Die Hauptorgel (1994) auf der Westempore und die Chororgel (Andreasorgel) (1993) auf einer Seitenempore im südlichen Seitenschiff bilden eine Orgelanlage, die mit 131 Registern zu den größten Orgeln in Deutschland gehört. In der Sakramentskapelle befindet sich eine Orgel, die ausschließlich aus Holzpfeifen besteht. Außerdem gibt es im Dom ein Truhenpositiv (1981).
Mit dem Einbau eines Marmorfußbodens während der Domrenovierung 1990 bis 1994 vergrößerte sich der Nachhall auf 111⁄2′ Sekunden.[1]
1880 erbaute die Firma Steinmeyer ihr Opus 200, eine Orgel mit drei Manualen und 54 Registern, auf der Westempore.[2]
Die Hauptorgel, die 1994 von Georg Jann erbaut wurde, ersetzt eine viermanualige Orgel mit 79 Registern der Werkstatt Josef Zeilhuber aus dem Jahre 1957[3] und ist die sechste in der Geschichte der Kirche.[1] Die Hauptorgel hat 95 Register (mit 7165 Pfeifen) auf vier Manualen und Pedal und ist sowohl von einem Spieltisch mit mechanischer Spiel- und elektrischer Registertraktur (hinter dem Rückpositiv, obere Empore) als auch einem identischen beweglichen Spieltisch auf der unteren Chorempore (sowie, per Walze, von der Chororgel) aus spielbar. Zusätzlich gibt es ein Chamadewerk mit fünf Registern, das jedem Manual und dem Pedal frei zugeteilt werden kann. Außerdem verfügt das Instrument über drei Neben- und Effektregister: ein Glockenspiel mit 39 Schalenglocken, ein Carillon mit 30 Röhrenglocken sowie einen Zimbelstern. Die Gestaltung des Gehäuses der neuen Hauptorgel wurde von dem Konzept der während des 2. Weltkrieges ausgelagerten Stellwagen-Orgel in St. Marien zu Stralsund angeregt, nachdem Jann in den 1950er Jahren an ihrem Wiederaufbau mitwirkte.[4]
Chamadenkoppeln: an I, II, III, IV und P; Chamaden Suboctave, Chamaden Superoctave.
Zusätzliche Koppeln für die Chororgel in den beiden Hauptspieltischen[Anm. 17]: OW an I, BW an I.
Spielhilfen: Setzeranlage mit 6.400 Speicherplätzen[Anm. 18], Sequenzer vor- und rückwärts, Tutti, Piston „Walze an“, Crescendowalze[Anm. 19], Schwelltritt, Einzelabsteller für die Zungen, Hauptorgel ab[Anm. 20], Chororgel ab[Anm. 21], Koppeln als Registerwippen und Pistons in Wechselwirkung.
Winddrücke: von 75 mm WS für das Rückpositiv sowie für den Baß des Hauptwerks bis 160 mm WS für die Chamaden und die 32 Fuß-Pfeifen[5]
Die dreimanualige Chor- oder Andreasorgel mit 36 Registern wurde 1993 erbaut[6] und befindet sich im südlichen Seitenschiff auf Höhe der Stufen zum Altarraum. Sie verfügt über einen mechanischen Spielschrank, ist durch Lichtwellenleiter mit der Hauptorgel verbunden und kann deshalb auch von der Westempore aus gespielt werden. Ebenso ist die Hauptorgel (über die Crescendowalze) auch vom Spieltisch der Chororgel aus spielbar. Die Chororgel verfügt über einen Cymbelstern als zusätzliches Effektregister. Die römischen Ziffern in Klammern geben an, von welchem Manual des Hauptspieltisches aus das entsprechende Manualwerk der Chororgel aus anspielbar ist.
Spielhilfen: Setzeranlage mit 64 Speicherplätzen, Sequenzer vor- und rückwärts, Crescendowalze, Schwelltritt, Pistons „Walze Chororgel an“ und „Walze Hauptorgel an“, Koppeln als Züge und Pistons in Wechselwirkung.
Die zweimanualige Orgel mit elf Registern (ausschließlich Holzpfeifen) und elektrischer Spiel- und Registertraktur wurde im Jahre 1985 erbaut[7] und befindet sich in der Sakramentskapelle des Domes.
Die Chororgel von Zeilhuber befindet sich jetzt in der Kirche St. Katharina von Siena in München. Sie wurde dort mit der ursprünglichen Disposition wieder aufgestellt.
Lehrndorfer, Franz (Hg.): Das Orgelwerk im Münchner Dom Zu Unserer Lieben Frau. München: Dompfarramt Zu Unserer Lieben Frau, 1994.
Leitner, Hans: Die Orgeln der Münchner Frauenkirche und ihre Organisten. In: Der Dom Zu Unserer Lieben Frau in München (= Großer Kunstführer Schnell & Steiner, Band 235), hg. v. Peter Pfister, S. 69–73. Regensburg: Schnell & Steiner, 2008.