Der 6. DFB-Hallenpokal der Frauen wurde am 17. Januar1999 ausgetragen. Spielort war erstmals und zum bisher einzigen Male Dessau. Der 1. FFC Frankfurt schlug im Finale den FC Rumeln-Kaldenhausen mit 5:1. Für Frankfurt war es der dritte Turniersieg.
Am Turnier nahmen die zwölf Mannschaften der laufenden Bundesliga-Saison teil. Der Modus wurde erneut geändert: Die Mannschaften wurden auf zwei Gruppen zu je sechs Mannschaften verteilt. Innerhalb jeder Gruppe spielte jede Mannschaft einmal gegen jede andere. Die beiden Gruppendritten spielten anschließend um Platz 5, die Gruppenzweiten um Platz 3 und die Gruppensieger um den Turniersieg. Stand es bei den K.O.-Spielen nach der regulären Spielzeit unentschieden, folgte direkt ein Neunmeterschießen.