Die heutige Stadt ging aus einer 1965 gegründeten Arbeitersiedlung eines Holzverarbeitungsbetriebes hervor. Der Name des Ortes stammte vom Namen des nahen Flusses Njagan-Jugan ab, was in der Sprache der Chanten und der Mansen „großer Fluss“ bedeutet. 1967 wurde eine Eisenbahnlinie zur Siedlung verlegt, um den Holztransport von hier in andere russische Regionen zu ermöglichen.
Ende der 1970er-Jahre begann in der Nähe Njagans die Erdölförderung. Aus diesem Grund wuchs die Bevölkerung der Siedlung bis in die 1980er-Jahre auf über 50.000 Einwohner. Am 15. August 1985 erhielt Njagan daher den Stadtstatus.
Die Ölförderung in Njagan beträgt mit dem Stand von 2006 etwa sechs Millionen Tonnen jährlich und wird von der Firma TNK-Njagan, einem Tochterunternehmen des russisch-britischen Konzerns TNK-BP, betrieben. Weiterhin gibt es in Njagan eine Ölraffinerie und einen städtischen Holzverarbeitungsbetrieb. Mit anderen Regionen Russlands ist Njagan durch eine Landstraße nach Chanty-Mansijsk, eine Eisenbahnstrecke sowie einen kleinen Flughafen verbunden.
↑ abItogi Vserossijskoj perepisi naselenija 2010 goda. Tom 1. Čislennostʹ i razmeščenie naselenija (Ergebnisse der allrussischen Volkszählung 2010. Band 1. Anzahl und Verteilung der Bevölkerung). Tabellen 5, S. 12–209; 11, S. 312–979 (Download von der Website des Föderalen Dienstes für staatliche Statistik der Russischen Föderation)