Thumleimavirales

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Thumleimavirales

Morphotypen der Thumleimavirales:
Myo- (links) und Siphoviren (rechts)

Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Duplodnaviria[2][3][1][4]
Reich: Heunggongvirae
Phylum: Uroviricota
Klasse: Caudoviricetes[2]
Ordnung: Thumleimavirales[1]
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA unsegmentiert
Baltimore: Gruppe 1
Symmetrie: ikosaedrisch, tailed
Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
Thumleimavirales
Links
ICTV Taxon History: 202112155
NCBI Taxonomy: 2942680
Clusteranalyse unter den Archaeen­viren der Caudo­viricetes (arTVs). Mitte und oben links: Thum­leima­virales, Mitte und oben rechts: Kirjokansi­virales, unten: Methano­ba­virales.

Thumleimavirales ist eine vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) im März 2022 mit der Master Species List (MSL) #37 neu geschaffene Ordnung von Viren innerhalb der Klasse Caudoviricetes.[5][6] Die Einrichtung dieser Klasse geschah im Zug der Reorganisation dieser Klasse von Viren mit Kopf-Schwanz-Aufbau (die zuvor von der früheren Ordnung Caudovirales im taxonomischen Rang hochgestuft worden war). Diese Reorganisation war nötig geworden, nachdem Genomanalysen eine sehr große Heterogenität dieser heutigen Klasse gezeigt hatten, die sowohl Bakterienviren als auch Archaeenviren (englisch archaeal tailed viruses, arTVs) umfasst, und deren Genom grundsätzlich aus einem dsDNA-Molekül besteht, das entweder linear oder ringförmig geschlossen sein kann.[6][7]

Die Ordnung Thumleimavirales umfasst eine Klade (Verwandtschaftsgruppe) von solchen arTVs, die in der Genome Relationships Applied to Virus Taxonomy (GRAViTy) genannten Clusteranalyse eine als Cluster I bezeichnete Klade bildeten.[6][8] Die bei der Clusteranalyse festgestellten Ähnlichkeiten unter den hier zusammengefassten Viren betreffen:

Insgesamt wurden vier Familien Hafunaviridae, Druskaviridae (ursprünglich Queuoviridae genannt), Soleiviridae und Halomagnusviridae in der damals neuen Virusordnung Thumleimavirales zusammengefasst.[6][7] Alle infizieren halophile Archaeen (s. u.) und sind daher nicht-taxonomisch als Haloviren klassifiziert.

Etymologie

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Der Name Thumleimavirales leitet sich ab von Thumleima, der Göttin und weiblichen Personifikation des Salzes und der natürlichen Salzsole in der Meitei-Mythologie (Indien),[6] gefolgt von der Endung '-virales' für Virusordnungen. Der weibliche Vorname „Thumleima“ (ꯊꯨꯝꯂꯩꯃ tʰum.lə́i.mə) der Meitei setzt sich dabei aus zwei Worten zusammen: „Thum“ (ꯊꯨꯝ tʰum) bedeutet „Salz“[9] und „Leima“ (ꯂꯩꯃ lə́i.mə) bedeutet „Königin“, „Dame“ oder „Mätresse“.[10] „Thumleima“ meint also „Salzkönigin“, eine Anspielung auf die halophile Natur dieser Archaeenviren.

Systematik

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TEM-Aufnahmen eines Virions von „Halorubrum-Virus HRTV-16“ (Gattung Haloferacalesvirus, Morphotyp: Myoviren), Schwanz in kontrahierter Form.
TEM-Aufnahme eines Virions von „Halorubrum-Virus HRTV-16“, Schwanz in gestreckter Form.

Viele der von den Mitgliedsviren gebildeten Gattungen und Familien umfassen nur ein oder zwei Mitglieder, was darauf hindeutet, dass die genetische Vielfalt dieser Archaeenviren noch weitgehend unerforscht ist.[6] Die folgende Liste hat den Stand Mai/Juni 2024:[11][12][5][6][7]

Klasse Caudoviricetes

  • Ordnung Thumleimavirales (halophile arTV Klade I: Archaeen-Viren mit Kopf-Schwanz-Struktur: Myoviren und Siphoviren; 4 Familien)[6][7]
    • Familie Druskaviridae (ursprünglich Cluster F2, dann Queuoviridae; Siphoviren)
      • Gattung Hacavirus (F2G2)
        • Spezies Hacavirus italiense (früher Hacavirus HCTV1) mit
          Haloarcula californiae tailed virus 1 (HCTV-1), HCTV-16
          – HCTV-16 war ursprünglich vorgeschlagen als eigene Spezies „Haloarcula virus HCTV-16“
      • Gattung Tredecimvirus (Subcluster F2G1)
        • Spezies Tredecimvirus thailandense (früher Tredecimvirus HVTV1) mit
          Haloarcula vallismortis tailed virus 1 (HVTV-1),[13][14] HVTV-2, HCTV-5[15]
          – HVTV-2 war ursprünglich vorgeschlagen als eigene Spezies „Haloarcula virus HVTV-2“
          – HCTV-5 war ursprünglich vorgeschlagen als eigene Spezies „Halovirus HCTV-5“[16][15][17]
    • Familie Hafunaviridae (ursprünglich Cluster F1: Myoviren, früher in Familie Myoviridae; 4 Gattungen)
      • Gattung Haloferacalesvirus (Subcluster F1G1, Hfunalikevirus; 7 Spezies)
        • Spezies Haloferacalesvirus eilatense (früher Haloferacalesvirus HRTV10) mit
          Halorubrum tailed virus 10 (HRTV-10), HRTV-18, HRTV-20, HRTV-22, HRTV-26
        • Spezies Haloferacalesvirus moolapense (früher Haloferacalesvirus HF1, Haloferax virus HF1) mit
          Halophage HF1 (HF1),[16] Halophage HF2 (HF2),[18][19] Halorubrum coriense virus Hardycor2 (Hardycor2)
        • Spezies Haloferacalesvirus pyrstotum (früher Haloferacalesvirus HRTV5) mit
          Halorubrum tailed phage 5 (HRTV-5)[16])
        • Spezies Haloferacalesvirus salis (früher Haloferacalesvirus HRTV8) mit
          Halorubrum tailed phage 8 (HRTV-8),[16] HRTV-14, HRTV-17, HRTV-19, HRTV-23
        • Spezies Haloferacalesvirus samutsakhonense (früher Haloferacalesvirus HSTV4) mit
          Halorubrum sodomense tailed virus 4 (HSTV-4)
        • Spezies Haloferacalesvirus serpentinense (früher Haloferacalesvirus Serpecor1) mit
          Halorubrum coriense virus Serpecor1 (Serpecor1)
        • Spezies Haloferacalesvirus thailandense (früher Haloferacalesvirus HJTV2) mit
          Halorubrum tailed virus 24 (HRTV-24), Haloarcula japonica tailed virus 2 (HJTV-2), HSTV-3, HJRV-3, HRTV-15
        • Species „Halorubrum virus HRTV-16“[20][21][22]
      • Gattung Laminvirus (F1G3: 1 Spezies)
        • Spezies Laminvirus thailandense (früher Laminvirus HRTV25) mit
          Halorubrum tailed virus 25 (HRTV-25)
      • Gattung Mincapvirus (Subcluster F1G2, 1 Spezies)
        • Spezies Mincapvirus eilatense (früher Mincapvirus HSTV2) mit
          Halorubrum sodomense tailed virus 2 (HSTV-2),[13] HRTV-7,[16][23] HRTV-2, HRTV-11, HCTV-6, HCTV-15
      • Gattung Minorvirus (F1G4: 1 Spezies)
        • Spezies Minorvirus thailandense (früher Minorvirus HRTV27) mit
          Halorubrum tailed virus 27 (HRTV-27)
    • Familie Halomagnusviridae (ursprünglich Cluster F4: Myoviren; 1 Gattung)
      • Gattung Hagravirus (1 Spezies)
        • Spezies Hagravirus capitaneum (früher Hagravirus HGTV1) mit Halogranum tailed virus 1 (HGTV1, HGTV-1)[16])
    • Familie Soleiviridae (ursprünglich Cluster F3: Myoviren; 1 Gattung)
      • Gattung Eilatmyovirus (1 Spezies)
        • Spezies Eilatmyovirus salis (früher Eilatmyovirus HATV2) mit
          Haloarcula tailed virus 2 (HATV-2)

Einzelnachweise

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  1. ↑ a b ICTV: ICTV Master Species List 2021.v1, New MSL including all taxa updates since the 2020 release, March 2022 (MSL #37).
  2. ↑ a b ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
  3. ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36).
  4. ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2021.v2, New MSL including some corrections.
  5. ↑ a b ICTV: Thumleimavirales.
  6. ↑ a b c d e f g h Ying Liu, Tatiana A. Demina, Simon Roux, Pakorn Aiewsakun, Darius Kazlauskas, Peter Simmonds, David Prangishvili, Hanna M. Oksanen, Mart Krupovic (ICTV Archaeal Viruses Subcommittee): Create three new orders and 14 new families in the class Caudoviricetes (Duplodnaviria, Uroviricota) for classification of archaeal tailed viruses (zip:docx), PDF (via Universität Helsinki). Vorschlag 2021.001A an das ICTV. Oktober 2020.
  7. ↑ a b c d Ying Liu, Tatiana A. Demina, Simon Roux, Pakorn Aiewsakun, Darius Kazlauskas, Peter Simmonds, David Prangishvili, Hanna M. Oksanen, Mart Krupovic: Diversity, taxonomy, and evolution of archaeal viruses of the class Caudoviricetes. In: PLOS Biology, Band 19, Nr. 11, e3001442, 9. November 2021; doi:10.1371/journal.pbio.3001442, PMID 34752450, PMC 8651126 (freier Volltext).
  8. ↑ Pakorn Aiewsakun, Peter Simmonds: The genomic underpinnings of eukaryotic virus taxonomy: creating a sequence-based framework for family-level virus classification. In: Microbiome, Band 6, Nr. 38, 20. Februar 2018; doi:10.1186/s40168-018-0422-7, PMID 29458427.
  9. ↑ Learners' Manipuri-English dictionary.Thum. In: uchicago.edu. 2006; (englisch).
  10. ↑ Learners' Manipuri-English dictionary.Leima. In: uchicago.edu. 2006; (englisch).
  11. ↑ ICTV: Taxonomy Browser.
  12. ↑ ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).
  13. ↑ a b David Prangishvili, Dennis H. Bamford, Patrick Forterre, Jaime Iranzo, Eugene V. Koonin, Mart Krupovic: The enigmatic archaeal virosphere. In: Nature Reviews Microbiology. Band 15. Jahrgang, Nr. 12, 10. November 2017, S. 724–739, doi:10.1038/nrmicro.2017.125, PMID 29123227 (englisch). Siehe insbes. Fig. 1.
  14. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Halovirus HVTV-1 (species).
  15. ↑ a b NCBI Taxonomy Browser: Halovirus HCTV-5 (species).
  16. ↑ a b c d e f Darius Kazlauskas, Mart Krupovic, Česlovas Venclovas: The logic of DNA replication in double-stranded DNA viruses: insights from global analysis of viral genomes. In: Nucleic Acids Research. Band 44, Nr. 10, 2. Juni 2016, S. 4551​–4564; doi:10.1093/nar/gkw322, PMC 4889955 (freier Volltext), PMID 27112572.
  17. ↑ Mike Dyall-Smith, Friedhelm Pfeiffer, Pei-Wen Chiang, Sen-Lin Tang: The Novel Halovirus Hardycor1, and the Presence of Active (Induced) Proviruses in Four Haloarchaea. In: MDPI: Genes, Band 12, Nr. 149, 23. Januar 2021; doi:10.3390/genes12020149! PDF.
  18. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Halorubrum phage HF2 (no rank). In species: Haloferacalesvirus HF2.
  19. ↑ Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Takashi Honda, Tomoko Mihara, Kimiho Omae, Simon Roux, Romain Blanc-Mathieu, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Matthew B. Sullivan, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata, Takashi Yoshida: Environmental Viral Genomes Shed New Light on Virus-Host Interactions in the Ocean. In: ASM Journals: mSphere, Band 2, Nr. 2, März–April 2017, e00359-16; doi:10.1128/mSphere.00359-16, PMC 5332604 (freier Volltext), PMID 28261669, insbesondere Fig. 4.
  20. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Halorubrum virus HRTV-16 (species).
  21. ↑ Nina S. Atanasova, Tatiana A. Demina, Andrius Buivydas, Dennis H. Bamford, Hanna M. Oksanen: Archaeal Viruses Multiply: Temporal Screening in a Solar Saltern. In: MDPI: Viruses, Band 7, Section Bacterial Viruses, Nr. 4, 10. April 2015, S. 1902–1926; doi:10.3390/v7041902, PMID 25866903, PMC 4411682 (freier Volltext) (englisch). Siehe insbes. Supplement (PDF; 0,8 MB).
  22. ↑ Nina S. Atanasova, Dennis H. Bamford, Hanna M. Oksanen: Haloarchaeal virus morphotypes. In: Biochimie, Band 118, November 2015, S. 333–343; doi:10.1016/j.biochi.2015.07.002, PMID 26151345, Epub 4. Juli 2015 (englisch).
  23. ↑ Virus-Host DB: Halorubrum Tailed Virus 7.
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