Saint-Germier liegt im Haut-Languedoc, etwa 63 Kilometer ostnordöstlich von Toulouse und etwa acht Kilometer nördlich von Castres. Der Fluss Poulobre bildet die nördliche Gemeindegrenze. Umgeben wird Saint-Germier von den Nachbargemeinden Montfa im Norden, Saint-Jean-de-Vals im Nordosten, Roquecourbe im Osten und Südosten, Castres im Süden, Laboulbène im Westen und Südwesten sowie Montpinier im Westen.
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