In den ersten Jahren nach der Fusion avancierte der Karlsruher SC zu einem der stärksten Vereine der Oberliga Süd, bereits die erste Saison schloss der neue Verein mit dem vierten Platz ab. Mit Adolf Patek konnte zur Spielzeit 1953/54 ein erfahrener Trainer verpflichtet werden, der die Mannschaft 1955 bis ins Finale des DFB-Pokals führte. Die Karlsruher gewannen gegen den FC Schalke 04 mit 3:2 sicherten sich damit den Pokal.
In der darauf folgenden Saison 1955/56 wurde der KSC erstmals Meister der Oberliga Süd und qualifizierte sich damit für die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft. Nach dem Gruppensieg in der Endrundengruppe mit dem FC Schalke 04, 1. FC Kaiserslautern und Hannover 96 standen die Karlsruher zum zweiten Mal nach 1909 im Finale. Dieses verloren sie jedoch im Berliner Olympiastadion gegen Borussia Dortmund mit 2:4. Im selben Jahr verteidigten die Badener den DFB-Pokal nach einem 3:1 im Endspiel gegen den Hamburger SV, das im heimischen, gerade ein Jahr zuvor fertiggestellten Wildparkstadion ausgetragen wurde.
War der Karlsruher SC durch die Fusion bereits zum größten Sportverein Badens angewachsen, lösten die Erfolge einen weiteren Anstieg der Mitglieder- und Zuschauerzahlen aus, so dass der KSC mit zwischenzeitlich 6028 Beitragszahlern die größte Mitgliedszahl in Deutschland aufwies – ein Umstand, der nicht zuletzt der Maßnahme zu verdanken war, dass Mitglieder freien Eintritt zu den Spielen gewährt wurde, eine Maßnahme, die noch im ersten Bundesligajahr Bestand hatte.[2] In der ersten Saison im neuen Wildparkstadion erreichte man mit rund 20.000 Besuchern pro Heimspiel einen für damalige Verhältnisse hohen Zuschauerschnitt.
Patek verließ im Sommer 1956 den KSC, bereits beim Pokalfinale saß sein Nachfolger auf der Bank. Unter Ludwig Janda (1956-59) und Eduard Frühwirth (1959-62) wurde der KSC 1958 und 1960 noch zweimal Südmeister und verpasste das Endspiel um die Deutsche Meisterschaft als Gruppenzweiter beide Male nur knapp. 1960 stand man zudem erneut im Pokalfinale, unterlag aber in Düsseldorf überraschend gegen den Außenseiter Borussia Mönchengladbach mit 2:3.