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Blau und Kleine Lauter | Donau zwischen Munderkingen und Riedlingen | Donau zwischen Munderkingen und Ulm und nördliche Iller | Donaumoos | Großes Lautertal und Landgericht | Hungerbrunnen-, Sacken- und Lonetal | Kuppenalb bei Laichingen und Lonetal | Münsinger Alb | Rot, Bellamonter Rottum und Dürnach | Tiefental und Schmiechtal
Ehemalige FFH-Gebiete: Alb um Nellingen/Merklingen | Donautal bei Ulm | Donau zwischen Munderkingen und Erbach | Gebiete zwischen Laichingen und Donnstetten | Illertal | Lonetal Kuppenalb | Rot und Bellamonter Rottum | Truppenübungsplatz Münsingen | Westliche Lonetal-Flächenalb