Diskussion:Bacteriorhodopsin

Strukturformeln, Schreibweisen

Sehr geehrte Nutzer, der Artikel zu Bakteriorhodopsin ist fehlerhaft. Die von mir vorgenommenen Korrekturen wurden leider wieder rückgängig gemacht. Folgendes habe ich am Inhalt zu beanstanden:

(1) Die Abbildung zeigt fälschlich ein Retinal in 13,14-cis, 15-syn Konformation. In dieser Form liegt das Chromophor jedoch zu keiner Zeit vor. Elementar ist der sogenannte B-Zustand des Proteins, hier liegt das Retinalchromophor zu über 95% als all-trans, 15-anti vor. Es isomerisiert photochemisch zu 13cis, 15-anti. Das ist für das vertiefte Verständins der Funktion von großer Wichtigkeit. Siehe dazu die gängige Fachliteratur, z.B. Patzelt et al., PNAS 99 (2002), 9765-9770.

(2) Im deutschen Sprachraum wird das Material als Bakteriorhodopsin mit "k" bezeichnet. Bacteriorhodopsin ist die englische Schreibweise. Sie können das anhand vieler Diplom- und Dissertations-Arbeitstitel an deutschen Hochschulen überprüfen.

Mit freundlichen Grüßen,

Falk

Hallo Falk. Das sind zwei Einwände, die zu berücksichtigen sind.

Was die Konfigurationsänderungen des Retinals angehen, muss ich gestehen, dass ich die Bilder verbrochen habe und mich nach der Darstellung bei „Brock – Biology of Microorganisms“ 2000 gerichtet habe, und dass mir die Publikation von Patzelt et al. 2002 nicht bekannt war. Deshalb besten Dank für den Hinweis darauf. Die beim Brock zugrundegelegte Vorstellung ist also offenbar durch die Ergebnisse der Oesterhelt-Gruppe korrigiert worden. Ich habe die Bilder bei den Artikeln „Bacteriorhodopsin“ und „Halobakterien“ dementsprechend geändert und hoffe, dass es nun so richtig ist.

Was die Schreibweise von BR angeht, kann man verschiedener Meinung sein. Wir haben in der Wikipedia bei Stoffbezeichnungen mit dem Präfix „Bacterio...“ dieses mit c geschrieben, so zum Beispiel auch Bacteriochlorophyll. Das entspricht auch der Schreibweise in Mikrobiologie-Lehrbüchern in deutscher Sprache, zum Beispiel die Übersetzung des Brock (Madigan, Martinko, Parker) 2000 ins Deutsche „Brock – Mikrobiologie“ (Hrsg. Goebel) 2001 und Cypionka 2. Aufl. 2002. In beiden Lehrbüchern werden Bacteriochlorophyll, Bacteriophaeophytin und Bacteriorhodopsin mit c geschrieben (bei Cypionka findet sich nur ein „Ausrutscher“ auf Seite 269 und entsprechend im Index, wo Bakteriochlorophyll steht, abweichend vom übrigen Text, z. B. S. 193).Ich meine, man sollte es auch beim c belassen, auch wenn in deutschsprachigen Diplom- und Doktor-Dissertationen Bakteriorhodopsin (mit k) verwendet wird. Zwar ist die Transskription des altgriechischen mit k üblich (und ich finde es auch gut, dass es sich durchsetzt, „...karyoten“ statt „...caryoten“ zu schreiben), aber bei Stoffbezeichnungen verwendet man in der Regel die latinisierte Form des altgriechischen Ausdrucks, hier also bacterio- statt bakterio-. Das bedeutet nicht, dass man die englische Version übernimmt, sondern es ist die latinisierte Form der altgriechischen.

Dank für die Hinweise und Anregungen und freundlicher Gruß, --Brudersohn 22:26, 3. Mär 2006 (CET)

Ein Nachtrag zur Schreibweise: Die IUPAC gibt in Rule RF-1 für die Bildung von biologisch basierten Trivialnamen von Verbindungen vor: "... compound from a natural source ... the name should be based whenever possible on the family or genus species name of the biological material from which the compound has been isolated. ... If appropiate, the class or order might also be used as the basis for the name of a compound that occurs in a number of related families." Die Namen der biologischen Taxa wiederum werden aus latinisierten Wörtern gebildet, wie man unter anderem im Wikipedia-Artikel Nomenklatur (Biologie) nachlesen kann ("gegebenenfalls latinisiertes Substantiv ... latinisiertes Adjektiv"). Dem Taxon "Bacteria" entsprechend muss es also Bacteriochlorophyll lauten, mit c geschrieben. Allerdings ist die Bezeichnung Bacteriorhodopsin nicht nach dem Taxon "Archaea" oder "Halobacterium" benannt, wie es korrekt wäre, aber wenn schon nach der alten Systematik mit Bakterien im alten Sinn, dann muss es auch mit c geschrieben werden, so wie auch "Halobacterium" mit c geschrieben wird (und nicht "Halobakterium" mit k). An diesen Regeln ändert auch ein abweichender Gebrauch durch Diplomanden und Doktoranden nichts. -- Brudersohn 18:33, 5. Mär 2006 (CET)

Protonen-Gradient

Wenn ein Stoffkonzentrationsunterschied zwischen Innen- und Außenraum einer Zelle besteht, so wird häufig von einem Gradienten gesprochen. Das ist aber nicht korrekt. Ein Gradient beschreibt einen allmählich sich ändernden Zustand. Darum handelt es sich in dem Fall aber nicht, sondern da gibt es zwei Konzentrationen, eine höher, eine niedriger. Der Ausdruck Konzentrationsgradient ist also falsch, es ist ein einfacher Konzentrationsunterschied. -- Brudersohn 22:42, 10. Jul 2006 (CEST)

Literatur

Am 8. Juli 2007 hat der Anonymus 82.124.229.12 dankenswerterweise den Abschnitt „Literatur“ eingefügt und auch Literaturstellen aufgeführt. Aber leider sind die Angaben unzureichend und genügen keineswegs den Wikipedia-Leitlinien zur Formatierung (siehe Wikipedia:Literatur). Es wäre nett, wenn 82.124.229.12 das in Ordnung brächte! --Brudersohn 19:33, 15. Jul. 2007 (CEST)

Bild des Bacteriorhodopsin-Zyklus

Also ich weiß ja nciht was aus Falks Hinweis geworden ist, aber meiner meiner Meinng nach ist die Abbildung immernoch falsch. Ich habe es so in Erinnerung, dass bei photoaktivierung all-trans in 13-cis übergeht...--84.191.224.19 13:20, 28. Dez. 2007 (CET)

Ich habe das Bild ausgetauscht und hoffe, es ist so richtig. --Brudersohn 19:56, 29. Dez. 2007 (CET)

Verwendung als Datenspeicher

Es fehlt eine Quelle für die Verwendung als Datenspeicher --Llucifer (Diskussion) 13:42, 21. Aug. 2013 (CEST)

Ich hab mal eine Quelle hinzugefügt. Bin allerdings nicht sicher im wissenschaftlichen Zitieren.--Llucifer (Diskussion) 14:11, 21. Aug. 2013 (CEST)

Macht nichts, hier soll ohnehin nach den WP-Richtlinien (Wikipedia:Literatur) formatiert werden. -- Brudersohn (Diskussion) 18:04, 21. Aug. 2013 (CEST)