Benutzer:Markus Prokott/Quellen

Virology (ICTV)

ICVCN

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Werk

Titel: ICTV Code – The International Code of Virus Classification and Nomenclature. (Satzung)

Datum: 2018-10

Kürzel: ICVCN | ICVCN Z1

Quelle: —————. Statutes. In: ICTV Homepage. International Committee on Taxonomy of Viruses, Oktober 2018, abgerufen am 16. Juni 2020 (englisch). 

Aufbereitung

Zitat 1: »Names proposed for taxa are "valid names" if they conform to the Rules set out in the Code and they pertain to established taxa. Valid names are "accepted names" if they are recorded as approved International Names in the 8th ICTV Report or have subsequently become "accepted names" by an ICTV vote of approval for a taxonomic proposal.

Comment: A valid taxon name is one that has been published, one that is associated with descriptive material, and one that is acceptable in that it conforms to the Rules in the Code. Accepted names will be kept in an "Index" by the ICTV.« (§ 3.7)

ICTV Report 2011 (Online)

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Werk

Titel: Virus Taxonomy – Classification and Nomenclature of Viruses. (Buch-Online-Version)

Datum: 2011

Kürzel: ICTV Report 2011 (Online)

Quelle: Autoren des neunten ICTV-Reports: —————. Book’s online version. In: ICTV Reports. International Committee on Taxonomy of Viruses, 2011, abgerufen am 12. Juni 2020 (englisch, parallel archiviert am 2. April 2019 auf web.archive.org.). 

Gorbalenya et al. 2019

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Werk

Titel: Create five new families and a new suborder of vertebrate viruses in the order Nidovirales. (Vorschlag)

Datum: 2019-04

Kürzel: Gorbalenya et al. 2019 | Gorbalenya et al. 2019 Z1 | Gorbalenya et al. 2019 Z1/A1

Quelle: Gorbalenya AE, Brinton MA, de Groot RJ, Gulyaeva AA, Lauber C, Neuman BW, Ziebuhr J: —————. Proposal. In: International Committee on Taxonomy of Viruses (Hrsg.): Files > Approved Proposals > Animal ssRNA+ Viruses. Dateien-Unterverzeichnis. Revision 2019. EC 51, Berlin April 2019, Proposal-Code 2019.023S (englisch, Datei-Seite). 

Aufbereitung

Zitat 1: »Genome sequences were assigned to nidovirus taxa […]. Assignments were verified by alignments and phylogenetic analyses of five replicative protein domains characteristic of nidoviruses (synteny of molecular markers), namely the 3CLpro, NiRAN, RdRp, ZBD and HEL1.« (Computational Taxonomy Framework, S. 3)

Aussage 1: 3CLpro, NiRAN, RdRp, ZBD und HEL1 sind die fünf konstituierenden Protein-Domänen der Ordnung Nidovirales.

Virology (General)

Snijder et al. 1994

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Werk

Titel: The Coronaviruslike Superfamily. (Artikel)

Datum: 1994

Kürzel: Snijder et al. 1994

Quelle: Eric I. Snijder, Marian C. Horzinek, Willy I.M. Spaan: —————. Article. In: H. Laude, J.F. Vauthero (Hrsg.): Coronaviruses (= Advances in Experimental Medicine and Biology. Band 342). Plenum Press, 1994, ISBN 978-1-4613-6305-7, ISSN 0065-2598, S. 235–244, doi:10.1007/978-1-4615-2996-5_37 (englisch, Volltext [PDF; 1,5 MB; abgerufen am 1. Oktober 2020]). 

Van Regenmortel 2000

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Werk

Titel: On the relative merits of italics, Latin and binomial nomenclature in virus taxonomy.

Datum: 2000

Kürzel: Van Regenmortel 2000 | Van Regenmortel 2000 Z1 | Van Regenmortel 2000 Z1/A1

Quelle: M.H.V. van Regenmortel: ———. In: Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (Hrsg.): Archives of Virology (= International Committee on Taxonomy of Viruses [Hrsg.]: Virology Division News). Band 145, Februar. Springer-Verlag, 2000, ISSN 0304-8608, S. 433–441, doi:10.1007/s007050050036, PMID 10752566, PMC 7087156 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 34 kB; abgerufen am 12. Juni 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1: „Classical Latin binomials consist of a genus name followed by the species epithet whereas the binomial system advocated by many plant virologists, consists of an English species name followed by a genus name ending in -virus (i.e. Tobacco mosaic tobamovirus).“ (S. 434)

Aussage 1: Virusname und Vurus-Artnamen können gleichlauten und sich nur in Schreibung und Setzung unterscheiden. Bsp.: ehem. Art Severe acute respiratory syndrome coronavirus und Virus severe acute respiratory syndrome coronavirus.

Drebot et al. 2002

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Werk

Titel: Improved Clarity of Meaning From the Use of Both Formal Species Names and Common (Vernacular) Virus Names in Virological Literature.

Datum: 2002-10-21

Kürzel: Drebot et al. 2002 | Drebot et al. 2002 Z1 | Drebot et al. 2002 Z1/A1

Quelle: M. A. Drebot, E. Henchal, B. Hjelle, J. W. LeDuc, P. M. Repik, J. T. Roehrig, C. S. Schmaljohn, R. E. Shope, R. B. Tesh, S. C. Weaver, C. H. Calisher: ———. In: Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (Hrsg.): Archives of Virology (= International Committee on Taxonomy of Viruses [Hrsg.]: Virology Division News). Band 147, November 2002. Springer-Verlag, 21. Oktober 2002, ISSN 0304-8608, S. 2465–2472, doi:10.1007/s00705-002-0938-8, PMID 12491112 (englisch, bedingt freier Volltext [abgerufen am 4. Juli 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1:

„family Bunyaviridae

genus Orthobunyavirus

species California encephalitis virus

serotypes CEV BFS 283, AG83 497 virus, Inkoo virus, Jamestown Canyon virus, Keystone virus, La Crosse virus, Lumbo virus, Melao virus, San Angelo virus, Serra do Navio virus, Snowshoe hare virus, South River virus, Tahyna virus, and Trivitattus virus“

Aussage 1: Eine möglicherweise typische Baumdarstellung in Fließtexten von professionellen Virologen.

Van Regenmortel & Mahy 2004

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Werk

Titel: Emerging Issues in Virus Taxonomy.

Datum: 2004

Kürzel: Van Regenmortel & Mahy 2004 | Van Regenmortel & Mahy 2004 Z1 | Van Regenmortel & Mahy 2004 Z2 | Van Regenmortel & Mahy 2004 Z2/A1 | Van Regenmortel & Mahy 2004 Z3 | Van Regenmortel & Mahy 2004 Z3/A1 | Van Regenmortel & Mahy 2004 Z3/A2 | Van Regenmortel & Mahy 2004 Z3/A3

Quelle: Marc H.V. van Regenmortel, Brian W.J. Mahy: ———. In: Emerging Infective Diseases. Band 10, Januar, 2004, S. 8–13, doi:10.3201/eid1001.030279, PMID 15078590, PMC 3322749 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 138 kB; abgerufen am 18. Juni 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1: „In earlier ICTV reports, names of orders, families, subfamilies, and genera were written in italics with a capital initial letter […]. The revised code (17) [von 1998] extends this typographic convention to the names of virus species in order to give a visible sign that species were recognized viral taxa, just as are genera and families. In most cases, the English common names of viruses have become the species names, and these are written in italics with the initial letter capitalized (17,18). The effect is to discriminate between virus species officially recognized by the ICTV and other viral entities such as tentative species, viral strains, serotypes, or other subspecific entities within a species. […]
The value of using italics is that it visibly reinforces the status of the corresponding species as a taxonomic entity, i.e., a formal, abstract class, distinct from the concrete viral objects that replicate and cause disease and that are written in Roman characters. Only if it is necessary to draw attention to the taxonomic position of the virus under study will it be necessary to refer to the official species name written in italics. Even then, the official name need be given only once, probably in the introduction or Materials and Methods sections (e.g., Measles virus, genus Morbillivirus, family Paramyxoviridae). In publications written in languages other than English, the use of italics for the English official species name would also indicate the alien nature of the term. In such publications, the common names of viruses will be those used in that language and not the English names. […]
By introducing italicized virus species names, the ICTV in no way intended to replace the existing vernacular or common names of viruses written in Roman characters (21,24). The viruses studied by virologists are […] not abstract classes, and they should continue to be referred to by their common, nonitalicized names. As recently reiterated by Drebot et al. (25) [siehe #Drebot et al. 2002], only the names of viral taxonomic classes are written in italics, not the names of viruses. In scientific articles, authors need to refer most of the time to the virus as a physical entity rather than as a member of a taxonomic class. Therefore, the common name written in Roman characters will most often be used; the species name, in italics, will appear only once for the purpose of taxonomic placement of the virus being discussed.“ (S. 10–11)

Zitat 2: „By introducing […] virus species names, the ICTV in no way intended to replace the existing vernacular or common names of viruses […].“ (S. 11)

Aussage 1: Hier werden englisch vernacular und englisch common synonym gebraucht.

Zitat 3: „The viruses studied by virologists are […] not abstract classes, and they should continue to be referred to by their common, nonitalicized names. […] In scientific articles, authors need to refer most of the time to the virus as a physical entity rather than as a member of a taxonomic class. Therefore, the common name written in Roman characters will most often be used; the species name, in italics, will appear only once for the purpose of taxonomic placement of the virus being discussed.“ (S. 11)

Aussage 1: Schriftschnitt und Schreibung werden in Abhängigkeit vom Bezeichnungsziel gewählt:

1. „abstrakte Klasse“ (Taxon): kursiv und erstes Wort groß (in anderen Quellen genauer: Schreibung wie englisch proper nouns ‚Eigennamen‘);
2. „physikalisches Seiendes“ (Virus): unverändert und Schreibung hier nicht näher bestimmt (in anderen Quellen: recte und Schreibung ähnlich wie englisch common nouns ‚sonstige Substantive‘).

Aussage 2: …

Aussage 3: …

Fauquet et al. 2005

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Werk

Titel: International Committee on Taxonomy of Viruses and the 3,142 unassigned species. (Kommentar)

Datum: 2005-08-16

Kürzel: Fauquet et al. 2005 | Fauquet et al. 2005 Z1 | Fauquet et al. 2005 Z2 | Fauquet et al. 2005 Z3 | Fauquet et al. 2005 Z4

Quelle: CM Fauquet, D Fargette: ———. Comment. In: Virology Journal. Band 2, Jahrgang 2005, Artikelnr. 64, 16. August 2005, doi:10.1186/1743-422X-2-64, PMID 16105179, PMC 1208960 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 1,7 MB; abgerufen am 6. Juli 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1: »Therefore sequences entered in GenBank must be associated with the name of a virus isolate. The term virus isolate has no specific definition and can be applied to any virus, so long as that virus has existed for some time. Several terms are used by virologists to define a virus entity below the species level and are somewhat variable and confusing, but for virus sequences the term "virus isolate" seems the most appropriate, practical and useful [9].« (S. 2, li. Sp.)

Zitat 2: „The Entrez form of GenBank is a general form for all organisms, and one of the first questions asks the name of the organism. Whereas viruses are not organisms, this question immediately causes ambiguity because it is not clear whether the isolate name or the name of the species to which it belongs should be indicated, notwithstanding the fact that many investigators have not yet understood the difference between an isolate name, corresponding to a specific sequence of a virus, and the conceptual species name, to which a particular isolate has been assigned [10,8] (see above).“ (S. 2, re. Sp.)

Zitat 3: »The second drawback comes from the fact that the software dealing with Entrez and connected to the Taxonomy database of GenBank will by default assign any new virus name in the field "Organism" to a new "species" if it does not exist in the ICTV Master list, from which the current valid classification is derived. This implies that most of the 3,142 "species" are in fact virus isolates only (concrete entities), rather than species (conceptual).« (S. 2, re. Sp.)

Zitat 4: „The third problem arises from the fact that many virus species names and virus names are identical in the words that compose them, except that species names are written in italics and are not abbreviated, while virus names are not italicized and may be abbreviated [10-13]; unfortunately, databases can only use ASCII characters and cannot accept italics.“ (S. 2, re. Sp.)

Roussel et al. 2006

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Werk

Titel: Structure and interactions at the viral surface of the envelope protein E1 of Semliki Forest virus. (Artikel)

Datum: 2006-01-10

Kürzel: Roussel et al. 2006 | Roussel et al. 2006 V1 | Roussel et al. 2006 V1/A1

Quelle: Alain Roussel, Julien Lescar, Marie-Christine Vaney, Gisela Wengler, Gerd Wengler, Félix A. Rey: —————. Article. In: Structure. Band 14, Nr. 1. Elsevier, 10. Januar 2006, S. 75–86, doi:10.1016/j.str.2005.09.014, PMID 16407067 (englisch, Volltext [PDF; 1,2 MB; abgerufen am 5. Oktober 2020]). 

Aufbereitung

Verweis 1: „Figure 1. Structure of SFV E1“, Teil A (S. 78)

Aussage 1: Beispiel des E1-Proteins der Viren aus der Gattung Alphavirus mit detaillierter Aufklärung der Sekundär- und Tertiärstruktur zeigt die typische Ektodomänen-Struktur „N–β–α–β–C“, d. h. N-Terminus → meist β-Faltblätter → kurze α-Helix „αB“ → meist β-Faltblätter → C-Terminus. Die Helizes η1 bis η3 sind 3₁₀-Helizes.

Gorbalenya et al. 2006

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Werk

Titel: Nidovirales: Evolving the largest RNA virus genome. (Besprechung)

Datum: 2006-02-28

Kürzel: Gorbalenya et al. 2006

Quelle: Alexander E. Gorbalenya, Luis Enjuanes, John Ziebuhr, Eric J. Snijder: —————. Review. In: Virus Research. Band 117, Nr. 1, Ausgabe April 2006. Elsevier, 28. Februar 2006, S. 17–37, doi:10.1016/j.virusres.2006.01.017, PMID 16503362, PMC 7114179 (freier Volltext) – (englisch). 

Mayo & Haenni 2006

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Werk

Titel: Report from the 36^th and the 37^th Meetings of the Executive Committee of the International Committee on Taxomony of Viruses.

Datum: 2006-03-03

Kürzel: Mayo & Haenni 2006 | Mayo & Haenni 2006 Z1

Quelle: M. A. Mayo, A.-L. Haenni: ———. In: Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (Hrsg.): Archives of Virology (= International Committee on Taxonomy of Viruses [Hrsg.]: Virology Division News). Band 151, Mai 2006. Springer-Verlag, 3. März 2006, ISSN 0304-8608, S. 1031–1037, doi:10.1007/s00705-006-0728-9, PMID 16514500, PMC 7086863 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 82 kB; abgerufen am 1. Juli 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1: „[…T]axon names cannot be translated and […] any translation attempted becomes a vernacular name […].“ (S. 1034)

Vetten & Haenni 2006

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Werk

Titel: Taxon-specific suffixes for vernacular names.

Datum: 2006-03-23

Kürzel: Vetten & Haenni 2006

Quelle: H. J. Vetten, A.-L. Haenni: ———. In: Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (Hrsg.): Archives of Virology (= International Committee on Taxonomy of Viruses [Hrsg.]: Virology Division News). Band 151, Juni 2006. Springer-Verlag, 23. März 2006, ISSN 0304-8608, S. 1249–1250, doi:10.1007/s00705-006-0743-x, PMID 16721512, PMC 7086949 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 134 kB; abgerufen am 18. Juni 2020]). 

Van Regenmortel 2006

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Werk

Titel: Virus species and virus identification: Past and current controversies. (Diskussion)

Datum: 2006-05-19

Kürzel: Van Regenmortel 2006 | Van Regenmortel 2006 Z1

Quelle: M.H.V. van Regenmortel: ———. Discussion. In: Infection, Genetics and Evolution (= International Committee on Taxonomy of Viruses [Hrsg.]: Files > ICTV Documents > Binomial Nomenclature > Van Regenmortel 2007.pdf (Eintrag)). Band 7, Januar 2007. Elsevier, 19. Mai 2006, S. 133–144, doi:10.1016/j.meegid.2006.04.002, PMID 16713373 (englisch, Volltext [PDF; 757 kB; abgerufen am 2. Juli 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1: „The failure to distinguish between real objects such as organisms and viruses and the mental constructions and abstractions needed to build up any classification system has been a fertile source of confusion in taxonomy (Van Regenmortel, 2003).“ (S. 133)

Kuhn et al. 2010

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Werk

Titel: Clarification and guidance on the proper usage of virus and virus species names. (Autor-Manuskript)

Datum: 2010-03-04

Kürzel: Kuhn et al. 2010 | Kuhn et al. 2010 Z1 | Kuhn et al. 2010 Z1/A1

Quelle: Jens H. Kuhn, Peter B. Jahrling: ———. Author manuscript. In: Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (Hrsg.): Archives of Virology. Band 155, April 2010. Springer-Verlag, 4. März 2010, ISSN 0304-8608, S. 445–453, doi:10.1007/s00705-010-0600-9, PMID 20204430, PMC 2878132 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 65 kB; abgerufen am 18. Juni 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1: „According to the rules of nomenclature set forth by the ICTV, virus species names are to be italicized with the first letter of the name being capitalized (e.g. Rabbit hemorrhagic disease virus). Virus names, on the other hand, are to be written in lower case (except if a part of the virus name is a proper noun) and in standard, non-italicized, script (e.g. rabbit hemorrhagic disease virus) [23,36]. Abbreviations (e.g. RHDV), recommended by the ICTV Study Groups, always should refer to virus names, but not to species names [40,42].“ (S. 1)

Aussage 1:

• Arten: kursiv, erster Buchstabe des (ganzen?) Namens groß
• Viren: recte und – im Englischen – klein, außer, wenn Teile Eigennamen sind
• Abkürzungen: sollen Viren bezeichnen, nicht Arten

Kielian et al. 2010

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Werk

Titel: Alphavirus Entry and Membrane Fusion. (Besprechung)

Datum: 2010-03-26

Kürzel: Kielian et al. 2010 | Kielian et al. 2010 V1 | Kielian et al. 2010 V1/A1

Quelle: Margaret Kielian, Chantal Chanel-Vos, Maofu Liao: —————. Review. In: Viruses. Band 2, Nr. 4. MDPI, 26. März 2010, ISSN 1999-4915, S. 796–825, doi:10.3390/v2040796, PMID 21546978, PMC 3086016 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 471 kB; abgerufen am 5. Oktober 2020]). 

Aufbereitung

Verweis 1: „Figure 1. The alphavirus membrane fusion protein E1 in the pre- and post-fusion conformations.“ (S. 798)

Aussage 1: Beispiel des E1-Proteins der Viren aus der Gattung Alphavirus zeigt die typische Ektodomänen-Struktur „N–β–α–β–C“, d. h. N-Terminus → meist β-Faltblätter → kurze α-Helix → meist β-Faltblätter → C-Terminus.

Van Regenmortel et al. 2012

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Werk

Titel: Virus species polemics: 14 senior virologists oppose a proposed change to the ICTV definition of virus species.

Datum: 2012-12-27

Kürzel: Van Regenmortel et al. 2012

Quelle: Marc H. V. van Regenmortel, Hans-Wolfgang Ackermann, Charles H. Calisher, Ralf G. Dietzgen, Marian C. Horzinek, Gunther M. Keil, Brian W. J. Mahy, Giovanni P. Martelli, Frederick A. Murphy, Craig Pringle, Bert K. Rima, Tim Skern, H.-J. Vetten, Scott C. Weaver: ———. In: Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (Hrsg.): Archives of Virology (= International Committee on Taxonomy of Viruses [Hrsg.]: Virology Division News). Band 158, Mai 2013. Springer-Verlag, 27. Dezember 2012, ISSN 0304-8608, S. 1115–1119, doi:10.1007/s00705-012-1583-5, PMID 23269443 (englisch, Volltext [PDF; 167 kB; abgerufen am 18. Juni 2020]).  Siehe auch: Dokument-Seite auf reasearchgate.net, Volltext zum Download: [PDF; 228 KiB]

Kuhn et al. 2013

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Werk

Titel: The International Code of Virus Classification and Nomenclature (ICVCN): proposal for text changes for improved differentiation of viral taxa and viruses. (Autor-Manuskript)

Datum: 2013-02-16

Kürzel: Kuhn et al. 2013 | Kuhn et al. 2013 Z1 | Kuhn et al. 2013 Z1/A1 | Kuhn et al. 2013 Z1/A2 | Kuhn et al. 2013 Z2 | Kuhn et al. 2013 Z2/A1

Quelle: Jens H. Kuhn, Sheli R. Radoshitzky, Sina Bavari, Peter B. Jahrling: ———. Author manuscript. In: Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (Hrsg.): Archives of Virology (= International Committee on Taxonomy of Viruses [Hrsg.]: Virology Division News). Band 158, Ausgabe 7, Juli 2013. Springer-Verlag, 16. Februar 2013, ISSN 0304-8608, S. 1621–1629, doi:10.1007/s00705-012-1582-6, PMID 23417351, PMC 3689849 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 45 kB; abgerufen am 6. Juli 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1: „Importantly, the ICTV is currently not responsible for the nomenclature of viruses or their subclassification into strains, lineages, or genotypes.“ (S. 1621)

Aussage 1: Taxonomische ICTV-Regeln beziehen sich auf die Ebene der Arten und darüber, nicht auf Dinge unterhalb von Arten.

Aussage 2: Viren werden (bisweilen oder unter anderem?) in Stämme, Linien und Genotypen unterklassifiziert.

Zitat 2: „ICTV rules for classification of viruses and nomenclature of taxa are laid out in a code, the International Code of Virus Classification and Nomenclature (ICVCN).“ (S. 1621)

Aussage 1: Die Regeln der Einordnung und Namensgebung (einschl. Namensschreibung?) von Viren finden sich im ICVCN.

Neuman et al. 2013

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Werk

Titel: Atlas of coronavirus replicase structure. (Besprechung)

Datum: 2013-12-16

Kürzel: Neuman et al. 2013 | Neuman et al. 2013 Z1

Quelle: Benjamin W. Neuman, Peter Chamberlain, Fern Bowden, Jeremiah Joseph: —————. Review. In: Virus Research. Band 194, Ausgabe 16. Dezember 2013. Elsevier, 16. Dezember 2013, ISSN 0168-1702, S. 49–66, doi:10.1016/j.virusres.2013.12.004, PMID 24355834, PMC 7114488 (freier Volltext) – (englisch). 

Aufbereitung

Zitat 1: »The N-terminus of nsp13 contains [coronavirus-]conserved cysteine and histidine residues that are probably homologous with the metal binding domains at the N-terminus of arterivirus [i. e. other nidoviruses] helicases, which coordinate up to four Zn²⁺ […].« (3.17.1. Structure and function, S. 59)

Peterson 2014

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Werk

Titel: Defining viral species: making taxonomy useful. (Kommentar)

Datum: 2014-07-23

Kürzel: Peterson 2014 | Peterson 2014 Z1 | Peterson 2014 Z1/A1 | Peterson 2014 Z2 | Peterson 2014 Z2/A1 | Peterson 2014 Z3 | Peterson 2014 Z3/A1

Quelle: A. Townsend Peterson: ———. Comment. In: Virology Journal. Band 11, Jahrgang 2014, Artikelnr. 131, 23. Juli 2014, ISSN 1743-422X, doi:10.1186/1743-422X-11-131, PMID 25055940, PMC 4222810 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 245 kB; abgerufen am 6. Juli 2020] CC-BY 4.0). 

Aufbereitung

Zitat 1: »The recent, detailed taxonomic treatment of the family [Filoviridae] [8] included a section titled, “Marburg virus and Ravn virus are distinct viruses that are members of the same species,” which justifies treating the genus as monospecific.« (S. 2)

Aussage 1: Gattungen mit nur einer Art sind monospezifisch.

Zitat 2: „The genomes of representative marburgvirus variants of one of these lineages differs from all others by up to 21.3% in nucleotide sequence […].“ (S. 2)

Aussage 1: Varianten haben Genome, Genome haben Nukleotid-Sequenzen.

Zitat 3: »“diverging in genomic nucleotide sequence from the type variant of the type virus of the species Marburg marburgvirus (Musoke) by ≤ 10%” versus “diverging in genomic nucleotide sequence from the type variant of the type virus of the species Marburg marburgvirus (Musoke) by ≥ 10% but different from the type variant of Ravn virus by ≤ 10%.” That is, Ravn virus is ~20% distinct from the type virus of the genus […].« (S. 2)

Aussage 1: Arten haben Typusviren, Typusviren haben Typusvarianten, Gattungen haben Typusarten.

Veit et al. 2014

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Werk

Titel: Membrane proteins of arterivirus particles: Structure, topology, processing and function.

Datum: 2014-09-30

Kürzel: Veit et al. 2014 | Veit et al. 2014 V1 | Veit et al. 2014 V1/A1

Quelle: Michael Veit, Anna Karolina Matczuk, Balaji Chandrasekhar Sinhadri, Eberhard Krause, Bastian Thaa: —————. In: Virus Research. Band 194, Ausgabe 19. Dezember 2014. Elsevier, 30. September 2014, S. 16–36, doi:10.1016/j.virusres.2014.09.010, PMID 25278143, PMC 7172906 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 3,1 MB; abgerufen am 6. Oktober 2020]). 

Aufbereitung

Verweis 1: „Fig. 2. Scheme of the Gp5/M dimer of EAV.“ (S. 19)

Aussage 1: Beispiel des GP5-Proteins der Viren aus der Familie Arteriviridae zeigt die typische Ektodomänen-Struktur „N–β–C“, d. h. N-Terminus → meist β-Faltblätter → C-Terminus. Daneben wird das M-Protein dargestellt, dass die gleiche Struktur, aber mit deutlich kürzerer Ektodomäne, aufweist.

Koonin et al. 2015

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Werk

Titel: Evolution of double‐stranded DNA viruses of eukaryotes: from bacteriophages to transposons to giant viruses.

Datum: 2015-02-27

Kürzel: Koonin et al. 2015 | Koonin et al. 2015 Z1 | Koonin et al. 2015 Z2

Quelle: Eugene V. Koonin, Mart Krupovic, Natalya Yutin: ———. In: The New York Academy of Sciences (Hrsg.): Annals of the New York Academy of Sciences. Band 1341, Nr. 1, Ausgabe April 2015: DNA Habitats and Their RNA Inhabitants, S. 10–24. Wiley Periodicals, 5. März 2019, ISSN 0077-8923, doi:10.1111/nyas.12728, PMID 25727355, PMC 4405056 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 511 kB; abgerufen am 29. Juli 2020] Open-access-Lizenz, Typ „CC-BY-NC“). 

Aufbereitung

Zitat 1: Alle Nennungen von „Megavirales“, aus PDF-Version, PMC-Version mit Fehlern, alle schriftschnitttreu:

1. 11 × »“Megavirales,”« (Sn. 10, 13, 14, 16, Legende von Fig. 3, S. 21, in Abstract, Hauptteil und Legende),
2. 01 × »Megavirales« (S. 10, in den Stichworten),
3. 21 × »“Megavirales”« (S. 11, Tab. 1, Sn. 13, 16, Tab. 2, S. 21, in Hauptteil und Tabellen),
4. 05 × »“Megavirales.”« (Sn. 11, 16, 17, 19, 21, im Hauptteil),
5. 01 × »“Megavirales:”« (S. 13, im Hauptteil),
6. 01 × »Megavirales« (Fig. 2, im Bild als Schriftzug, ungefähr schriftart- und schriftgewichtstreu),
7. 01 × »“Megavirales”« (S. 21, im Hauptteil),
8. 01 × »“Megavirales,”« (S. 22, im Quellenteil, Zielartikel hat Komma außen),
9. 01 × »Megavirales« (S. 23, im Quellenteil, Zielartikel gleich).

Zitat 2: Alle Nennungen von „Megavirales“ mit Beitext „proposed“ etc., aus PDF-Version, PMC-Version mit Fehlern, alle schriftschnitttreu:

1.  »[…] the proposed order “Megavirales,” adenoviruses, and virophages […]« (S. 10, im Abstract),
2.  »[…] viruses of […] the proposed order “Megavirales,” and linear […] plasmids.« (S. 10, im Abstract),
3.  »[…] members of the putative order “Megavirales,” refuting the speculations […].« (S. 10, im Abstract),
4.  »[…] known as […] the proposed order “Megavirales.”« (S. 11, im Hauptteil),
5.  »[…] the (putative) order “Megavirales” that encompasses […]« (S. 11, im Hauptteil),
6. »Proposed order “Megavirales”« (Tab. 1, im Hauptteil, vollst. Inhalt einer Zelle),
7.  »[…] that define […] the proposed order “Megavirales.”« (S. 21, im Hauptteil),
8.  »“Megavirales,” a proposed new order […].« (S. 22, im Quellenteil, Zielartikel hat Komma außen),
9.  »[…] the new order Megavirales.« (S. 23, im Quellenteil, Zielartikel gleich).

Lehmann et al. 2015

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Werk

Titel: Discovery of an essential nucleotidylating activity associated with a newly delineated conserved domain in the RNA polymerase-containing protein of all nidoviruses. (Artikel)

Datum: 2015-08-24

Kürzel: Lehmann et al. 2015 | Lehmann et al. 2015 Z1 | Lehmann et al. 2015 Z2

Quelle: Kathleen C. Lehmann, Anastasia Gulyaeva, Jessika C. Zevenhoven-Dobbe, George M. C. Janssen, Mark Ruben, Hermen S. Overkleeft, Peter A. van Veelen, Dmitry V. Samborskiy, Alexander A. Kravchenko, Andrey M. Leontovich, Igor A. Sidorov, Eric J. Snijder, Clara C. Posthuma, Alexander E. Gorbalenya: —————. Article. In: Nucleic Acids Research. Band 43, Nr. 17. Oxford University Press, 24. August 2015, ISSN 0305-1048, S. 8416–8434, doi:10.1093/nar/gkv838, PMID 26304538, PMC 4787807 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 5,3 MB; abgerufen am 27. September 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1: »[…] ORF1b is highly conserved and encodes different RNA-processing enzymes […]. These invariantly include the RdRp and a superfamily 1 helicase domain (HEL1), which is fused with a multinuclear Zn-binding domain (ZBD).« (INTRODUCTION, S. 8417)

Zitat 2: »[…T]he nidovirus-wide conserved RdRp, ZBD and HEL1 […].« (INTRODUCTION, S. 8418)

Faisal et al. 2016

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Werk

Titel: Isolation of the Fathead Minnow Nidovirus from Muskellunge Experiencing Lingering Mortality. (Artikel)

Datum: 2016-05-26

Kürzel: Faisal et al. 2016

Quelle: Mohamed Faisal, Ashley Baird, Andrew D. Winters, Elena V. Millard, Sue Marcquenski, Hui‐Min Hsu, Ann Hennings, Phil Bochsler, Isaac Standish, Thomas P. Loch, Michelle R. Gunn, Janet Warg: —————. Article. In: Journal of Aquatic Animal Health. Band 28, Nr. 2, Ausgabe Juni 2016, S. 131–141. American Fisheries Society, 26. Mai 2016, ISSN 1548-8667, doi:10.1080/08997659.2016.1159620 (englisch, Volltext [PDF; 575 kB; abgerufen am 14. August 2020]). 

Payne 2017

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Werk

Titel: Family Arteriviridae. (Buchkapitel)

Datum: 2017

Kürzel: Payne 2017

Quelle: Susan Payne: —————. Book chapter. In: Viruses. Elsevier/Academic Press, 2017, ISBN 978-0-12-803109-4, Chapter 18, S. 159–163, doi:10.1016/B978-0-12-803109-4.00018-0 (englisch, Volltext [PDF; 764 kB; abgerufen am 25. August 2020]). 

Posthuma et al. 2017

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Werk

Titel: Nidovirus RNA polymerases: Complex enzymes handling exceptional RNA genomes. (Besprechung)

Datum: 2017-04-15

Kürzel: Posthuma et al. 2017

Quelle: Clara C. Posthuma, Aartjan J.W. te Velthuis, Eric J. Snijder: —————. Review. In: Virus Research. Band 234. Elsevier, 15. April 2017, S. 58–73, doi:10.1016/j.virusres.2017.01.023, PMID 28174054, PMC 7114556 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 3,9 MB; abgerufen am 1. Oktober 2020]). 

Jaimes et al. 2018

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Werk

Titel: Feline coronavirus: Insights into viral pathogenesis based on the spike protein structure and function.

Datum: 2018-01-10

Kürzel: Jaimes et al. 2018 | Jaimes et al. 2018 V1 | Jaimes et al. 2018 V1/A1 | Jaimes et al. 2018 V2 | Jaimes et al. 2018 V2/A1 | Jaimes et al. 2018 V3 | Jaimes et al. 2018 V3/A1

Quelle: Javier A. Jaimes Gary R. Whittaker: —————. In: Virology. Band 517, Ausgabe April 2018. Elsevier, 10. Januar 2018, S. 108–121, doi:10.1016/j.virol.2017.12.027, PMID 29329682, PMC 7112122 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 2,3 MB; abgerufen am 6. Oktober 2020]). 

Aufbereitung

Verweis 1: „Fig. 3. Alphacoronavirus (α), Betacoronavirus (β), Gammacoronavirus (γ) and Deltacoronavirus (δ) spike protein.“ (S. 112)

Aussage 1: Beispiele der Spike-Protein-Monomere aus den Gattungen α-, β-, γ- und δ-Coronavirus zeigen die typische Ektodomänen-Struktur „N–β–α–C“, d. h. N-Terminus → meist β-Faltblätter → meist α-Helizes → C-Terminus.

Verweis 2: „Fig. 4. Alphacoronavirus S proteins.“ (S. 115)

Aussage 1: Beispiele der Spike-Protein-Monomere von HCoV-NL63 und drei verschiedenen Stämmen des Felinen Coronavirus (FCoV) zeigen die typische Ektodomänen-Struktur „N–β–α–C“ (vgl. a. Verweis 1/Aussage 1).

Verweis 3: „Fig. 5. FCoV I and II spike protein.“ (S. 117)

Aussage 1: Beispiele der Spike-Protein-Monomere von drei verschiedenen Stämmen des Felinen Coronavirus (FCoV) zeigen die typische Ektodomänen-Struktur „N–β–α–C“ (vgl. a. Verweis 1/Aussage 1).

Koonin & Yutin 2018

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Variante von Eugene V. Koonin, Natalya Yutin: Evolution of the Large Nucleocytoplasmic DNA Viruses of Eukaryotes and Convergent Origins of Viral Gigantism. 10. November 2018.  Identisch mit Koonin & Yutin 2019 mit Online- statt Offline-Veröffentlichungsdatum.

Umleitungen

• Koonin & Yutin 2018 → #Koonin & Yutin 2019
• Koonin & Yutin 2018 Z1 → #Koonin & Yutin 2019 Z1
• Koonin & Yutin 2018 Z1/A1 → #Koonin & Yutin 2019 Z1/A1

Calisher et al. 2018

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Werk

Titel: Strengthening the Interaction of the Virology Community with the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) by Linking Virus Names and Their Abbreviations to Virus Species.

Datum: 2018-11-19

Kürzel: Calisher et al. 2018 | Calisher et al. 2018 Z1 | Calisher et al. 2018 Z1/A1 | Calisher et al. 2018 Z2 | Calisher et al. 2018 Z2/A1

Quelle: Charles H. Calisher, Thomas Briese, J. Rodney Brister, Rémi N. Charrel, Ralf Dürrwald, Hideki Ebihara, Charles F. Fulhorst, George Fú Gāo, Martin H. Groschup, Andrew D. Haddow, Timothy H. Hyndman, Sandra Junglen, Boris Klempa, Jonas Klingström, Andrew M. Kropinski, Mart Krupovic, A. Desiree Labeaud, Piet Maes, Norbert Nowotny, Márcio Roberto Teixeira Nunes, Susan L. Payne, Sheli R. Radoshitzky, Dennis Rubbenstroth, Sead Sabanadzovic, Takahide Sasaya, Mark D. Stenglein, Arvind Varsani, Victoria Wahl, Scott C. Weaver, Francisco Murilo Zerbini, Nikos Vasilakis, Jens H. Kuhn: ———. In: Benoit Dayrat (Hrsg.): Systematic Biologists. Band 68, Ausgabe 5, September 2019. Oxford University Press, 19. November 2018, ISSN 1063-5157, S. 828–839, doi:10.1093/sysbio/syy087, PMID 30597118, PMC 6701456 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 173 kB; abgerufen am 18. Juni 2020] This work is written by US Government employees and is in the public domain in the US.). 

Aufbereitung

Zitat 1: „[…S]pecies names do not yet follow the Linnaean naming format, and in fact they do not follow any proscribed format at all in virus taxonomy (Postler et al. 2017). Furthermore, in virus taxonomy, reminiscent of prokaryotic taxonomy but in contrast to algal/fungal/plant and animal taxonomies, all taxon names are italicized for easy recognition (International Committee on Taxonomy of Viruses 2018b).“ (S. 829, li. Sp.)

Aussage 1: Hiernach (Stand 2017) könnte „Manis-CoV“ neben „Pangolin coronavirus“ ebenso ein sog. „gültiger“, im Juli 2020 noch nicht „anerkannter“, Virus-Artname sein (vgl. englisch valid names ‚gültige Namen‘ und englisch accepted names ‚anerkannte Namen‘), obwohl er mit der Kursivsetzungsmethode nicht verträglich ist.

Zitat 2: „As opposed to classification, nomenclature is the selection of names for both categories (here: taxa) and physical objects (here: viruses).“ (S. 830)

Aussage 1: Taxa sind Gruppen (Klassen, Bestände, Sammlungen) von Viren, nicht Namen. Riboviria etwa ist die Bezeichnung der Gruppe der RNA-Viren, nicht die Gruppe selbst.

Koonin & Yutin 2019

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Werk

Titel: Evolution of the Large Nucleocytoplasmic DNA Viruses of Eukaryotes and Convergent Origins of Viral Gigantism. (Besprechung (nur Kurzfassung))

Datum: 2019

Kürzel: Koonin & Yutin 2019 | Koonin & Yutin 2019 Z1 | Koonin & Yutin 2019 Z1/A1

Quelle: Eugene V. Koonin, Natalya Yutin: ———. Review (abstract only). In: Advances in Virus Research. Band 103. Elsevier, 2019, ISBN 978-0-12-817722-8, Kap. 5, S. 167–202, doi:10.1016/bs.aivir.2018.09.002, PMID 30635076 (englisch, bei ScienceDirect.com (paywalled) [abgerufen am 29. August 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1: »The Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses (NCLDV) of eukaryotes (proposed order “Megavirales”) comprise an expansive group of eukaryotic viruses that consists of the families Poxviridae, Asfarviridae, Iridoviridae, Ascoviridae, Phycodnaviridae, Marseilleviridae, Pithoviridae, and Mimiviridae, as well as Pandoraviruses, Molliviruses, and Faustoviruses that so far remain unaccounted by the official virus taxonomy.« (1. Satz im Abstract)

Aussage 1: Es wird klar getrennt zwischen Taxa, die akzeptiert (kursiv, ohne Afzn.), oder nur vorgeschlagen (recte, mit Afzn.) sind. Andere (scheinbar etablierte) Sammelbezeichnungen werden wie von Taxa abgeleitete Sammelbezeichnungen geschrieben (recte, ohne Afzn.).

Stoian & Rowland 2019

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Werk

Titel: Challenges for Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome (PRRS) Vaccine Design: Reviewing Virus Glycoprotein Interactions with CD163 and Targets of Virus Neutralization. (Besprechung)

Datum: 2019-01-17

Kürzel: Stoian & Rowland 2019 | Stoian & Rowland 2019 V1 | Stoian & Rowland 2019 V1/A1

Quelle: Ana M. M. Stoian, Raymond R. R. Rowland: —————. Review. In: Veterinary Sciences. Band 6, Nr. 1, Artikelnr. 9. MDPI, 17. Januar 2019, doi:10.3390/vetsci6010009, PMID 30658381, PMC 6466263 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 1,6 MB; abgerufen am 6. Oktober 2020]). 

Aufbereitung

Verweis 1: „Figure 1. Representation of porcine reproductive and respiratory syndrome virus-2 (PRRSV-2) virion surface proteins.“ (S. 2)

Aussage 1: Gezeigt wird die ähnliche Grobstruktur des GP5- und des M-Proteins von PRRSV-2 mit drei Transmembran-Durchgängen, einem kurzen zytoplasmatischen Schwanz und unterschiedlichen Ektodomänen.

Bäckström et al. 2019

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Werk

Titel: Virus Genomes from Deep Sea Sediments Expand the Ocean Megavirome and Support Independent Origins of Viral Gigantism. (Forschungsartikel)

Datum: 2019-03-05

Kürzel: Bäckström et al. 2019 | Bäckström et al. 2019 Z1 | Bäckström et al. 2019 Z1/A1 | Bäckström et al. 2019 Z2 | Bäckström et al. 2019 Z2/A1

Quelle: Disa Bäckström, Natalya Yutin, Steffen L. Jørgensen, Jennah Dharamshi, Felix Homa, Katarzyna Zaremba-Niedwiedzka, Anja Spang, Yuri I. Wolf, Eugene V. Koonin, Thijs J. G. Ettema (Autoren); Matthias Fischer, Jonatas Abrahao (Gutachter): ———. Research article. In: Richard P. Novick (Hrsg.): mBio. Band 10, Nr. 2, Ausgabe März/April 2019, Artikelnr. e02497-18. American Society for Microbiology, 5. März 2019, ISSN 2150-7511, doi:10.1128/mBio.02497-18, PMID 30837339, PMC 6401483 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 5,3 MB; abgerufen am 22. Juli 2020] D.B. und N.Y. trugen gleichermaßen zu diesem Artikel bei. – Disa Bäckström, der erste Autor dieses Artikels, starb bei einem tragischen Unfall als dieser Artikel in der Prüfungsphase war. Die Autoren widmen dieses Papier ihrem Andenken. – Dieser Artikel ist ein direkter Beitrag eines Fellow of the American Academy of Microbiology.). 

Aufbereitung

Zitat 1: »[…] pithoviruses, cedratviruses, orpheoviruses (here, the latter 3 groups of related viruses are collectively referred to as the putative family “Pithoviridae”) (17–19) […].« (S. 2, Unterstreichungen nicht im Original)

Aussage 1: Hier ist die Rede von Gruppen verwandter Viren innerhalb einer (mutmaßlichen) Virenfamilie. Also genauso wie man von Gattungen reden würde (Unterfamilie wäre auch möglich, aber weniger wahrscheinlich). Quelle 17 beschreibt die Entdeckung des ersten Pithovirus: Pithovirus sibericum, als Prototyp einer neuen Virenfamilie. Quelle 18 beschreibt die Entdeckung des Cedratvirus und kennt bereits zwei namentliche „Pithoviren“. Quelle 19 beschreibt die Entdeckung des Orpheovirus und kennt bereits vier Pithoviriden (zwei Pithoviren und zwei Cedratviren). 17 und 19 haben denselben Hauptautor und eine ähnliche Autorengruppe, und 19 bezeichnet die Erstbeschreibung des ersten Cedratvirus (Cedratvirus A11) in 17 ausdrücklich als Beschreibung einer „möglichen neuen Gattung“ (englisch possible new genus). In 18 kann man sehen, dass das Wort „Pithovirus“ de facto wie ein Gattungsname (in Anlehnung an die Nicht-Viren-Biologie) verwendet wird, in der Form <Gattungsname, kursiv> + <Spezies-Epithet, kursiv> und auch <Gattungsname, kursiv> alleine. Damit wäre dann die Familienstruktur weitgehend umrissen: Pithovirus als Schwestergattung von Cedratvirus innerhalb der Familie Pithoviridae.

Zitat 2: »[…] a […] clade that is the sister group of all currently known “Pithoviridae” (Pithovirus, Cedratvirus, and Orpheovirus) […] (Fig. 3).« (S. 8, Unterstreichungen nicht im Original)

Aussage 1: Hier wird die komplette Familienstruktur schon exemplarisch dargestellt, es fehlt nur noch die passende Typografie. Da aber von „allen aktuell bekannten“ Pithoviriden die Rede ist, müssen gemäß Quellenangaben (vgl. Zitat 1) zumindest Pitho- und Cedratvirus Gruppen mehrerer verwandter Viren sein. Aufgrund der Gattungsendung „-virus“ und der Verwendung des Singular trotz mehrerer Viren (Gruppenname) werden hier offenbar Gattungen postuliert. Wie sinnvoll oder anerkennenswert dieses Postulat ist, kann anderswo erörtert werden, es ist jedenfalls ein Postulat.

Dutilh et al. 2019

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Werk

Titel: Modify the International Code of Virus Classification and Nomenclature (ICVCN) to prospectively mandate a uniform Linnaean-style virus species naming format and to retrospectively mandate changing of existing species names to the same format within 2 years (with an exception provision for prokaryotic virus species names). (Anhängiger Vorschlag)

Datum: 2019-04

Kürzel: Dutilh et al. 2019 | Dutilh et al. 2019 Z1 | Dutilh et al. 2019 Z1/A1

Quelle: Dutilh BE, Junglen S, Kropinski AM, Krupovic M, Adriaenssens EM, Kuhn JH, Postler TS, Rubino L, Sabanadzovic S, Simmonds P, Varsani A, Zerbini M: ———. Pending Proposal. In: International Committee on Taxonomy of Viruses (Hrsg.): Files > Pending Proposals > General > Under consideration and open for discussion > 2018.001G.Ud.v2.binomial_species.docx (Eintrag). April 2019 (englisch, Volltext [DOCX; 98 kB; abgerufen am 5. Juli 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1: „8. species names that are identical in spelling to the names of their member viruses and are only differentiated from them via italics and, sometimes, capitalization, e.g., Cafeteria roenbergensis virus as the species for Cafeteria roenbergensis virus or West Nile virus as the species for West Nile virus; and
9. species names that mimic virus names but are more or less distinct from the names of their member viruses, e.g., the species Seneca virus A for Seneca Valley virus; Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus for severe acute respiratory syndrome coronavirus; Pseudomonas virus D3112 for Pseudomonas phage D3112; Salmonella virus P22 for Salmonella phage P22.“ (S. 3)

Aussage 1: Taxon-(fast-)identische Virusnamen werden ohne Anführungszeichen, nichtkursiv geschrieben.

Van Regenmortel 2019

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Werk

Titel: Solving the Species Problem in Viral Taxonomy: Recommendations on non-Latinized Binomial Species Names and on Abandoning Attempts to Assign Metagenomic Viral Sequences to Species Taxa. (Besprechung)

Datum: 2019-06-18

Kürzel: Van Regenmortel 2019 | Van Regenmortel 2019 Z1

Quelle: M.H.V. van Regenmortel: ———. Review. In: Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (Hrsg.): Archives of Virology (= International Committee on Taxonomy of Viruses [Hrsg.]: Files > ICTV Documents > Binomial Nomenclature > Regenmortel 2019.pdf (Eintrag)). Band 164, September 2019. Springer-Verlag, 18. Juni 2019, ISSN 0304-8608, S. 2223–2229, doi:10.1007/s00705-019-04320-y, PMID 31209597 (englisch, Volltext [PDF; 537 kB; abgerufen am 5. Juli 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1: „The ICTV should abandon the current rule that the names of virus species (for instance Measles virus) should differ from the virus name (measles virus) only by typography.“ (S. 2223, li. Sp.)

Ogando et al. 2019

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Werk

Titel: The Curious Case of the Nidovirus Exoribonuclease: Its Role in RNA Synthesis and Replication Fidelity. (Besprechung)

Datum: 2019-08-07

Kürzel: Ogando et al. 2019 | Ogando et al. 2019 Z1

Quelle: Ogando NS, Ferron F, Decroly E, Canard B, Posthuma CC, Snijder EJ: —————. Review. In: Aartjan Te Velthuis (Hrsg.): Frontiers in Microbiology. Band 10, Artikelnr. 1813, 7. August 2019, doi:10.3389/fmicb.2019.01813, PMID 31440227, PMC 6693484 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 6,8 MB; abgerufen am 1. Juni 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1: »The rapid expansion of the nidovirus order has highlighted the strict conservation of an array of five “core replicase” domains: (i) the main (or “3C-like”) protease, (ii) the nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN), (iii) the RdRp, (iv) a Zn-binding domain (ZBD), and (v) the superfamily 1 helicase domain (HEL1), with which the ZBD is always associated […].« (S. 3)

Siddell et al. 2019

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Werk

Titel № 0: Binomial nomenclature for virus species: a consultation.

Datum: 2019-12-03

Kürzel: Siddell et al. 2019

Quelle: Stuart G. Siddell, Peter J. Walker, Elliot J. Lefkowitz, Arcady R. Mushegian, Bas E. Dutilh, Balázs Harrach, Robert L. Harrison, Sandra Junglen, Nick J. Knowles, Andrew M. Kropinski, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Max L. Nibert, Luisa Rubino, Sead Sabanadzovic, Peter Simmonds, Arvind Varsani, Francisco Murilo Zerbini, Andrew J. Davison: ———. In: Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (Hrsg.): Archives of Virology (= International Committee on Taxonomy of Viruses [Hrsg.]: Virology Division News). Band 165, Ausgabe 2, Februar 2020. Springer-Verlag, 3. Dezember 2019, ISSN 0304-8608, S. 519–525, doi:10.1007/s00705-019-04477-6, PMID 31797129, PMC 7026202 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 629 kB; abgerufen am 18. Juni 2020] This work has a correction under: doi:10.1007/s00705-020-04555-0.). 

Titel № 1: Correction to: Binomial nomenclature for virus species: a consultation. (Korrektur)

Datum: 2020-02-17

Quelle: Stuart G. Siddell, Peter J. Walker, Elliot J. Lefkowitz, Arcady R. Mushegian, Bas E. Dutilh, Balázs Harrach, Robert L. Harrison, Sandra Junglen, Nick J. Knowles, Andrew M. Kropinski, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Max L. Nibert, Luisa Rubino, Sead Sabanadzovic, Peter Simmonds, Arvind Varsani, Francisco Murilo Zerbini, Andrew J. Davison: ———. Correction. In: Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (Hrsg.): Archives of Virology (= International Committee on Taxonomy of Viruses [Hrsg.]: Virology Division News). Band 165, Ausgabe 5, Mai 2020. Springer-Verlag, 17. Februar 2020, ISSN 0304-8608, S. 1263–1264, doi:10.1007/s00705-020-04555-0, PMID 32065315, PMC 7160066 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 359 kB; abgerufen am 4. Juli 2020] This work corrects: doi:10.1007/s00705-019-04477-6. The correction only consists of a copyright change.): “After publication […] the author decided to opt for Open Choice and to make the article an Open Access publication. Therefore, the copyright of the article has been changed to © The Author(s) 2020 and the article is forthwith distributed under the terms of the Creative Commons Attribution 4.0 International License […].” 

Kuhn 2020

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Werk

Titel: Virus Taxonomy.

Datum: 2020-01-29

Kürzel: Kuhn 2020 | Kuhn 2020 Z1 | Kuhn 2020 Z1/A1 | Kuhn 2020 Z2 | Kuhn 2020 Z2/A1 | Kuhn 2020 Z3 | Kuhn 2020 Z3/A1 | Kuhn 2020 Z4 | Kuhn 2020 Z4/A1 | Kuhn 2020 Z5 | Kuhn 2020 Z5/A1 | Kuhn 2020 Z6 | Kuhn 2020 Z6/A1

Quelle: Jens H. Kuhn: ———. In: Life Sciences. Refenzmodul. Elsevier, 29. Januar 2020, S. 445–453, doi:10.1016/B978-0-12-809633-8.21231-4, PMC 7157452 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 881 kB; abgerufen am 1. Juli 2020]). 

Aufbereitung

Zitat 1: „Virus taxonomy is a virology subspecialty that addresses the grouping (classification) of viruses (physical entities) into categories (concepts) called taxa and the development and implementation of a standardized system of naming (nomenclature) for taxa.“ (S. 1)

Aussage 1: …

Zitat 2: „The vast majority of virology and microbiology specialty journals request (but unfortunately rarely enforces) that manuscript authors follow the official ICTV taxonomy.“ (S. 7)

Aussage 1: …

Zitat 3: „The ICTV only administers the nomenclature of virus taxa, but not the nomenclature (names or abbreviations) of viruses. Virus taxon nomenclature is regulated by the rules of the ICVCN, which stipulate, for instance, that

(1) all taxon names are to be capitalized, italicized, and never abbreviated (e.g., Caudovirales, Paramyxoviridae);

(2) each taxon name with the exception of names of species may consist only of a single word; and

(3) all taxon names are to be written in the standard Latin alphabet without diacritical marks.“ (S. 7)

Aussage 1: …

Zitat 4: „[…A]s of now, virus species naming is chaotic.“ (S. 7)

Aussage 1: …

Zitat 5: »However, each virus species name is required to begin with a capitalized word and all other words are to be written in lower case except if they are proper nouns. Taxon names that have been suggested or official proposed but not yet accepted by the ICTV should be indicated by quotation marks (e.g., “Autolykiviridae”,<SIC!> “Megavirales”).« (S. 7)

Aussage 1: …

Zitat 6: »Although nomenclature of viruses is not regulated by the ICTV, the ICTV does recommend adherence to certain rules:

(1) Virus names should not be italicized, and the individual words of a virus name should not be capitalized except if they are proper nouns (Table 4).

(2) Virus names may be abbreviated (Table 4).

(3) Virus names and virus name abbreviations ought to be unique.

(4) The names of groups of viruses belonging to taxa ranked higher than species, such as all members of a family, should be derived from the taxon name (e.g., the members of Flaviviridae are called flaviviruses and the members of the order Nidovirales are called nidoviruses). Rank-specific suffixes for members of taxa ranked higher than genus have thus far only been suggested for subfamily (“…virins”, e.g., rubulavirins), family (“…virids”, e.g., flavivirids), and order (“…virads”, e.g., nidovirads) but have not yet been widely accepted in the virology community.« (S. 7–8)

Aussage 1: …

Koonin et al. 2020

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Werk

Titel: Global Organization and Proposed Megataxonomy of the Virus World. (Besprechung)

Datum: 2020-03-04

Kürzel: Koonin et al. 2020

Quelle: Eugene V. Koonin, Valerian V. Dolja, Mart Krupovic, Arvind Varsani, Yuri I. Wolf, Natalya Yutin, F. Murilo Zerbini, Jens H. Kuhn: ———. Review. In: Microbiology and Molecular Biology Reviews. Band 84, Ausgabe 2, Artikelnr. e00061-19. American Society for Microbiology, 4. März 2020, ISSN 1092-2172, doi:10.1128/MMBR.00061-19, PMID 32132243, PMC 7062200 (freier Volltext) – (englisch, beschränkter Volltext [PDF; 0 kB; abgerufen am 5. Juli 2020]  / Online-Veröffentlichungsdatum angegeben; gedruckt am 20. Mai 2020; hat PMC-Embargo [verfügbar auf Pub Med Central ab 4. März 2021]). 

Wrapp et al. 2020

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Werk

Titel: Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. (Meldung)

Datum: 2020-03-13

Kürzel: Wrapp et al. 2020 | Wrapp et al. 2020 V1 | Wrapp et al. 2020 V1/A1

Quelle: Daniel Wrapp, Nianshuang Wang, Kizzmekia S. Corbett, Jory A. Goldsmith, Ching-Lin Hsieh, Olubukola Abiona, Barney S. Graham, Jason S. McLellan: —————. Report. In: Science. Band 367, Artikelnr. 6483. AAAS, 13. März 2020, ISSN 0036-8075, S. 1260–1263, doi:10.1126/science.abb2507, PMID 32075877, PMC 7164637 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 840 kB; abgerufen am 5. Oktober 2020]). 

Aufbereitung

Verweis 1: „Fig. 2. Structural comparison between 2019-nCoV S and SARS-CoV S.“ (S. 2)

Aussage 1: Beispiele von Spike-Protein-Monomeren von SARS-CoV-2 und SARS-CoV zeigen die typische Ektodomänen-Struktur „N–β–α–C“, d. h. N-Terminus → meist β-Faltblätter → meist α-Helizes → C-Terminus.

Cano et al. 2020

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Werk

Titel: Isolation of a Chinook Salmon Bafinivirus (CSBV) in Imported Goldfish Carassius auratus L. in the United Kingdom and Evaluation of Its Virulence in Resident Fish Species. (Artikel)

Datum: 2020-05-25

Kürzel: Cano et al. 2020

Quelle: Irene Cano, David Stone, Jacqueline Savage, Gareth Wood, Brian Mulhearn, Joshua Gray, Nick Stinton, Stuart Ross, Michaela Bonar, Nick G. H. Taylor, Kelly S. Bateman, Stephen W. Feist: —————. Article. In: Viruses. Band 12, Nr. 5, Artikelnr. 578. MDPI, 25. Mai 2020, ISSN 1999-4915, doi:10.3390/v12050578 (englisch, Volltext [PDF; 15,0 MB; abgerufen am 14. August 2020]).