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Schon im 12. Jahrhundert war in Münster eine jüdische Gemeinde mit eigenem Bethaus ansässig, die jedoch 1350 durch Pogrome vernichtet wurde. Ab 1536 siedelten sich erneut Juden an, die unter der Protektion des Bischofs standen und nach dessen Tod 1553 nicht der Ausweisung entgehen konnten. Bis zum 19. Jahrhundert existierte in Münster keine jüdische Gemeinde.
Erst 1810 begann die Wiederansiedlung jüdischer Bürger, die während des 19. Jahrhunderts um ihre gesetzliche Emanzipation in Preußen kämpften. Ein bedeutender Wortführer des Reformjudentums, Alexander Haindorf, wirkte in Münster und gründete dort die jüdisch-humanistische Schule der Marks-Haindorf-Stiftung. Während der Zeit des Kaiserreichs und der Weimarer Republik prägten jüdische Persönlichkeiten das öffentliche Leben der Stadt deutlich mit, bevor in der Zeit des Nationalsozialismus zunächst die Synagoge 1938 in Flammen aufging und in der Folgezeit die jüdische Bevölkerung Münsters im Holocaust verfolgt und ermordet wurde.
Dennoch konnte nach dem Zweiten Weltkrieg und dem Zusammenbruch des NS-Regimes die jüdische Gemeinde wiederaufleben und bereits 1961 eine neue Synagoge geweiht werden.