1314 gestattete der Bischof von Utrecht den Bau einer hölzernen, dem Heiligen Pankratius gewidmeten Kapelle auf dem 'Hooge Land'. Diese Kapelle wurde bald durch eine einfache steinerne Kirche ersetzt, die durch das starke Wachstum Leidens aber bald wieder zu klein war. 1366 wurde die Kirche zur Stiftskirche erhoben. 1377 begannen die Arbeiten zum Bau einer neuen großen Kirche. 1391 wurde der Priesterchor, 1415 der Chorumgang fertiggestellt. Mit dem Bau der Heiligkreuzkapelle 1436 wurde ein Ansatz des Südquerhauses errichtet. Zwischen 1432 und 1456 wurden die Seitenschiffe erweitert. Durch Geldmangel des Stiftskapitels gerieten die Arbeiten zeitweise ins Stocken. Um 1500 war das Querhaus in seinen heutigen Ausmaßen fertiggestellt.
1470 befreite der Papst das Kapitel von der Diözesangewalt des Bischofs von Utrecht. Diese Maßnahme ist im Zusammenhang mit Plänen zu sehen, Leiden zum Bischofssitz und das Pankratiusstift zum Domkapitel zu erheben. Das Zunehmen reformatorischer Einflüsse in Leiden bedeutete jedoch das Ende für diese Pläne. 1535 wurde der Kirchbau eingestellt, 1559 ein neuer Bischofssitz in Haarlem eingerichtet. 1566 wurden die Pankratiuskirche – und insbesondere ihre prachtvolle Ausstattung – beim Bildersturm schwer beschädigt. 1572 ging die Kirche in protestantische Hände über.
Bis um die Mitte des 19. Jahrhunderts verfiel die Kirche zunehmend. Zwischen 1840 und 1903 wurde sie durchgreifend saniert. Bei dieser Gelegenheit wurden auch einige der im 15./16. Jahrhundert nicht mehr ausgeführten Bauabschnitte vollzogen, so erhielt die Kirche nun steinerne Gewölbe. Eine erneute Renovierung fand von 1952 bis 1972 statt. Heute wird die Kirche von der protestantischen Kirche und der ökumenischen Studentengemeinde als Gotteshaus genutzt und dient außerdem als Veranstaltungsort für Kongresse, Konzerte und andere Ereignisse.
Die derzeitige Orgel wurde 1637 von den Orgelbauern Galtus und Germer van Hagerbeer errichtet, unter Wiederverwendung von Pfeifenmaterial des Vorgängerinstruments von Peter de Swart aus dem Jahr 1565. Das Instrument hat 24 Register auf zwei Manualen und Pedal (Stimmung: Werckmeister II).[1]
2017 wurde in der Kirche eine Orgel aufgebaut, welche 1892 von den Orgelbauern Willis & Harrison für die St Mark’s Church in Claughton, Birkenhead (Großbritannien) erbaut wurde. 1991 wurde diese Kirche geschlossen; die Orgel wurde zunächst eingelagert und schließlich in die Niederlande verkauft.
Das Instrument ist im spätromantischen Stil disponiert. Für den Einbau in die Hooglandse Kerk wurde es umfassend restauriert und um einige typische Register im Stile von Willis-Orgeln erweitert. Das Orgelwerk hat derzeit 37 Register auf drei Manualwerken und Pedal. Es ist geplant, das Werk später um ein viertes Manualwerk (Solowerk mit insgesamt 13 Registern) zu erweitern, und das Pedal um 7 Register zu erweitern. In der nachfolgenden Disposition sind die derzeit vorhandenen Register nummeriert. Die geplanten Register sind ohne Nummerierung.[2][3]
