Chemistry Development Kit

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Chemistry Development Kit

Basisdaten

Entwickler Christoph Steinbeck, Egon Willighagen, Dan Gezelter
Aktuelle Version 2.9[1]
(21. August 2023)
Betriebssystem Plattformunabhängig
Programmier­sprache Java[2]
Kategorie Chemoinformatik
Lizenz GNU LGPL
deutschsprachig nein
cdk.github.io

Das Chemistry Development Kit (CDK) ist eine freie Open-Source-Software-Bibliothek für Bio- und Chemoinformatik. Sie wurde erstmals am 11. Mai 2001 von Christoph Steinbeck, Egon Willighagen und Dan Gezelter vorgestellt. Das Projekt steht unter der Schirmherrschaft von Blue Obelisk.[3]

Das CDK ist in Java geschrieben. Es bietet Funktionalitäten um eigene Chemie-Software zu schreiben.[4] Damit können chemische Formeln eingegeben werden, molekulare Modellierung (2D und 3D) durchgeführt und quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehungen dargestellt werden.[5] Die Auszeichnungssprache Chemical Markup Language, MDL Molfile sowie die Simplified Molecular Input Line Entry Specification und International Chemical Identifiers werden unterstützt.[6] Mit dem CDK können Algorithmen für chemische Graphentheorie geschrieben werden.

Die Bibliothek kann in Microsoft Excel (LICSS)[7], die statistische Programmiersprache R[8], die Statistik-Software KNIME[9], Apache Taverna[10] und Bioclipse[11] eingebunden werden. Zudem verwendet die OCR-Lösung DECIMER, PaDEL zur Berechnung molekularer Deskriptoren und das Chromatographiedatensystem OpenChrom intern das CDK.[12]

Literatur

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  • Christoph Steinbeck u. a.: The Chemistry Development Kit (CDK). an open-source Java library for Chemo- and Bioinformatics. In: Journal of chemical information and computer sciences. Band 43, Nr. 2. American Chemical Society, Washington D.C. 2003, S. 493–500, doi:10.1021/ci025584y.
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Einzelnachweise

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  1. ↑ Release 2.9. 21. August 2023 (abgerufen am 18. September 2023).
  2. ↑ In: Recent Developments of the Chemistry Development Kit (CDK) - An Open-Source Java Library for Chemo- and Bioinformatics.
  3. ↑ Egon L. Willighagen, John W. Mayfield, Jonathan Alvarsson, Arvid Berg, Lars Carlsson, Nina Jeliazkova, Stefan Kuhn, Tomáš Pluskal, Miquel Rojas-Chertó, Ola Spjuth, Gilleain Torrance, Chris T. Evelo, Rajarshi Guha, Christoph Steinbeck: The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: atom typing, depiction, molecular formulas, and substructure searching. In: Journal of Cheminformatics. Band 9, Nr. 1, 2017, ISSN 1758-2946, S. 33, doi:10.1186/s13321-017-0220-4, PMID 29086040.
  4. ↑ Edgar Luttmann: Chemiesoftware selber schreiben leicht gemacht. In: Nachrichten aus der Chemie. Band 51, Nr. 1. Wiley-VCH, Weinheim 2003, S. 40–42, doi:10.1002/nadc.20030510117.
  5. ↑ M. Guangli, C. Yiyu: Predicting Caco-2 permeability using support vector machine and chemistry development kit. In: Journal of pharmacy & pharmaceutical sciences. Band 9, Nr. 2. The Society, Edmonton 2006, S. 210, PMC 16959190 (freier Volltext).
  6. ↑ O. Spjuth, A. Berg, S. Adams, Egon L. Willighagen: Applications of the InChI in cheminformatics with the CDK and Bioclipse. In: Journal of cheminformatics. Band 5, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2013, S. 5–14, PMC 23497723 (freier Volltext).
  7. ↑ Kevin R. Lawson, Jonty Lawson: LICSS - a chemical spreadsheet in microsoft excel. In: Journal of cheminformatics. Band 4, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2012, S. 3, PMC 3310842 (freier Volltext).
  8. ↑ Rajarshi Guha: Chemical informatics functionality in R. In: Journal of Statistical Software. Band 18, Nr. 5, 2007, S. 1–16 (online).
  9. ↑ Stephan Beisken u. a.: KNIME-CDK. Workflow-driven cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 14, Nr. 1. BioMed Central, London 2013, S. 257, PMC 3765822 (freier Volltext).
  10. ↑ Thomas Kuhn, Egon L Willighagen, Achim Zielesny, Christoph Steinbeck: CDK-Taverna. an open workflow environment for cheminformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 11, Nr. 1. BioMed Central, London 2010, S. 159, PMC 2862046 (freier Volltext).
  11. ↑ Ola Spjuth, Tobias Helmus, Egon L. Willighagen, Stefan Kuhn, Martin Eklund, Johannes Wagener, Peter Murray-Rust, Christoph Steinbeck, Jarl ES Wikberg: Bioclipse: an open source workbench for chemo- and bioinformatics. In: BMC Bioinformatics. Band 8, Nr. 1, 22. Februar 2007, ISSN 1471-2105, S. 59, doi:10.1186/1471-2105-8-59, PMID 17316423, PMC 1808478 (freier Volltext).
  12. ↑ Egon Willighagen, Marc Teunis, Alyanne De Haan: The Chemistry Development Kit in 2024: improving cheminformatics research. In: Research Ideas and Outcomes. Band 10, 17. April 2024, S. e124884, doi:10.3897/rio.10.e124884.
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