Naitō nahm am 8. März 2009 erstmals in Sapporo an einem FIS-Springen teil. Im Jahr 2017 sprang er viermal im FIS Cup und erreichte als beste Platzierung einen 11. Rang in Râșnov. Am 16. September 2017 debütierte Naitō in Trondheim im Continental Cup und holte eine Woche später erstmals Punkte in dieser Wettkampfserie. Im darauf folgenden Februar gab er in Willingen sein Weltcupdebüt, nahm danach aber zunächst nur noch im Rahmen der nationalen Gruppe bei Springen in Sapporo bzw. im Grand Prix 2018 in Hakuba teil.