Diskussion:Eukaryotischer Promotor
Letzter Kommentar: vor 15 Jahren von Ayacop
Um so etwas wie "den start des Gens" zu besprechen müsstest Du erstmal eine Definition von Gen angeben. Das is nicht so leicht. Der Artikel Promotor z.B. gibt den Promotor als esentiellen Teil eines Gens an, der kann dementspr. also nicht davor liegen. Daher sollte man von Transcriptionsstart reden und nicht vom Start des Gens. Dass in einem eukaryotischen Promotor das Startcodon in den ersten 30 nt der mRNA vorkommt ist mir noch nicht untergekommen. Bei allen Genen mit denen ich bisher gearbeitet habe sind das kanpp 100 bis gut 1000nt. Laut dem englischen Promoter-Artikel tragen nur 10-20% der eukaryotischen Promotoren eine TATA box. Aus Erfahrung weiss ich nur dass es wenige sind. --193.174.239.138 19:15, 16. Jul. 2009 (CEST)
- Der Startpunkt wurde nun als Transkriptionsbeginn definiert. Was die TATA-Box angeht, siehe [1], da steht 32 bzw 43 Prozent für Drosophila und Mensch, 'häufig' dürfte die beste Umschreibung sein. Anderslautende Aussagen aus der en-WP und auch sonst können nur mit Beleg akzeptiert werden, da ich meine auch belegt habe. Bzgl. des Startcodons weise ich darauf hin, dass der Kernpromoter gerade durch Anwesenheit des Transkriptonsstarts definiert ist, sicherlich meintest du daher den proximalen Promotor, der … eben proximal ist. -- Ayacop 12:33, 17. Jul. 2009 (CEST)
- auf welchen Knopf muss ich denn drücken um der bisherigen Duskussion etwas hinzuzufügen und nicht einen neuen Abschnitt zu beginnen?
- "Seite bearbeiten"
- Ich hab mir mal die Quelle (^ Gershenzon NI, Ioshikhes IP. Synergy of human Pol II core promoter elements revealed by statistical sequence analysis. Bioinformatics 21 8 1295-300)die im engl. Promotor-Artikel angegeben ist durchgelesen. "The portion of the TATA+ promoters is just from 10 to 20% of all known human promoters." ist eine der Kernaussagen dieses Artikels. Das von Dir genannte Buch greift wohl auf ältere Aussagen zurück, früher dachte man der Anteil wäre viel größer, das wurde nach und nach immer weiter nach untern revidiert.
- "Seite bearbeiten"
- auf welchen Knopf muss ich denn drücken um der bisherigen Duskussion etwas hinzuzufügen und nicht einen neuen Abschnitt zu beginnen?
- Promotor -also Transcriptionsstart- und Start-Codon / Translationsstart sind nicht voneinander abhängig.
- Viele Transcripte haben gar kein Startcodon, andere haben mehrere.
- Des öfteren liegen Introns zwischen Transscriptions- und Translationsstart.
- Beispiel: Arabidopsis-Gen at2g23985 , Startcodon im 3. Exon.
- Selbst im stark komprimierten Arabidopsis-Genom kommt man da auf 700 bp Abstand, in anderen Organismen kann das auch um den Faktor 10 - 100 höher liegen.
- Ich hab mal ein paar Dutzen Gene überflogen, auch ohne Introns in dem Bereich liegen zwischen Beginn der mRNA und CDS meist zwischen 60-250nt. Weniger als 30 nt kommen sicherlich auch mal vor, sind aber eher die Ausnahme.
- --Vinceent78 16:29, 17. Jul. 2009 (CEST)
- Also gut, das Startcodon kommt erst durch Spleißen an den Translationsstart. Ist geändert. Ich finde das Wort "häufig" immer noch passend für TATA, auch bei 10 Prozent, entsprechend der ebenso benannten Medikamenten-Nebenwirkungshäufigkeiten. -- Ayacop 16:45, 17. Jul. 2009 (CEST)