Biochemie-Datenbank

Ein Biochemie-Datenbank ist eine Datenbank für Themenbereiche der Biochemie. Computer-gestützte Datenbanken der Biochemie werden auch zur Bioinformatik gezählt.

Protein-Datenbanken

• Uniprot
• ExPASy
• BRENDA
• CharProtDB
• Enzyme Council
• Pfam
• Reactome
• Human Protein Atlas
• PROSITE
• MEROPS
• MIPModDB
• Mitocheck
• Mascot
• MimoDB
• Immune Epitope Database (IEDB)
• Protein Information Resource
• SYFPEITHI
• VIOLIN
• SABIO-Reaction Kinetics Database
• STRING
• TRANSFAC
• NucleaRDB
• Transporter Classification Database

Nukleinsäure-Datenbanken

• Internationale Nukleotidsequenz-Datenbank-Zusammenarbeit
• GenBank
• Entrez Gene
• Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
• European Nucleotide Archive
• Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)
• GeneCards
• Synthetic Gene Database
• Nucleic Acid Database

Kohlenhydrate-Datenbanken

• GlycomeDB

Datenbanken niedermolekularer Verbindungen

• ChEBI

Genexpressionsdatenbanken

• Gene Expression Omnibus

Molekülstruktur-Datenbanken

• Molecular Modelling Database
• Protein Data Bank
• MMDB

Zelltyp-Datenbanken

• BRENDA Tissue Ontology
• Cellosaurus
• American Type Culture Collection
• IGRhCellID

Literatur

• M. Kim, K. H. Lee, S. W. Yoon, B. S. Kim, J. Chun, H. Yi: Analytical tools and databases for metagenomics in the next-generation sequencing era. In: Genomics & informatics. Band 11, Nummer 3, September 2013, S. 102–113, doi:10.5808/GI.2013.11.3.102, PMID 24124405, PMC 3794082 (freier Volltext).
• J. P. Plazzer, F. Macrae: DNA variant databases: current state and future directions. In: Methods in molecular biology. Band 1168, 2014, S. 263–273, doi:10.1007/978-1-4939-0847-9_15, PMID 24870141.
• M. P. Hoeppner, L. E. Barquist, P. P. Gardner: An introduction to RNA databases. In: Methods in molecular biology. Band 1097, 2014, S. 107–123, doi:10.1007/978-1-62703-709-9_6, PMID 24639157.
• D. Baycin Hizal, D. Wolozny, J. Colao, E. Jacobson, Y. Tian, S. S. Krag, M. J. Betenbaugh, H. Zhang: Glycoproteomic and glycomic databases. In: Clinical proteomics. Band 11, Nummer 1, 2014, S. 15, doi:10.1186/1559-0275-11-15, PMID 24725457, PMC 3996109 (freier Volltext).
• S. Chowdhury, R. R. Sarkar: Comparison of human cell signaling pathway databases-evolution, drawbacks and challenges. In: Database: the journal of biological databases and curation. Band 2015, 2015, S. , doi:10.1093/database/bau126, PMID 25632107.
• A. Smalter Hall, Y. Shan, G. Lushington, M. Visvanathan: An overview of computational life science databases & exchange formats of relevance to chemical biology research. In: Combinatorial chemistry & high throughput screening. Band 16, Nummer 3, März 2013, S. 189–198, PMID 22934944.
• L. Stein: Creating databases for biological information: an introduction. In: Current protocols in bioinformatics. Chapter 9, Juni 2013, S. Unit9.1, doi:10.1002/0471250953.bi0901s42, PMID 23749755.