Benutzer:Prot783/Datenbank der Molekülbewegungen

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Das Database of Macromolecular Motions (auf Deutsch: Datenbank der Makromolekülbewegungen) (molmovdb) ist ein Bioinformatik Datenbank im Internet. Es versucht, Bewegungen Protein und einige RNA biologischen Moleküle zu kategorisieren. Solche Bewegungen sind manchmal auch als Konformationsänderung genannt.[1][2]

Beschreibung

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Es war ursprünglich entwickelt von Mark Bender Gerstein, Werner G. Krebs und Nat Echols in die Molekulare Biophysik und Biochemie Abteilung der Yale University. Benutzer können die Datenbank für eine bestimmte Bewegung entweder mit Protein Namen oder Protein Data Bank ID-Nummer suchen. Typischerweise jedoch kommen die Benutzer das Datenbank oft von das Protein Data Bank, der oft einen Hyperlink zu der molmovdb bietet für bestimmte Proteine.

Das Datenbank enthält eine webbasierte Tool (der Morph-Server), der erlaubt Nicht-Experten bestimmte Arten von Protein Konformationsänderung zu animieren und visualisieren durch die Erzeugung von Kurzfilmen. Dieses System verwendet Molecular Modelling-Techniken, um die strukturellen Veränderungen zwischen zwei verschiedenen Protein Konformere zu interpolieren und Zwischenstrukturen zu erzeugen. Ein Hyperlink auf das Morph-Ergebnis wird dann zu den Benutzer mit E-Mail geschickt.[3]

Das "Morph Server"-Tool war ursprünglich ein Forschungsinstrument und nicht als Werkzeug für die Herstellung von Bewegtbildern. Deshalb gab es ursprünglich keine Kontrolle über Rendering, Animationsparameter, Farbe und Sicht. Die ursprünglichen Methoden brauchten manchmal auch eine Menge CPU-Zeit bis zur Fertigstellung.[4] Seit ihrer erste Einführung im Jahr 1996, hat sich das Datenbank und den zugehörigen Morph-Server versucht, einige dieser Mängel zu beheben durch weiterer Entwicklung.[5] Auch wurden neue Features hinzugefügt, wie zum Beispiel Schwingungsmoden Analyse.[6] Andere Forschungsgruppen haben anschließend entwickelt alternative Systeme, sowie MovieMaker (en) von der University of Alberta.[4]

Kommerzialisierung

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Bioinformatik-Anbieter DNASTAR hat Morphs aus der Datenbank in ihr kommerzielle Protean3D Produkt eingebaut.[7][8] Die Verbindung zwischen DNASTAR und die Autoren der Datenbank, falls vorhanden, ist nicht sofort klar.

Literatur

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  • Frauenfelder H: New looks at protein motions. In: Nature. 338. Jahrgang, Nr. 6217, 20. April 1989, S. 623–4, doi:10.1038/338623a0 (nature.com).
  • Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M: Normal modes for predicting protein motions: A comprehensive database assessment and associated Web tool. In: Protein Sci. 14. Jahrgang, Nr. 3, März 2005, S. 633–43, doi:10.1110/ps.04882105, PMID 15722444, PMC 2279292 (freier Volltext).
  • Alexandrov V, Gerstein M: Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures. In: BMC Bioinformatics. 5. Jahrgang, Januar 2004, S. 2, doi:10.1186/1471-2105-5-2, PMID 14715091, PMC 344530 (freier Volltext).
  • Echols N, Milburn D, Gerstein M: MolMovDB: analysis and visualization of conformational change and structural flexibility. In: Nucleic Acids Res. 31. Jahrgang, Nr. 1, Januar 2003, S. 478–82, doi:10.1093/nar/gkg104, PMID 12520056, PMC 165551 (freier Volltext) – (oxfordjournals.org).
  • Krebs WG, Alexandrov V, Wilson CA, Echols N, Yu H, Gerstein M: Normal mode analysis of macromolecular motions in a database framework: developing mode concentration as a useful classifying statistic. In: Proteins. 48. Jahrgang, Nr. 4, September 2002, S. 682–95, doi:10.1002/prot.10168, PMID 12211036.
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Siehe auch

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Portal: Biochemie – Übersicht zu Wikipedia-Inhalten zum Thema Biochemie

Einzelnachweise

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  1. ↑ Hot Picks. In: Science. 284. Jahrgang, Nr. 5416, 7. Mai 1999, ISSN 0036-8075, S. 871-871, doi:10.1126/science.284.5416.871b (englisch, sciencemag.org).
  2. ↑ Gerstein M, Krebs W: A database of macromolecular motions. In: Nucleic Acids Res. 26. Jahrgang, Nr. 18, September 1998, S. 4280–90, doi:10.1093/nar/26.18.4280, PMID 9722650, PMC 147832 (freier Volltext) – (oxfordjournals.org).
  3. ↑ Krebs WG, Gerstein M: SURVEY AND SUMMARY: The morph server: a standardized system for analyzing and visualizing macromolecular motions in a database framework. In: Nucleic Acids Res. 28. Jahrgang, Nr. 8, April 2000, S. 1665–75, doi:10.1093/nar/28.8.1665, PMID 10734184, PMC 102811 (freier Volltext) – (oxfordjournals.org).
  4. ↑ a b Maiti R, Van Domselaar GH, Wishart DS: MovieMaker: a web server for rapid rendering of protein motions and interactions. In: Nucleic Acids Res. 33. Jahrgang, Web Server issue, Juli 2005, S. W358–62, doi:10.1093/nar/gki485, PMID 15980488, PMC 1160245 (freier Volltext).
  5. ↑ Alexandrov V, Gerstein M: Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures. In: BMC Bioinformatics. 5. Jahrgang, Januar 2004, S. 2, doi:10.1186/1471-2105-5-2, PMID 14715091, PMC 344530 (freier Volltext).
  6. ↑ Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M: Normal modes for predicting protein motions: A comprehensive database assessment and associated Web tool. In: Protein Sci. 14. Jahrgang, Nr. 3, März 2005, S. 633–43, doi:10.1110/ps.04882105, PMID 15722444, PMC 2279292 (freier Volltext).
  7. ↑ https://www.dnastar.com/protean3d_help/index.html#!Documents/themotionlibrary.htm. In: www.dnastar.com. Abgerufen am 13. November 2015.
  8. ↑ https://www.dnastar.com/protean3d_help/index.html#!Documents/protean3doverview.htm. In: www.dnastar.com. Abgerufen am 13. November 2015.
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