Benutzer Diskussion:Lupino/Bioinformatik

Hi Dennis! Hab schon mal angefangen, etwas zu texten. Ich bin eigentlich für Redundanz, das heißt, der Artikel sollte ohne das rekursive Lesen von zwanzig Querverweisen für einen Otto Normalabiturienten ohne Bio-LK schön lesbar sein. Was ist Deine Meinung? Lieber mehr auf Unterartikel verweisen oder einen umfangreichen, dafür schön lesbaren Text machen? --Lupino 14:11, 10. Nov 2005 (CET)

Hi Lupino. Ich denke der Text sollte schön lesbar sein und dabei die Verweise auf die Unterartikel enthalten. Jeder der mehr wissen möchte kann dann dort weiterlesen. Ob wir das so hinbekommen das jeder Ottonormal-Abiturient alles versteht ist auf jeden Fall ein Anreiz, da zum Teil doch einigermaßen komplexe Materie dabei ist.

Ich hab diese Diskussion zu Teil mal hier in die Artikel-Diskussion verschoben. Ich denke hier gehört sie inzwischen hin. -- Dennis G. 20:23, 10 November 2005 (CET)

Hallo, ich habe gerade einen Genetikkurs an der FU Berlin. Bin zum ersten Mal in Kontakt mit Bioinformatik gekommen. Ich würde gerne beisteuern, dass die Bioinformatik erst ab 1989 als solche bezeichnet wurde. Gruß, Robert.

Das ist interessant. Hast Du evtl. eine Quelle dafür? --Lupino 14:38, 3. Mär 2006 (CET)

Hi Lupino! Ich habe mich eben mal kurz auf die Suche nach einer Quelle gemacht (so einfach wie möglich, also eine PubMed-Suche nach dem Stichwort "Bioinformatics"). Die älteste Publikation zu dem Stichwort war:

Benson D, Boguski M, Lipman D, Ostell J.: The National Center for Biotechnology Information.; Genomics. 1990 Mar;6(3):389-91. No abstract available.; PMID: 12134874

Ist zwar auch keine hundertprozentige Aussage, da ich weder Zugriff auf das Abstract noch auf den Volltext der Publikation habe, könnte aber zumindest mit Quellenangabe als Anhaltspunkt dienen. --Nachtalp 18:57, 27. Mär 2006 (CEST)

Link auf PDB

Hallo Lupino, ich habe mir erlaubt den Link PDB zu beseitigen. Der verweisst jetzt nämlich auf die Partei der deutschsprachigen Belgier. Schöne Grüße --GNB 15:27, 9. Feb 2006 (CET)

Danke! --Lupino 14:38, 3. Mär 2006 (CET)

allgemeinverständlicher

Hallo Lupino, dein Artikel erscheint mir schon recht fachspezifisch zu sein und ich möchte dich dazu anhalten, auch einen allgemeinverständlicheren Teil beizubehalten. Ich finde die englische Bezeichnung für Bioinformatik wie er im bestehenden Artikel enthalten ist angebrachter, als eine altgrichische Übersetzung, da die Bioinformatik wohl auch keine altgrichischen Vorläufer hat und englisch heutzutage auch die Sprache der Wissenschaft ist. Meine Anregungen: 1. mindestens einen Absatz für den Durchschnissabiturienten/-leser und 2. Aus dem bestehenden Artikel nichts wegwerfen sofern es nicht falsch ist, sondern einarbeiten (vielleicht in 1.). --Aquis 20:45, 24. Feb 2006 (CET)

Gute Idee. --Lupino 14:38, 3. Mär 2006 (CET)

Noch 'ne Anmerkung: zum Satz ... Fragestellungen mit Methoden der Informatik (+ und Verwendung von Computern) zu beantworten versucht. ... beschäftigt sich dabei mit Fragen von biologischen Sequenzen (DNA und Proteine), deren Speicherung ... Werden wirklich die Fragen zu biologischen Sequenzen gespeichert oder ist etwas anderes gemeint ? Um den zweiten Satz verstehen zu können muß vorher schon wissen, was eine Sequenz ist. Ferner ist der zweite Satz etwas lang und wenn er zusätzlich noch logische Holperer enthält ist er noch schwerer zu verstehen. Da hilft es im Allgemeinen den Satz in mehrere kleinere Sätze zu teilen. Das wirkt dann zunächst weniger akademisch, hilft dem Verständnis aber. Danach, wenn die Sätze stimmen kann man sie dann wieder zusammenbauen um Teilaspekte zu nuancieren. Ich stelle mir vor, dass es hilfreich ist, nach dem Lemma ein Kapitel 'Grundlagen' einzufügen, in dem die Basics erklärt werden: Gen, Chromosom, DNA, Genanalyse, .. und eine Darstelleung in allgemeinen (abiturientenverständlichen) Worten welche Daten erhoben werden und wozu sie benötigt werden. Das ist dann nicht so abstrakt. Die Bildchen im Artikel Chromosomen erscheinen mir da z.B. sehr hilfreich um eine Anschaung davon zu bekommen. Ein Kapitel praktische Anwendungen z.B. über: Genanalyse (z.B. in der Kiminalistik) und Morphogenese (Zusammenhang zwischen Erbanlagen und Körpermerkmalen) ist sicher auch von Interesse, sofern sie nicht anderswo schon vorliegen. P.S.: Habe ein Portal:Vererbung und Evolution auf der Diskssionsseite des Projekts:Evolution vorgeschlagen, da mir die vielfältigen Informationen noch zu verstreut vorzuliegen scheinen. --Aquis 12:20, 4. Mär 2006 (CET)

Hi Aquis. Meinst du wirklich man sollte die ganzen biologischen Grundlagen in einem Artikel über Bioinformatik nochmal aufrollen? Dafür gibt es doch die entsprechenden Artikel. Ein Leser, der nicht genau weiß was DNA ist oder wozu man ein Chromosom braucht kann dann dort sein Wissen auffrischen.

Wenn es sich um (fast) reine bioinformatische Begriffe handelt denke ich macht so ein Abschnitt "Grundlagen" durchaus Sinn, da viele Begriffe aus der Bioinformatik nicht so weit verbreitet sind. Schöne Grüße Dennis G. 08:51, 20. Apr 2006 (CEST)

Bereiche der Bioinformatik

ich denke man sollte die Bioinformatik nicht nur auf Sequenzen beschränken, weitere Bereiche wären

- Microarrays (DNA, RNA, Protein-arrays) - Unterstützung der Biowissenschaft in Form von Laborsystemen, Webapplikationen, usw - Simulation biologischer (zb zellulärer) Prozesse - Visualisierungstechniken wie zb: Denoising oder 3D Aufbereitung

Bioinformatik versus Biocomputing

Hallo Lupino, ich wollte nur anmerken, dass man im Einführungsabschnitt vielleicht kurz darauf hinweisen könnte, dass die Bioinformatik vom Biocomputing zu Unterscheiden ist. Da letzteres doch öfters unter ersterem vermutet wird. lg ᚦᛟᚱ//MSG 21:36, 13. Aug 2006 (CEST)

Vorhersage der Proteinstruktur

Die Theoretischen Grundlagen sind sehr wohl bekannt, guckst du hier: Schrödingergleichung. Die Tatsache das man Proteinstrukturen bisher trotzdem nicht rechnen kann liegt einfach darin begründet, dass die Rechner für Hartree-Fock und erst recht für Full Configuration Interaction viel zu langsam sind. Klassische MD-Rechnungen kommen jedoch langsam in den interessanten Bereich--Zivilverteidigung 17:25, 29. Apr. 2007 (CEST)

Algemeine Anmerkungen

Hi. Bin neu hier und finde den Artikel ganz gut. Mir sind nur einige Dinge direkt aufgefallen: 1. Ich würde (mit Verlaub) Tobias Sing nicht wirklich in die Liste der "wichtigen" Bioinformatiker aufnehmen - ist event. ein bisschen übertrieben. 2. Zum Punkt Software: Du solltest noch ClustalW (der Klassiker für multiple Sequenzalignments) hinzufügen und eventuell moderne Weiterentwicklungen wie Probcons. 3. Zum Punkt Frameworks/Erweiterungen: Ich würde noch die BALL Library (von den Machern von BALLView) hinzufügen. 4. Zum Punkt Websites: Noch die Seite des ZBI Saarbrücken

Läuft da was?

Hallo, läuft hier noch was oder ist die Arbeit eingeschlafen? Ansonsten macht es ja wenig Sinn, die beiden Bioinformatik Artikel parallel zu führen? Gruss --hroest 11:09, 22. Mai 2008 (CEST)