Diskussion:Ribonukleasen

Im Absatz zur RNase A wird diese einmal fälschlicherweise als RNAse A bezeichnet. -- 91.130.146.115 01:09, 27. Jan. 2009 (CET)

Ist korrigiert. --Hoffmeier 03:58, 27. Jan. 2009 (CET)

Dieser Artikel ist eine einzige Zumutung

„Nukleasen, die die Hydrolyse von Ribonukleinsäuren in kleinere Fragmente katalysieren“: Fragmente sind immer kleiner. Sollte es ‚kleine Fragmente‘ heißen?

„Sie werden unterteilt in Endo- und Exoribonukleasen.“: Und worin besteht der Unterschied? Ist es die Funktion mal inner- und mal außerhalb der Zelle? Offenbar nicht, denn die RNase A wird den Endonukleasen zugerechnet, wirkt aber extrazellulär.

„In lebenden Zellen ist die Erbinformation in Form von DNA gespeichert. Die Information wird jedoch nicht direkt umgesetzt, sondern zunächst im Schritt der Transkription als RNA kopiert. Von dieser RNA wird abgelesen und die gespeicherte Information umgesetzt. (siehe Proteinbiosynthese)“: Ein Bezug zum Thema ist nicht erkennbar.

„RNasen haben zur Aufgabe, zelluläre RNAs zu prozessieren und abzubauen.“ Was heißt hier ‚prozessieren‘? Hat diese RNase Anteil an der Prozessierung der tRNA vor der Translation? Wie passt dann Prozessieren und Abbauen zusammen? Wenn es nur heißen soll, dass die RNase irgendwas mit der RNA macht, gehört das Wort gestrichen, denn ‚abbauen‘ sagt dann genug.

„... damit die Regulation der Transkription einen Effekt auf die, für die zur Translation zur Verfügung stehende, mRNA-Menge haben kann“ Hier wird wohl irgendwas doppelt gesagt. Der Satz stimmt irgendwie nicht.

„die Verbindungen des Zucker-Gerüstes der RNA trennen“: Welche Verbindung?“

„und somit die Nukleotid-Monomere freisetzen“: Kann z.B. für RNase A nicht stimmen, da diese ja nur hinter U und C schneidet.

„Die RNase H ist eine unspezifische Endoribonuklease, die RNA-DNA Heteroduplexe erkennt und spaltet.“ : Was heißt hier ‚unspezifisch‘? Vielleicht, dass hier wirklich überall zwischen zwei Ribonukleotiden geschnitten wird? ‚Heteroduplex‘ müsste ein Link sein oder erklärt werden. Und was heißt ‚den Heteroduplex spalten‘? Wird er in seine Einzelstränge zerlegt? Oder wird der RNA-Strang in seine Nukleotide zerlegt?

„Die Spaltung der RNA erfolgt hydrolytisch über ein enzymgebundenes bivalentes Metallion.“: Gibt es die RNase H wie eine Scheckkarte in Gold und in Silber? Oder warum wird nicht verraten, um welches Metall es sich handelt?

„Bei einer verminderten Enzymaktivität, z.B. durch Mutationen in einem der drei Proteingene, kommt es durch die häufiger vorhandenen Ribonukleotide zu einer Genominstabilität bis hin zum Strangbruch“: Was haben die häufiger vorhandenen Ribonukleotide mit der Genomstabilität zu tun: Das Genom ist doch als DNA-Doppelhelix gegeben. Woher also Strangbrüche als folge mangelhafter RNase-Aktivität? Komplett unverständlich!

„3'→5' Exoribonuklease“: Und der Leser darf raten, was sowas ist.-- Binse (Diskussion) 02:08, 3. Okt. 2012 (CEST)

Die Rolle von Links im Artikel

wird hier offenbar falsch gesehen. Wie mir inzwischen klar wird, setzt der Autor einfach voraus, dass der Leser sich mit dem Link Nuklease vertraut gemacht hat. So etwas ist aber verboten. Ein Artikel muss für sich lesbar sein. Links sollen Vertiefung bieten oder einfach darauf aufmerksam machen, dass es zum Stichwort einen eigenen Artikel gibt.

Endo- und exo- beziehen sich also auf den Angriffspunkt (innen oder endständig) im RNA-Molekül. Auch 3'-exo wird damit klar. Es bleibt unter anderem die sachliche Unstimmigkeit, dass in der Einleitung pauschal behauptet wird, Ribonukleasen setzen die Mononukleotide frei, während der Artikel Nuklease darauf aufmerksam macht, dass Endonukleasen das in der Regel nicht können.-- Binse (Diskussion) 15:07, 3. Okt. 2012 (CEST)

Die Grundsatzfrage doppelter Erläuterungen wurde aber längst geklärt, Links sind daher ein natürliches Hilfsmittel. Du hast aber nicht unrecht, dass insbesondere im Eingangsabsatz behutsam eingeführt werden sollte, der Begriff ist Omatauglichkeit. Insofern ist dieser in der Tat nicht ideal. WP:Sei mutig!. --Ayacop (Diskussion) 16:02, 3. Okt. 2012 (CEST)

Aha! Links sind ein natürliches Hilfsmittel. Das konnte die delphische Pythia nicht besser sagen. Aber da das hier jedenfalls nicht ideal ist, darf man wohl mal behutsam dran arbeiten. Danke Ayacop!

Ich werde sehen, dass ich hier auf der Diskussionsseite ein bisschen Protokoll führe.-- Binse (Diskussion) 13:32, 4. Okt. 2012 (CEST)

Einige Änderungen

Zunächst man eine klare Aufforderung, den Artikel Nukleasen anzuschauen, weil von dort Information vorausgesetzt wird, die kein ‚Omawissen‘ ist.

Die Erklärung zu Transkription/Translation ist thematisch nicht eingebunden, lenkt nur ab. Habe ich entfernt.

Den Rest des Abschnitts ‚Funktion‘ deutlicher gefasst; alle Aussagen übernommen. Bemerkung über mögliche Spezifität eingefügt.

Zu klären bleibt, ob es außer tRNA und rRNA weitere RNA-Typen gibt, die prozessiert werden. Falls nicht, wäre der Satz weiter zu vereinfachen. Der Ausdruck ‚zelluläre RNA‘ ist aber gut, weil im nächsten Satz RNA-Viren, also Fremd-RNA angesprochen werden.

Ferner zu klären: Ist es immer die Esterbindung bei 5' (bei RNase A erwähnt) oder kommt auch 3' in Frage?-- Binse (Diskussion) 15:13, 4. Okt. 2012 (CEST)

Einen passenden Link erfordert die Erwähnung eines bivalenten Metalls bei der Hydrolyse. Der Artikel Hydrolyse gibt keinen Hinweis.

‚Heteroduplex‘ verlinkt.

Bei „Fälschlich eingebaute RNA-Moleküle“ Ersatz von ‚Molekül‘ durch ‚Monomer‘

RNA-statt-DNA-Fehlpaarung erst mal erklärt

Anmerkung: Beim Ausmerzen von Fehlpaarungen kann es sich wohl nur um RNase H2 handeln, da die andere vier Ribonukleotide benötigt um anzudocken.

...durch die häufiger vorhandenen... → ...durch die dann verbleibenden...-- Binse (Diskussion) 19:55, 4. Okt. 2012 (CEST)

Sonstige Fragen

Da das Eliminieren der fehlgepaarten Ribonukleotide offenbar ausschließlich von RNase H2 besorgt wird (H1 braucht vier Ribonukleotide und der Ausfall von H2 macht krank), ist zu fragen, ob die Entfernung der Primer auch ausschließlich von H1 erledigt wird.

Wofür genau werden RNasen bei der Prozessierung gebraucht? Beim Splicing offenbar nicht. Entfernung der Cap wird erwähnt. Aber das gehört doch nicht zur Prozessierung? Die Entfernung des Poly-A doch auch nicht?

Es sollte gesagt werden, dass es sich bei den besprochenen RNasen nur um eine Handvoll Beispiele handelt. Der Artikel Exosom erwähnt die PH-Familie und die R-Familie, Degradosom erwähnt RNase E.

Bei jeder RNase gehört gesagt, wo sie vorkommt. Eukarionten? Prokarionten? Beide? Im Artikel gibt es meist nur indirekte Hinweise: A im menschlichen Schweiß, also bei Eukarionten. Ob auch sonst? -- RNase P prozessier tRNA, ist also eukariotisch, R wird Bakterien zugeordnet und D prozessiert wieder tRNA. -- Binse (Diskussion) 02:10, 5. Okt. 2012 (CEST)

Zur Einleitung

Goris hat natürlich recht. Der Leser sollte nicht gleich zu Anfang gezwungen sein einem Link nachzugehen. Das war wohl ein fauler Kompromiss. Zwei kleine Änderungen: Fragmente sind immer kleiner. Hatte ich schon moniert und nur noch nicht ausgeführt. -- Das ‚entweder‘ scheint den Satz zunächst unnütz und stilwidrig zu belasten, ist aber inhaltlich richtig, da wohl keine Exo-RNase fähig ist, an beiden Enden zu knabbern. Nur besteht die Gefahr, dass der Leser das nicht merkt. Ich versuche mal, das explizit zu sagen, ohne gleich zu sehr auszuschweifen.-- Binse (Diskussion) 00:00, 6. Okt. 2012 (CEST)

Vielen Dank für Deine Änderungen, sind wirkliche Verbesserungen. Nun ist wenigstens die Einleitung rund und verständlich, denke ich. --Goris (Diskussion) 19:44, 6. Okt. 2012 (CEST)

Und nun meinen Dank an Ayacop, eine tolle Arbeit, und das am Sonntagmorgen! Ist gleich ein anderer Artikel, eben fachmännisch und umfassend. So sollte es sein, jetzt ist auch klar, wieviele Formen derzeit bekannt sind, wie diese eingeteilt werden u.s.w. Vorbildlich. Super! --Goris (Diskussion) 10:12, 7. Okt. 2012 (CEST)

Da möchte ich mich anschließen. Mich freut besonders das Mehr an Information, das Du beigesteuert hast. Danke auch, dass Du in den vergangenen Tagen durch promptes Sichten dauernd mitgemacht hast.-- Binse (Diskussion) 14:49, 7. Okt. 2012 (CEST)

Verloren gegangen?

Eben sehe ich, dass der Hinweis, dass nur ein paar typische Beispiele folgen, jetzt fehlt. Ich will da keinen Krieg drum machen, denke aber, dass das besser war und eher versehentlich verschwunden ist. Tun wirs wieder rein?-- Binse (Diskussion) 00:31, 6. Okt. 2012 (CEST)

Das war kein Versehen meinerseits, sondern eine bewußte Löschung. Ich hatte gesehen, dass Du den Satz bearbeitet hast. Aber eigentlich ist es doch eher so ein Ansager, wie er eigentlich nicht in einen Wikipedia-Artikel gehört. Dann fände ich die Überschriften Endoribunukleasen (Auswahl) besser, wäre auch sichtbarer, dass die Auflistung keinen Anspruch auf Vollständigkeit erhebt. Andererseits, warum eigentlich nicht? Wenn schon verbessern, wäre es doch auch schön, den Artikel gleich auch zu vervollständigen. Allerdings ist das nicht ganz mein Fcahbereich, aber ich suche mal. Ich habe den Artiekl eher zufällig auf meiner Beobachtungsliste, weil ich eine Ribonklease ergänzt habe, als ich den Artikel über das Aicardi-Goutières-Syndrom ausgebaut habe. Mal sehen. Viele Grüße, --Goris (Diskussion) 19:51, 6. Okt. 2012 (CEST)

Hallo Goris! Ich bin hier erst recht kein Fachmann. Aber soviel meine ich gelernt zu haben: Vervollständigen geht nicht, denn die Menge verschiedener RNasen ist ziemlich uferlos und vermutlich noch im Wachsen. Erweitern, ja. Bestimmt könnte man mehr bringen und vor allem zu dieser oder jener RNase mehr sagen; vor allem, wo sie vorkommt. Eine, die in allen drei Domänen (Bakterien, Archäen, Eukarionten) vorkommt, andere, die auf Eukarionten beschränkt sind, usw. Aber sicher bleibt es eine Auswahl. Der Artikel in der englischen WP bringt schon ein paar andere und jeder der Artikel die ich unter ‚s.a.‘ zitiere, wieder andere. Wir können nicht einfach so tun, als wäre das, was da steht, alles. Wenn ich mehr Überblick hätte, würde ich wahrscheinlich sogar die Auswahl ändern und möglichst unterschiedliche Beispiele bringen, Vielfalt demonstrieren. Vielleicht kannst Du das? Die vorliegende Auswahl erscheint mir etwas zufällig. Gewiss kann man ‚(Auswahl)‘ oder ‚(Beispiele)‘ auch in die Überschriften setzen; ist mir auch recht. Aber aus welcher Regel oder Überlegung ergibt sich, dass eine ‚Ansage‘, was jetzt kommt, nicht in einen Enzyklopädieartikel gehört?

Da der Abschnitt über RNase H oder nur über H2 offenbar von Dir ist, Weißt Du vielleicht, worin H1 und H2 überhaupt verwandt sind? Die eine ist ein einzelnes Protein, die andere ein Komplex aus dreien, die Funktionen sind zumindestens darin verschieden, dass nur H2 die fehlgepaarten Ribonukleotide entfernen kann (ob H2 anderseits Primer entfernen kann, wird nicht gesagt): Wie kann man da sagen H habe Untertypen H1 und H2? Ist vielleicht RNase H1 zu RNASEH2A, das die enzymatische Aktivität von H2 trägt, sehr ähnlich? Viele Grüße, Binse (Diskussion) 01:56, 7. Okt. 2012 (CEST)