Diskussion:Phycodnaviridae

Gattungen Prymnesiovirus und Raphidovirus

Gattungen Prymnesiovirus (mit Spezies Chrysochromulina brevifilum virus PW1, CbV-PW1) und Raphidovirus (mit Spezies Heterosigma akashiwo virus 01, HaV01) sind bei Schulz 2018 nicht dabei. Warum? Wurden sie zu Mimiviridae verschoben, etwa mit der OLPG-Gruppe (jetzt putativ Mesomimiviridae)?

Fumito Maruyama, Shoko Ueki: Evolution and Phylogeny of Large DNA Viruses, Mimiviridae and Phycodnaviridae Including Newly Characterized Heterosigma akashiwo Virus, Front Microbiol. 2016; 7: 1942, PMC 5127864 (freier Volltext), PMID 27965659, sagt:

HaV was originally isolated as a bloom terminating factor (Nagasaki and Yamaguchi, 1997) and is of ecological importance in controlling algal populations in nature. A HaV strain, HaV01, was characterized as a dsDNA virus with a genome size of ∼290 kbp (Nagasaki et al., 2005), and we recently reported the complete genome sequence of HaV strain 53 (HaV53, submitted for publication)...

Gene-to-gene comparison of HaV53 with other giant dsDNA viruses showed that only a small proportion of HaV53 genes show similarities with the others, revealing its uniqueness among Phycodnaviridae. Phylogenetic/genomic analysis of Phycodnaviridae including HaV53 revealed that the family can be classified into four distinctive subfamilies, namely, Megaviridae (Mimivirus-like), ...

Mal abgesehen, dass hier nicht von HaV01 die Rede ist (wie in der en WP), sondern HaV53. Die Mimiviridae (sic!) werden als Unterfamilie(!) zu den Phycodnaviridae gezählt, was a) die Namenskonventionen verletzt und b) für uns hier wertlos ist.

Werde weiter recherchieren. Noch auszuwerten: Eugene Koonin, Natalya Yutin: Evolution of the Large Nucleocytoplasmatic DNA Viruses of Eukaryotes and Convergent Origins of Viral Gigantism, in: Advances in Virus Research, Band 103, 21.01.2019 (sic!). Online bereits (auszugsweise) verfügbar. Muss noch auswerten... Hilfe gern gesehen :-) --Ernsts (Diskussion) 09:45, 13. Jan. 2019 (CET)

Leider nichts gefunden. Bei Prymnesiovirus PgV ist die Lage ähnlich unklar. --Ernsts (Diskussion) 05:23, 24. Aug. 2019 (CEST)

HaDNAV

Zur Frage H. akashiwo parasitierender DNA-Viren siehe Diskussion:Raphidovirus --Ernsts (Diskussion) 00:26, 14. Jul. 2019 (CEST)

Dishui Lake

Es könnte sich um den gleichnamigen künstlich angelegten See in der Modellstadt Xinchengzhen im Süden von Shanghai handeln, Endstation der Linie 16 der Metro Shanghai (einziger Treffer bei Kartensuche). Wer kann das bestätigen? --Ernsts (Diskussion) 05:16, 24. Aug. 2019 (CEST)

Verifiziert: Nach Angaben der Autoren sind die Koordinaten des Sees 121°55′27.00′′ N 30°53′56.00′′ E, das ist der kreisrunde künstliche See mit Inseln dort --Ernsts (Diskussion) 08:13, 25. Aug. 2019 (CEST)

Yellow Lake oder Yellowstone Lake

Was ist gemeint: Es gibt einen Yellow Lake in Wisconsin, einen in British Columbia, Kanada (British Columbia Highway 3A, Yellow Lake near Penticton, den Yellow Lake (Shara-Nur), the famous healing mud, a sacred place for the Buryat, zwei weitere en:Yellow Lake und den Yellowstone Lake (abgekürzt Yellow Lake? Vgl. Klosneuvirus)? Oder sind es gar verschiedene Viren (abgesehen davon, dass es ein Riesenvirus YLPV/YSLPV und einen Virophagen YLV/YSLV gibt)? --Ernsts (Diskussion) 08:34, 25. Aug. 2019 (CEST)

Eine Wildcardsuche bei NCBI nach Yellow*Lake* liefert YSLV 1 – 7 als Virophagen, YSLPV 1 – 3 als Riesenviren ‚Phycodna…’, sowie YSLMV als Riesenvirus ‚Mimi…’! Kein Yellow Lake Virus/Phycodnavirus/Virophage. Aber da könnten wieder Duplikate dabei sein, vgl. saudi Moumouvirus/Moumouvirus saoudian, ‚beide’ in Dschidda/Jeddah gefunden. --Ernsts (Diskussion) 08:54, 25. Aug. 2019 (CEST)

In silico structural and functional prediction of African swine fever virus protein-B263R reveals features of a TATA-binding protein Yellow Lake Phycodnavirus --Ernsts (Diskussion) 09:03, 25. Aug. 2019 (CEST)