Benutzer:Rhododendronbusch/Tutorial Strukturformeln mit BKchem

Dieses Tutorial soll erläutern, wie man mit Hilfe des freien Strukturformelzeichenprogrammes BKchem Strukturformeln im SVG-Format für die Wikipedia erstellen kann.

BKchem ist erhältlich unter http://bkchem.zirael.org/.

Dieses Tutorial wurde mit Hilfe der deutschen Version 0.11.6 unter Windows XP erstellt.

Einmalige Einstellungen

Die hier dargestellten Bilder enthalten Einstellungen, die nicht mit den empfohlenen Standardeinstellungen der Wikipedia übereinstimmen. Bitte passe die Einstellungen den Werten an, die Du unter Wikipedia:Wie erstelle ich Strukturformeln?#Maße findest.

Bild I: Hier tätigt man Einstellungen

Um BKchem dauerhaft korrekt einzustellen, sind einmalig einige Einstellungen notwendig. Um diese zu treffen, starte man das Programm und klicke auf "Einstellungen > Standard". (Bild I)

Bild II: Registerkarte Allgemein

Im sich öffnenden Fenster gibt es vier Registerkarten namens "Allgemein", "Bindung", "Schriftart" und "Blatt". Man gehe auf die Registerkarte "Allgemein" (Bild II) und treffe die Einstellungen wie in Bild II angezeigt.

Dies wiederholt man für die Registerkarten "Bindung", Bild III, "Schriftart", Bild IV und "Blatt", Bild V.

• 
  Bild III: Registerkarte Bindung
• 
  Bild IV: Registerkarte Schriftart
• 
  Bild V: Registerkarte Blatt

Abschließend wählt man im Feld "Anwenden" die Optionen "ausgewählte und neue Zeichnungen (keine Anpassung der Größe)" sowie "alle Werte" und klickt auf "Speichern". Eventuell muss man BKchem jetzt neu starten und diese Prozedur wiederholen.

Zeichnen einer Strukturformel

Benzolring

Bild VI: Zeichnen eines Benzolringes

In diesem Tutorial wird beispielhaft ein Toluolmolekül gezeichnet, das eine Methylgruppe enthält. Man beginnt am Besten damit, dass man den Benzolring zeichnet. Dazu klickt man, wie in Bild VI dargestellt, in der Symbolleiste auf das Icon mit dem Cyclohexanmolekül. Es öffnet sich eine weitere Symbolleiste, in der man einige vorgefertigte Templates vorfindet. Ganz links in der unteren Symbolleiste befindet sich der Benzolring. Man klickt einmal darauf und klicke dann mit dem Mauszeiger auf die weiße Zeichenfläche. Es erscheint ein Benzolring.

Bindung zur Methylgruppe

Bild VII: Zeichnen der Bindung vom Benzolring zur Methylgruppe

An diesen Benzolring kommt dann die Bindung zur Methylgruppe. (Auf die Sklettdarstellung wird in diesem Tutorial verzichtet). Um einfache Bindungen zu Zeichnen klickt man in der ersten Symbolleiste auf das Icon links neben dem Cyclohexanmolekül. Das Icon stellt eine diagonale Bindung dar. Auch hier öffnet sich wieder eine zweite Symbolleiste. Hier klicke man auf die Symbole, die in Bild VII versenkt dargestellt sind. (Es sollten eigentlich alle Einstellungen so sein wie in Bild VII, so dass man diesen Schritt eventuell überspringen kann.)

Jetzt klickt man in der weißen Zeichenfläche auf das obere C-Atom des Benzolringes. Es erscheint eine einfache Bindung nach oben.

Die Methylgruppe

Bild VIII: Explzite Darstellung einer Methylgruppe

Bild IX: Ergebnis

Leider ist es aus technischen Gründen in der Wikipedia nicht möglich, die SVG-Spezifikationen "baseline-shift" oder "subscript" zu nutzen. Die librsvg, der Rendering-Engine von MediaWiki/Wikipedia, stellt tiefer- oder höhergestellte Zeichen fehlerhaft dar. Da die librsvg seit einem halben Jahr von nur einem einzigen Entwickler betreut wird, ist es auch unwahrscheinlich, dass sich dieses Manko in absehbarer Zeit ändert.

Aus diesem Grunde wird hier ein Workaround beschrieben, der einen kompakten und modifizierbaren SVG-Quelltext erzeugt, der nachträglich noch leicht geändert werden kann. Programme wie Inkscape überladen den Quelltext, so dass dieser nur noch schwer modifizierbar ist.

In BKchem klicke man jetzt auf das Icon, dass sich zwei Icons rechts von dem Cyclohexanmolekül auf der ersten Symbolleiste befindet. Es zeigt ein N in der Mitte von drei abgehenden Strahlen. Man befindet sich jetzt im "Atom"-Modus. Klickt man jetzt auf das C-Atom der Methylgruppe, also auf das Ende der Bindung, so kann man nun Text eingeben. Normalerweise würde man jetzt den Text "CH3" eingeben, welcher automatisch zu "CH3" würde. Aber man gibt hier jetzt "CHX" ein. Nach Eingabe des Textes schließt man mit der Enter-Taste (Enter) ab. Das Ergebnis sollte dem ihm Bild IX ähneln.

Speichern

Bild X: Speichern-Dialog

Ein Klick auf "Datei" und "Speichern unter" öffnet den "Speichern unter"-Dialog (Bild X). Speichere die Datei unter dem Namen "Toluol.svg".

Weitere Bearbeitung

Bild XI: Suche nach der <cdml-Tags

Bild XII: Toluol.svg nach dem Entfernen der <cdml-Tags

Zur weiteren Bearbeitung gehen wir jetzt in den Quelltext des SVGs. Keine Angst, eine SVG-Datei ist eine XML-Datei und daher rein textbasiert. Sieht einem HTML-Dokument ähnlich und ist auch genauso einfach zu editieren. Zum Editieren reicht ein einfacher Editor. Der Ersteller des Tutorials hat aber sein Windows "Notepad" durch "Notepad++" ersetzt.

Löschen von <cdml>...</cdml>

Man öffne also die Datei "Toluol.svg" mit einem Editor, suche die Zeichenkette "<cdml" und lösche alles ab dieser Zeichenkette bis hin zur schließenden Zeichenkette "</cdml>". Übrig bleibt etwas in der Art wie in Bild XII dargestellt.

Einfügen der "3" aus "CH₃"

Bild XIII: Nach dem Kopieren von Zeile 27

Jetzt kopiert man das was in der Zeile 27 (siehe Bild XII) steht und setzt es in eine neue Zeile darunter.

In der Zeile 27 steht folgendes:

<text fill="#000000" font-family="Arial" font-size="11pt" x="85.3" y="163.311162632">CHX</text>

Dies erzeugt einen schwarzen Text (fill="#000000") mit der Schriftart Arial (font-family="Arial") und der Zeichengröße 11 Punkt (font-size="11pt") an der X-Koordinate 85.3 und der Y-Koordinate 163.311 (x="85.3" y="163.311162632"). Der Text lautet "CHX".

In dieser Zeile 27 löscht man nun das X aus CHX.

In Zeile 28 ändert man den Text von "CHX" in "3", sowie die Schriftgröße von 11 auf 7 Punkt, also font-size="11pt" auf font-size="7pt".

An die richtige Stelle schieben

Lädt man die Datei Toluol.svg jetzt mit seinem Lieblingsbrowser, dem Firefox, so zeigt sich ein hübsches SVG-Molekül, allerdings ist die "3" noch genau auf dem "C"-Atom. Also verschieben wir die "3" einfach noch etwas nach rechts und etwas nach unten. Dazu ändern wir in Zeile 28 die X und Y Koordinaten einfach ab. In diesem Fall auf X = 108 und Y = 167 (x="108" y="167"). Man findet die Koordinaten ganz einfach heraus, in dem man sie leicht modifiziert, die Datei speichert und im Browser neulädt (im Firefox die Taste F5 oder Strg+R). Man sieht sich die Änderung an und wiederholt das ganze solange, bis die "3" an der richtigen Stelle steht.

Bild XIV: Die fertige SVG-Datei

Es ergibt sich etwas wie in Bild XIV.

Fertig

Das wars auch schon. Vergiss nicht, die Datei zu speichern.

Weitere Informationen

Weitere Informationen zur Erstellung von Strukturformeln in der Wikipedia findest Du unter Wie erstelle ich Strukturformeln?. Fragen kannst Du in der Redaktion Chemie stellen.