a full-length enriched and a 5′-end enriched cDNA library using the oligo-capping method. Methods Mol. Biol. 2003;221:73–91.
    • Worum gehts?: Titelübersetzung: "Massive Transkriptionsstartstellenanalyse menschlicher Gene in Hypoxiezellen"; keine RACE-Methodenentwicklung: „Oligo-capping and massively parallel sequencing by Illumina GA Sequencer“ (Oligo-Capping und massive parallele Sequenzierung mit dem Illumina GA Sequencer).
  11. Natalizio et al., 2009 / PMID 19176527 „The Carboxyl-terminal Domain of RNA Polymerase II Is Not Sufficient to Enhance the Efficiency of Pre-mRNA Capping or Splicing in the Context of a Different Polymerase“ / Ref-Nr. 39.
    • ... ◆ The GST-eIF4E plasmid used for the capping assays was the kind gift of J. Pelletier (39). ... ◆ Expression and purification of GST-eIF4E were performed as described previously (39). ... ◆ Cap Binding Assay—GST-eIF4E was expressed in BL21 cells, and the protein was purified using 7-methyl GTP-Sepharose beads (Amersham Biosciences) as described previously (39). ... ◆ The CTD in the Context of RNAP III Was Not Sufficient to Enhance the Efficiency of pre-mRNA Capping—In addition to examining the ability of POLR3A-CTD and POLR3A-LCTD to support splicing, we tested the ability of the fusion proteins to facilitate co-transcriptional capping of the 5Sβ3 transcripts. In this assay purified GST-eIF4E was immobilized on glutathione-agarose beads to create a cap binding matrix (39, 43).
    • Worum gehts?: Die Eigensschaften von Polymerasen wurden untersucht. Es geht um das Verkappen und Spleißen an sich. Säuger-RNAP III und Bakteriophagen-T7-RNAP.
  12. Ghosh et al., 2009 / PMID 18479935 „Expression, purification and characterization of recombinant mouse translation initiation factor eIF4E as a dihydrofolate reductase (DHFR) fusion protein“ /Ref-Nr. 18.: Nur als Erwähnung der Reinigung (Several groups have reported the isolation and purification of eIF4E protein from several different sources using a range of cloning strategies, expression vectors and purification schemes [18–23].)
    • Worum gehts?: Es geht um den Translations-Initiations-Komplex selbst. Keine RACE-Methodenentwicklung.
  13. Ling et al., 2007 / PMID 17547766 „Construction and characterization of a full-length cDNA library for the wheat stripe rust pathogen (Puccinia striiformis f. sp. tritici)“ / Ref-Nr. 15.: lediglich Erwähnung.
    • Worum gehts?: Neue cDNA-Bibliothek eines pflanzenpathogenen Pilzes, keine Methodenentwicklung, SMART verwendet. : „Puccinia striiformis ist ein pflanzenpathogener Pilz, der Streifenrost verursacht, eine der wichtigsten Krankheiten bei Getreide und Gräsern weltweit.“
  14. Kim et al., 2006 / PMID 16504160 / Ref-Nr. 34.: Nur Erwähnung, Effizienz von Volle-Länge-Methoden.
    • Worum gehts?: cDNA-Bank: „improve meat quality and productivity“, Korea.
  15. Yan et al., 2005 / PMID 16043507 „Ribavirin is not a functional mimic of the 7-methyl guanosine mRNA cap“ / MATERIALS AND METHODS→Purification of recombinant His6-eIF4E→„The filtrate was then purified by m7GDP-agarose affinity chromatography, as previously described (Edery et al. 1995).“
    • Edery, I., Altmann, M., and Sonenberg, N. 1988. High-level synthesis in Escherichia coli of functional cap-binding eukaryotic initiation factor eIF-4E and affinity purification using a simplified cap-analog resin. Gene 74: 517–525.
    • Edery, I., Chu, L.L., Sonenberg, N., and Pelletier, J. 1995. An efficient strategy to isolate full-length cDNAs based on an mRNA cap retention procedure (CAPture). Mol. Cell. Biol. 15: 3363–3371.
    • Worum gehts?: Ribavirin als anti-virales Mittel, Vergleich mit 7-Methylguanosin.
  16. Wellenreuther et al., 2004 / PMID 15198809 „SMART amplification combined with cDNA size fractionation in order to obtain large full-length clones“ / Ref-Nr. 5.: Lediglich Erwähnung (Most are based on either RNA oligo ligation to the 5' end of mRNA [3,4], 5' cap affinity selection via eukaryotic initiation factor 4E [5], or 5' cap biotinylation followed by biotin affinity selection [6,7].).
    • Worum gehts?: Längenfraktionierung von SMART-cDNA, methodisch.
  17. Zhulidov et al., 2004 / PMID 14973331 „Simple cDNA normalization using kamchatka crab duplex-specific nuclease“ / Ref-Nr. 3.: Lediglich Erwähnung; (A number of methods have been developed for cDNA library preparations enriched with full-length sequences (1–7).).
    • Worum gehts?: Normalisierung von SMART-cDNA, methodisch. (cleaving ds DNA and DNA in DNA–RNA hybrid duplexes compared with ss DNA and RNA, )
  18. Clepet et al., 2004 / PMID 14704363 „Improved full-length cDNA production based on RNA tagging by T4 DNA ligase“ / Ref-Nr. 1.: „In some methods, cap-dependent tagging is used as a way of selecting for full-length cDNAs; in other protocols the tag is added on cDNAs previously enriched for molecules extending to the 5′cap (1,2).“
    • Worum gehts?: Ligation mit T4-DNA Ligase durch eine Doppelstrang-Struktur am 5'-Ende, methodisch.
  19. Choi et al., 2003 / Purifying mRNAs with a high-affinity eIF4E mutant identifies the short 3' poly(A) end phenotype.
    • Choi YH, Hagedorn CH.Proc Natl Acad Sci U S A. 2003 Jun 10;100(12):7033-8. doi: 10.1073/pnas.1232347100. Epub 2003 May 30. PMID 12777618 Free PMC article. / Ref-Nr. 21.: Wild-type 4E fused to protein A has been used previously to isolate eukaryotic mRNAs by binding their 5′ caps (21).
    • Worum gehts?: Verbesserte mRNA-Isolation aus RNA für Microarrays; mit einer mutierten Version des mRNA 5'-Cap-Bindungsproteins (eIF4E) mit erhöhter Affinität für die m7GTP-Einheit der Kappe.
  20. Liu et al., 2003 / An uncapped RNA suggests a model for Caenorhabditis elegans polycistronic pre-mRNA processing.
    • Liu Y, Kuersten S, Huang T, Larsen A, MacMorris M, Blumenthal T.RNA. 2003 Jun;9(6):677-87. doi: 10.1261/rna.2128903. PMID 12756326 Free PMC article. / eIF4E pull down assay→GST-eIF4E was kindly provided by Dr. D. Zorio and Dr. D. Bentley. The protein was prepared according to the method of Edery et al. (1995).
    • Worum gehts?: Grundlagenforschung; Model für die Prozessierung von Caenohabditis elegans-Operons (von polycistronischer mRNA). eIF4E wurde für „Pull-Down-Assays“ gebraucht.
  21. Efimov et al., 2001 / Detection of the 5'-cap structure of messenger RNAs with the use of the cap-jumping approach.
    • Efimov VA, Chakhmakhcheva OG, Archdeacon J, Fernandez JM, Fedorkin ON, Dorokhov YL, Atabekov JG.Nucleic Acids Res. 2001 Nov 15;29(22):4751-9. doi: 10.1093/nar/29.22.4751. PMID 11713326 Free PMC article. / Ref-Nr. 8.: Lediglich Erwähnung von Edery (As the presence of a cap structure at the 5′-end of eukaryotic mRNAs is a good marker for the 5′-terminal part of the coding region, several methods for isolation of full-length mRNAs based on the use of this structure have been developed to improve the construction of cDNA libraries with more full-length sequences of genes (8–14). Some of these protocols include affinity capture of mRNA using a cap-binding protein coupled to a solid support (8), replacing the cap structure with a synthetic oligonucleotide, which is ligated to the mRNA by RNA ligase (9,10), and the chemical addition of a biotin group to the diol residue of the cap structure (11).)
    • Worum gehts?: Entwicklung einer neuen Methode: „Cap-jumping“. Vermittels der freien 2′,3′-cis-Glycol-Gruppe am 5'-Ende der mRNA, an der Ribose der m7Gppp-Struktur, lässt sich über mehrere chemische Reaktionen (beginnend mit NaIO4) ein Oligonukleotid anhängen. Gleiches passiert am 3'-Ende der mRNA, spielt aber keine Rolle. Dir Reverse Transkriptase „überspringt“ dann die ehemalige Kappe (ähnlich wie bei SMART un Co.).
  22. Piao et al., 2001 / Construction of long-transcript enriched cDNA libraries from submicrogram amounts of total RNAs by a universal PCR amplification method.
    • Piao Y, Ko NT, Lim MK, Ko MS.Genome Res. 2001 Sep;11(9):1553-8. doi: 10.1101/gr.185501. PMID 11544199 Free PMC article. /
    • Worum gehts?: Methodisch. „Normale“ cDNA-Synthese (Doppel-Stränge), dann werden Linker angebracht und PCRs-durchgeführt. Anschließend wird die amplifizierte DNA kloniert.
  23. Xiong et al., 2001 / Regulation of CCAAT/enhancer-binding protein-beta isoform synthesis by alternative translational initiation at multiple AUG start sites.
    • Xiong W, Hsieh CC, Kurtz AJ, Rabek JP, Papaconstantinou J.Nucleic Acids Res. 2001 Jul 15;29(14):3087-98. doi: 10.1093/nar/29.14.3087. PMID 11452034 Free PMC article. / Ref-Nr. 24.: Abschnitt "Affinity identification and isolation of capped C/EBPβ mRNA"→„The GST/eIF-4E fusion protein was expressed and purified as previously described (24).“
    • Worum gehts?: Translationskontrolle bei zwei Genen: C/EBPα und C/EBPβ ("CCAAT/enhancer-binding trans-activating protein").
  24. Carninci et al., 2000 / Normalization and subtraction of cap-trapper-selected cDNAs to prepare full-length cDNA libraries for rapid discovery of new genes.
    • Carninci P, Shibata Y, Hayatsu N, Sugahara Y, Shibata K, Itoh M, Konno H, Okazaki Y, Muramatsu M, Hayashizaki Y.Genome Res. 2000 Oct;10(10):1617-30. doi: 10.1101/gr.145100. PMID 11042159 Free PMC article. / Lediglich Aufzählung der Methoden; Einleitung: „It has been tempting to prepare and use full-length cDNA libraries (Kato et al. 1994; Maruyama and Sugano 1994; Edery et al. 1995; Carninci at al. 1996, 1998; Carninci and Hayashizaki 1999) in large-scale gene discovery efforts incorporating one-pass sequencing that resemble the existing EST projects (Adams et al. 1991, 1995; Hillier et al. 1996; Marra et al. 1999).“
    • Worum gehts?: Erweiterung des biotinylierten Cap-Trappers von Carninci et al. 1999 (PMID 10349636) für cDNA-Substraktion.
  25. Boeck et al., 1998 / Capped mRNA degradation intermediates accumulate in the yeast spb8-2 mutant.
    • Boeck R, Lapeyre B, Brown CE, Sachs AB.Mol Cell Biol. 1998 Sep;18(9):5062-72. doi: 10.1128/mcb.18.9.5062. PMID 9710590 Free PMC article. / Ref-Nr. 10.: Methods to examine the relative amount of capped versus uncapped deadenylated mRNA in RNA preparations through the use of 7-methyl-cap-specific antibody immunoprecipitation (for instance, see reference 26) or the use of immobilized eIF4E and affinity chromatography (10) have been described.
    • Worum gehts?: Untersuchung eines Gens (bzw. Proteins), dass am Prozess der mRNA-Entkappung beteiligt ist (spb-8). Hefe Saccharomyces cerevisiae.
  26. McCracken et al., 1997 / 5'-Capping enzymes are targeted to pre-mRNA by binding to the phosphorylated carboxy-terminal domain of RNA polymerase II.
    • McCracken S, Fong N, Rosonina E, Yankulov K, Brothers G, Siderovski D, Hessel A, Foster S, Shuman S, Bentley DL.Genes Dev. 1997 Dec 15;11(24):3306-18. doi: 10.1101/gad.11.24.3306. PMID 9407024 Free PMC article. / Abschnitt "GST–eIF4E binding assay for capped transcripts"→„To analyze 5′ capping of Pol II transcripts in vivo, we used a “pull-down” assay based on the selective binding of m7G-capped RNAs to the translation initiation factor eIF4E (Sonenberg et al. 1978; Edery et al. 1995; Fresco and Buratowski 1996).“
    • Worum gehts?: Titelübersetzung: 5'-Capping-Enzyme werden der Prä-mRNA zugeführt, indem sie an die phosphorylierte carboxyterminale Domäne der RNA-Polymerase II binden. GST-eIF4E für „Pull-Down-Assay“: Pull-Down-Assay für verkappte RNAs→GST-eIF4E wurde unter Verwendung eines Plasmids exprimiert, das freundlicherweise von Dr. J. Pelletier (McGill University, Montreal, Kanada) zur Verfügung gestellt wurde. Das Protein wurde wie für Protein A-eIF4E beschrieben hergestellt ( Edery et al. 1995 ), außer dass Glutathionkügelchen verwendet wurden.
  27. Kozak 1996 / Interpreting cDNA sequences: some insights from studies on translation.
    • Kozak M.Mamm Genome. 1996 Aug;7(8):563-74. doi: 10.1007/s003359900171. PMID 8679005 Review. / Zitiergrund nicht genau bekannt.
    • Worum gehts?: Review, nicht frei verfügbar.

Neue Tabelle

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Die Methode CAPture von Edery et al. (1995) wurde 26-mal zitiert (Check Ende Mai 2021). Die zitierenden Arbeiten stammen von 1996 bis 2019. Die meisten Zitate beziehen sich auf allgemeine Erwähnung bestehender Methoden der 5'-Genisolation. Keine „Edery-zitierende Arteit“ beschäftigt sich direkt mit "CAPture" oder nennt die verwendete Methode so. Einige Arbeiten zitieren das Werk, weil ein entsprechendes Protein (Taranlations-Initiation, eIF4E) oder eine Variante benötigt wurde. Am dichtesten dran an CAPture ist Choi et al. (2003; PMID 12777618) mit dem Titel: „Purifying mRNAs with a high-affinity eIF4E mutant identifies the short 3' poly(A) end phenotype“, bei dem es darum geht, mRNA für Mikroarrays nicht mit Poly(A) einzufangen („with a high-affinity eIF4E mutant“), weil einige Polyadenylierungen zu kurz sein könnten („the short 3' poly(A) end phenotype“).

Behandelt die Arbeit Methoden-Entwicklung? M ja. / M teilweise. / M nein.

1 (/ 1. /) Edery et al., 1995 / PMID 7760832 ;/ {a} M ja. (Ursprung - CAPture)
2 (/ 6. /) Clepet 2011 / PMID 21533245 ;/ {b} M ja. (Methode „RNA captor“)
3 (/ 8. /) Kapteyn et al., 2010 / PMID 21340003 ;/ {b} M ja. (template-switching weiterentwickelt)
4 (/ 16. /) Wellenreuther et al., 2004 / PMID 15198809 ;/ {b} M ja. (Längenfraktionierung von SMART-cDNA)
5 (/ 17. /) Zhulidov et al., 2004 / PMID 14973331 ;/ {b} M ja. (Substraktion von SMART-cDNA)
6 (/ 18. /) Clepet et al., 2004 / PMID 14704363 ;/ {b} M ja. (T4-DNA Ligase, dsDNA am 5'-Ende)
7 (/ 19. /) Choi et al., 2003 / PMID 12777618 ;/ {b} M ja. (mRNA-Isolation, mutiertes eIF4E für Cap-Selektion)
8 (/ 21. /) Efimov et al., 2001 / PMID 11713326 ;/ {b} M ja. (Methode „Cap-jumping“; Ähnlichkeiten mit template-switching)
9 (/ 22. /) Piao et al., 2001 / PMID 11544199 ;/ {b} M ja. (cDNA-Synthese, Linker, PCR, Klonieren)
10 (/ 24. /) Carninci et al., 2000 / PMID 11042159 ;/ {b} M ja. (Erweiterung des biotinylierten Cap-Trappers von Carninci et al. 1999  für cDNA-Substraktion)
11 (/ 3. /) Yadav et al., 2014 / PMID 25183040 ;/ {c} M teilweise. (basiert auf SMART; Boden-RNA, Längenfraktionierung)
12 (/ 15. /) Yan et al., 2005 / PMID 16043507 ;/ {c} M teilweise. (Ribavirin, Vergleich mit 7-Methylguanosin)
13 (/ 2. /) Lin et al., 2019 / PMID 31775391 ;/ {d} M nein.
14 (/ 4. /) Kim et al., 2014 / PMID 24682075 ;/ {d} M nein. (Sequenzierung)
15 (/ 5. /) Al-Balool et al., 2011 / PMID 21948523 ;/ {d} M nein.
16 (/ 7. /) Al-Taweel et al., 2011 / PMID 21340003 ;/ {d} M nein. (neue cDNA-Bank, SMART)
17 (/ 9. /) Marques et al., 2009 / PMID 19747386 ;/ {d} M nein. (neue cDNA-Bank, SMART)
18 (/ 10. /) Tsuchihara et al., 2009 / PMID 19237398 ;/ {d} M nein. (Sequenzierung)
19 (/ 11. /) Natalizio et al., 2009 / PMID 19176527 ;/ {d} M nein.
20 (/ 12. /) Ghosh et al., 2009 / PMID 18479935 ;/ {d} M nein.
21 (/ 13. /) Ling et al., 2007 / PMID 17547766 ;/ {d} M nein. (neue cDNA-Bank, SMART)
22 (/ 14. /) Kim et al., 2006 / PMID 16504160 ;/ {d} M nein. (neue cDNA-Bank)
23 (/ 20. /) Liu et al., 2003 / PMID 12756326 ;/ {d} M nein. (eIF4E wurde für „Pull-Down-Assays“)
24 (/ 23. /) Xiong et al., 2001 / PMID 11452034 ;/ {d} M nein. (Translationskontrolle bei zwei Genen: C/EBPα und C/EBPβ).
25 (/ 25. /) Boeck et al., 1998 / PMID 9710590 ;/ {d} M nein. (Hefegen, Entkappung)
26 (/ 26. /) McCracken et al., 1997 / PMID 9407024 ;/ {d} M nein. (GST-eIF4E für „Pull-Down-Assay“)
27 (/ 27. /) Kozak 1996 / PMID 8679005 ;/ {d} M nein. (Review)

Begriffe zu Genisolations-Methoden, 5'-Ende

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CAPture
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Original: Edery et al., 1995 / PMID 7760832 „An efficient strategy to isolate full-length cDNAs based on an mRNA cap retention procedure (CAPture)“

Oligo-capping method

Methode, Ursprung: K. Maruyama, S. Sugano: Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides. In: Gene. Band 138, Nr. 1-2, 28. Januar 1994, ISSN 0378-1119, S. 171–174, doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8, PMID 8125298.

Anwendung: Tsuchihara et al., 2009 / PMID 19237398 / „We have also developed a method to selectively replace the cap structure of the mRNA with a synthetic oligo, which we named the oligo-capping method (11).“

(11.: Haupt-Anwendung für Bibliotheken?: Suzuki Y, Sugano S. Construction of a full-length enriched and a 5′-end enriched cDNA library using the oligo-capping method. Methods Mol. Biol. 2003;221:73–91.)

„By combining oligo-capping method with the Illumina GA technology, we developed a simple method to collect information of the TSS together with the digital data of the expression levels of the transcripts.“

oligo-cap cDNA libraries

SMART
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Hauptarbeit?: Zhu YY, Machleder EM, Chenchik A, Li R, Siebert PD. Reverse transcriptase template switching: a SMART approach for full-length cDNA library construction. Biotechniques. 2001;30:892–897.

Zitat: Al-Taweel et al., 2011 / PMID 21340003 („Construction and characterization of a cDNA library from wheat infected with Fusarium graminearum Fg 2“) / „Switching Mechanism at 5' end of the RNA Transcript (SMART) technique and CDS Ill/3' primer were used for first-strand cDNA synthesis using reverse transcriptase by RT-PCR.“

CapFinder
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Hauptarbeit?: Clontech Laboratories: CapFinder™ PCR cDNA Library Construction Kit. In: CLONTECH (Hrsg.): CLONTECHniques. Band 11, Nr. 1, 1996, S. 2–4 (englisch).

Oligo-capping 1994 und japanische Namen

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„Zwischenspiel“ – Während der Recherchen zu Genisolationsmethoden fiel mir auf, dass die Autoren der Methode „Oligo-capping“ mit verkehrten Namen angegeben wurden. Daher wurde das Thema „Oligo-capping 1994 und japanische Namen“ auf Baustelle-4.3 vorbereitet, in der Diskussion erläutert und im Artikel umgesetzt.

Engl. WP

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  • Olivarius et al., 2009 / [2]
  • Denise et al., 2014 / [3]
  • Hoff et al., 2015 / [4]
  • Lagarde et al., 2016 / [5]

/ PMID 19317658 / PMID 24496437 / PMID 26474385 / PMID 27531712 /

  • Olivarius, S; Plessy, C; Carninci, P (February 2009). "High-throughput verification of transcriptional starting sites by Deep-RACE" (PDF). BioTechniques. 46 (2): 130–2. doi:10.2144/000113066. PMID 19317658. /
  • Denise, H; Moschos, SA; Sidders, B; Burden, F; Perkins, H; Carter, N; Stroud, T; Kennedy, M; Fancy, SA; Lapthorn, C; Lavender, H; Kinloch, R; Suhy, D; Corbau, R (4 February 2014). "Deep Sequencing Insights in Therapeutic shRNA Processing and siRNA Target Cleavage Precision". Molecular Therapy: Nucleic Acids. 3: e145. doi:10.1038/mtna.2013.73. PMC 3951910. PMID 24496437. /
  • Hoff, AM; Johannessen, B; Alagaratnam, S; Zhao, S; Nome, T; Løvf, M; Bakken, AC; Hektoen, M; Sveen, A; Lothe, RA; Skotheim, RI (3 November 2015). "Novel RNA variants in colorectal cancers". Oncotarget. 6 (34): 36587–602. doi:10.18632/oncotarget.5500. PMC 4742197. PMID 26474385. /
  • Lagarde, Julien; Uszczynska-Ratajczak, Barbara; Santoyo-Lopez, Javier; Gonzalez, Jose Manuel; Tapanari, Electra; Mudge, Jonathan M.; Steward, Charles A.; Wilming, Laurens; Tanzer, Andrea; Howald, Cédric; Chrast, Jacqueline; Vela-Boza, Alicia; Rueda, Antonio; Lopez-Domingo, Francisco J.; Dopazo, Joaquin; Reymond, Alexandre; Guigó, Roderic; Harrow, Jennifer (17 August 2016). "Extension of human lncRNA transcripts by RACE coupled with long-read high-throughput sequencing (RACE-Seq)". Nature Communications. 7: 12339. Bibcode:2016NatCo...712339L. doi:10.1038/ncomms12339. PMC 4992054. PMID 27531712. /
Text
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RACE-Sequenzierung [ Bearbeiten ]

Die durch RACE erzeugten cDNA- Moleküle können unter Verwendung von Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien (auch RACE-seq genannt) sequenziert werden. Die Hochdurchsatz-Sequenzierungscharakterisierung von RACE-Fragmenten ist im Vergleich zur herkömmlichen Charakterisierung von RACE-Fragmenten mit molekularer Klonierung und anschließender Sanger-Sequenzierung einiger Klone äußerst zeiteffizient, empfindlicher, kostengünstiger und technisch machbar.

Verlauf und Anwendungen [ Bearbeiten ]

RACE kann verwendet werden, um unbekannte 5'- (5'-RACE) oder 3'- (3'-RACE) Teile von RNA-Molekülen zu amplifizieren, wobei ein Teil der RNA-Sequenz bekannt ist und von einem genspezifischen Primer angezielt wird. In Kombination mit einer Hochdurchsatzsequenzierung zur Charakterisierung dieser amplifizierten RACE-Produkte ist es möglich, den Ansatz zur Charakterisierung beliebiger Arten von kodierenden oder nicht kodierenden RNA-Molekülen anzuwenden.

Die Idee, RACE mit Hochdurchsatz-Sequenzierung zu kombinieren, wurde 2009 erstmals als Deep-RACE eingeführt, um die Kartierung von Transkriptionsstartstellen (TSS) von 17 Genen in einer einzelnen Zelllinie durchzuführen. / Olivarius et al., 2009 / [2]

In einer Studie aus dem Jahr 2014 zur genauen Kartierung von Spaltstellen von Ziel-RNA, die von synthetischen siRNAs gesteuert wird, wurde der Ansatz erstmals als RACE-seq bezeichnet. / Denise et al., 2014 / [3]

Darüber hinaus wurde die Methode verwendet, um unbekannte Teile neuartiger Transkripte und Fusions-Transkripte bei Darmkrebs in voller Länge zu charakterisieren. / Hoff et al., 2015 / [4]

In einer anderen Studie zur Charakterisierung unbekannter Transkriptstrukturen von lncRNAs wurde RACE in Kombination mit „semi-long 454 Sequencing“ verwendet. / Lagarde et al., 2016 / [5]

Anhang

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cRACE: a simple method for identification of the 5' end of mRNAs

I N Maruyama 1, T L Rakow, H I Maruyama

PMID: 7479016 PMCID: PMC307285 DOI: 10.1093/nar/23.18.3796 / [6]

Sequencing the termini of capped viral RNA by 5'-3' ligation and PCR

C W Mandl 1, F X Heinz, E Puchhammer-Stöckl, C Kunz

PMID: 1651093 / [7]

--

Referrenzliste bis 11. aus Frohman 1994

--

1. Frohman, M.A., M.K. Dush, and G.R. Martin. 1988.

Rapid production of full-length cDNAs from rare transcripts by amplification using a single gene-specific oligonucleotide primer. Proc. Natl. Acad. Sci. 85: 8998-9002.

2. Loh, E.L., J.F. Elliott, S. Cwirla, L.L. Lanier, and M.M. Davis. 1989.

Polymerase chain reaction with single sided specificity: Analysis of T cell receptor delta chain. Science 243: 217-220.

3. Ohara, O., R.I. Dorit, and W. Gilbert. 1989.

One-sided PCR: The amplification of cDNA. Proc. Natl. Acad. Sci. 86: 5673-5677.

4. Frohman, M.A. 1989.

Creating full-length cDNAs from small fragments of genes: Amplification of rare transcripts using a single gene-specific oligonucleotide primer. In PCR protocols and applications: A laboratory manual (ed. M. Innis, D. Gelfand, J. Sninsky, and .. White), pp. 28-38. Academic Press, New York.

5. Frohman, M.A. and G.R. Martin. 1989.

Rapid amplification of cDNA ends using nested primers. Techniques 1: 165-173.

6. Dumas, J.B., M. Edwards, J. Delort, and J. Mallet. 1991.

Oligodeoxyribonucleotide ligation to single-stranded cDNAs: A new tool for cloning 5' ends of mRNAs and for constructing cDNA libraries by in vitro amplification. Nucleic Acids Res. 19: 5227-5223.

7. Fritz, J.D., M.L. Greaser, and J.A. Wolff. 1991.

A novel 3' extension technique using random primers in RNA-PCR. Nucleic Acids Res. 119: 3747.

8. Borson, N.D., W.L. Salo, and L.R. Drewes. 1992.

A lock-docking oligo(dT) primer for 5' and 3' RACE PCR. PCR Methods Applic. 2: 144-148.

9. Jain, R., R.H. Gomer, and J.J.J. Murtagh. 1992.

Increasing specificity from the PCR-RACE technique. BioTechniques 12" 58-59.

10. Rashtchian, A., G.W. Buchman, D.M. Schuster, and M.S. Berninger. 1992.

Uracil DNA glycosylase- mediated cloning of PCR-amplified DNA: Application to genomic and cDNA cloning. Anal Biochem. 206: 91-97.

11. Schuster, D.M., G.W. Buchman, and A. Rastchian. 1992.

A simple and efficient method for amplification of cDNA ends using 5' RACE. Focus 14: 46-52.

--

Nat. Methods. 2005 Aug;2(8):629-30. doi: 10.1038/nmeth0805-629.

Kein Autor, schlüssigste Zitierweise für https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16145794/:

  • Anonymous. Rapid amplification of 5′ complementary DNA ends (5′ RACE). Nat Methods. 2005; 2(8): 629‐ 30.

See all (19) cited articles:

Cited by: erste drei Einträge: PMID 33398328 / PMID 32702062

A

Terminal deoxynucleotidyl transferase-mediated formation of protein binding polynucleotides

Unter "Next-generation sequencing of protein binding polynucleotide candidate sequences": After the extraction of the complexes bands from each EMSA gel and subsequent purification, the bound ssDNA was converted to dsDNA libraries and amplified for NGS analysis by adapting a rapid amplification of complmentary ends (RACE) assay (19).

19. Rapid amplification of 5′ complementary DNA ends (5′ RACE) Nat. Methods. 2005; 2:629–630.

B

Alternative splicing landscape of the neural transcriptome in a cytoplasmic-predominant Pten expression murine model of autism-like Behavior

Unter "Rapid Amplification of cDNA Ends (RACE) sequencing": "We used and adapted the Nature Method for Rapid Amplification of cDNA Ends (RACE) sequencing protocol{21} for a 3′ approach. Several gene targets of interest as identified by the most differentially expressed transcripts in the Cuffdiff analysis{14} were subject to RACE sequencing, including Gfap. The Gfap RACE primer we used was 5′-GATTACGCCAAGCTTCGCATTTGCCGCTCTAGGGACTC-3′."

21. Rapid amplification of 5′ complementary DNA ends (5′ RACE). Nat. Methods. 2, 629–630 (2005) https://doi.org/10.1038/nmeth0805-629.

C

Dissecting efficiency of a 5' rapid amplification of cDNA ends (5'-RACE) approach for profiling T-cell receptor beta repertoire

In "Discussion": Vermutlich ist die Referenz, die kein "template-switching" anspricht, ein Stückchen zu weit nach hinten gerutscht: "For example, the SMARTer kit had been used in several studies [8–10, 15–17]. Although various 5’-RACE protocols exist, amplification based on template-switching [18], like one for the commercial kit, is becoming a gold standard for TCR studies [6, 19]."

18. (2005) Rapid amplification of 5' complementary DNA ends (5' RACE). Nat Methods 2: 629–630. pmid:16145794 -/- View Article -/- PubMed/NCBI -/- Google Scholar -/-

D

T-cell receptor repertoire analysis for the diagnosis and treatment of solid tumor: A methodology and clinical applications

Unter "2.2 TCR library construction": "Using only RNA samples, 5′ RACE (Figure 2B) represents another effective way for TCR library construction [36]."

Figure 2B: zeigt nicht allzuviel / TCR: T cell receptors / Referenz 36 bezieht sich auf einen G-Anker

36 Anonymous. Rapid amplification of 5′ complementary DNA ends (5′ RACE). Nat Methods. 2005; 2(8): 629‐ 30.

E

Deciphering the TCR Repertoire to Solve the COVID-19 Mystery

Unter "Sequencing Platforms": "The 5′-RACE method with an RNA input involves the reverse transcription of TCR transcripts followed by the addition of a known sequence at the 5′ end of each cDNA molecule. This 5′ sequence is leveraged along with the highly conserved TCR α and β constant region during nested PCR (separate primers needed to amplify either α or β transcripts) to achieve equally efficient amplification of all TCR transcripts, regardless of abundance [74.,75.]. While the 5′-RACE approach avoids the PCR bias seen in the other two methods, it requires the use of sequencing platforms capable of long reads, such as the Illumina Miseq, as fragment sizes can exceed 600 bp."

T-Zell-Rezeptor-Repertoire / keine Angaben zur PCR selbst. Nur, dass 5'-RACE die verschiedenen Abundanzen ausgleicht.

75. Rapid amplification of 5′ complementary DNA ends (5′ RACE). Nat. Methods. 2005; 2: 629-630

F

Induction of the immunoprotective coat of Yersinia pestis at body temperature is mediated by the Caf1R transcription factor

Unter "Rapid amplification of cDNA ends (RACE)": "5′ RACE experiments were performed as described previously [39] with minor modifications. Briefly, cDNA was prepared by performing the reverse transcriptase reaction using a 9 bp long gene specific primer (Additional file 1: Table S2) complementary to a 3′ region of the caf1 gene. cDNA samples were diluted two times with nuclease-free water and purified using 10 kDa molecular weight cut-off Vivaspin centrifugal concentrators (Sartorius) spun at 1000 x g for 30 min. This step was repeated to prepare the samples for poly-adenine tailing."

39. Rapid amplification of 5′ complementary DNA ends (5′ RACE). Nature Methods. 2005;2:629.

G

Revalidation and genetic characterization of new members of Group C (Orthobunyavirus genus, Peribunyaviridae family) isolated in the Americas

Unter "RNA extraction, construction of RNA library, sequence assembly and RACE assay": "... Additionally, sequences for terminal untranslated regions (UTRs) were determined by 5’/3’ rapid amplification of cDNA ends (RACE) sequencing (S1 Table) [12]."

unergibig

12. Rapid amplification of 5' complementary DNA ends (5' RACE). Nature methods. 2005;2(8):629–30. pmid:16145794.

H

SEASTAR: systematic evaluation of alternative transcription start sites in RNA

Unter "INTRODUCTION": "Conventionally, identification of transcription start sites and alternative first exons on a genomic scale requires specialized experimental methods, such as CAGE and 5′-RACE, that capture the true 5′ ends of polymerase II transcripts (12,13)."

Interessante bioinformatische Analyse zur bestimmung des ersten Exons.

  • Herkömmlicherweise erfordert die Identifizierung von Transkriptionsstartstellen und alternativen ersten Exons im genomischen Maßstab spezielle experimentelle Methoden wie CAGE und 5'-RACE, die die wahren 5'-Enden von Polymerase-II-Transkripten einfangen (12, 13). Diese Ansätze beinhalten aufwendige experimentelle Verfahren und werden bei der Charakterisierung von zellulären Transkriptomen nicht routinemäßig verwendet. Im Gegensatz dazu sind RNA-seq-Daten für verschiedene Organismen, Gewebe und Zelltypen einfach zu erstellen und in öffentlichen Repositories reichlich vorhanden. Folglich besteht ein erhebliches Interesse an der Verwendung von RNA-seq-Daten zur Identifizierung von AFEs und zur Quantifizierung ihrer Expression. Im Prinzip können AFEs anhand von RNA-seq-Daten identifiziert und analysiert werden, indem entweder sequenzierte Lesevorgänge auf die vorhandene Transkriptom-Annotation abgebildet werden oder indem eine De-novo-Transkriptom-Assemblierung durchgeführt wird (14–16). Methoden, die allein auf vorhandenen Anmerkungen basieren, können jedoch keine neuartigen AFEs erkennen, während Methoden, die auf De-novo-Assemblierung basieren, aufgrund einer Vielzahl technischer Probleme im Zusammenhang mit der Leseabdeckung und der Verzerrung der Leseverteilung falsch positive Ergebnisse aufweisen können (17). Darüber hinaus sollte die Entdeckung von AFEs mit einer quantitativen Analyse gekoppelt werden, um die unterschiedliche AFE-Verwendung unter bestimmten biologischen Bedingungen oder Zellzuständen zu bestimmen. Daher wird ein spezialisiertes und optimiertes Tool für die umfassende Entdeckung und quantitative Analyse von AFEs unter Verwendung von RNA-seq-Daten benötigt.

AFEs: Alternative first exons

13. Rapid amplification of 5′ complementary DNA ends (5′ RACE). Nat. Methods. 2005; 2:629–630.

H

The N-terminus of IFT46 mediates intraflagellar transport of outer arm dynein and its cargo-adaptor ODA16

Unter "Cloning of ift46 alleles from ift46-1 and Supift461 and 5′ RACE of ift46 transcript in Supift461":

"For cloning the 5′ end of the ift46 transcripts in Supift461, total RNA was extracted from Supift461 cells using TRIzol LS Reagent (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA). The 5′ RACE then was carried out on the total RNA according to the standard protocol (Anonymous, 2005) with some modifications. Specifically, the SuperScript III First-Strand Synthesis System (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA) was used to produce total cDNA from total RNA. Poly A was added to the end of the cDNAs. Primer IFT46-4 was then used together with the (dT)17-adaptor primer to amplify the ift46 cDNA by PCR. The ift46 cDNA was further amplified by nested PCR using primers IFT46-26 and the adaptor primer. The PCR product was cloned and sequenced."

Anonymous (2005). Rapid amplification of 5′ complementary DNA ends (5′ RACE). Nat Methods 2, 629-630.

I

Overview of methodologies for T-cell receptor repertoire analysis

Unter "5’RACE cDNA synthesis and nested PCR":

For RNA samples, rapid amplification of 5′ complementary DNA ends (5’RACE) [47] employing the template-switch effect is becoming a gold standard for bulk TCR analysis [28, 48,49,50]. This method, marketed by Clonotech as “SMART” technology, relies on the terminal transferase activity of the reverse transcriptase enzyme, which incorporates additional nucleotides (usually dCTP) at the 3′ end of the cDNA molecule during the first strand synthesis reaction. A template-switch oligonucleotide containing an oligo(rG) sequence anchors to the non-template stretch of the first-strand cDNA, allowing the reverse transcriptase to switch templates and to continue replicating to the end of the oligonucleotide [51].

47. Rapid amplification of 5′ complementary DNA ends (5′ RACE). Nat Methods. 2005;2:629–30. doi:10.1038/nmeth0805-629.

Unter "5’RACE":

The 5’RACE method we chose is an in-house adaptation of the protocol published by Mamedov et al. 2013 [48]. Briefly, the method entails 5’RACE-based cDNA synthesis using a 5′-template switch adapter containing 12 random nucleotides forming a UMI, followed by two consecutive nested PCRs. During the second PCR, Illumina adaptors are incorporated [96].

48. Mamedov IZ, Britanova O V., Zvyagin I V., Turchaninova M a., Bolotin D a., Putintseva E V., et al. Preparing unbiased T-cell receptor and antibody cDNA libraries for the deep next generation sequencing profiling. Front Immunol. 2013;4:456.

Einzelnachweise

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  1. ↑ I Edery, L L Chu, N Sonenberg, J Pelletier: An efficient strategy to isolate full-length cDNAs based on an mRNA cap retention procedure (CAPture). In: Molecular and Cellular Biology. Band 15, Nr. 6, Juni 1995, ISSN 0270-7306, S. 3363–3371, doi:10.1128/MCB.15.6.3363, PMID 7760832, PMC 230570 (freier Volltext).
  2. ↑ a b Signe Olivarius, Charles Plessy, Piero Carninci: High-throughput verification of transcriptional starting sites by Deep-RACE. In: BioTechniques. Band 46, Nr. 2, Februar 2009, ISSN 0736-6205, S. 130–132, doi:10.2144/000113066.
  3. ↑ a b Hubert Denise, Sterghios A. Moschos, Benjamin Sidders, Frances Burden, Hannah Perkins: Deep Sequencing Insights in Therapeutic shRNA Processing and siRNA Target Cleavage Precision. In: Molecular Therapy - Nucleic Acids. Band 3, Januar 2014, S. e145, doi:10.1038/mtna.2013.73, PMID 24496437, PMC 3951910 (freier Volltext).
  4. ↑ a b Andreas M. Hoff, Bjarne Johannessen, Sharmini Alagaratnam, Sen Zhao, Torfinn Nome: Novel RNA variants in colorectal cancers. In: Oncotarget. Band 6, Nr. 34, 3. November 2015, ISSN 1949-2553, S. 36587–36602, doi:10.18632/oncotarget.5500, PMID 26474385, PMC 4742197 (freier Volltext).
  5. ↑ a b Julien Lagarde, Barbara Uszczynska-Ratajczak, Javier Santoyo-Lopez, Jose Manuel Gonzalez, Electra Tapanari: Extension of human lncRNA transcripts by RACE coupled with long-read high-throughput sequencing (RACE-Seq). In: Nature Communications. Band 7, Nr. 1, November 2016, ISSN 2041-1723, S. 12339, doi:10.1038/ncomms12339, PMID 27531712, PMC 4992054 (freier Volltext).
  6. ↑ Ichiro N. Maruyama, Terese L. Rakow, Hiroko I. Maruyama: cRACE: a simple method for identification of the 5′ end of mRNAs. In: Nucleic Acids Research. Band 23, Nr. 18, 1995, ISSN 0305-1048, S. 3796–3797, doi:10.1093/nar/23.18.3796, PMID 7479016, PMC 307285 (freier Volltext).
  7. ↑ C. W. Mandl, F. X. Heinz, E. Puchhammer-Stöckl, C. Kunz: Sequencing the termini of capped viral RNA by 5'-3' ligation and PCR. In: BioTechniques. Band 10, Nr. 4, April 1991, ISSN 0736-6205, S. 484, 486, PMID 1651093.
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