Wikipedia Diskussion:WikiProjekt Mikroorganismen/Archiv/2009

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Dilemma Stamm-Abteilung-Phylum

Stamm, Abteilung und Phylum sind nicht identisch. In der Literatur zur prokaryotischen Taxonomie wird ausschließlich Phylum verwendet. Ich sehe bei den Taxoboxen aber unterschiedliche Deklarierungen. Mal Abteilung, mal Stamm. Phylum ist ME bestenfalls mit Subdivisio gleichzusetzen, als Unterabteilung. Stamm als Synonym von Phylum ist zweideutig, da gleichzeitig ein Stamm auch eine Art definiert (Typstamm). Ein Ausweg wäre die Verwendung von Phylum, statt der deutschen Worte Abteilung, Unterabteilung oder Stamm. Leider kann man Phylum oder Phyla nicht in den Taxoboxen angeben, dort wird es automatisch umgewandelt.

Möglicherweise sind hier die Administratoren gefragt. Hat jemand eine Idee zur Auflösung dieser unnötigen Fehlerquelle, damit wir aus diesem Dilemma (oder Trilemma) ein Lemma für die Prokaryoten machen können? --Bollisee 14:21, 7. Jan. 2009 (CET)

Rein taxonomisch gesehen sind Phylum (Stamm) und Divisio (Abteilung) gleichrangig. Seltsamerweise kennt der ICNB als höchsten Rang nur die Klasse. Divisio wird grade mal bei den infrasubspezifischen Taxa kurz erwähnt, Phylum kann ich mit der Volltextsuche überhaupt nicht finden. Wenn in der Fachliteratur der Begriff Phylum überwiegt, sollte in der WP dafür die deutsche Entsprechung Stamm verwendet werden. Die Rangangaben in der Taxobox werden sämtlich in deutsch angegeben, einen Grund, bei einem Rang davon abzuweichen, sehe ich nicht. Eine Gefahr, dass das jemand mit Stamm = strain verwechseln könnte, sehe ich nicht als gegeben. Griensteidl 16:09, 7. Jan. 2009 (CET)

Hallo Griensteil, erstmal Willkommen bei den Kleinsten. Der ICNB hilft hier leider nicht weiter, da er maximal die Klasse definiert (ist sowieso zu alt um die neuen Erkenntnisse aufzunehmen; Archaea?). Darüber sind die Schemata sowieso umstritten. Allerdings sollte doch aus mehreren Quellen klar sein, dass Abteilung (Divisio) liegt tatsächlich noch über dem Stamm (Phylum) liegt. Beispiel Systematik der Vielzelligen Tiere. Die Begriffe sind leider zu schwammig und bedeuten verschiedene Dinge. Bei Bakterien und Archaeen werden jedoch neuerdings konsequent Pyhla beschrieben, wenn auch nicht im bakteriellen Code. Es gibt Phylum Klasse Ordnung Familie Gattung Art, die Art (und Gattung) wird durch einen Stamm festgelegt. Daher denke ich, dass man bei klarer Verwendung genau dieser Bezeichnungen keinerlei Verwirrung stiftet. Die lateinischen Bezeichnungen scheinen sich schneller zu verändern als die deutschen, damit wären auch unsere Artikel länger korrekt.

Das ganz ist übrigens der Ausgangspunkt dieses Projekts. ZB. Clostridien≠Gattung Clostridium s.l.≠Clostridium s.s.; Knöllchenbakterien≠Rhizobien; Aktinomyzeten≠Actinomyctaceae, die Liste ist relativ lang. Tatsächlich scheinen sich die kürzlich hier entstandenen Systematikreferenzen der Archaeen und Bakterien jetzt schon zu bewähren und einige Fragen zu klären. Daher wäre es schon ganz gut, wenn man hier konsequent Klarheit schafft, das bewährt sich auf Dauer. Es könnte natürlich auch so aussehen "Stamm (Phylum)". Ich bin sonst auch eher Verfechter deutscher Schreibweise DNS statt DNA etc., jedoch hier wäre die Klarheit auf lange Sicht ME dann doch zu bevorzugen, wenn es sich machen läßt. Gruss --Bollisee 17:09, 7. Jan. 2009 (CET)

Ich hatte vergessen, dass die Zoologen hier ja auch ihre Sonderregeln haben. Bei denen ist die Abteilung eine Untergliederung des Stamms (allerdings ist im ICZN oberhalb der Familie auch nichts explizit geregelt). Bei den Botanikern, wo ich herkomme, (ICBN) sind Abteilung und Stamm explizit das Gleiche. Ich finde es nicht nötig, bei den Bakterien mit einem Klammernamen zu arbeiten. Die genaue Erklärung, was bei den Bakterien unter Stamm (Systematik) verstanden wird, kann ja im Artikel besser und ausführlicher dargestellt werden.

Ich sehe keinen Grund, in der Taxobox „Phylum“ oder „Stamm (Phylum)“ zu schreiben. Griensteidl 17:43, 7. Jan. 2009 (CET)

Ich denke da wie Griensteidl. Aufgrund der "Höhe" des Ranges dürfte das nicht wirklich verwechselbar sein und nähere Erklärungen gibt es im Artikel. Es ist nur ein kleines Detail und angesichts der Verhältnisse (300 Bakterienartikel / 25.000 Lebewesenartikel) auch nicht wirklich dringlich. Denis Barthel 00:12, 8. Jan. 2009 (CET)

Umgangssprachliche und wissenschaftliche Bezeichnungen

Auf Anregung von Denis Barthel und Bollisee, denen ich dafür danke, bringe ich hier einen Beitrag ein, der in der Diskussion zum Artikel Aktinomyzeten schon begonnen wurde zu diskutieren:

Ein grundsätzliches Problem ist die Parallelisierung „umgangssprachlicher“ Bezeichnungen (einschließlich der Umgangssprache im wissenschaftlichen Bereich) für Lebewesengruppen und wissenschaftlicher Taxon-Bezeichnungen. Es ist immer dann ein Problem, wenn die umgangssprachliche Bezeichnung nicht für einen genau begrenzten Begriff, eine genau begrenzte Lebewesengruppe steht. Und selbst wenn das der Fall ist, muss sich dieser umgangssprachliche Begriff nicht mit einem wissenschaftlichen Taxon decken. Ein Beispiel, das wir gerade bei dem gleichlautenden Artikel diskutiert haben, ist die umgangssprachliche Bezeichnung „Aktinomyzeten“. Sie steht auch im wissenschaftlichen Bereich für verschiedene Lebewesengruppen, die noch dazu sich nicht alle mit einem wissenschaftlichen Taxon decken: (1) die Gattung Actinomyces, (2) die beiden Gattungen Actinomyces und Streptomyces, (3) alle mycelbildenden Gram-positiven Bakterien, (4) die Familie Actinomycetaceae, (5) die Ordnung Actinomycetales und wahrscheinlich noch weitere Bakteriengruppen. Ist es angesichts dieser Probleme gut, Artikel mit dem Lemma einer solchen umgangssprachlichen Bezeichnung einzurichten? Meine Meinung: Nein! Man sollte in solchen Fällen die Namen der Taxa des wissenschaftlichen Systems als Lemma für Artikel verwenden und unter den umgangssprachlichen Bezeichnungen eine kurze Erklärung zu deren Vieldeutigkeit und einen Verweis auf die relevanten Artikel bringen. --Brudersohn 19:00, 8. Jan. 2009 (CET)

Solche Probleme gibt es ja immer wieder, nicht nur bei Lebewesen: dass ein Begriff mehr als eine Bedeutung hat. In solchen Fällen sollte man dann abwägen:

• Gibt es eine Bedeutung, die eindeutig überwiegt? Dann sollte diese Bedeutung auf dem Lemma dieses Begriffs behandelt werden, die anderen Bedeutungen aber angesprochen werden. (Weiß aber nicht, ob es solche Fälle jetzt bei den Bakterien gibt. Evtl.: Bakterien vs. (Bakterien + Archaeen), da gibts auch keine BKL, obwohl landläufig die Archäen ja oft als Bakterien angesehen werden.)
• Gibt es keine Bedeutung, die überwiegt? Dann sollte auf dem Lemma des Begriffs eine Begriffsklärung stehen, wie oben von Dir angeführt. Die einzelnen Artikel dann unter dem wissenschaftlichen Lemma. Meist ist die Bezeichnung ja historisch geprägt, weil man früher die nicht verwandten Dinger beim besten Willen nicht auseinanderhalten konnte. Griensteidl 19:23, 8. Jan. 2009 (CET)

Der letzte Satz ist ME der entscheidende oder anders ausgedrückt, der zentrale Punkt fast aller Diskussionen hier (auch im Archiv). Mein Vorschlag war hierzu (mittlerweile im Archiv der Diskussion komplett versteckt): Deutsche Begriffe sind inzwischen, bis auf Ausnahmen, meist historisch. Daher empfiehlt es sich die Lemmata unterhalb Archaeen und Bakterien grundsätzlich auf den lateinischen Bezeichnungen basieren zu lassen. Die deutschen Namen können weiter verwendet werden als BKLs. Dann kann nicht mehr viel falsch gehen. Also z.B Aktinomyzeten am Ende als BKL. Actinomycetales, Actinomycetaceae und Actinomyces als Lemma.

Beispiel Clostridien. Wenn der Mediziner von C. difficile redet meint er Clostridien, der Taxonom redet von der Gattung Clostridium und der Phylogenetiker von einem Clostridium sensu lato, weil er weiß, dass das eigentlich zu den Peptostreptococcaceae gehört (Die sind wieder ein eigenes Problem). Auf lange Sicht hat der Phylogenetiker recht, aber jetzt ist es noch nicht so definiert. Sind Clostridien denn nun die Gattung Clostridium sensu strictu, Fam. Clostriaceae, Ord. Clostridiales, Klasse Clostridia? Oder Clostridium sensu latu, oder gar alles, wo irgendwelche Clostridien einmal benannt warden, bald in verschiedenen Phyla.

Die Auswirkungen sind weitreichend. Vergleicht mal die Versionen Stickland-Reaktion 1, Stickland-Reaktion 2 und Stickland-Reaktion 3. Gut gemeinte Strukturierung des Artikels und Verbesserung, aber plötzlich tauchen hier wieder peptolytische Clostridien in Version 2 auf, was ich so schön vermieden hatte in Version 1. Auf den ersten Blick hat der Artikel gar nichts mit Clostridien zu tun. Aber: Ich wette Benutzer Yikrazul hat den Begriff korrekt aus der Fachliteratur, wahrscheinlich Brock entnommen. Ein Begriff, der spätestens seit Collins (1994) obsolet ist, aber woher soll Yikrazul das erahnen. Aus Clostridien wäre er nicht schlauer geworden, wäre da aber eine BKL Clostridien gestanden, hätte er zumindest überhaupt die Chance gehabt, den Fehler zu entdecken oder vermuten. Langer Rede kurzer Sinn: Man kann einige Fehler und etliche Folgefehler vermeiden, wenn man das von vornherein korrekt reinstellt, auch wenn in dem Falle die Autoren der Artikel praktisch keine Chance hatten, nach heutigem Stand richtig zu schreiben.

Archaeen und Bakterien sind ME gottseidank mittlerweile gut auseinandersortiert. Aber auch da gibt es noch Begriffsprobleme, die wahrscheinlich nicht geändert werden. Z.B. Methanobacteria spp. sind Archaeen. --Bollisee 00:39, 9. Jan. 2009 (CET)

Das Vorschalten eines Kurzartikels in der Art von Kernkeulen, Nordkaper oder Mesozoa scheint mir das sinnvollste, eine reine BKL scheint mir eher unzureichend. Man sollte sich nicht scheuen, die Situation darin kurz zu erklären, um dann auf die unterschiedlichen Lesarten zu verlinken. Gruß, Denis Barthel 09:24, 9. Jan. 2009 (CET)

Wenn das Sinn macht, warum nicht? Ich denke man sollte sich an der Situation orientieren und keinerlei Prinzipienreiterei veranstalten, natürlich braucht es gewisse grundlegende Regeln um eine Einheitlichkeit zu gewährleisten, aber die können eben nicht alles abdecken. Bei den Aktinomyzeten ist das vielleicht auch angemessen? Was spricht dagegen Aktinomyzeten von Actinomycetales, Actinomycetaceae und Actinomyces abzutrennen, und diesen ganz klar als historischen Begriff mit ihrer Bedeutung einen eigenen Artikel zu widmen, wenn von Anfang an klar auf die wissenschaftlichen Artikel verwiesen wird. Ich denke, das wird der Leser fühlt sich sogar besser informiert, Verwirrung wird nicht gestiftet, sondern eher sogar beseitigt. Ich finde die Idee hervorragend und angepaßt an den Sachverhalt (für einige weitere deutsche Begriffe trifft das auch zu). --Bollisee 11:14, 9. Jan. 2009 (CET)

Ich habe aus den Diskussionsbeiträgen den Eindruck, dass wir damit für viele (vielleicht nicht für alle) derartige Fälle einen guten Konsens haben: (1) Ein mehr oder weniger kurzer Artikel unter dem Lemma der traditionellen Bezeichnung mit BKL, Definition des Begriffs so gut es geht, kurze Erläuterung bzw. Erwähnung der Historie, Hinweis auf die derzeit korrekten wissenschaftlichen Begriffe und deren Bezeichnungen, wenn nötig Erläuterung der Beziehung zwischen diesen und dem „umgangssprachlichen“, traditionellen Begriff. (2) Artikel unter Lemmata der gegenwärtig korrekten Begriffsbezeichnungen. --Brudersohn 14:53, 11. Jan. 2009 (CET)

Einbau in Kategorie:Systematik_(Biologie)

Kann jemand bei Kategorie:Systematik_(Biologie) die beiden Links einbauen (sowas is nix für Anfänger wie mich):

• Systematik der Bakterien
• Systematik der Archaeen, wenn man darf vielleicht sogar zielführender zum Unterpunkt Systematik der Archaeen.

--Bollisee 11:27, 9. Jan. 2009 (CET)

Erledigt. Denis Barthel 12:47, 9. Jan. 2009 (CET)

Archeen

Servus, Hoppla mir ist jetzt erst aufgefallen, dass die Archaea in der en-WP exzellent sind. Die Frage ist nur: Lohnen sich Übersetzungen? Teilweise steht die Community dem ja sehr gespalten gegenüber. Aber: en:Haloquadratum finde ich geil. Vierecke Zellen.... Gruß --Tigerente 20:39, 10. Jan. 2009 (CET)

Gegenvorschlag: Besorg dir die dort angegebene Literatur (das paper gibts etwa frei) und die Erstbeschreibung und schreib damit einen vernünftigen Artikel. Der englische Artikel ist vom Inhalt her eher ein Fall für unsere QS... Griensteidl 21:24, 10. Jan. 2009 (CET)

Servus, Ja du hast recht. Feine Sache das PDF, werde ich mir nach der Genetik-Klausur gleich "reinziehen". Mit der Übersetzung meinte ich eigentlich den Hauptartikel, ist aber auch IMHO etwas "anders" verfasst, wie wir es in de-WP gewohnt sind. --Tigerente 21:27, 10. Jan. 2009 (CET)

Was die Archaeen angeht, den englischen Artikel hatte ich mir auch schon mit Staunen zur Kenntnis genommen. Der ist fast ein wissenschaftlicher Review, auf jeden Fall scheint der von jemand mit großem Sachverstand geschrieben worden zu sein und das auch noch formell richtig. Wenn ich mir auf die Schnelle nochmal ein paar Details und die zitierten Quellen anschaue, das könnte man fast richtig publizieren. Also ich meine, wenn eine Übersetzung nur eine Todsünde bei der deutschen Wikipedia ist und nicht gerade eine absolute Todsünde, und Du auch noch die Zeit aufwenden kannst, eine auch nur halbwegs gute Übersetzung hinzubringen, dann ran an den Speck. Hier würde sich das richtig lohnen und für den Leser einen richtigen Informationszuwachs bringen, für Nicht-Fachleute ist bereits die Zusammenfassung völlig ausreichend. Die Systematik ist bei uns etwas konservativer gefasst, nach gleichen Kriterien wie die Bakterien. Wenn Du da die Englische Version übernehmen willst, dann würde ich Dich bitten, das genau in dieser Diskussion noch einmal anzusprechen, ausführlicher ist die englische auf alle Fälle, denn sie geht bis zum Genus. Gruß, --Bollisee 23:49, 10. Jan. 2009 (CET)

Ich hatte es früher nicht auf den Hauptartikel bezogen. Zum Artikel en:Archaea: der hat das gleiche Problem, an dem die allermeisten en-Artikel kranken: hier wird auf teufel komm raus einzelreferenziert. Egal ob der Inhalt in jedem 2-Seiten-Aufsatz zu Archäen vorkommt oder der Inhalt bis heute nur in einer Arbeit je angesprochen wurde: hier wird auf eine Originalarbeit verwiesen. Und das ist etwas, was einen Enzyklopädie-Artikel von einem wissenschaftlichen Review unterscheidet. Ich will als Leser unterscheiden können: was ist Lehrbuchwissen? Mich interessiert nicht, wo das zum ersten mal veröffentlicht wurde. Wichtig ist, dass diese Ansichten übernommen wurden. Da habe ich hier absolut keine Chance. Der Artikel wirkt (und ist?) jetzt bunt zusammengewürfelt. Ich und wohl die Mehrheit der im Bereich Lebewesen tätigen Autoren bevorzugen Artikel, deren Kern auf solider Überblicksliteratur (Reviews, Bücher, Buchkapitel) beruht. Alles weitere kann und soll dann durch aktuelle Forschungspublikationen ergänzt werden. Bei einem Artikel mit 150 Einzelnachweisen ist in meinen Augen etwas schiefgegangen.

Beispiel: Archaeal membranes are made of molecules that differ strongly from those in other forms of life, which is evidence that archaea are related only distantly to bacteria and eukaryotes.[51] ist Koga Y, Morii H (2007). "Biosynthesis of ether-type polar lipids in archaea and evolutionary considerations". Microbiol. Mol. Biol. Rev. 71 (1): 97–120., dabei steht der gleiche Inhalt in dem nicht mal 1 Druckseite umfassenden Abschnitt zu den Archaeen im neuesten Strasburger. Sowas finde ich überkandidelt und unnotwendig. -- Griensteidl 16:20, 11. Jan. 2009 (CET)

Xanthomonadales und Sinobacteraceae

Ich wollte grad die Xanthomonadales überprüfen und habe eine Frage zu den hier zugeordneten Sinobacteraceae. In Systematik der Bakterien steht die Familie unter "nicht zweifelsfrei zugeordnet", aber bei Euzeby sieht das eigentlich alles ganz sauber aus. Von daher meine Frage ob sich da vielleicht etwas geändert hat und wir die Familie in unsere Liste von korrekten Taxa aufnehmen sollten. Grüße, --Kogge 11:35, 12. Jan. 2009 (CET)

Werde ich zum Wochenende nachschauen. Wenn ich mich richtig entsinne, war der Genus Sinobacter Nonsens. --Bollisee 01:51, 13. Jan. 2009 (CET)

Bleibt wie es ist, Sinobacter ist nach wie vor als Genus nicht gerechtfertigt, auch wenn er momentan juristisch gesehen existiert. Das ist eine unsaubere Publikation, um es mal so zu sagen. --Bollisee 14:37, 16. Jan. 2009 (CET)

@Kogge: Und noch eine Info habe ich: Es sind gerade drei interessante Paper zur Phylogenie in der kommenden Ausgabe von IJSEM angekündigt worden, eines davon ist: „Phylogenetic structure of Xanthomonas determined by comparison of gyrB sequences. N. Parkinson, C. Cowie, J. Heeney and D. Stead. Int J Syst Evol Microbiol 2009 59 (2): p. 264 - 274.“ Weiter wird es noch geben: „Phylogenomics and protein signatures elucidating the evolutionary relationships among the Gammaproteobacteria.“ Ich glaube, darin wird es mehr Infos zum Thema geben. Warte also mit Deinen Modifikationen, bis Du die Paper hast (kann sie Dir auch weiterleiten, wenn sie raus sind). --Bollisee 00:42, 17. Jan. 2009 (CET)

Danke, das könnte ja interessant werden. Ich wollte auch grad fragen, wie es mit den anderen Arten, die unter den Sinobacteraceae stehen aussieht. So könnne wir ja erst mal abwarten. Grüße, --Kogge 18:16, 17. Jan. 2009 (CET)

Die sind gestern raus, brauchst Du eine Kopie? Leider erhellt Deine Frage nicht wirklich. Ist aber für weitere Artikel eine Lesequelle. --Bollisee 08:08, 6. Feb. 2009 (CET)

Danke für das Angebot, aber zur Zeit bin ich nicht so aktiv und würde die Publikationen wohl kaum nutzen, vielleicht komme ich aber später mal drauf zurück. Den Artikel würde ich jetzt einfach so stehen lassen, Sinobacteraceae wird zwar erwähnt, stark weiter drauf eingegangen wird aber nicht. Man sollte dann vielleicht erst einfach abwarten, bis sich da beim Themna wirklich etwas getan hat. Grüße, --Kogge 19:22, 8. Feb. 2009 (CET)