Bioclipse
| Bioclipse
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 Sequenzalignment | |
| Basisdaten
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| Erscheinungsjahr | 17. November 2005 |
| Aktuelle Version | 2.6.2[1] (1. November 2016) |
| Programmiersprache | Java[2] |
| Kategorie | Bioinformatik |
| Lizenz | Eclipse Public License |
| bioclipse.net | |
Bioclipse ist eine freie und Open-Source-Software für Bio- und Chemoinformatik. Sie basiert auf der Eclipse Rich Client Platform und wurde am 11. November 2005 veröffentlicht.
Funktionsweise
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Als Eclipse-Plugin werden Einstellungen, Hilfe, Updates und Weiteres von Eclipse übernommen. Seit der ersten Version ist das Chemistry Development Kit enthalten, ein Jmol-Plugin zur 3D-Visualisierung von Molekülen und ein BioJava-Plugin für Sequenzanalyse.[3] Später kamen eine Anbindung an die statistische Programmiersprache R[4] mit StatET und eine Erweiterung um OpenTox[5] hinzu. Weitere Funktionen umfassen Pharmakologie und Pharmaforschung sowie das Semantic Web für Biowissenschaften. Die Bioclipse Scripting Language (BSL) ist eine Scripting-Umgebung, die auf JavaScript und Groovy basiert. Sie wurde 2009 mit Version 2 eingeführt und ermöglicht die Weitergabe von Bioclipse-Analysen.[6]
Bioclipse wird in Kooperation der Proteochemometric Group, Universität Uppsala und des Cheminformatics and Metabolism Teams um Christoph Steinbeck am European Bioinformatics Institute entwickelt und beinhaltet Bestandteile anderer wissenschaftlicher Einrichtungen wie der Universität Leiden, des Karolinska-Instituts und der Universität Maastricht. Die Entwicklung wird durch die International Bioclipse Association unterstützt. Es steht unter der Schirmherrschaft des Blue Obelisk Projektes.[7]
Weblinks
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Einzelnachweise
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- ↑ Bioclipse 2.6.2.
- ↑ The bioclipse Open Source Project on Open Hub: Languages Page. In: Open Hub. (abgerufen am 18. Juli 2018).
- ↑ Ola Spjuth, Tobias Helmus, Egon L. Willighagen, Stefan Kuhn, Martin Eklund, Johannes Wagener, Peter Murray-Rust, Christoph Steinbeck, Jarl ES Wikberg: Bioclipse: an open source workbench for chemo- and bioinformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 8, Nr. 1, 2007, ISSN 1471-2105, S. 59, doi:10.1186/1471-2105-8-59, PMID 17316423.
- ↑ Ola Spjuth u. a.: Bioclipse-R: integrating management and visualization of life science data with statistical analysis. In: Bioinformatics. Band 29, Nr. 2. Oxford University Press, Oxford 2013, S. 286–289, PMC 3546796 (freier Volltext).
- ↑ Egon L. Willighagen u. a.: Computational toxicology using the OpenTox application programming interface and Bioclipse. In: BMC Research Notes. Band 4. BioMed Central, 2011, S. 487, PMC 3264531 (freier Volltext).
- ↑ Ola Spjuth, Jonathan Alvarsson, Arvid Berg, Martin Eklund, Stefan Kuhn, Carl Mäsak, Gilleain Torrance, Johannes Wagener, Egon L. Willighagen, Christoph Steinbeck, Jarl ES Wikberg: Bioclipse 2: A scriptable integration platform for the life sciences. In: BMC Bioinformatics. Band 10, Nr. 1, 2009, ISSN 1471-2105, S. 397, doi:10.1186/1471-2105-10-397, PMID 19958528.
- ↑ N O’Boyle, R Guha, EL Willighagen, SE Adams, J Alvarsson, JC Bradley, IV Filippov, RM Hanson, MD Hanwell, GR Hutchinson, CA James, N Jeliazkova, ASID Lang, KM Langer, DC Lonie, DM Lowe, J Pansanel, D Pavlov, O Spjuth, C Steinbeck, AL Tenderholt, TJ Theisen, P Murray-Rust: Open Data, Open Source and Open Standards in chemistry: The Blue Obelisk five years on. In: BioMed Central (Hrsg.): Journal of Cheminformatics. Band 3, Nr. 1, 14. Oktober 2011, S. 37, doi:10.1186/1758-2946-3-37, PMC 3205042 (freier Volltext) – (englisch).