Diskussion:PBR322

Bedeutung des Namens

Eine kleine Recherche hat ergeben, dass die Zahl 322 eine eigene Bedeutung hat:

"3 = Plasmid wurde aus drei Teilen (TN3: Ampicillinrestistenz-Gen, pSC101 Region: Tetracyclinresistenz-Gen , pMB1-Region: ori = Ursprung für DNA-Replikation), 20 = in einem Bakterium können bis zu 20 Plasmide kopiert werden, 2 = 2 Gene für Antibioticaresistenzen)" http://www.uni-koblenz.de/~odsgroe/dnaanaly.htm

Leider konnte ich keine weiteren Hinweise bzw. Belege dazu finden. Kennt sich zufällig jemand damit aus? Für Primärliteratur fehlt mir leider gerade die Zeit. --hammerman 17:41, 3. Jun. 2009 (CEST)

Karte

Hallo ich finde die Vektorkarte relativ hässlich und vor allem Fehlt das ROP Gen. Spräche etwas dagegen die Karte zu überarbeiten? (nicht signierter Beitrag von Rauchbart (Diskussion | Beiträge) 20:32, 15. Jan. 2011 (CET))

1.In pBR322 ist kein ROP Gen. Belege? 2. Wie sieht deine Version aus? -- Ayacop 08:07, 16. Jan. 2011 (CET)

Nautürlich ist in pBR332 ein ROP Gen. Das liegt außerhalb des oris wie in kurzer Blick ins Internet verrrät.

http://www.biokurs.de/skripten/bilder/pbr322.gif

http://www.macvector.com/Images/Resources/pbr322a.jpeg

Als Quellen seien hier angeführt:

C.Helmer-Citterich, M., Anceschi, M. M., Banner, D. W. & Cesareni, G. (1988), Control of ColE1 replication: low affinity specific binding of Rop (Rom) to RNAI and RNAII. The EMBO journal 7(2), 557–66.

C. Lin-Chao, S., Chen, W. T. & Wong, T. T. (1992), High copy number of the pUC plasmid results from a Rom/Rop-suppressible point mutation in RNA II., Molecular microbiology 6(22), 3385–93. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1283002

C. Yanisch-Perron et al. (1985): Improved M13 phage cloning vectors and host strains: nucleotide sequences of the M13mp18 and pUC19 vectors. In: Gene. Bd. 33, S. 103-119. PMID 2985470

Außerdem habe ich mir den Artikel ROM/ROP-Protein ja nicht aus den Fingern gesogen :-)

Meine Karte wäre etwas moderner und mitteles CloneManger erstellt. (nicht signierter Beitrag von Rauchbart (Diskussion | Beiträge) 16:51, 16. Jan. 2011 (CET))

Aufgrund der Druckversionen kann die WP nur Diagramme im SVG-Format akzeptieren. Die Grafiken werden nach Commons hochgeladen und von dort eingebunden. Bei Fragen stehe ich gern zur Verfügung. rop wurde tatsächlich übersehen. -- Ayacop 07:41, 17. Jan. 2011 (CET)

Ich werde die Karte mal fertigmachen und sie die übersenden, oder kann man irgendwo Testbilder deponierne?--Rauchbart 08:52, 17. Jan. 2011 (CET)

Zum Testen kannst du auch hier hochladen ("Datei hochladen"). -- Ayacop 12:25, 17. Jan. 2011 (CET)

Wo, bzw. wie? --129.70.141.131 15:06, 17. Jan. 2011 (CET)

"Datei hochladen" steht unter "Werkzeuge". -- Ayacop 15:22, 17. Jan. 2011 (CET)

so hier mal eine vorabversion

--Rauchbart 15:34, 17. Jan. 2011 (CET)

PNG ist keine Vektorgrafik wie SVG. Da stimmt einiges nicht, die Gennamen bspw. Und was soll darn nun unbedingt schöner sein? -- Ayacop 18:31, 17. Jan. 2011 (CET)

Also ich finde nirgendwo das Plasmidkarten in svg sein müssen, die anderen Plasmidkarte die ich hier auf die schnelle gefunden habe sind auch keine bis auf die vom pUC.

Die Genamen kann man ändern, wobei man sich über die Nomenklatur des Ampresistenzgens einigen muss, da diese in mehreren Versionen kursiert. Korrekt wäre hier meiner Meinung nach bla und für die Tetracyclinresitenz tet. Im Bezug auf die Schönheit sei angemerkt, dass heutzutage die unterschiedlichen Gene in der Regel in unterschiedlichen Farben markiert werden, wenn man schon mehrfarbige Karten macht. Außerdem erzeugt es ein korrekteres Bild von den Größenverhältnissen wenn die Gene dierekt auf dem Plasmid liegen und nicht darüber oder drunter. Könntest du den Begriff ""einiges" etwas genauer spezifizieren? Ich kann die Karte auch als Vektorgrafik .wmf oder emf erstellen, allerdings weis ich nicht ob man das umwandeln kann in svg? --Rauchbart 18:56, 17. Jan. 2011 (CET)

Mit "einiges" meinte ich noch die Koordinaten. Die anderen Pixelgrafiken müssen auch noch umgewandelt werden. WMF/EMF nach SVG müsste mit libwmf gehen, das ist bei GNUWin32 dabei. Oder ucancode für Windows. Suche in google nach "convert wmf to svg". -- Ayacop 08:27, 18. Jan. 2011 (CET)

Nach dem Programm werde ich nachher mal suchen. Die Koordinaten stimmen, die Daten sind dierekt als .gb Datei aus NCBI. Oder meinst du das Einzeichnen von Marken wie 1000, 2000, etc. Ich habs erstmal weggelassen, weil es natürlich eine Karte immer überfrachtet und auf Grund der groben Einteilung immer nur ungenaue Hinweise gibt wo ein Gen wirklich liegt. Da wäre eine Infobox in der Bildunterschrift eventuell auch eine Möglchlichkeit. Die Frage ist, was will ein User von einer Plasmidkarte bei Wikipedia? Nur einen Überblick denke ich, weil für seine Arbeit kann er diese Karte nicht benutzen, da das Format nicht sinvoll ist. Ich kann ja mal mehrere Karten erstellen und sie hier zeigen?

PS:Wenn wir hier gerade über Plasmide diskutieren. Wie siehts deiner Einschätzung nach mit derm Sinn und Unsinn weiterer häufig verwendeter Plasmide in der Wikipedia aus? Und ich hab in der pUC19 Diskussion eine Frage gestellt zu der ich gerne deine Meinung hätte.

Ich meinte das Einzeichnen der Koordinaten, lassen wir es als Geschmackssache, eine Tabelle im Text wäre sicher auch OK. Zu weiteren Plasmiden: die Traffic-Statistik [1] zeigt, dass pBR322 im Dez. 665mal und pUC19 528mal aufgerufen wurden, eine ganze Menge, die Info wird also nachgefragt. Zu deiner Frage in pUC19 hab ich keine Ahnung. Noch was: was Gennamen angeht, sind entsprechende Gen- und Proteindatenbanken (Entrez, UniProt) normierend, da sie den Überblick über die Literatur besitzen. Und da heißen die nunmal amp, tet, ori, ... -- Ayacop 09:23, 18. Jan. 2011 (CET)

Beim amp ist es halt die Frage, NCBI gibt halt die Abkürzung bla aus, weil das Gen nunmal für die beta lactamse codiert, die der resistenzfaktor gegen das Antibiotikum ist und das Gen so heißt. Es wirkt ja auch gegen andere betha lactam Antibiotika nicht nur gegen Ampicillin, Ampicillin ist ja ein halbsynthetisches Antibiotikum und daher auch kein nativer Selektionsfaktor. Selbst die Links unter dem Artikel geben mehre Karten von mehreren Anbietern mit unterschiedlicher beschriftung bla, amp, ApR. Ich will mich hier auch nicht zu lange darüber auslassen sondern wollte die Sache halt vorher abklären.

Zu den Plasmiden: Ich würde wohl auf Dauer einige der weiteren gebräuchlichen Plasmide wie die pET Reihe einpflegen. Da viele davon allerdings kommerziell und patentiert sind stellt sich mir als neuuser die Frage wie man das hier genau handhabt, sprich wie gehe ich damit um ohne hier Schleichwerbung zu machen? (nicht signierter Beitrag von 129.70.141.131 (Diskussion) 09:49, 18. Jan. 2011 (CET))

Gen-Namen: dann bleib einfach bei der Empfehlung von UniProt, das bei uns auch für die Enzymnamen normierend ist: bla [2] für das Gen, Ampicillinresistenz-Protein für das Protein.

Kommerzielle Plasmide: Analog zu den Arzneimitteln wären es dann die technischen Einzelheiten, um die es geht (einfach mal ein paar Arzneimittelartikel durchsehen). Falls es mehrere Namen gibt, möglichst nicht den Produktnamen als Lemma verwenden, analog zum Arznei-Wirkstoff. Namen mit p sind neutral genug, warum also nicht einfach den p-Namen als Lemma. Schleichwerbung ist das nicht, wenn es für den Zweck keine andern Plasmide gibt. Nicht mehr als ein Link auf die Produktseite und das Patent. -- Ayacop 12:18, 18. Jan. 2011 (CET)

Korrektur: es ist [3] und das Protein heißt beta-Lactamase TEM. Vorsicht also beim Raussuchen. -- Ayacop 12:23, 18. Jan. 2011 (CET)

Danke erstmal ich werde mich die Tage mit einer korrekten SVG Grafik zurückmelden und mal eine Vorauswahl an Plasmiden mit einzigartigen Funktionen treffen. Eventuell könnte man auch nur Plasmidserien bzw. Familien und ihre Eigenheiten nehmen und diese entsprechend charaktarisieren und die einzelnen unterplasmide nur als Liste aufführen. (nicht signierter Beitrag von Rauchbart (Diskussion | Beiträge) 13:41, 18. Jan. 2011 (CET))

Letzteres wäre natürlich am vollständigsten. Ich empfehle aber, den Teller zunächst nicht so vollzupacken, es soll ja auch noch Spaß machen... -- Ayacop 15:25, 18. Jan. 2011 (CET)

 Info:

• Das ROP-Gen habe ich deswegen draußengelassen, da es in vielen Abbildungen nicht vorkommt (mir ist schon bewusst, dass es da ist).
• SVG ist viieel besser als so ne jgp-Datei. Hat auch den Vorteil, dass man es in anderen Wikis für seine Zwecke (nach)bearbeiten kann. Wie man nun die Pfeile und Farben anordnet, ist Geschmacksfrage (1, 2, 3). Ließe sich in 0,nix auch in der svg-Datei machen, also keine doppelte Arbeit. Grüße, -- Yikrazuul 21:24, 19. Jan. 2011 (CET)
• PS: Das Größenverhältnis stimmt bei der svg-Datei natürlich.