Tandem Mass Tag
Tandem Mass Tag (‚Tandem-Atommassenmarkierung‘, TMT) ist eine biochemische Methode zur massenspektrometrischen Bestimmung von Biomolekülen wie Proteine, DNA oder RNA. Das TMT verwendet unter anderem die Isobarenmarkierung und die Tandem-Massenspektrometrie.[1] Die zu untersuchenden Moleküle werden dabei mit unterschiedlichen Markierungen versehen, die zwar isobar sind (die gleiche Ausgangsmasse besitzen), jedoch im Tandem-Massenspektrometer unterschiedlich schwere und somit unterscheidbare Fragmente (genauer Reporterionen) ergeben.
Prinzip
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Es gibt drei Varianten des TMT:
- TMTzero – ohne eine Isotopenmarkierung auf dem tag
- TMTduplex – isobare Paare nach Markierung mit einem Isotop[1]
- TMTsixplex – ein isobarer Satz von sechs Massenmarkierungen mit fünf verschiedenen Isotopen[2]
Die verwendeten Markierungen (engl. tags) enthalten vier Bereiche, einen Massenreporterbereich, einen spaltbaren Linker-Bereich, einen Massennormalisierungsbereich und eine an das Biomolekül bindende reaktive Gruppe. Die verschiedenen Markierungen sind chemisch identisch, besitzen jedoch unterschiedliche Isotope im Massenreporter- und im Massennormalisierungsbereich. Bei einer Molekulargewichtsbestimmung per Gelelektrophorese, Chromatographie oder einfacher Massenspektrometrie sind die verschiedenen Markierungen nicht unterscheidbar. Erst durch weitere Fragmentierung in der Tandem-Massenspektrometrie zeigen sich nach Aufbrechen der Peptidbindungen die einzelnen Markierungen. Die Patente für TMT liegen bei der Proteome Sciences Plc. Die chemische Struktur der verschiedenen Markierungen sind in der Unimod-Datenbank verzeichnet und mit Mascot bearbeitbar.
Einzelnachweise
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- ↑ a b Thompson A, Schäfer J, Kuhn K et al.: Tandem mass tags: a novel quantification strategy for comparative analysis of complex protein mixtures by MS/MS. In: Anal. Chem. 75. Jahrgang, Nr. 8, 2003, S. 1895–904, doi:10.1021/ac0262560, PMID 12713048.
- ↑ Dayon L, Hainard A, Licker V, Turck N, Kuhn K, Hochstrasser DF, Burkhard PR, Sanchez JC: Relative quantification of proteins in human cerebrospinal fluids by MS/MS using 6-plex isobaric tags. In: Anal. Chem. 80. Jahrgang, Nr. 8, 2008, S. 2921–31, doi:10.1021/ac702422x, PMID 18312001.