Diskussion:List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature

Typustaxon nicht Mitglied

Bin auf das Phänomen in der LPSN etwa Mitte Dezember 2023 gestoßen. Betroffen war das Phylum Desulfobacterota und einige Klassen, die in der NCBI-Taxonomie und GTDB diesem zugeordnet sind.

Die Ursache des Phänomens war, dass Kladen bei verschiedenen Autoren (bzw. Bioinformatik-Datenbanken) unterschiedlichen taxonomischen Rangstufen zugeordnet werden. Das macht die Erkennung von Synonymien – die aufgrund der Fülle des Datenmaterials grundsätzlich automatisiert ablaufen muss – sehr schwierig. Zitat: „Heterotypische Synonyme oberhalb der Art werden für LPSN dynamisch aus den Daten berechnet.“ (Markus Göker, DSMZ, 16. Januar 2024, private Mitteilung)

Für die hier betroffenen Taxa wurde das Problem von der LPSN zwischen dem 12. und 16. Januar 2024 freundlicherweise behoben. :-)

Mein Tipp:
Sollte irgendwann bei Benutzung der LPSN (höhere) Taxa auftauchen, die keine Kinder haben, ist Vorsicht geboten. Ist eine Typusart, -gattung oder sonst eine Typus-Sub-Taxon angegeben, dann überprüfe man deren „Lineage“, d. h. man suche die Einträge zum Elterntaxon („Parent“) und dessen Elterntaxon usw. (rekursiv, bis man bei Bacteria bzw. Archaea angelangt ist) – anders als beim Taxonomy-Browser der NCBI ist die „Lineage“ in der LPSN leider nicht direkt in den Datenblättern aufgeführt. Wenn nun das kinderlose Ausgangstaxon nirgends als Synonym auftaucht, sollte man vielleicht der LPSN bzw. der DSMZ einen entsprechenden Hinweis mit möglichst genauer Beschreibung geben (über „Contact“ am linken Rand der LPSN-Seiten).

Man beachte, dass aufgrund der unterschiedlichen Herangehensweise und Ausgangsdatenmaterial sich immer Unterschiede zwischen der LPSN-, der NCBI- und der GTDB-Taxonomie ergeben. Das ist auch in Ordnung so. Etwas anderes ist es, wenn es (wie hier) um Auffälligkeiten innerhalb des Datenbestands der LPSN (oder einer der anderen Datenbanken) geht.

Viele Grüße! --Ernsts (Diskussion) 16:38, 17. Jan. 2024 (CET)