Der Ort liegt etwa 130 km Luftlinie südwestlich der Republikhauptstadt Gorno-Altaisk im nordwestlichen Teil des russischen Altai zwischen den südöstlichen Ende des dort gut 2000 m hohen Baschtschelakski-Kammes und dem östlich verlaufenden, dort knapp 1700 m hohen Anuiski-Kamm. Der Ort befindet sich am linken Ufer des Kan, eines rechten Nebenflusses des Tscharysch.
Jakonur gehört zum RajonUst-Kanski und befindet sich knapp 15 km nordöstlich von dessen Verwaltungssitz Ust-Kan. Es ist Sitz und einzige Ortschaft der Landgemeinde Jakonurskoje selskoje posselenije.
Jakonur liegt an einer Straße, die etwa 10 km südlich bei Ust-Kan von der Regionalstraße R373 abzweigt, die von Tuekta an der Fernstraße M52(Tschuiski trakt) nach Ust-Koksa und Tjungur am Oberlauf des Katun führt. In nördlicher Richtung führt die Straße von Jakonur weiter über den 1313 m hohen Keleiski-Pass in das Tal des Anui und diesen hinab in Richtung Soloneschnoje in der benachbarten Region Altai.
↑ abItogi Vserossijskoj perepisi naselenija 2010 goda. Tom 1. Čislennostʹ i razmeščenie naselenija (Ergebnisse der allrussischen Volkszählung 2010. Band 1. Anzahl und Verteilung der Bevölkerung). Tabellen 5, S. 12–209; 11, S. 312–979 (Download von der Website des Föderalen Dienstes für staatliche Statistik der Russischen Föderation)
