Diskussion:DNA-Methyltransferasen

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Letzter Kommentar: vor 4 Jahren von Dirk123456 in Abschnitt Mehrere EC-Nummern in der Infobox
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Schreibweisen von "de novo" und "Wartung" (engl. "maintenance")

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Letzter Kommentar: vor 5 Jahren1 Kommentar1 Person ist an der Diskussion beteiligt

Hallo, dieser Beitrag bezieht sich auf:

Bei Wörtern und Wortgruppen in deutschen Texten gibt es bei den Schreibweisen ein große Vielfalt, wenn sie dem Englischen und/ oder Lateinischen entlehnt sind.

Je weniger ein Begriff mit Umgangssprache zu tun hat, desto geringer ist die Wahrscheinlichkeit, dass sich verbindliche Regeln durchgesetzt haben. Für die Biowissenschaften ist es zudem schwierig, deutsche Fachwörter zu finden, da Englisch als Wissenschaftssprache benutzt wird.

Daher habe ich ein paar Recherchen in der englischen und deutschen Wikipedia angestellt, vor allem aber auch in anderen Quellen, wie die Wörter und Wortgruppen "de novo" und "maintenance" in deutschen Texten bezüglich der DNA-Methyltransferasen abgebildet werden könnten (lat. "de novo" – dtsch. in etwa "von Neuem", "von Anfang an" | engl. "maintenance" – dtsch. "Wartung" , "Erhaltung", "Aufrechterhaltung" und ähnliches).

  • Für die Frage, welche Benennungen im Zusammenhang mit DNA-Methyltransferasen überhaupt benutzt werden, dienten mir vor allem wissenschaftliche Artikel.
  • Für die Frage, wie die Wörter im Deutschen integriert werden könnten, dienten mir vor allem die Wörter und Wortgruppen "in vitro" und "In-vitro-Fertilisation" (aber auch "de facto", "per se", "in silico" und ähnliches).

Dabei kam folgendes heraus:

„Quasi-Standards“ (sind nahezu verbindliche Regeln):

  • Substantive, Überschriften und Satzanfänge sollten immer groß geschrieben werden.
  • Einzeln stehende lateinische Wortgruppen sollten kursiv geschrieben werden (z. B.: "Die Methylierung erfolgte de novo.").
  • Zusammengesetzte Wörter sollten im Deutschen durch Bindestriche verbunden werden (z. B.: "Die In-vitro-Fertilisation bietet große Chancen.").

Weniger verbindlich:

  • Wird der fremdsprachige Anteil in der fremden Sprache klein geschrieben, dann wird er vorzugsweise auch im Deutschen klein geschrieben, wenn die deutsche Rechtschreibung/ Grammatik das zulässt. "In-vitro-Fertilisation" ist die häufigere Variante gegenüber "In-Vitro-Fertilisation" (und "in-vitro-Fertilisation" ist vermutlich falsch).
  • Je fremder ein Wortteil im Deutschen ist, desto häufiger wird er markiert. Die In-vitro-Fertilisation ist häufig in Gebrauch, In-vitro-Fertilisation oder In-vitro-Befruchtung findet man kaum.

Das könnte man alles als nicht so wichtig abtun. Allerdings wird durch alternative Formatierungen eines Ausdrucks (kursive Schreibweise) in manchen Sachgebieten, je nach Kontext, gelegentlich auch die Zuordnung variiert (Unterscheidung von homologen Genen bei Maus und Mensch, Unterscheidung zwischen Gen und Protein bei Bakterien usw.). Dadurch könnte beim Leser der Eindruck entstehen, dass er verschiedene Bedeutungen hinter verschiedenen Schreibweisen erkennen müsste, auch wenn das nicht der Fall ist. Das heißt, die Schreibweise von De-novo-Methyltransferase bzw. De-novo-Methyltransferase zeigt erst einmal nicht, ob eine RNA-Methyltransferase oder eine DNA-Methyltransferase gemeint sei.

Für die DNA-Methyltransferasen stelle ich fest, dass "de novo DNA methyltransferase" als Fachbegriff gesehen wird; Amouroux et al. 2016, PMID 26751286:

  • "... zygotes contain de novo DNA methyltransferase activities ...",

während "maintenance" kaum in einem einzelnen, vollständig zusammengesetzter Fachbegriff auftaucht (keine "maintenance DNA methyltransferase"; z. B. weder in Amouroux et al. [2016, PMID 26751286], noch in Jair et al. [2006, PMID 16423997]). Statt dessen wird die "Wartung" in Anführungszeichen gesetzt; Jair et al. 2006, PMID 16423997:

  • "... enzyme activity that methylates unmethylated DNA (de novo) ... methylates hemimethylated sites (“maintenance”) ...".

Insgesamt wird mit langen Zusammensetzungen eher sparsam umgegangen; in einer Methodenbeschreibung wird allerdings "maintenance/de novo DNA methylation" verwendet; Amouroux et al. 2016, PMID 26751286:

  • "... quantification of maintenance/de novo DNA methylation, ...".

Rein theoretisch könnte man folglich vielleicht folgende Paare bilden:

  • De-novo- und Maintenance-DNA-Methyltransferasen – Man würde "De-novo-DNA-Methyltransferase" und "Maintenance-DNA-Methyltransferase" in den Status von feststehenden Fachwörtern versetzen, obwohl "maintenance DNA methyltransferase" im Englischen nicht angewendet wird.
  • De-novo- und Wartungs-DNA-Methyltransferasen – "De-novo-DNA-Methyltransferase" und "Wartungs-DNA-Methyltransferase" würde ganz gut passen; aber ist "Wartungs-DNA-Methyltransferase" oder "Erhaltungs-DNA-Methyltransferase" die bessere Übersetzung?
  • ...

Was ist eigentlich das Unterscheidungskriterium für die beiden Komponenten des Begriffspaares?

Das Wort "maintenance" bezieht sich auf die erforderliche Vervollständigung der Methylierung anhand des „alten“ Einzelstrangs nach einer DNA-Verdopplung, während sich "de novo" auf eine komplette Neubildung eines Methylierungsmusters bezieht.

  • Methylierungsstatus: Jair et al. (2006, PMID 16423997) legten den Fokus auf den vorherigen Zustand der DNA als Voraussetzung der jeweiligen Methylierung; nicht methylierte DNA führt also de novo und halbmethylierte DNA führt als „Wartungsmaßnahme“ zur DNA-Methylierung:
    • "... enzyme activity that methylates unmethylated DNA (de novo) ... methylates hemimethylated sites (“maintenance”) ...".
  • Replikation: Amouroux et al. (2016, PMID 26751286) bezeichneten die beiden in Zygoten von Mäusen beobachteten Methylierungsaktivitäten als Erhaltungsaktivität (replikationsgekoppelt) und De-novo-Methylierungsaktivität (replikationsunabhängig):
    • "... demonstrating that both the maintenance (replication coupled) and de novo (replication independent) methylation activities are present ...".

Wenn es DNA-Methyltransferasen (oder Untereinheiten) gibt, die sowohl de novo als auch bei der Wartung aktiv sind, wird die Betrachtung nicht einfacher.

Insgesamt werden die beiden Wörter/ Wortgruppen ("maintenance" und "de novo") eher zusamen mit "methylation" als mit "methyltransferase" oder "MTase" verwendet.

Gegenwärtig heißt eine Überschrift:

was meiner Ansicht nach relativ sperrig ist.

Ich schlage vor, zuerst den Text unterhalb der Überschrift anzupassen und dann die Überschrift abzuändern:

  • "Einteilung nach dem Methylierungszustand der DNA (Wartung und de novo)".

Da de novo fremder ist, als beispielsweise in vitro, würde ich die Kursiv-Schreibung in Zusammensetzungen beibehalten (In-vitro- innerhalb von "In-vitro-Fertilisation" wird mittlerweile nur selten kursiv hervorgehoben).

Die englischen Schreibweisen sollten angegeben werden. Ich bevorzuge "..." (sprachneutral) gegenüber „...“ (dtsch.) oder “...” (engl.), weil es noch verwirrender wäre, wenn englischer Text in deutschen Anführungszeichen stünde, aber auch, wenn englische Anführungszeichen im deutschen Text auftauchen würden.

Mit besten Grüßen --Dirk123456 (Diskussion) 11:55, 7. Okt. 2019 (CEST)Beantworten

Mehrere EC-Nummern in der Infobox

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Letzter Kommentar: vor 4 Jahren1 Kommentar1 Person ist an der Diskussion beteiligt

Die DNA-Methyltransferasen sind eine Gruppe von Enzymen, die nach dem EC-Nummern-System des IUBMB keine einzelne Nummer haben, sondern drei Serien-Nummern bzw. Enzym-Einträge: EC 2.1.1.37, EC 2.1.1.72 und EC 2.1.1.113; die sämtlichst in der Enzymklasse "EC 2.1.1 Methyltransferasen" angesiedelt sind (Hierarchie-Ebene Unter-Unterklasse).

Da man diesen Zusammenhang in der entsprechenden Infobox (Vorlage:Infobox Protein) nur schwer verwirklichen konnte, war der Parameter "EC-Nummer" leer gelassen worden (mindestens seit 15. April 2019, oldid=187579075). Dadurch entstand in der Infobox eine ungewöhnliche Ansicht, die ein Komma am Beginn eines Schriftzugs aufwies.

Später (am 27. Feb. 2020, Versionsvergleich diff=197225232&oldid=193718634) wurde ein Kommentar in den Parameterwert von "EC-Nummer" verwandelt, so dass sich ein Paar von Parametern, "EC-Nummer" und "Kategorie" in der Anzeige der Infobox ergänzten.

Allerdings bestand weiterhin das Dilemma, dass "2.1.1.-" eben keine EC-Nummer der DNA-Methyltransferasen ist.

Es gibt eine Erweiterungsmöglichkeit der "Infobox Protein", die Untervorlage Vorlage:Infobox Protein/MoreEC, die weitere EC-Nummern und zugeordnete Eigenschaften zulässt.

Ein Nachteil der Anwendung von „Mehr-EC“ ist, dass die genauere Darstellung durch mehr Text in der Infobox erkauft wird. Das ist vor allem beim Editieren unbequem.

Andererseits lassen sich einige Unstimmigkeiten ausräumen, wenn man alles angibt, was gleichzeitig zum EC-System und den DNA-Methyltransferasen gehört. So stimmt es beispielsweise zwar, dass die DNA-MTasen "Nukleotide" als Substrat verwenden, wie das in der prägnanten Infobox angegeben wurde, dieser Begriff hat aber keinen direkten Bezug zu den Angaben unter "EC, Kategorie".

Ein Kompromiss wäre es, keine Infobox in der Einleitung zu haben und die bisher dort enthaltene Information vollständig im entsprechenden Abschnitt (EC-Klassifikation) unterzubringen.

Erst einmal habe ich eine ausführliche Infobox eingestellt:

Versionsvergleich: diff=200099735&oldid=200094925

MfG --Dirk123456 (Diskussion) 08:26, 19. Mai 2020 (CEST)Beantworten

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