Diskussion:Schrotschuss-Sequenzierung
Die DNA wird NICHT mit Restriktionsenzymen geschnitten, da diese sequenzspezifisch arbeiten. Sie wird durch Scheerkräfte zufällig in Stücke gerissen. Eine einfache Methode ist der sog "Nebulizer", funktioniert im Prinzip wie eine Sprühflasche. Dann müssen die entstandenen Fragmente amplifiziert werden (PCR oder Klonieren). Dann wird zB mit der Sanger Methode die Basensequenz aus jedem einzelnen "read" = DNA-Fragment gelesen und im letzten Schritt assembliert. dazu steht weiter unten schon was. Also das was im Artikel steht ist mehr falsch als richtig, deswegen sollte das mal jemand überarbeiten. Ich würds ja machen.. aber nicht jetzt ;-) keine Zeit.
Wird bei dieser Methode die DNA nicht mit Hilfe von Ultraschall "zerschossen". Enzyme trennen doch immer an einer spezifischen Stelle, beim Shotgun-Prinzip geschieht dies zufällig...
Der Artikel ist sowieso eher ungenau und laesst sehr wichtige Punkte aus. Ich schreib hier mal was mir einfaellt. Jemand, der gerade Lust hat, kann das ja mal ausformulieren.
Soweit ich weiss, gibt es keine genormte Methode, wie die DNA in Fragmente zerteilt wird. Die Methoden zur Trennung zerteilen die DNA meisst (immer?) an zufaelligen Positionen und in (einem gewissen Rahmen) zufaellig laenge Fragmente. Diese Fragmente werden meist mit Hilfe der Didesoxymethode nach Sanger (siehe DNA-Sequenzierung) von beiden Enden her auf eine Basenlaenge von 500-700 Basen ansequenziert.
Die dadurch gewonnene Information ueber die einzelnen Fragmente muss assembliert werden, um auf die ganze Sequenz rueckzuschliessen. Dies ist eine wesentliche Eigenheit der Shotgun-Sequenzierung. Dabei wird computergestuetzt nach Sequenzueberlappungen der Fragmente gesucht und dadurch die Fragmente Schritt fuer Schritt zusammengebaut zur Ergebnissequenz. Diese Assemblierung wird mit der Laenge der zu sequenzierenden DNA quadratisch (jedes Fragment muss mit jedem verglichen werden) schwieriger und hat aufgrund dieser Komplexitaet ihre Grenzen.
Ein anderes Problem ist, dass die zufaellige Fragmente sequenziert werden. Deshalb reicht es nicht, genausoviele Basen zu sequenzieren wie lange die DNA ist. Es muss ein Mehrfaches der DNA-Laenge sequenziert werden, um mit einer gewissen Wahrscheinlichkeit jede Base mindestens einmal sequenziert zu haben.
Trotz der Probleme ist Shotgun-Sequenzierung innerhalb einer bestimmten DNA-Laenge effizienter als z.B. "Clone-by-Clone"-Sequenzierung. 138.246.7.121 Thu Sep 7 18:45:49 UTC 2006
Das Genom wird im Shotgun-Verfahrennach dem Zufallsprinzip in kurze Fragmente zerlegt. In den auf diese Weise entstandenen kurzen Sequenzen sucht man nach Überlappungen, die dann im Weiteren dazu dienen, die zusammenhängende Sequenz zu konstruieren. Es gib zwei unterschiedliche Verfahren und zwar die "Hierarchische Shotgun Sequenzierung" und die "Genom-weite Sequenzierung". By E.W.
Überarbeitung
[Quelltext bearbeiten]Hi,
ich habe den Artikel mal überarbeitet. Also, Literatur, Weblinks, Einleitung, Motivation. Überblick über die Phasen, ein paar mehr Details zu den einzelnen Phasen und Varianten. Bin der Meinung, dass nun der Überarbeitungsbaustein nicht mehr notwendig ist. --Gms 13:43, 6. Mär. 2008 (CET)
Shotgun-Methode von Sanger entwickelt?!
[Quelltext bearbeiten]in der Englischen Wikipedia wird der Erfinder nicht erwähnt, auf http://shotgunsequencing.net/ wird Craig Venter als Erfinder genannt (und darauf hingewiesen, dass mancheiner Sanger für den eigentlichen Erfinder hält. Wie auch immer, der Einleitungssatz sollte überarbeitet oder mit Belegen ausgestattet werden. (nicht signierter Beitrag von 78.50.88.79 (Diskussion) 16:59, 10. Jul 2011 (CEST))