Suolaviridae
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Suolaviridae ist eine vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) im März 2022 neu eingerichtete Familie von Archaeenviren innerhalb der Klasse Caudoviricetes. Sie ist innerhalb dieser Klasse bisher ohne nähere Zuordnung (Stand 6. März 2024);[1] mit diesem Stand umfasst die Familie monotypisch nur eine Gattung, Pormufvirus mit einer einzigen Art (Spezies) Pormufvirus salinum (früher Pormufvirus HRTV28, Referenzstamm Halorubrum tailed virus 28, kurz: HRTV-28).[1][2][3]
Die Zugehörigkeit zu den Caudoviricetes und ihre halophilen Archaeenwirte klassifizieren die Suolaviridae nicht-taxonomisch einerseits als arTVs (archaeal tailed viruses), andererseits als Haloviren.
Beschreibung
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Morphologie
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Die durch HRTV-28 repräsentierten Suolaviridae sind vom Morphotyp der Siphoviren.[3][4][5]
Wirte
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Der Wirt von HRTV-28 ist der Stamm SS8-7 der halophilen Archaeen-Gattung Halorubrum (Ordnung Haloferacales, Euryarchaeota) – die Spezies trägt den provisorischen Namen Halorubrum sp. SS8-7.[5][6][7]
Habitat und Fundort
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]HRTV-28 wurde aus im November 2009 entnommenen Wasserproben (sample SSII) von Salinen (solar saltern) an der Küste der Provinz Samut Sakhon in Thailand identifiziert (13,5333° N, 100,2833° O). [2][5][6][8]
Genom und Proteom
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Das Genom der Suolaviridae unsegmentiert, es ist ein lineares dsDNA-Molekül mit einer Länge von ca. 35 kbp (Kilobasenpaaren).[3]
Das bereits zuvor beschriebene Halorubrum tailed virus 28 (HHTV-28) fand sich bei einer 2021 veröffentlichten Clusteranalyse mit 63 vollständigen Genomen von arTVs in einem als F10 bezeichneten Singleton[2]
Die Länge des unsegmentierten dsDNA-Genoms von HRTV-28 beträgt 35.270 abp.[2][3]
Die für die Gattung Pormufvirus als charakteristisch geltenden (und namensgebenden, siehe § Etymologie) Proteine sind das Portalprotein und ein gpF-Protein ähnlich dem von Escherichia-Phage Mu (Spezies Muvirus mu, Morphotyp: Myoviren).[9][10][11]
Systematik
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Die Systematik der Familie Suolaviridae gemäß International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) – mit Ergänzungen nach der Taxonomie des National Center for Biotechnology Information (NCBI) – ist wie folgt (Stand Mai/Juni 2024):[12][13] [8]
Familie Suolaviridae (ursprünglich als „F10-Gruppe“ bezeichnet)
- Gattung Pormufvirus
Etymologie
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- Die Bezeichnung der Familie Suolaviridae ist abgeleitet von finnisch suola ‚Salz‘, was sich auf die Haloarchaeen-Wirt dieser Viren bezieht; die Endung ‚-viridae‘ bezeichnet Virenfamilien.[1][2][3]
- Der Gattungsname Pormufvirus ist als Kofferwort eine Zusammenziehung von portal- and Mu gpF proteins, zwei charakteristische Proteine des diese Gattung repräsentierenden Virus HRTV-28.[2]
- Das Art-Epitheton HRTV28 verweist auf das typische Virus Halorubrum tailed virus 28 (HRTV-28).
Einzelnachweise
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- ↑ a b c d ICTV: Family: Saparoviridae. 2022 Release, MSL #38.
- ↑ a b c d e f g
Ying Liu, Tatiana A. Demina, Simon Roux, Pakorn Aiewsakun, Darius Kazlauskas, Peter Simmonds, David Prangishvili, Hanna M. Oksanen, Mart Krupovic: Create three new orders and 14 new families in the class Caudoviricetes (Duplodnaviria, Uroviricota) for classification of archaeal tailed viruses (zip:docx), PDF (via Universität Helsinki). Vorschlag 2021.001A vom Oktober 2020: Tabelle 1.
Maßgeblich ist Tabelle 1:- Shortaselviridae (F7) mit Gattung Lonfivirus
- Suolaviridae (F10) mit Spezies Pormufvirus HRTV28 und Stamm Halorubrum tailed virus 28 (HRTV-28) – Siphoviren
- Shortaselviridae (F7) mit Gattung Lonfivirus
- ↑ a b c d e Mart Krupovic: Family: Suolaviridae (interim Report). April 2023.
- ↑ a b Ying Liu, Tatiana A. Demina, Simon Roux, Pakorn Aiewsakun, Darius Kazlauskas, Peter Simmonds, David Prangishvili, Hanna M. Oksanen, Mart Krupovic: Diversity, taxonomy, and evolution of archaeal viruses of the class Caudoviricetes. In: PLoS Biology, Band 19, Nr. 11, 9. November 2021, e3001442; doi:10.1371/journal.pbio.3001442, PMID 34752450, PMC 8651126 (freier Volltext) (englisch).
- ↑ a b c d
Nina S. Atanasova, Tatiana A. Demina, Andrius Buivydas, Dennis H. Bamford, Hanna M. Oksanen: Archaeal Viruses Multiply: Temporal Screening in a Solar Saltern. In: MDPI: Viruses, Band 7, Section Bacterial Viruses, Nr. 4, 10. April 2015, S. 1902–1926; doi:10.3390/v7041902, PMID 25866903, PMC 4411682 (freier Volltext) (englisch). Siehe insbes. Supplement (PDF; 0,8 MB).
Anm.: In der Legende von Figure 2 ist „Isolate No. 28, HCTV-28“ nach Tabelle S4 zu lesen als „Isolate No. 28, HRTV-28“. Siehe auch Atanasova, Bamford, Oksanen (Juli/November 2015).[6] - ↑ a b c Nina S. Atanasova, Dennis H. Bamford, Hanna M. Oksanen: Haloarchaeal virus morphotypes. In: Biochimie, Band 118, November 2015, S. 333–343; doi:10.1016/j.biochi.2015.07.002, PMID 26151345, Epub 4. Juli 2015 (englisch).
- ↑ NCBI Taxonomy Browser: Halorubrum sp. SS8-7 (species). Nucleotide: KJ917643 Halorubrum sp. SS8-7 16S ribosomal RNA gene, partial sequence.
- ↑ a b NCBI Taxonomy Browser: Suolaviridae.
- ↑ ICTV: Species: Muvirus mu. 2022 Release, MSL #38.
- ↑ NCBI Taxonomy Browser: Escherichia phage Mu (no rank).
- ↑ SIB: Muvirus. Auf: ViralZone.
- ↑ ICTV: Taxonomy Browser.
- ↑ ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).
- ↑ Virus-Host DB: Halorubrum tailed virus 28.