Zirkulierende freie DNA
Zirkulierende freie DNA (engl. circulating free DNA, cfDNA) bezeichnet DNA, die außerhalb von Zellen in der Blutzirkulation vorkommt.
Eigenschaften
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]DNA kommt im Blutkreislauf in geringen Konzentrationen als Abbaurest von Zellen vor.[1] Bei manchen Erkrankungen ist die DNA-Konzentration erhöht, z. B. bei verschiedenen Arten von Krebs. cfDNA wird daher in der Liquid Biopsy als Biomarker zur Diagnostik verwendet.[2] Im Gegensatz zur üblicherweise verwendeten Biopsie von Geweben kann cfDNA durch eine Blutentnahme gewonnen werden, weshalb diese Methode weniger invasiv ist.[3] Werden bei einer DNA-Sequenzierung der cfDNA bestimmte Mutationen gefunden, ist dies ein Hinweis auf bestimmte Krebsarten.[4] Die Konzentration mutierter DNA wird zur Verlaufskontrolle untersucht.[4][5] Weiterhin können in unterschiedlichen Bereichen eines Tumors unterschiedliche Kombinationen an Mutationen vorkommen, die bei einer Gewebebiopsie übersehen werden können.[6]
cfDNA kann auch im Zuge einer Pränataldiagnostik untersucht werden.[7] Weiterhin wird cfDNA auch bei Transplantationen und Autoimmunerkrankungen untersucht.[8]
| Prinzip | Methode |
|---|---|
| PCR basiert | Nested qPCR |
| ARMS / Scorpion PCR | |
| PCR - SSCP | |
| Mutant allele specific PCR | |
| Massenspektrometrie | |
| Bi-PAP-A amplification | |
| Digital PCR | BEAMing |
| Droplet-based digital PCR | |
| Microfluidic digital PCR | |
| Targeted Deep sequencing | SafeSeq |
| TamSeq | |
| Ion-AmpliSeq | |
| CAPP-Seq | |
| OnTarget | |
| Genomsequenzierung | Digital karyotyping |
| PARE |
Einzelnachweise
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- ↑ S. Gravina, J. M. Sedivy, J. Vijg: The dark side of circulating nucleic acids. In: Aging cell. Band 15, Nummer 3, Juni 2016, S. 398–399, doi:10.1111/acel.12454, PMID 26910468, PMC 4854914 (freier Volltext).
- ↑ R. H. Eibl, M. Schneemann: Cell-free DNA as a biomarker in cancer, (Review). In: Extracell Vesicles Circ Nucleic Acids. 2022, doi:10.20517/evcna.2022.20
- ↑ G. Francis, S. Stein: Circulating Cell-Free Tumour DNA in the Management of Cancer. In: International journal of molecular sciences. Band 16, Nummer 6, 2015, S. 14122–14142, doi:10.3390/ijms160614122, PMID 26101870, PMC 4490543 (freier Volltext).
- ↑ a b L. L. Chan, P. Jiang: Bioinformatics analysis of circulating cell-free DNA sequencing data. In: Clinical biochemistry. Band 48, Nummer 15, Oktober 2015, S. 962–975, doi:10.1016/j.clinbiochem.2015.04.022, PMID 25966961.
- ↑ C. Alix-Panabières, K. Pantel: Clinical Applications of Circulating Tumor Cells and Circulating Tumor DNA as Liquid Biopsy. In: Cancer discovery. Band 6, Nummer 5, Mai 2016, S. 479–491, doi:10.1158/2159-8290.CD-15-1483, PMID 26969689.
- ↑ S. Rapisuwon, E. E. Vietsch, A. Wellstein: Circulating biomarkers to monitor cancer progression and treatment. In: Computational and structural biotechnology journal. Band 14, 2016, S. 211–222, doi:10.1016/j.csbj.2016.05.004, PMID 27358717, PMC 4913179 (freier Volltext).
- ↑ K. Wou, J. L. Feinberg, R. J. Wapner, J. L. Simpson: Cell-free DNA versus intact fetal cells for prenatal genetic diagnostics: what does the future hold? In: Expert review of molecular diagnostics. Band 15, Nummer 8, 2015, S. 989–998, doi:10.1586/14737159.2015.1051529, PMID 26027684.
- ↑ P. Jiang, Y. M. Lo: The Long and Short of Circulating Cell-Free DNA and the Ins and Outs of Molecular Diagnostics. In: Trends in genetics : TIG. Band 32, Nummer 6, Juni 2016, S. 360–371, doi:10.1016/j.tig.2016.03.009, PMID 27129983.
- ↑ Zhen Qin, Vladimir A. Ljubimov, Cuiqi Zhou, Yunguang Tong, Jimin Liang: Cell-free circulating tumor DNA in cancer. In: Chinese Journal of Cancer. 35. Jahrgang, 1. Januar 2016, S. 36, doi:10.1186/s40880-016-0092-4, PMID 27056366, PMC 4823888 (freier Volltext).