Diskussion:Pegasoferae

Gefällt mir auf den ersten Blick sehr gut (am Abend werd ich es genauer lesen). Vielleicht kannst du auch Benutzer:Torbenschink, den Mitautor bei den Nagetieren, um seine Meinung bitten. Der ist systematisch sehr gut bewandert. Liebe Grüße --Bradypus 11:51, 18. Okt. 2006 (CEST)

Danke, Bradypus. Bin jetzt eher zufällig auf diese Seite gestoßen, Achim. Ist sehr interessant und in dieser Ausführlichkeit für mich neu, auch wenn ich denke, dass ich den Pegasoferae entsprechende (aber noch unbenannte) Gruppierungen schon in älteren Publikation gesehen habe. Da schau ich nochmal, ob ich dazu noch was finde. Gruß -- Torben Schink 11:38, 23. Okt. 2006 (CEST)

Super - ich werde natürlich weiterhin schauen, was ich finde und einbauen kann, der Artikel steht ja nicht ohne Grund nicht im Artikelbereich - gerade bei einem solch speziellen Thema würde ich das ganze erst abklopfen, bis ich es veröffentliche. Die Autoren benennen übrigens mindestens eine Quelle, in der dieses Taxon als mögliches Kladogramm bereits auftauchte, allerdings als Ergebnis verworfen wurde. Gruß -- Achim Raschka 11:58, 23. Okt. 2006 (CEST)

Hallo Achim. Habe jetzt doch nicht mehr nach der entsprechenden Publikation gesucht und das auch nicht vor. Ich muss unter meinen PDFs erstmal aufräumen. Es wird wohl eh die Quelle sein, die die Autoren genannt haben, denn Kladogramme bleiben bei mir auch meist am besten hängen. Was da dann im Text stand ist schnell vergessen, wenn ich's überhaupt gelesen habe. -- Torben Schink 00:55, 25. Okt. 2006 (CEST)

Hi Achim, Erst mal alles Gute zum Geburtstag.

Interresantes Lemma! Ich denke, allerdings man sollte das vielleicht eher in den Artikel Laurasiatheria einbauen. Aber egal. Was ich sagen wollte: Meines Wissens heißen die Dinger Retroposons und Transposons, nicht Retroposonen und Transposonen. Ich weiß aber nicht, ob man das vielleicht auch sagen kann.--Altai 00:14, 24. Okt. 2006 (CEST)

Laurasiatheria muss natürlich auch entsprechend ausgebaut werden, wenn wir jedoch für jede potentielle Taxonbildung einen solch umfassenden Abschnitt in den Laurasiatheria-Artikel integrieren, platz der. Bradypus hat bei den Eutheria einen Überblicksbereich geschaffen, der in ähnlicher Weise auch bei den Afrotheria, Lauasiatheria und Euarchontoglires eingebastelt werden kann, die Xenarthra werden sicher komplett anders aufgebaut. Zu den Transposons / Transposonen: Ich kenne beide Varianten, halte erstere aber für ein Denglsich-Konstrukt - mal sehen. -- Achim Raschka 11:30, 24. Okt. 2006 (CEST)

Achim, ich finde den Artikel sehr interessant, halte ihn aber in dieser Form nicht für die Wikipedia geeignet, weil es zum großen Teil nicht wirklich der passende Inhalt für das Lemma "Pegasoferae" ist. Kernstück dieses Artikels ist weniger das Taxon selbst sondern vielmehr die eine wissenschaftliche Publikation. Ich fürchte, zu den Pegasoferae gibt es im Sinne einer Enzyklopädie noch nicht viel zu sagen und der entsprechende Artikel müsste eben noch deutlich kürzer ausfallen. Auch für sehr viele andere Taxa gibt es eine, oft sogar viele Publikationen, die dort (richtiger Weise, denke ich) auch nicht in dieser Breite dargestellt werden. Da Wiki aber bekanntlich kein Papier ist, kann ich mir durchaus vorstellen hier für wesentliche (evtl. sogar unwesentlichere) Publikationen einen eigenen Artikel anzulegen, auf den dann verlinkt wird. So wie der Artikel jetzt ist, enthält er auch eine ganze Menge Informationen, die besser in den Artikeln zu anderen Taxa aufgehoben wären. Nehmen wir in jeden Lebewesenartikel so viele Fremdinformationen auf, haben wir es bald mit sehr viel Redundanz zu tun, was bei etwaigen Änderungen an der Systematik auch einen höheren Arbeitsaufwand darstellt, als wenn man das nur jeweils in einem Artikel ändern muss. Werden diese ganzen Informationen aus der einen Publikation jedoch zusammenfassend nur im Artikel zur Publikation behandelt, entsteht kein erhöhter Arbeitsaufwand, weil sie in diesem Rahmen ja selbst bei Änderungen an der Systematik Bestand haben. Ich würde also den Artikel zweiteilen. Einen kurzen Artikel zu den Pegasoferae und was wir zu diesem Taxon wissen und einen ausführlichen Artikel zu der Publikation. Daneben würde ich dann noch Informationen ausgliedern, die eher in übergeordnete, altenative oder untergeordnete Taxa gehören. Mit allem, was so klein ist wie Gene, kenne ich mich zwar nicht aus, aber der Abschnitt "Hintergrund: Bau und Funktion der verwendeten Genelemente" hört sich so an, als wären auch hier viele Informationen enthalten, die besser in von den Pegasoferae unabhängigen Artikeln untergebracht wären. Lieben Gruß -- Torben Schink 00:55, 25. Okt. 2006 (CEST)

Hallo Thorben, danke für die Einschätzung, aber den Spruch in dieser Form nicht für die Wikipedia geeignet habe ich in letzter Zeit viel zu häufig gelesen (und er macht mich mittlerweile ziemlich aggressiv). Inhaltlich stimme ich dir entsprechend auch nicht zu. Die persönliche Idee hinter dem Artikel ist es, klarzustellen, wie es überhaupt zur Bildung dieser ganzen molekularbiologischen Taxa kommt, und zwar auf verständliche und konzentrierte Weise ohne dass man sich als Leser ständig zwischen ihrgendwelchen (meist grausam schlechten) molekularbiologischen Artikeln hin- und herzuklicken.

Das Taxon besteht bis heute im wesentlichen aus der Diskussion um die Alternativen und die Methoden, und darin unterscheidet es sich nicht wesentlich von allen andere molekularen Ergebnissen - eine Zweiteilung zerreist den Faden, der diese Diskussion spiegeln soll und einen Artikel zu dem einzelnen Paper unter den Paperlemma ist imho nicht sinnvoll (das wäre dann eher was für ein wirkliches Biowiki bzw. vielleicht sogar für die Wikiversity. Redundanzen sind sicher zu erwarten, mit denen habe ich aber kein Problem - im Gegenteil hasse ich die kurzen Artikel, die nichts erklären.

Ich persönlich finde es absolut unbefriedigend, wenn ich zu einem Taxon nicht erfahre, auf welcher Basis es besteht. Bei den Taxa, die auf morphologischen Merkmalen basieren ist das durch die Merkmale ganz gut abgedeckt, die Taxa auf molekularbiologischer Basis lassen dagegen immer ein Fragezeichen zurück und die zentrale Frage: Kann ich das Taxon als solches überhaupt ernstnehmen? Im Artikel Afrotheria kann ich bsp. die Basis nicht erkennen, ebensowenig wie Alternativen und Kritik ersichtlich sind - es wirkt auf mich wie eine Gruppe, die irgendwer einfach mal aus Gusto und dogmatisch zusammengestellt hat, warum also bekommt es bei uns eine so zentrale Rolle zumal die Morphologen wie McKenna oder auch die Lehrbücher wie der Westheide damit nicht konform gehen? Ich denke, genau diese Fragen sollten die Artikel klären - auch für mich, ich komme aus der morphologisch basierten Phylogenetik und wüsste halt gern, ob einem Taxon nun SINE, LINE, mtDNA, KernDNA, RNA, Aminosäuren oder whatever zugrunde liegen, warum diese Angaben für aussagekräftig gehalten werden und wie ich das zu beurteilen habe.

Ob der geplante Aufbau in diesem Artikel optimal ist, weiß ich nicht, ich will und werde ihn jedoch erstmal konsequent zu Ende führen - aus dem Grunde entsteht er auf meiner Benutzerseite und nicht im Artikelraum.

Gruß -- Achim Raschka 08:09, 25. Okt. 2006 (CEST)

Hey Achim, Deine Laune möchte ich auf keinen Fall verschlechtern. Vielleicht orientiert sich meine Ansicht doch zu sehr an den schon bestehenden Artikeln in der Wikipedia. Deine Argumentation hat mich zumindest schon mal halbwegs überzeugt. Es ist in der Tat oft nicht ersichtlich wie es zur Bildung der Taxa kam; selbst bei morphologisch gut begründeten Gruppen. Wenn das in anderen Artikeln auch weiter ausgebaut wird, kann ich mich wahrscheinlich doch damit anfreunden. Lieben Gruß -- Torben Schink 09:48, 25. Okt. 2006 (CEST)

Hi Achim, der Artikel ist in keinem Fall schlecht und meiner Meinung nach sehr gut. Er wird sicher nicht das am häufigsten aufgerufene Lemma sein, doch es gefällt mir. Zu den Fachbegriffen: Ich bin nicht für die Verwendung von "verständlichem deutsch", wie es manchmal genannt wird, aber auch nicht für eine wissenschaftliche ausdrucksweise, die kein durchschnittlich gebildeter Leser versteht, sondern für den Mittelweg, Fachbegriffe zu verlinken. Eventuell müsstest du ein paar Artikel zusätzlich schreiben, um maximale Verständlichkeit zu erreichen, doch gut wird er allemal, wenn es so weitergeht. Ich wünsche dir viel Glück bei der ganzen Sache, ich schaue den Artikel mal auf orthos durch, wenn erlaubt. Viele grüße, --Spin(ner)osaurus ? ! 15:58, 25. Okt. 2006 (CEST)

P.S: @ der Sache mit dem Studierenden, der Carbid fängt: Ich hoffe, das du nicht gehst und hoffe ebenfalls, dass derartige Fälle nicht mehr vorkommen bzw. sehr selten sind. Ist ja alles gut ausgegangen, Carbidfischer wird wohl auch ein paar Konequenzen ertragen müssen. Zu der Sache mit der Zusammenarbeit:Wenn es dir danach steht, einen Artikel in Teamwork aufzubauen, dann frag mich einfach, mir macht Teamwork auch viel Spaß, und die Resultate sind oft besser (siehe Riesengleiter). Idealerweise sollte es ein Säugerartikel sein, denn MacDonalds Enzyklopädie ist das einzige Fachbuch, welches ich permanent besitze, den Rest leihe ich mir von der Bibliothek, doch das ganze wird wohl eventuell noch mehr. Auf die Sache mit dem Teamwork bin ich wegen dem gekommen (Zitat aus deiner Benutzerseite):

Die Wikipedia wird es weiterhin geben und ich werde wohl auch weiterhin mitspielen - Spaß und Vertrauen auf gemeinsam Erreichtes erwarte ich aber nur noch in wenigen Enklaven der Seite.

Viel Spaß noch beim Artikel!!!

Hallo Achim. Ich habe mal ein paar ganz kleine Änderungen vorgenommen. Insbesondere habe ich die Cetartiodactyla durchgehend als "Paarhufer und Wale" (in dieser Reihenfolge) benannt, da sich das zumindest im Moment als Bezeichnung für die Gruppe durchzusetzen scheint und ich es auch deshalb sinnvoller finde, da ja nur die Wale eine natürliche Untergruppe der "Paarhufer und Wale" sind und deshalb eher ans Ende gehören. Ich orientiere mich da z.B. auch analog zu "Wale und Delfine". Die umgekehrten Reihenfolgen sind einfach unüblich. Gruß -- Torben Schink 13:24, 29. Okt. 2006 (CET)

Validierung

Nicht validiert. Hier habe ich doch massive Probleme mit der Validierung. In der vorliegenden Form ist der Artikel eine Kurzfassung der Publikation aus dem Juni 2006. Dabei bleibt festzustellen, das das Lemma eine Neuschöpfung der Autoren ist und das Taxon bisher nur von den Autoren vorgeschlagen wurde. Damit sind wir meines Erachtens aber schon im Bereich der Relevanzgrenze. Ein Echo aus der Fachebene ist mir bisher nicht bekannt und angesichts der Kürze der Zeit auch nicht zu erwarten. Das wäre mir hier aber bei einer so drastischen Neugliederung der Großsystematik sehr wichtig, da nur dann die kritische Diskussion dieser Hypothese dargestellt werden kann. So stellt der Artikel eine 1 zu 1 Übernahme der Thesen der Autoren dar, deren Richtigkeit ich als Laie nicht beurteilen kann. Ich würde mir den Inhalt des Artikels in 2 Sätzen als Update des Abschnittes Systematik im Artikel "Säugetiere" wünschen, aber für einen eigenen Artikel ist mir das einfach zu neu und inklusive der Taxobox auch zu unreflektiert. Mein Vorschlag wäre, 2 Jahre zu warten, bis das Echo aus der Fachwelt vorliegt. Alternativ wäre auch eine drastische Kürzung des Artikels vertretbar: "Pegasoferae ist die Bezeichnung für ein Taxon innerhalb der Säugetiere, das die Ordnungen XXXX umfasst. Das Taxon wurde 2006 aufgrund von Untersuchungen der XXXX von den Autoren XXXX vorgeschlagen." Aber bringt das was? Die Info wäre innerhalb der Säugersystematik wirklich besser aufgehoben. Accipiter 20:37, 27. Okt. 2006 (CEST)

Vorweg zum Unbeliebtmachen: Keine Angst, so lange es konstruktiv bleibt habe zumindest ich kein Problem damit. Von der Validierung verspreche ich mir auf jeden Fall eher eine konstruktive Kommentierung mit Ausbau- bzw. Änderungsvorschlägen als eine reine Bestätigung meiner Genialität ;O).

In dem Fall der Relevanzgrenze etc. widerspreche ich dir (muss ich ja auch, denn sonst hätte ich den Artikel nicht geschrieben) und verweise auf die Antwort an Thorben oben sowie auf die Einleitung des Artikels: Die Pegasoferae sind ein potentielles Taxon innerhalb der Säugetiere (Mammalia), das im Juni 2006 von Hidenori Nishihara, Masami Hasegawa und Norihiro Okada erstmalig auf der Basis einer molekularbiologischen Analyse vorgeschlagen wurde. - das Problem aller molekularbiologisch begründeten Taxa ist die fehlende Möglichkeit der substantiellen Kritik, die sieht im Regelfalls aus wie eine Zahlenschlacht: "Euer Taxon hat nur eine ML von 0,56 BP, wie liegen mit unserer Bootstrab bei 0,001 und ausserdem ist Bayesian besser." Mal ganz im Ernst: kommst du da hinterher? Ich habe versucht, in diesem Artikel mal eine dieser als Taxon beschriebenen Gruppen auf eine Ebene herunterzubrechen, bei der ich auch verstehe, worum es geht - die Auswahl dabei ist eher zufällig, war das erste Taxon, das mir in die Hände fiel - innerhalb von zwei Sätzen würde ich ähnlich wie bei den anderen Taxa des Mammalian Supertree dastehen mit der riesigen Frage, wie die auf die Idee kommen, diese Zusammenfassungen vorzunehmen. Hier ist diese Frage hoffentlich jetzt beantwortet und zugleich klargestellt, dass es sich um eine Hypothese handelt. Ich empfehle übrigens auch einen Vergleich mit der en, wo der Artikel auf einen Abschnitt reduziert ist (entspräche deiner Forderung) - für mich zumindest eine absolut unbefriedigende Alternative.

Bei der Taxobox bin ich allerdings ebenfalls nicht sicher, ob ich die reinnehmen sollte - andererseits würde sich diese Frage bei allen Gruppierungen der Säuger auf Über-Ordnungsniveau stellen. Ist die Alternative Fereuungulata plausibler, was ist mit den Ferae und den Laurasiatheria insgesamt? Unreflektiert: nicht wirklich - ich komme aus der Arbeitsgruppe von Herrn Sudhaus und mir ist kein größerer Kritiker der molekularen Phylogenetik bekannt. Der Artikel stellt die Thesen der Autoren deshalb dar, weil es schlicht bislang keine Reaktionen darauf gibt, ein Abschnitt zum Vergleich mit anderen Alternativen ist in Arbeit (siehe auskommentierten Quelltext), ich bin mir nur noch nicht ganz sicher, wie ich ihn aufbauen möchte.

Und nun zum Kern: Anders als die anderen zur Validierung anstehenden Artikel beschreibt dieser Artikel eben keine Tiergruppe, er beschreibt entsprechend dem ersten Satz ein potentielles Taxon und eine phylogenetische Hypothese.

Gruß und danke für die weiteren Denkanstösse -- Achim Raschka 21:03, 27. Okt. 2006 (CEST)

Hi Achim, ich kann deine Gedanken nachvollziehen, wir kommen am Ende nur zu unterschiedlichen Schlussfolgerungen. 1. Natürlich komme ich als Laie bei diesen Zahlenschlachten nicht hinterher. Ich würde deswegen aber auch nicht im Artikel begründen wollen, wie bestimmte Zuordnungen zustandekommen. Wer das wissen will, muss meines Erachtens die Originalpublikation lesen. Hier würde ich immer nur die Untersuchungsmethode als Schlagwort und das Ergebniss in Kurzfassung darstellen, aber dann vor allem die Alternativhypothesen darstellen und ggf., ob andere Autoren die Ergebnisse in Frage gestellt haben. Das Problem ist bloß: Das geht hier noch nicht. Das sieht bei den Laurasiatheria doch offensichtlich schon ganz anders aus, hier könnte man schon darstellen, das dieses Taxon erstmals von XXXXX im Jahr XXXX aufgrund von Untersuchungen der XXXXX vorgeschlagen wurde, und mittlerweile auch durch Untersuchungen der XXXXX und XXXXXX bestätigt wurde und daher als allgemein akzeptiert gilt (u.a. ja auch von den Autoren der Pegasoferae). Das selbe gilt dann auch für die Taxoboxensystematik: "Laurasiatheria" ja, nagelneue "Pegasoferae" erst dann, wenn ohne heftige Gegenwehr allgemein akzeptiert, bis dahin im Text darstellen. Und für die Oma: Was soll die sich denn nun unter einem "potenziellen" Taxon vorstellen? Die fragt doch sofort: "Hä? Watt is datten??? Isset jetz eins oder nich? Warum iss dat denn jetz blooß ein "potenzielles"? Ab wann isset denn ein "richtiches"?" Ich glaube, mit dieser Begriffsbildung schaffst du eher Verwirrung. Grüße Accipiter 21:53, 27. Okt. 2006 (CEST)

Ich habe die Taxobox mal auskommentiert und das potenziell in ein hypothetisch mit Link auf Hypothese umgewandelt - über den Status sollte dann entsprechend kein Zweifel mehr aufkommen. Wie du bereits schreibst: wir kommen zu unterschiedlichen Schlussfolgerungen über den notwendigen Umfang der Darstellung - macht aber nix, ist dann halt so. Gruß -- Achim Raschka 22:03, 27. Okt. 2006 (CEST)

noch nicht validiert; Obwohl ich Anfangs der Meinung war, das ganze gehört in Laurasiatheria, denke ich mittlerweile ein eigenes Lemma ist schon gerchtfertigt. Allerdings muß man (finde ich) unbedingt noch was kürzen. Nämlich:

• Die "Kurze Darstellung der einzelnen Tierguppen" finde ich zu lang. Es wirkt auf mich ein bisschen so, als wäre vom Lebensraum bis zur Nahrung alles angeschnitten, aber nichts vollständig oder planvoll. Da genügen wenige knappe Sätze pro Gruppe. (evtl nur zur Morphologie) Irgendwelche Pandas aufzählen ist Schmarrn (mal grob formuliert).

• Die Cetartyodactyla würde ich nicht extra aufführen. Das verwirrt nur. Statt der Überschrift "Kurze darstellung der betrachteten Tiergruppen", was ja falsch ist (es wurden doch Vertreter aller Säugergruppen untersucht) wäre wohl besser "Rezente Gruppen der Pegasoferae". Rezent ist deshalb gut, da auch die Creodonten dazugehören könnten.

• Die Methode ist zu detailiert. Änderungsvorschlag (Untere Hälfte bei "Methode"):

Für die Untersuchung von Nishihara et al. wurden Long interspersed nuclear elements (LINE) des Typs L1 bei Vertretern aller Säugetierordnungen genutzt. Die L1-Eelemente gehören zu den am besten erforschten Retroposonen und machen beim Menschen etwa 16% des Gesamtgenoms aus. Sie werden aufgrund ihrer Basenpaarung und besonders durch die Anordnung der Nukleotide am so genannten 3'-Ende in über 50 verschiedene Typen unterteilt. Außerdem unterscheiden sie sich in ihrer Länge, die im Durchschnitt etwa sechs kbp (6000 Basenpaare) beträgt, aber um mehrere hundert Basenpaare variieren kann. Die Variation wird auf Abbrüche bei der Replikation der DNA während des Einbaus der Elemente in das Genom zurückgeführt. Da die einzelnen L1-Elemente sind durch um mehrere hundert Basenpaare variieren und dadurch tatsächlich einzigartig in ihrem Aufbau und ihrer Lage im Genom sind, wird eine Homoplasie vollständig ausgeschlossen.

== Auswahl und Vergleich der Retroposonen ==

Zur Darstellung der phylogenetischen Zusammenhänge innerhalb der Säugetiere wurden Sequenzen des Genoms von Vertretern aller Säugetierordnungen mit Ausnahme der Schuppentiere miteinander verglichen (Alignment) und über das Bootstrap-Verfahren zum plausibelsten Ergebnis geführt. Dabei konzentrierte sich die Arbeitsgruppe auf die beschriebenen L1-Elemente und verglich insgesamt 192 Loci (Genorte) miteinander, (die sie in einem vorab erfolgten In-silico-Screening beim Vergleich von bereits bekannten Gensequenzen des Menschen (Homo sapiens), der Hausmaus (Mus musculus), des Haushundes (Canis lupus familiaris) sowie des Hausrindes (Bos taurus taurus) indentifizieren konnten.

Von diesen wurden 44 Loci als Indizien für eine phylogenetische Verwandtschaft auf dem Level der Ordnungen erkannt und genutzt.)

-- Altai 22:40, 27. Okt. 2006 (CEST)