Diskussion:Spike-Glykoprotein von SARS-CoV-2

Das Spike-Protein ist kein Rezeptor

@Ghilt: siehe Rezeptor (Biochemie): Als Rezeptor (von lateinisch recipere ‚aufnehmen‘ bzw. ‚empfangen‘) wird in der Biochemie ein Protein oder ein Proteinkomplex bezeichnet, sofern daran Signalmoleküle binden können, die dadurch Signalprozesse im Zellinneren auszulösen vermögen. Ein Rezeptor ist also Teil der Zelle, nicht Teil des Virus, der Virus spielt hier die Rolle des "Signalmoleküls". --Myosci (Diskussion) 22:21, 9. Apr. 2022 (CEST)

Siehe auch den Schwester-Artikel aus der engl. Wikipedia: The S1 region contains the receptor-binding domain that binds to receptors on the cell surface. Coronaviruses use a very diverse range of receptors; SARS-CoV (which causes SARS) and SARS-CoV-2 (which causes COVID-19) both interact with angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). --Myosci (Diskussion) 22:25, 9. Apr. 2022 (CEST)

Eine Rücksetzung einer Rücksetzung ist ein Edit-War und kann zur Sperrung führen. Nachdem man zurückgesetzt wurde, ist die Diskussionsseite zu nutzen und nicht erneut zu revertieren. --Ghilt (Diskussion) 22:26, 9. Apr. 2022 (CEST)

Dein Revert war aber falsch, ein Virus enthält keinen Rezeptor, weil ein Virus kein Lebenwesen ist. Das habe ich in der Bearbeitungszeile erklärt und du hast das nicht beachtet. Vor dem Revertieren solltest du dir mehr Gedanken machen. --Myosci (Diskussion) 22:31, 9. Apr. 2022 (CEST)

Du es ja dann selbst korrigiert und bezeichnest es als Ligand: Als Ligand wird in der Biochemie und in verwandten Wissenschaften ein Stoff bezeichnet, der an ein Zielprotein, beispielsweise einen Rezeptor, spezifisch binden kann. --Myosci (Diskussion) 22:37, 9. Apr. 2022 (CEST)

Nachtrag zur Sperr-Drohung, siehe Diskussionsabschnitt Myosci --Myosci (Diskussion) 18:21, 16. Apr. 2022 (CEST)

Quelle für Pseudovirus

Hallo Benutzer:Myosci, die Quelle für die „Pseudovirus“-Aussage ist eine Unternehmenswebsite https://www.berthold.com/de/bioanalytik/loesungen-sars-cov-2-covid-19-forschung/pseudovirus-neutralization-assays-in-der-sars-cov-2-forschung/ . Ich bin mir nicht sicher, ob die hinreichend ist. Gibt es eine wissenschaftlich publizierte Aussage hierzu? Die Nature-Quelle beschreibt zwar ein Verfahren, sagt aber soweit ich sehe nichts zu seinem Einsatz. --Himbeerbläuling (Diskussion) 07:47, 12. Apr. 2022 (CEST) (ergänzt) --Himbeerbläuling (Diskussion) 08:02, 12. Apr. 2022 (CEST) Auch die Verwendung des Wortes „Pseudovirus“ erscheint mir zweifelhaft, die Rede ist von „lentivirus particles pseudotyped with SARS-CoV-2 spike glycoprotein“ --Himbeerbläuling (Diskussion) 08:07, 12. Apr. 2022 (CEST)

Da wird m.E. Theoriefindung und Begriffsetablierung betrieben. Beides fällt unter WP:KTF. Pseudoviren und Pseudotyp-Partikel sind m.E. keine üblichen Bezeichnungen, sondern pseudotypisierte Viren bzw. pseudotypisierte virale Vektoren. Daneben gibt es auch noch Quellenfiktion, d.h. es werden Sätze mit Belegen versehen, in denen die Aussage nicht vorkommt. Dann werden nicht zuverlässige Quellen verwendet. Das fällt unter WP:Q und WP:KTF. Daher m.E. revertieren. --Ghilt (Diskussion) 11:27, 12. Apr. 2022 (CEST)

Bin ich nicht sicher. In https://web.archive.org/web/20220307114244/https://www.nature.com/articles/s41586-020-2639-4 steht immerhin der Satz „BNT162b1 is a lipid-nanoparticle-formulated, nucleoside-modified mRNA vaccine that encodes the trimerized receptor-binding domain (RBD) of the spike glycoprotein of SARS-CoV-2.“, und das ist ein Nature-Article. Für das Wort „Pseudovir“… oder „Pseudo-Vir“… gibt es in https://www.ndr.de/nachrichten/info/coronaskript174.pdf einige Fundstellen. Der Stub Pseudotypisierung, an dem wir beide auch schon dran waren, ist allerdings immer noch schwach. --Himbeerbläuling (Diskussion) 20:20, 12. Apr. 2022 (CEST)

Wenn Du der Meinung bist, dass ihr das hinbekommt, ziehe ich mich hier zurück. Myosci ist erst hier, seit ich die mangelhafte Bequellung woanders moniert hatte.[1] --Ghilt (Diskussion) 08:19, 13. Apr. 2022 (CEST)

Ich sagte „Bin ich nicht sicher.“ Soll heißen: Kann sein dass ich Dir, Ghilt, letztlich zustimme, kann auch sein dass nicht. Bin halt nicht sicher. --Himbeerbläuling (Diskussion) 14:21, 14. Apr. 2022 (CEST)

Soviel gutgemeinten, aber kenntnislosen Bearbeitungen hinterherzuräumen (jetzt auch noch WP:NK) ist mir zu nervig, insbesondere bei Jemandem, der mir nachweislich hinterhersteigt. Ich bin hier raus. --Ghilt (Diskussion) 14:47, 15. Apr. 2022 (CEST)

Meinst du mit WP:NK und "hinterhersteigen", dass ich den Lemma-Namen von „Spike-Glykoprotein (SARS-CoV-2)“ auf „Spike-Glykoprotein von SARS-CoV-2“ änderte, um dich zu ärgern? So ein Unsinn, diesen Artikel hast du aufgebaut und es ist deine Arbeit! Aber keiner ist perfekt und in einem Fall (die Rezeptor-Sache) gibt es ja nun inhaltlichen Konsens. Schmälert das deine fachliche Artikelarbeit, wenn ein anderer einen Fehler entdeckt? Ich finde nicht! Ist etwas ein Wissenschaftler sauer, wenn er etwas entdeckt hat, und ein anderer gibt noch einen Input? (OK, es bisschen großspuriges Beispiel.) Jetzt also zum vermuteteten Dissens bei WP:NK. Die engl. Wikipedia hat den Begriff ohne Klammern gewählt (en:Coronavirus spike protein), die spanische mit. Also ist keine Version ohne Vorbild und möchte also den Grund für die Variante ohne Klammern nun erläutern.

Grundsätzlich bedeutet doch eine Klammer, dass es ein Zusatz ist, den man in bestimmten Kontexten weglassen kann. Z.B. ist bei einem Musikartikel bei "Hans Huber" für den Leser klar, dass es Hans Huber (Komponist) ist. Aber das Spike-Glykoprotein kommt bei einer großen Gruppe von Viren vor, im Kontext Viren ist es also nicht eindeutig. Nur dann wenn man ausschließlich an SARS-CoV-2 denkt wäre es eindeutig. Ein zweiter Grund schließt sich daran unmittelbar an: der Artikel Peplomer kann schließlich genauso gut Spike-Glykoprotein heißen, denn die Einleitung sagt ja schließlich: Ein Peplomer (von griechisch πέπλος peplos „Gewand, Decke“), S-Glykoprotein (S für englisch spikes) oder Spike-Protein ist eine nach außen ragende Proteinstruktur einer Virushülle. Durch "Spike-Glykoprotein (SARS-CoV-2)" wäre die Möglichkeit verbaut, dem Artikel Peplomer den Hauptnamen "Spike-Glykoprotein" zu geben. Aber bei einem alten Artikel den Hauptnamen des Lemmas zu ändern, das mache ich nicht, schon aus dem Grund weil ich vieleicht zu sehr von SARS-CoV-2 her denke, Peplomer ist vielleicht der im deutschen Biologie-Sprachraum gewachsene bessere Begriff. Aber wenn es der bessere Begriff ist, vielleicht heißt dann auch einmal der Hauptname dieses Lemmas hier Peplomer von SARS-CoV-2. Die Begriffe Peplomer und Spike-Glykoprotein (SARS-CoV-2) passen sprachlich nicht gut zusammen.--Myosci (Diskussion) 21:58, 15. Apr. 2022 (CEST)

Hallo an Himbeerbläuling und Ghilt! Ja ich bin erst durch Ghilt auf diese Seite aufmerksam geworden, weil es bei Leuten, die zum Thema editieren vielleicht auch andere damit zusammenhängende Artikel gibt, die ich noch nicht kenne.

Und das Spike-Protein passt sehr gut zu dem anderen Thema: Wenn man sich den Preprint-Artikel durchliest, wo keine geringeren als die beiden Chefs von Biontech und Sandra Ciesek die Co-Autoren sind,dann bekommt man das Gefühl, dass man bei Biontech überlegt, nicht mehr das ganze Spike-Protein zu verwenden, sondern nur noch Teile. Dadurch würde Biontech zurück zu den Wurzeln gehen, denn der erste Kandidat enthielt nur die RBD. Ich finde das wäre eine tolle Sache, weil die Nebenwirkungen hängen vermutlich mit dem ganzen Spikeprotein zusammen. Das wäre ein Plus an Sicherheit, genauso wie dass die STIKO jetzt endlich wieder zum Aspirationstest zurückgekommen ist.

Ghilt hat recht, dass pseudotypisierte Viren des bessere Ausdruck als pseudotyp-Partikel ist, denn dieser Begriff wird z.B. in der Überschrift des Fachartikels Generation of SARS-CoV-2 Spike Pseudotyped Virus for Viral Entry and Neutralization Assays: A 1-Week Protocol verwendet. Aber ich habe auch recht, dass "Pseudovirus" als salopper Ausdruck auch verwendet wird, und zwar schon im Abstract des verlinkten Artikels ("By incorporating the most up-to-date knowledge, we have developed a detailed, easy-to-follow novel protocol for producing SARS-CoV-2 spike-bearing pseudovirus using the VSV-ΔG system.")

Die Anführungszeichen sind wichtig, weil der Begriff Pseudovirus bereits für "Viren" belegt ist, die nur in der Zelle vorkommen (als Teil des Genoms des Wirts). In der engl. Wikipedia hat man dies durch eine Begriffsklärung gelöst.--Myosci (Diskussion) 21:07, 14. Apr. 2022 (CEST)

Rolle der Glykosylierung

• Glycans of SARS-CoV-2 Spike Protein in Virus Infection and Antibody Production
• Identification of 22 N-glycosites on spike glycoprotein of SARS-CoV-2 and accessible surface glycopeptide motifs: Implications for vaccination and antibody therapeutics

--Myosci (Diskussion) 13:32, 15. Apr. 2022 (CEST)

Weiterführendes

• Es gibt Arbeiten, die u.a. Bindung an Sialinsäuren besprechen. Am bekanntesten ist diese Bindung bei den Influenza-Viren, aber auch bei einigen Coronaviren. Ob es bei SARS-CoV-2 auch der Fall ist, ist nicht gesichert, aber es gibt Artikel, die darauf hinweisen.
• Aminosäurensequenz des Spike-Proteins

--Myosci (Diskussion) 10:30, 24. Apr. 2022 (CEST)

• Ersetzung des Nukelosid-Bausteins Uridin und Codierung (an zwei Stellen eine andere Aminosäure) --Myosci (Diskussion) 11:04, 1. Mai 2022 (CEST)

Möglichkeit der Bindung an Erythrozyten

Die Spike-Glykoproteine binden hauptsächlich über die ACE2-Rezeptoren an die Zellen, daneben ist auch eine Bindung über Sialinsäuren möglich, was aber in vivo noch nicht belegt ist. Auf diesem Weg wäre auch die Bindung an Erythrozyten möglich; zwar ist diese Bindung für die Viren eine Sackgasse, weil keine Vermehrung in kernlosen Erythrozyten möglich ist, aber dies kann über die Verklumpung von Erythrozyten ein Mechanismus zur Schädigung der Blutgefäße sein.

Eine andere Möglichkeit ist die Bindung an Vorläuferzellen der roten Blutkörperchen, die ACE2-Rezeptoren besitzen, was für Störungen des Hämoglobin- und Eisenmetabolismus bei schweren Verlaufsformen verantwortlich sein kann.

Aminosäurensequenz

• Quelle: surface glycoprotein (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) (NIH-Datenbank)
• Objekt: Surface Glykoprotein (auch Spike-Glygkoprotein genannt) vom Virus-Isolat "Wuhan-Hu-1"
• Größe: 1273 Aminosäuren, berechnetes Molekülgewicht: 141.048 u

Abkürzungen für die Aminosäuren

• Sequenz:

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Mutation D614G: Hier ist gegenüber der Wildform die Asparaginsäure(D) durch Glycin(G) ersetzt.

Ersetzung des Nukelosid-Bausteins Uridin und Codierung

aus The Critical Contribution of Pseudouridine to mRNA COVID-19 Vaccines (www.ncbi.nlm.nih.gov, 4. Nov. 2021):

• In 2020, Pfizer-BioNTech added N1-methyl-Ψ to their COVID-19 mRNA vaccine candidate (comirnaty® or BNT162b2) coding for the full-length transmembrane S protein “spike.” The full sequence of this mRNA vaccine includes the 5′UTR, the coding sequence of the spike protein with two contiguous stop codons, and the 3′UTR (Nance and Meier, 2021). N1-methyl-Ψ was substituted for all uridines throughout the mRNA sequence, including the uridines in the two stop codons.
• In addition, two amino acid mutations, K986P and V987P (lysine 986 and valine 987 were both changed to proline), were also introduced. These mutations help generate the pre-fusion conformation of the spike protein that is more optimal as an antigen since it more resembles the actual viral protein with which antibodies will interact (Pallesen et al., 2017; Wrapp et al., 2020). In an earlier study of MERS-CoV infection, it was found that the two prolines would stabilize the pre-fusion conformation of the MERS-CoV spike antigen (Pallesen et al., 2017). Antibodies generated against this conformation would block the fusion of the virus and the host protein (CD26), thus offering an ideal solution for MERS-disease vaccine development.
• This knowledge was incorporated into the development of COVID-19 mRNA vaccine (Pfizer-BioNTech and Moderna) and non-mRNA vaccines as well (J&J and Novavax vaccines) (Kyriakidis et al., 2021). (nicht signierter Beitrag von Myosci (Diskussion | Beiträge) 11:03, 1. Mai 2022 (CEST))