Gegründet wurde der Verein 1998. 2004 und 2005 spielte der Verein in der zweiten Liga, der Division 1. 2006 stieg man in die Thailand Premier League, die höchste Spielklasse Thailands, auf. Nach einem 11. Platz in der Premierensaison, musste man jedoch im Folgejahr wieder in die 2. Liga absteigen. Der Abstieg wurde allerdings nicht verkraftet, und mit einer Niederlage am letzten Spieltag der Saison 2008 schien der erneute Abstieg, diesmal in die Thailand Division 2 League besiegelt. Der Klub wäre der erste in der Geschichte der Premier League gewesen, welcher direkt bis in die dritte Liga hätte absteigen müssen. Da sich aber der FC Bangkok Bank, als Absteiger aus der Thai Premier League vom Spielbetrieb abmeldete, gab es noch eine Chance. Der Verband verfügte, das Play-off-Spiele über den freigewordenen Platz entscheiden sollten. Thai Honda gelangte bis ins Finale, bezwang den FC Nakhon Sawan mit 4:0, und sicherte sich somit den Verbleib in der Liga. 2012 musste man den Weg in die Drittklassigkeit antreten und man spielte drei Jahre in der dritten Liga, der Division 2. 2014 wurde man Meister der Division 2-Region Bangkok und stieg in die Division 1 auf. Nach zwei Jahren in der Division 1 wurde man 2016 Meister und stieg wieder in die Thai League auf. Nach nur einem Jahr musste man 2017 wieder in die Division 1, der heutigen Thai League 2, absteigen. 2018 belegte man einen 12. Platz. Ende 2019 gab der Verein bekannt, dass man sich aus finanziellen Gründen aus der Liga zurückziehen werde.
Seine Heimspiele trug der Verein zuletzt im 72-years Anniversary Stadium (thailändischสนามกีฬาเฉลิมพระเกียรติ 72 พรรษา มีนบุรี) in Min Buri, Bangkok, aus. Bekannt ist das Stadion auch unter dem Namen Chalerm Phrakiat Min Buri Stadium. Bei dem Stadion handelt es sich um ein Mehrzweckstadion. Das 10.000 Zuschauer fassende Stadion wurde zur Feier des 72. Geburtstags von König Bhumibol Adulyadej errichtet. Das Stadion verfügt nur über zwei Tribünen (Überdachte Haupttribüne und nicht überdachte Gegengerade). Eigentümer des Stadions ist die Bangkok Metropolitan Administration.