Methyl-Coenzym-M-Reduktase

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Methyl-Coenzym-M-Reduktase

Vorhandene Strukturdaten: 3SQG, 1MRO

Sekundär- bis Quartärstruktur C2-symmetrischer α2β2γ2-Komplex
Kofaktor F430
Bezeichner
Gen-Name(n) McrA, McrB, McrG
Enzymklassifikation
EC, Kategorie 2.8.4.1, Transferase
Reaktionsart Übertragung von Wasserstoff auf Methyl
Substrat Methyl-Coenzym M, Coenzym B
Produkte Methan, CoB-S-S-CoM
Vorkommen
Übergeordnetes Taxon Archaea[1]

Das Enzym Methyl-Coenzym-M-Reduktase katalysiert den letzten Schritt der biologischen Methanbildung.[2] In der katalytischen Reaktion wird der Methylthioether Methyl-Coenzym M mit dem Thiol Coenzym B zu Methan und dem entsprechenden Heterodisulfid umgesetzt:

Me-S-CoM + CoB-SH → CH4 + CoB-S-S-CoM ΔG°’ = −30 kJ mol−1

Vorkommen und Funktion

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Methyl-Coenzym-M-Reduktase kommt in allen methanogenen Archäen vor, unabhängig ob das Substrat CO2, Formiat, Kohlenstoffmonoxid, Acetat oder eine Methylgruppe (Methanol, Dimethylsulfid oder Methylamin) ist.[3] In aneroben methanotrophen archaeen (ANME Archäen) wird Methyl-Coenzym-M-Reduktase zur Methanaktivierung verwendet.[4] Methan wird dabei zu Methyl-Coenzym M umgesetzt.[5]

Funktion als phylogenetischer Marker

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Weil die Methyl-Coenzym-M-Reduktase in allen methanogenen und methanotrophen Archäen vorkommt,[3] kann das mcrA-Gen als phylogenetischen Marker für diese Organismen verwendet werden.[6]

Struktur

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Methyl-coenzym-M-Reduktase besteht aus drei verschiedenen Proteinketten, welche als C2-symmetrischer α2β2γ2-Komplex zusammengesetzt sind. Zwei Moleküle des Nickel-Hydrocorphinats F430 bilden die aktiven Stellen. Methyl-Coenzym-M-Reduktase konnte von Methanogenen, als auch von Methanotrophen Organismen kristallisiert werden und die entsprechenden Röntgenstrukturen sind veröffentlicht.[7][8]

Aktivierung von Methyl-Coenzym-M-Reduktase

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Das Enzym ist nur katalytisch aktiv, wenn das Nickelion im Cofaktor F430 im Oxidationszustand Ni(I) vorliegt.[9] Im stabileren Oxidationszustand Ni(II) ist das Enzym inaktiv und muss mittels eines ATP-abhängigen Enzymkomplex in die aktive Ni(I)-Form überführt werden.[10]

Reaktion

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Die enzymatische Reaktion stellt eine Umsetzung eines Alkylthioethers (Methyl-Coenzym M) mit einem Thiol (Coenzym B) zu einem Alkan (Methan) und einem Disulfid (CoB-S-S-CoM) dar. Eine solche chemische Reaktion konnte bislang noch nie im Labor durchgeführt werden.[11] Die Aufklärung des Reaktionsmechanismus ist deshalb für Chemiker von besonderem Interesse.

Mechanismus

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Der Reaktionsmechanismus von Methyl-Coenzym-M-Reduktase ist immer noch unklar.

Zwischenprodukte

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Mit den natürlichen Substraten konnte gezeigt werden, dass Zwischenprodukte gebildet werden, es konnte jedoch noch nie ein Zwischenprodukt spektroskopisch charakterisiert werden, das auf dem natürlichen Katalyseweg vorkommt.[12] Studien mit Inhibitoren und analogen Substraten zeigen, dass das Enzym die Fähigkeit besitzt Ni-H-,[13] Ni-C-[14][15][16][17] und Ni-S-Bindungen[18] einzugehen, welche alle durch ESR-Spektroskopie bewiesen werden konnten.

SN2-Mechanismus

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Ein SN2-Mechanismus wäre analog zu Vitamin B12 als Supernukleophil.[19] In einem solchen Mechanismus würde Ni(I) (analog zu Co(I)) die Methylgruppe von Methyl-Coenzym-M nucleophil angreifen und zu Methyl-Ni(III) führen (analog zu Methyl-Co(III)). Methyl-Ni(III) würde dann reduziert und zu Methan protoniert.[20][21] Dieser Mechanismus ist in der Lage die Inversion am Kohlenstoff zu erklären, welche mit Hilfe von chrialem Ethyl-Coenzym M gezeigt werden konnte.[22] Experimentell bestimmte kinetische Isotopeneffekte scheinen einen SN2-Mechanismus jedoch auszuschließen.[11]

Radikalmechanismus

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Ein radikalischer Mechanismus[23][24] ist kompatibel mit den kinetischen Isotopeneffekten.[11] Es ist jedoch unklar, wie eine Inversion mit chiralem Ethyl-Coenzym M gemessen werden kann[22], da primäre Radikale schnell invertieren.[11] Für die Rückreaktion (Methanoxidation) würde ein solcher Mechanismus eine C-H-Aktivierung an Methan mittels eines Thiyl-Radikals darstellen, was stark endergon wäre und noch nie gezeigt werden konnte.

Alternative Mechanismen

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Eine Oxidative Addition wurde als erster Schritt der Methanoxidation in Betracht gezogen.[12] Eine andere Möglichkeit ist eine Protonierung von Coenzym F430 als erstes Zwischenprodukt[25].

Einzelnachweise

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  1. ↑ InterPro-Eintrag
  2. ↑ B. Jaun, R. K. Thauer: Methyl-Coenzyme M Reductase and its Nickel Corphin Coenzyme F430 in Methanogenic Archaea. In: Astrid Sigel, Helmut Sigel, Roland K. O. Sigel: Nickel and Its Surprising Impact in Nature: Metal Ions in Life Sciences. Band 2, John Wiley & Sons 2007, ISBN 978-0470028124, 323–356.
  3. ↑ a b Rudolf K. Thauer: Biochemistry of methanogenesis: a tribute to Marjory Stephenson: 1998 Marjory Stephenson Prize Lecture. In: Microbiology. 144, Nr. 9, 1998, S. 2377–2406, doi:10.1099/00221287-144-9-2377, PMID 9782487.
  4. ↑ Steven J. Hallam, Nik Putnam, Christina M. Preston, John C. Detter, Daniel Rokhsar, Paul M. Richardson, Edward F. DeLong: Reverse Methanogenesis: Testing the Hypothesis with Environmental Genomics. In: Science. 305, Nr. 5689, 2004, S. 1457–1462, doi:10.1126/science.1100025, PMID 15353801.
  5. ↑ Silvan Scheller, Meike Goenrich, Reinhard Boecher, Rudolf K. Thauer, Bernhard Jaun: The key nickel enzyme of methanogenesis catalyses the anaerobic oxidation of methane. In: Nature. 465, Nr. 7298, 2010, S. 606–608, doi:10.1038/nature09015.
  6. ↑ Michael W. Friedrich: Methyl‐Coenzyme M Reductase Genes: Unique Functional Makers for Methanogenic and Anaerobic Methane‐Oxidizing Archaea. In: Methods in Enzymology. Volume 397,2005, ISSN 0076-6879, S. 428–442.
  7. ↑ Ulrich Ermler, Wolfgang Grabarse, Seigo Shima, Marcel Goubeaud, Rudolf K. Thauer: Crystal Structure of Methyl-Coenzyme M Reductase: The Key Enzyme of Biological Methane Formation. In: Science. 278, Nr. 5342, 1997, S. 1457–1462, doi:10.1126/science.278.5342.1457, PMID 9367957.
  8. ↑ Seigo Shima, Martin Krueger, Tobias Weinert, Ulrike Demmer, Jörg Kahnt, Rudolf K. Thauer, Ulrich Ermler: Structure of a methyl-coenzyme M reductase from Black Sea mats that oxidize methane anaerobically. In: Nature. 481, Nr. 7379, 2012, S. 98–101, doi:10.1038/nature10663.
  9. ↑ S. Rospert, R. Böcher, S. P. J. Albracht, R. K. Thauer: Methyl-coenzyme M reductase preparations with high specific activity from H2-preincubated cells of Methanobacterium thermoautotrophicum. In: FEBS Letters. 291, Nr. 2, 1991, S. 371–375, doi:10.1016/0014-5793(91)81323-Z.
  10. ↑ Divya Prakash, Yonnie Wu, Sang-Jin Suh, Evert C. Duin: Elucidating the Process of Activation of Methyl-Coenzyme M Reductase. In: Journal of Bacteriology. 196, Nr. 13, 2014, S. 2491–2498, doi:10.1128/JB.01658-14, PMID 24769699.
  11. ↑ a b c d Silvan Scheller, Meike Goenrich, Rudolf K. Thauer, Bernhard Jaun: Methyl-Coenzyme M Reductase from Methanogenic Archaea: Isotope Effects on the Formation and Anaerobic Oxidation of Methane. In: Journal of the American Chemical Society. 135, Nr. 40, 2013, S. 14975–14984, doi:10.1021/ja406485z.
  12. ↑ a b Silvan Scheller, Meike Goenrich, Stefan Mayr, Rudolf K. Thauer, Bernhard Jaun: Zwischenprodukte im Katalysezyklus von Methyl-Coenzym-M-Reduktase: Das Muster des Isotopenaustauschs ist in Einklang mit der Bildung eines σ-Alkan-Nickel-Komplexes. In: Angewandte Chemie. 122, Nr. 44, 2010, S. 8289–8292, doi:10.1002/ange.201003214.
  13. ↑ Jeffrey Harmer u. a.: A Nickel Hydride Complex in the Active Site of Methyl-Coenzyme M Reductase: Implications for the Catalytic Cycle. In: Journal of the American Chemical Society. 130, Nr. 33, 2008, S. 10907–10920, doi:10.1021/ja710949e.
  14. ↑ B. Jaun, R. K. Thauer, Met. Ions Life Sci. 2009, 6, 115;
  15. ↑ R. Sarangi, M. Dey, S.W. Ragsdale, Biochemistry 2009, 48, 3146
  16. ↑ Na Yang, Markus Reiher, Mi Wang, Jeffrey Harmer, Evert C. Duin: Formation of a Nickel-Methyl Species in Methyl-Coenzyme M Reductase, an Enzyme Catalyzing Methane Formation. In: Journal of the American Chemical Society. 129, Nr. 36, 2007, S. 11028–11029, doi:10.1021/ja0734501.
  17. ↑ Dariush Hinderberger, Rafal P. Piskorski, Meike Goenrich, Rudolf K. Thauer, Arthur Schweiger, Jeffrey Harmer, Bernhard Jaun: A Nickel–Alkyl Bond in an Inactivated State of the Enzyme Catalyzing Methane Formation. In: Angewandte Chemie International Edition. 45, Nr. 22, 2006, S. 3602–3607, doi:10.1002/anie.200600366.
  18. ↑ Jeffrey Harmer u. a.: Spin Density and Coenzyme M Coordination Geometry of the ox1 Form of Methyl-Coenzyme M Reductase:  A Pulse EPR Study. In: Journal of the American Chemical Society. 127, Nr. 50, 2005, S. 17744–17755, doi:10.1021/ja053794w.
  19. ↑ David Dophin: Preparation of the reduced forms of vitamin B12 and of some analogs of the vitamin B12 coenzyme containing a cobalt-carbon bond. In: D. Dolphin: Donald B. McCormick and Lemuel D. Wright (Hrsg.): Methods in Enzymology. Volume 18, Part C, 1971, ISSN 0076-6879, S. 34–52.
  20. ↑ Bernhard Jaun: Coenzyme F430 from Methanogenic Bacteria: Oxidation of F430 Pentamethyl Ester to the Ni(III) Form. In: Helvetica Chimica Acta. 73, Nr. 8, 1990, S. 2209–2217, doi:10.1002/hlca.19900730818.
  21. ↑ Xianghui Li, Joshua Telser, Ryan C. Kunz, Brian M. Hoffman, Gary Gerfen, Stephen W. Ragsdale: Observation of Organometallic and Radical Intermediates Formed during the Reaction of Methyl-Coenzyme M Reductase with Bromoethanesulfonate. In: Biochemistry. 49, Nr. 32, 2010, S. 6866–6876, doi:10.1021/bi100650m.
  22. ↑ a b Yonghyun Ahn, Joseph A. Krzycki, Heinz G. Floss: Steric course of the reduction of ethyl coenzyme M to ethane catalyzed by methyl coenzyme M reductase from Methanosarcina barkeri. In: Journal of the American Chemical Society. 113, Nr. 12, 1991, S. 4700–4701, doi:10.1021/ja00012a059.
  23. ↑ Vladimir Pelmenschikov, Margareta R. A. Blomberg, Per E. M. Siegbahn, Robert H. Crabtree: A Mechanism from Quantum Chemical Studies for Methane Formation in Methanogenesis. In: Journal of the American Chemical Society. 124, Nr. 15, 2002, S. 4039–4049, doi:10.1021/ja011664r.
  24. ↑ Shi-Lu Chen, Margareta R. A. Blomberg, Per E. M. Siegbahn: An investigation of possible competing mechanisms for Ni-containing methyl–coenzyme M reductase. In: Physical Chemistry Chemical Physics. 16, Nr. 27, 2014, S. 14029–14035, doi:10.1039/C4CP01483A.
  25. ↑ Evert C. Duin, Michael L. McKee: A New Mechanism for Methane Production from Methyl-Coenzyme M Reductase As Derived from Density Functional Calculations. In: The Journal of Physical Chemistry B. 112, Nr. 8, 2008, S. 2466–2482, doi:10.1021/jp709860c.
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