Diskussion:Peter Forster (Genetiker)

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Letzter Kommentar: vor 3 Jahren von 31.4.158.118 in Abschnitt Überarbeitungsvorschlag Sept 2020 / Curnen
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Hier noch die Hinweise des Instituts für Virologie der Charité Berlin, auf die ich mich bezog, als Referenz

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Letzter Kommentar: vor 4 Jahren1 Kommentar1 Person ist an der Diskussion beteiligt

Worldwide, the production of full-genome sequences of SARS-CoV-2 viruses represents only a tiny fraction of the number of actual infections. It is not safe to draw conclusions regarding geographic transmission routes based on such a small and under-sampled data set.[...] This example shows the danger of prematurely drawing conclusions based on highly incomplete data. Virology institutes currently have much more pressing priorities than curating and annotating sequences for upload, and the priority for doing so will certainly only decrease if unjustified and illogical nationalistic conclusions are being jumped to based on such incomplete data. The number of available SARS-CoV-2 sequences is dwarfed by the number of cases worldwide. The available data is certainly not representative of the unknown early genetic diversity or of the initial global spread of the virus. Many early samples will likely have been discarded and many may never be sequenced. We may never have conclusive answers to questions regarding early geographic spread.[charite 1]

--Curnen (Diskussion) 16:20, 17. Apr. 2020 (CEST)Beantworten

  1. ↑ T.C. Jones, B. Mühlemann, J. Schneider, J. Beheim-Schwarzbach, T. Veith, V.M. Corman und C. Drosten: Konsiliarlabor für Coronaviren, Institut für Virologie der Charité Universitätsmedizin Berlin. 13. April 2020, abgerufen am 17. April 2020 (englisch).

Überarbeiten

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Letzter Kommentar: vor 4 Jahren3 Kommentare3 Personen sind an der Diskussion beteiligt

Twitter ist in Bezug auf wissenschaftliche Auseinandersetzungen keine valide Quelle.

Auch der Absatz darunter ist fragwürdig. Inwiefern ist die chinesische Studie „ähnlich gelagert?“ Gibt es dafür ein belastbares Zitat aus seriöser Quelle? So erscheint die Drosten-Kritik an den Haaren herbeigezogen.

--Mussklprozz (Diskussion) 14:05, 5. Jun. 2020 (CEST)Beantworten

Wie mit WIkipedia (Ottensen) besprochen, sind Curnens/Zeppers anscheinend frauenfeindliche Anspielungen und die Twitterquelle von Anfang April 2020 nun durch eine wissenschaftliche Darstellung ersetzt. (nicht signierter Beitrag von 31.54.164.51 (Diskussion) 22:37, 6. Jun. 2020 (CEST))Beantworten
Worauf bezieht sich der Vorwurf, dass meine Darstellung der "Wissenschaftlichen Kontroverse" eine frauenfeindlich bzw. eine Hassbotschaft gewesen sein soll? Ich habe im ersten Absatz die Inhalte der Publikation zusammengefasst und dann im zweiten Abschnitt die Kritik daran widergegeben, die man auf Twitter fand. Zum damaligen Zeitpunkt gab es noch keine formalen Antworten (wie die Briefe in PNAS) in der Fachliteratur, weil die Studie erst kurz zuvor (ohne formales Peer-Review) veröffentlicht wurde.
Tweets sind natürlich - das will ich auch nicht abstreiten - keine formal wissenschaftliche Quelle. Aber wenn sich der Wikipedia-Artikel in der aktuellen Fassung auf Altimetric-Scores beruft und feiert, wie toll die Publikation in Social Media aufgenommen und verbreitet wurde, muss es doch auch legitim sein, darauf zu verweisen, dass ein Großteil der Tweets dazu äusserst kritischer Natur waren. Die von mir zitierten Twitternutzer*innen sind auch nicht irgendwer, sondern renommierte Forscher*innen auf dem Gebiet der Virologie und Epidemiologie und nicht fachfremd wie Peter Forster. Trevor Bedford und Emma Hodcroft gehören zum Kern des Nextstrain-Teams, das sich seit Jahren genau mit derartigen Analysen befasst.
Die in den Tweets geäußerte inhaltliche Kritik (dass es aufgrund der wenigen verfügbaren Datensätze prinzipiell unmöglich sei, die geografische Herkunft zu bestimmen und dass die Mutationsraten von mitochondrialer DNA und Virusgenomen nicht vergleichbar und die betreffenden Methoden daher nicht 1:1 anwendbar seien) wurde genau so dann auch in den Briefen an PNAS genannt und von Forster et al. in meinen Augen nicht adäquat beantwortet.
Die chinesische Studie ist ähnlich gelagert, weil auch sie die Mutationsraten von viralen Genomen falsch eingeschätzt hat und Stämmen willkürlich andere Eigenschaften zuweist, die sich rein aus genetischen Daten nicht ableiten lassen, wie Prof. Dr. Drosten in dem verlinkten Podcast eindeutig und detailliert erklärt. Ich stehe also nach wie vor zu meiner Einschätzung, dass Peter Forster und Kollegen hier eine weit unterdurchschnittliche Publikation abgeliefert haben, die ihren früheren Forschungsleistungen (die ich keinesfalls geringschätzen möchte) unwürdig ist.
--Curnen (Diskussion) 09:29, 23. Aug. 2020 (CEST)Beantworten


Überarbeitungsvorschlag Sept 2020 / Curnen

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Letzter Kommentar: vor 3 Jahren2 Kommentare2 Personen sind an der Diskussion beteiligt

SARS-CoV-2 Forschung

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Außerhalb wissenschaftlicher Fachkreise wurde Forster mit einer während der COVID-19-Pandemie durchgeführten phylogenetischen Analyse von 160 vollständig sequenzierten SARS-CoV-2 Genomen bekannt. Dazu wendete er gemeinsam mit Lucy Forster, Michael Forster und Colin Renfrew die von ihm für mitochondriale DNA entwickelte Analysesoftware auf die Virusgenome an. Gemeinsam publizierte die Gruppe die Ergebnisse in der wissenschaftlichen Fachzeitschrift PNAS.[1] Basierend auf Mutationen in den Virusgenomen definierten die Forscher drei Virusstämme A, B und C, denen sie unterschiedliche Eigenschaften zuschrieben.[2] So könne sich beispielsweise der Typ B aufgrund immunologischer Unterschiede in der Bevölkerung außerhalb Ostasiens nicht ausbreiten, solange er nicht weitere Mutationen erlange.[1] Die Ergebnisse der Untersuchung wurden in der Folge in zahlreichen britischen, deutschen und internationalen Presseberichten aufgegriffen.[3][4][5][6][7]

Unmittelbar nach der Fachveröffentlichung der Arbeit entbrannte jedoch eine wissenschaftliche Kontroverse über die Ergebnisse. Da aus der Anfangszeit der Pandemie nur wenige und nicht systematisch gesammelte Daten vorlägen, seien derartige Analysen prinzipiell nicht verlässlich[8][9]. Zudem begründeten einzelne Mutationen in Virusgenomen noch keine neuen Virusstämme und es seien Experimente erforderlich, um die Hypothese unterschiedlicher Eigenschaften der defininierten Virusstämme zu testen. Andernfalls müsste von rein zufälligen Abweichungen und dem Gründereffekt ausgegangen werden[8]. Ferner sei das verwendete Verfahren für die Analyse von viralen Genomen aus mehreren Gründen ungeeignet und stützten die gezogenen Schlussfolgerungen nicht[10]. Bereits zuvor hatte Christian Drosten eine ähnlich gelagerte chinesische Studie[11] wegen der leichtfertigen Anwendung von für menschliche Genetik entwickelter Software auf Virusgenome kritisiert und eindringlich vor daraus erwachsenden Fehlschlüssen gewarnt.[12]. Auch andere Forscher betonten bereits zuvor, dass einzelne, zufällige Mutationen in Virusgenomen erwartbar und nicht zwingend bedeutsam oder bedrohlich seien[13].

Forster und Kollegen hielten an ihrer Interpretation der Daten fest. Die hohe Mutationsrate ermögliche eine enge Nachverfolgung des Infektionsgeschehens auf genetischer Ebene und die Einteilung in Stämme sei nicht willkürlich aufgrund vereinzelter Mutationen erfolgt[14]. Zur Verwendung eines nicht repräsentativen Datensatzes habe es keine Alternativen geben, außerdem seien Lese- und Verständnisfehler hauptursächlich für die Kontroverse[14]. Das Fehlen experimenteller Daten zur Unterfütterung ihrer Schlussfolgerungen sei als Ermunterung zur Durchführung dieser Experimente zu verstehen[14].

--Curnen (Diskussion) 16:05, 6. Sep. 2020 (CEST)Beantworten

Lesefehler etc.

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Curnens Abschnitt über Lesefehler/Algorithmendiskussionen der Kritiker gehört nicht hierher, sondern in einen Wikipedia-Artikel zum Coronavirus. Ich setze daher den Abschnitt auf den vorherigen Stand zurück. 31.4.158.118 11:10, 8. Dez. 2020 (CET)Beantworten

  1. ↑ a b Peter Forster, Lucy Forster, Colin Renfrew, Michael Forster: Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. [elektronische Veröffentlichung vor dem Druck] April 2020, doi:10.1073/pnas.2004999117, PMID 32269081.
  2. ↑ Pressemitteilung: Den genetischen Ursprüngen des Coronavirus auf der Spur. In: Christian-Albrechts-Universität zu Kiel (CAU). 17. April 2020, abgerufen am 17. April 2020.
  3. ↑ rme/aerzteblatt.de: Archäologen: SARS-CoV-2 gelangte über Deutschland und Singapur nach Italien. In: aerzteblatt.de. 9. April 2020, abgerufen am 17. April 2020.
  4. ↑ Joe Pinkstone: There are THREE separate types of coronavirus. In: dailymail.co.uk. 9. April 2020, abgerufen am 17. April 2020.
  5. ↑ Sarah Knapton: How genetic scientists have traced the coronavirus pandemic’s journey across the world. In: telegraph.co.uk. 11. April 2020, abgerufen am 17. April 2020 (englisch).
  6. ↑ jala: Archäologen verblüffen: Kam Virus über Deutschland und Singapur nach Italien? In: Focus Online. 15. April 2020, abgerufen am 17. April 2020.
  7. ↑ Christian Baars und Stella Peters: Suche nach dem Ursprung des Virus. In: Tagesschau.de. 23. August 2020, abgerufen am 24. August 2020.
  8. ↑ a b Carla Mavian, Sergei Kosakovsky Pond, Simone Marini, Brittany Rife Magalis, Anne-Mieke Vandamme, Simon Dellicour, Samuel V. Scarpino, Charlotte Houldcroft, Julian Villabona-Arenas, Taylor K. Paisie, Nídia S. Trovão, Christina Boucher, Yun Zhang, Richard H. Scheuermann, Olivier Gascuel, Tommy Tsan-Yuk Lam, Marc A. Suchard, Ana Abecasis, Eduan Wilkinson, Tulio de Oliveira, Ana I. Bento, Heiko A. Schmidt, Darren Martin, James Hadfield, Nuno Faria, Nathan D. Grubaugh, Richard A. Neher, Guy Baele, Philippe Lemey, Tanja Stadler et al.: Sampling bias and incorrect rooting make phylogenetic network tracing of SARS-COV-2 infections unreliable. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. 117. Jahrgang, Nr. 23, 2020, ISSN 0027-8424, S. 12522–12523, doi:10.1073/pnas.2007295117.
  9. ↑ T.C. Jones, B. Mühlemann, J. Schneider, J. Beheim-Schwarzbach, T. Veith, V.M. Corman und C. Drosten: Konsiliarlabor für Coronaviren, Institut für Virologie der Charité Universitätsmedizin Berlin. 13. April 2020, abgerufen am 17. April 2020 (englisch).
  10. ↑ Santiago J. Sánchez-Pacheco, Sungsik Kong, Paola Pulido-Santacruz, Robert W. Murphy, Laura Kubatko: Median-joining network analysis of SARS-CoV-2 genomes is neither phylogenetic nor evolutionary. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. 117. Jahrgang, Nr. 23, 2020, ISSN 0027-8424, S. 12518–12519, doi:10.1073/pnas.2007062117.
  11. ↑ Xiaolu Tang, Changcheng Wu, Xiang Li, Yuhe Song, Xinmin Yao, Xinkai Wu, Yuange Duan, Hong Zhang, Yirong Wang, Zhaohui Qian, Jie Cui, Jian Lu: On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2. In: National Science Review. März 2020, doi:10.1093/nsr/nwaa036.
  12. ↑ Korinna Hennig / NDR: Coronavirus-Update (8): Viren mutieren immer. In: Das Coronavirus-Update mit Christian Drosten. 6. März 2020, abgerufen am 17. April 2020.
  13. ↑ Nathan D. Grubaugh, Mary E. Petrone, Edward C. Holmes: We shouldn’t worry when a virus mutates during disease outbreaks. In: Nature Microbiology. 5. Jahrgang, Nr. 4, 2020, ISSN 2058-5276, S. 529–530, doi:10.1038/s41564-020-0690-4.
  14. ↑ a b c Peter Forster, Lucy Forster, Colin Renfrew, Michael Forster: Reply to Sánchez-Pacheco et al., Chookajorn, and Mavian et al.: Explaining phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. 117. Jahrgang, Nr. 23, 2020, ISSN 0027-8424, S. 12524–12525, doi:10.1073/pnas.2007433117.
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