Die Internationale Niedersachsen-Rundfahrt der Junioren 2016 fand vom 29. bis 31. Juli 2016 bei einer Länge von 285,30 km in Wallenhorst und Bramsche statt.
Etappe 1 hatte eine Länge von 66,30 km, wobei der Sieger eine Geschwindigkeit von 42,30 km/h an den Tag legte. Der Luxemburger Colin Heiderscheid gewann die Etappe in 1:34:02 Stunde vor dem zeitgleichen US-Amerikaner Imeh Nsek und dem ebenfalls zeitgleichen Niederländer Ide Schelling. Die restliche Top 10 wurde ausgefüllt von den beiden Belgiern Aaron Van Poucke und Wouter Van Ende, dem Mexikaner Luis Villalobos Hernandez, den beiden Norwegern Andreas Leknessund und Joakim Kjemhus, dem Deutschen Dennis Classen und dem Franzosen Clément Betouigt-suire. Die Etappe 2a war ein Zeitfahren mit einer Länge von 10,50 km, wobei der Sieger eine Geschwindigkeit von 47,61 km/h an den Tag legte. Die Top 3 bestanden aus den beiden Norwegern Iver Knotten und Andreas Leknessund und Ide Schelling. Ide Schelling fuhr zum zweiten Mal in Folge in die Top 3 und der Luis Villalobos Hernandez und Andreas Leknessund erreichten zum zweiten Mal in Folge die Top 10. Etappe 2b hatte eine Länge von 94,20 km, wobei der Sieger eine Geschwindigkeit von 43,86 km/h an den Tag legte. Der Däne Eigil Nikolajsen gewann die Etappe in 2:08:52 Stunde vor den zeitgleichen Belgiern Gilles Borra und Ruben Apers. Der Luis Villalobos Hernandez fuhr zum dritten Mal in Folge in die Top 10 und Gilles Borra, Ruben Apers, der Däne Mads Ostergaard Kristensen und der Brite Samuel Henning erreichten zum zweiten Mal in Folge die Top 10. Etappe 3 hatte eine Länge von 114,30 km, wobei der Sieger eine Geschwindigkeit von 41,93 km/h an den Tag legte. Die Top 3 bestanden aus dem Norweger Joakim Kjemhus, dem Deutschen Maximilian Hamberger und dem Niederländer Jesper Rasch. Gilles Borra fuhr zum dritten Mal und der Däne Andreas Lund Andresen zum zweiten Mal in Folge in die Top 10. Joakim Kjemhus, die beiden Deutschen Maximilian Hamberger und Felix Groß und Colin Heiderscheid erreichten zum zweiten Mal insgesamt die Top 10.
Nach der ersten Etappe war die Top 10 der Gesamt- war gleich mit der der Tageswertung, bis auf Clément Betouigt-suire und Joakim Kjemhus, die Positionen tauschten. Nach Etappe 2a gewannen Andreas Leknessund, Ide Schelling und Luis Villalobos Hernandez jeweils zwei Positionen während Imeh Nsek sechs Positionen verlor. Colin Heiderscheid, Clément Betouigt-suire, Aaron Van Poucke, Dennis Classen, Wouter Van Ende und Joakim Kjemhus verloren erheblich und fielen auf Platz 15 bis 92 zurück. Dagegen konnten Iver Knotten, Ruben Apers, Felix Groß, Maximilian Hamberger, Mads Ostergaard Kristensen und Gilles Borra teilweise bis zu 73 Positionen gut machen. Nach Etappe 2b Andreas Leknessund, Ide Schelling, Maximilian Hamberger und Imeh Nsek verloren ein paar Plätze, konnten sich aber in den Top 10 der Gesamtwertung halten. Dahingegen verlor Felix Groß ganze 94 Plätze und stand nach der Etappe exakt auf Rang 100. Iver Knotten, Luis Villalobos Hernandez und Ruben Apers konnten jeweils zwei Positionen gut machen, um sich auf Rang eins bis drei zu platzieren. Gilles Borra, Platz zehn auf vier, Mads Ostergaard Kristensen, Platz neun auf fünf, und Tristan Parrotta, Platz 20 auf acht, konnten sich ebenfalls verbessern. Nach Etappe 3 hielten alle Fahrer in der Top 10 ihre Position, die sie nach Etappe 2b innehatten.
Colin Heiderscheid führte von Etappe 1 bis 3 die Punktewertung an. Andreas Leknessund war nach Etappe 1 bis 3 der Führende der Nachwuchswertung. Hakon Aalrust führte von Etappe 1 bis 2b und Ide Schelling nach Etappe 3 die Bergwertung an, nachdem Kiskonen vorher bei allen Etappen Platz zwei belegt hatte.