Benutzer:Doc Taxon/RMBase
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| RMBase | |
|---|---|
| Beschreibung | Entschlüsselung von RNA-Modifikationen anhand von Sequenzierungsdatensätzen |
| Forschungsinstitut | Sun Yat-sen University |
| Labor | Key Laboratory of Gene Engineering of the Ministry of Education |
| Autoren | Jian-Hua Yang |
| Primärpublikation | Sun & al. (2015)[1] |
| Datum der Veröffentlichung | 2010 |
| Website | http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/ |
Die RNA Modification Base (RMBase)[1][2] wurde entwickelt, um RNA-Modifikationen zu entschlüsseln, die aus High-Throughput-Sequenzierungsdaten (MeRIP-seq, m6A-seq, miCLIP, m6A-CLIP, Pseudo-seq, Ψ-seq, CeU-seq, Aza-IP, RiboMeth-seq) identifiziert wurden. Sie enthält ~124200 N6-Methyladenosine (m6A), ~9500 Pseudouridin (Ψ)-Modifikationen, ~1000 5-Methylcytosin (m5C)-Modifikationen, ~1210 2′-O-Methylierungen (2′-O-Me) und ~3130 andere Arten von RNA-Modifikationen.RMBase hat Tausende von RNA-Modifikationen in mRNAs, regulatorischen ncRNAs (z. B. lncRNAs, miRNAs, Pseudogene, circRNAs, snoRNAs, tRNAs), miRNA-Targets und krankheitsbezogenen SNPs identifiziert.
Siehe auch
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Einzelnachweise
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- ↑ a b WJ Sun, JH Li, S Liu, J Wu, H Zhou, LH Qu, JH Yang: RMBase: a resource for decoding the landscape of RNA modifications from high-throughput sequencing data. In: Nucleic Acids Research. 44. Jahrgang, D1, 11. Oktober 2015, S. D259–D265, doi:10.1093/nar/gkv1036, PMID 26464443, PMC 4702777 (freier Volltext).
- ↑ JJ Xuan, WJ Sun, PH Lin, KR Zhou, S Liu, LL Zheng, LH Qu, JH Yang: RMBase v2.0: deciphering the map of RNA modifications from epitranscriptome sequencing data. In: Nucleic Acids Research. 46. Jahrgang, D1, 4. Januar 2018, S. D327–D334, doi:10.1093/nar/gkx934, PMID 29040692, PMC 5753293 (freier Volltext) – (englisch).