Diskussion:Claudine

Dieser Artikel war am 22. Januar 2007 der Artikel des Tages.

Review Juli/August 06

Es wäre kein Problem, den Artikel auf die doppelte Länge auszudehnen, aber ich fürchte, ihn dann mit Details zu überladen. Was haltet ihr bisher davon? Was ist zu unklar? --Nina 14:20, 31. Jul 2006 (CEST)

Als Laie fand ich den Text gut zu lesen und auch weitestgehend gut zu verstehen. Der Artikel ist sehr schön und eingängig illustriert. Ich finde die Länge des Artikels sehr angenehm. Wäre er länger gewesen, hätte ich vielleicht nicht durchgehalten. Ein paar Anmerkungen:

• Meint Motiv eine Aminosäuresequenz? Der Begriff könnte missverständlich sein.
• N- und C-Terminus vielleicht kurz mit Anfang und Ende erläutern (in Klammern oder so)
• „ectopisch“ und „exprimiert“ müssten kurz erklärt werden. Ich musste jedenfalls nachschlagen.
• Im Abschnitt „Assoziierte Krankheiten“ wird Tight junctions mit TJ abgekürzt, vielleicht besser ausschreiben oder vorher in Klammern einführen.

So mal was ganz anderes als Tiere und Pflanzen;-) Liebe Grüße -- Zirpe 21:07, 2. Aug 2006 (CEST)

Hallo Zirpe, vielen Dank für die Durchsicht des Artikels. Motiv könnte ich um "Aminsoäuremotiv" ergänzen, aber dann klingt es etwas doppelt, weil ja gleich danach die betreffenden Aminosäuren aufgeführt werden. TJ habe ich ergänzt. Ektopisch ist zur Zeit ein Redirect auf Extrauteringravidität- das müsste dann geändert werden, da das Adjektiv offenbar für völlig verschiedene Phänomene verwendet wird, die allerdings Ähnliches meinen. Ich werde wohl mal den Artikel Ektop rekativieren. --Nina 20:05, 5. Aug 2006 (CEST)

Bei vielen Artikeln lässt sich Nachlässigkeit in der Form erkennen. Auch hier bitte Quellenangaben möglichst sauber angeben. Dazu gehören auch bei Weblinks mehr Daten, siehe WP:QA --chrislb 问题 21:12, 2. Aug 2006 (CEST)

Welche Weblinks denn? Der Artikel verwendet doch gar keine. --Nina 20:05, 5. Aug 2006 (CEST)

Hi Nina, interessante Zusammenhaenge, kannte ich bisher noch nicht. Meine Fragen:

• Wie sind die 24 Humanclaudine im Genom organisiert? Bilden sie Cluster auf bestimmten Chromosomen oder sind sie auf den ersten Blick hin "wahllos" im Genom verteilt?
• Im Satz Claudine sind kleine Transmembranproteine, die in vielen Organismen vorkommen und vom Fadenwurm Caenorhabditis elegans bis hin zum Menschen in ihrer Struktur sehr ähnlich (konserviert) sind. Woher weiss man das? Kristallographie und Röntgenstrukturanalyse?
• Sind diese 24 Gene im Hinblick auf Maus und Ratte ortho- oder paralog? Wenn Paraloge, (was ich vermute): Kann man ein Ur-Claudin identifizieren?
• Ich wuerde die Pfam-Klassifizierung bei Claudin-Superfamilie erlaeutern, d.h. was ist eine pfam-familie? Pfam Bei Proteindomäne kurz erwaehnt.
• Tight junctions vs. separate junctions: Kann man dies als konvergente Evolution bezeichnen?
• Satz: Für einige dieser Proteine wurden jedoch völlig andere Funktionen als die der eigentlich Claudine beschrieben. Sind das bifunktionelle Proteine im Sinne von gene sharing? Klassisches Beispiel PMID 3368457.

• Noch ein allgemeiner Hinweis, der mir beim Lesen des Satzes Auf Sequenzebene ist die Konservierung jedoch nicht sehr hoch eingefallen ist. Wurde das ueber PSI-BLAST festgestellt? Speziell für Datenbanksuchen von Proteinen mit niedriger Sequenzaehnlichkeit habe ich mit FFAS gute Erfahrungen gemacht. Beste Gruesse --Germit 22:09, 6. Aug 2006 (CEST)

Hallo Germit, danke für Dein Review- ich versuche die Fragen zu beantworten und habe den Artikel teilweise ergänzt.

• Die Claudine sind bei Mensch, Maus und Drosophila nicht in Clustern organisiert, sondern scheinbar wahllos auf die Chromosomen verteilt. Bei anderen Spezies habe ich das jetzt nicht nachgeschaut, vermute aber, dass es sich ähnlich verhält.
• Die "Struktur" bezieht sich nur auf die vorhergesagten Transmembrandomänen und den damit verbundenen Aufbau der Proteine in eine kleinere und eine größere extrazelluläre Schleife, einen kurzen N- und einen variablen C-Terminus. Bisher wurden keine Claudine kristallisiert, und der genaue räumliche Aufbau ist unklar, ebenso, wie die Interaktionen mit anderen Claudin-Proteinen genau stattfinden. Ich habe daher "Struktur" durch "Aufbau" ersetzt- das trifft es besser.
• Ob es sich um Ortho- oder Paraloge handelt, konnte ich nicht rausfinden. Auch ob ein Urclaudin bekannt ist, weiß ich nicht- ich vermute, dass noch nicht in genügend Spezies Claudine beschrieben wurden, um das zu definieren- aber vielleicht hat es einfach bisher niemand gemacht.
• pfam habe ich versucht zu verbessern, weiß aber nicht, ob es so gut gelungen ist.
• konvergente Evolution bei Tight junctions/Septate junctions: vermutlich nicht, bzw. ich weiß nicht, ob das in diesem Fall so bezeichnet werden kann. Septate junctions sind vermutlich die älteren Strukturen, aber auch in Vertebraten gibt es paranodale Septate junctions an den Ranvierschen Schnürringen, die Verbindung Axon/Glia versiegeln. Die Tight junctins haben dagegen die Bildung der parazellulären Barriere in den Epithelien übernommen. Tight junction-artige Strukturen sind vereinzelt auch schon bei einigen Arthropoden beschrieben worden. Ist das dann Konvergenz?
• Gene sharing: würde ich nicht so bezeichnen, ich denke eher, dass sich rausstellte, dass der Aufbau der Transmembranproteine recht praktisch und vielseitig einsetzbar war. Nahe Verwandte haben beispielseise die Funktion einer Untereinheit eines Calcium-Kanals oder sind Bestandteil der Adherens junctions, wo sie möglicherweise die Cadherin-Catenin-basierte Zelladhäsion (mit-) regulieren.

Sequenzebene meint hier DNA-Sequenz, die mit simplem BLAST verglichen wurde. Danke für den Tipp mit FFAS, das hätte ich mal vor drei Jahren wissen sollen... Denkst du, dass deine Anregungen von mir ausreichend umgesetzt wurden? --Nina 21:49, 7. Aug 2006 (CEST)

Hi Nina, danke für Deine Antworten, hier meine Stellungnahme:

• Ich hatte den Hintergedanken: Vielleicht entsteht ja die Vielfalt der Claudine durch alternatives Intron-Splicing, aber das scheint ja wohl nicht so zu sein.
• Zustimmung, klingt klarer.
• Habe ein bisschen rumrecherchiert und den Artikel gefunden: PMID 14502443. Hier wird in Ansätzen diese Fragestellung aufgegriffen. Zustimmung auch zur Bemerkung über die duenne Datenlage.
• Zu Pfam habe ich gerade ein Artikelchen geschrieben, kann man evtl. verlinken.
• Kann ich nicht beurteilen, ob das konvergente Evolution ist, muss mich erst mal einlesen.
• Ok, Funktionsdivergenz also, ist fuer mich jetzt klarer.

Schade, dass der FFAS-Tipp zu spaet kommt; das Tool ist fast unbekannt, mich hat ein Postdoc, der bei Godzik arbeitete, darauf aufmerksam gemacht. Beste Gruesse, --Germit 18:30, 8. Aug 2006 (CEST)

Pfam habe ich verlinkt- danke für den Artikel. Das Paper zur ortholog/paralog schaue ich mir noch an. Ich könnte den Artikel Claudin noch in folgende Richtungen ausbauen: Detailliertere Beschreibungen der Expressionsmuster und der Krankheitsbilder/beschriebenen Mutationen, ebenso könnten die Analysen der Funktion der einzelnen Domänen erwähnt werden. Aber ich fürchte, dass diese Details den enzyklopädischen Rahmen ein bisschen sprengen, und da ich immer andere dazu ermuntere, sich auf das Wichtigste zu beschränken, muss ich mich wohl selbst mal dran halten. Oder denkst du, der Artikel könnte mehr Informationen in diese Richtungen vertragen? --Nina 22:19, 8. Aug 2006 (CEST)

Falls der Artikel noch ein bisschen erweitert werden soll, wuerden mich die Funktionsanalysen der Domaenen am meisten interessieren. Warum ist der C-Terminus unterschiedlich lang (20 bis 60 aa)? Findet hier eine Interaktion mit anderen Proteinen statt? Wo sind die am besten konservierten Abschnitte? Wenn es zur Phylogenie noch was zu sagen gibt waeren diese Kombinationen ein erkenntnisreiche Ergaenzung. Die Abschnitte zu Krankheitsbildern und zu den Expressionmustern sind - soweit ich das beurteilen kann - ausreichend detailliert dargestellt. Beste Gruesse --Germit 23:46, 8. Aug 2006 (CEST)

Hallo Germit, ich habe ein paar Ergänzungen zu den koservierten Bereichen und den Interaktionen von Claudinen mit anderen Proteinen, soweit bekannt, vorgenommen. Zur Phylogenie kann ich leider nicht mehr sagen- das von Dir genannte Paper kenne ich, aber das ist leider auch nicht sehr ergiebig. Es liegt mir leider gerade nicht vor, aber ich werde noch mal einen Blick reinwerfen. Grüße, --Nina 22:45, 13. Aug 2006 (CEST)

Hi Nina, die Ergaenzungen zu den konservierten Bereichen etc. finde ich ok. Anderes Thema: Im Abschnitt Expression hast Du ein Bild mit einem Drosophila-Embryo eingefuegt. Im nebenstehenden Text sind aber nur die Maus- und Menschclaudine erwaehnt. (1) Ich wuerde dann im Text noch auf die Drosophila-Claudin homologen Proteine (oder sind es jetzt doch Ortho- Paraloge -;)) eingehen. (2) Zum immunostaining: Wurden fuer ein bestimmtes Drosophila-Claudin spezifische Antikoerper verwendet oder repraesentiert die Abbildung die Gesamtheit der exprimierten Claudine im stage 16-Embryo (evtl. ueber His-Tag)? Dies ggf. auch im Text erwaehnen. Beste Gruesse --Germit 03:34, 15. Aug 2006 (CEST)

Hi, ich habe jetzt das Bild etwas besser eingebunden und in die Bildunterschrift als Erklärung ergänzt, dass es sich um ein spezifisches Claudin handelt. Ob ortho- oder paralog weiß ich leider immer noch nicht... --Nina 21:33, 15. Aug 2006 (CEST)

Hi Nina, danke fuer die Erweiterung, klingt klarer! --Germit 22:43, 15. Aug 2006 (CEST)

Gibt es ein besonderes Motiv in Claudin, welches die Interaktion zw. diesen vermittelt bzw. gibt es neben den Transmembrandomänen charakteristische Motive (à la EC bei Cadherin)? Wenn ja, auf welcher Basis (z.B. Kalzium)? Grüße --Jan R 09:49, 11. Aug 2006 (CEST)

Hallo Jan, es gibt das erwähnte W-GLW-C-C-Motiv, das jedoch funktionell noch nicht untersucht ist. Es wird lediglich vermutet, dass sich zwischen den Cysteinen Disulfidbrücken ausbilden- das habe ich ergänzt. Die Bindungen sind Caldcium- unabhängig, auch das habe ich ergänzt. Fällt Dir noch was ein? --Nina 22:45, 13. Aug 2006 (CEST)

Hi Nina, der PDZ-Bindestellen-Satz ist neu oder ich habe ihn vorher überlesen. Interesant - dann dürfte auch eine Verankerung mit dem Cytoskelett über PDZ-Scafold-Proteine da sein. Weiß man da was? Bilden Claudine Dimere? Wenn ja, auch Hetero-Dimere? Apropos Hetero: die Verbindung zw. Zellen - ist das immer der selbe Subtyp, der interagiert oder kann auch Claudin 1 mit Claudin 4 oder so ähnlich? Grüße --Jan R 14:02, 15. Aug 2006 (CEST)

Nein, das PDZ-Bindemotiv hatte ich glaube ich erst vor kurzem ergänzt. Das mit den homophilen und heterophilen Bindungen habe ich noch mal etwas näher erläutert, ich hoffe, dass es dadurch etwas verständlicher wird. --Nina 21:33, 15. Aug 2006 (CEST)

Lesenswert-Kandidatur: Claudin (Archivierung Abstimmung 23. August bis 30. August 2006)

Claudine sind kleine Transmembranproteine, die Epithelien abdichten. Im Review kamen viele gute Anregungen, die ich versucht habe umzusetzen. Haltet ihr den Artikel schon für lesenswert, was ist noch zu verbessern? Als Autorin Neutral. --Nina 22:32, 23. Aug 2006 (CEST)

•  Pro gelungener Uebersichtsartikel zu einem aktuellen Forschungsthema, prima! --Germit 02:45, 24. Aug 2006 (CEST)

Nachtrag: Es gibt kleine Redundanzen in den Abschnitten Expression (Modellorganismen) und Geschichte, das Vorkommen von Claudinen in den Arten Cel (schon 2003 entdeckt evtl. frueher), Dme und Dre betreffend, die korrigiert werden sollten. Oder vielleicht Geschichte vor Expression plazieren? --Germit 03:15, 24. Aug 2006 (CEST)

Ja, die hatte ich auf Deine Anregung dort eingefügt - ich stelle die Abschnitte mal um. Mal sehen, ob das dann noch passt. --Nina 08:35, 24. Aug 2006 (CEST)

Ich erinnere mich, deswegen bin ich verantwortlich dafuer! Jo, klingt m.E. besser. Habe nur noch die Artnamen gerade angeglichen.--Germit 22:58, 24. Aug 2006 (CEST)

Danke. --Nina 22:18, 28. Aug 2006 (CEST)

•  Pro. Ggf. könnte man im Krankheitskapitel noch mehr Quellen einbinden. Wie machst du deine Grafiken? Sie sind stellenweise, obwohl in der Übersicht gut nutzbar, ein wenig holprig. Grüße, --Polarlys 14:18, 24. Aug 2006 (CEST)

Mit Freehand- sie gefallen mir selbst nicht so gut, sind irgendwie noch behelfsmäßig. Wenn jemand da was besseres draus machen kann, gerne. Ich habe noch zwei Quellen rausgesucht, die ich für repräsentativ halte. --Nina 22:18, 28. Aug 2006 (CEST)

•  Pro - flüssig zu lesen und gut verständlich, angemessen bebildert und maßvoll referenziert. Lesenswert im besten Sinne. Allerdings überrascht es mich etwas, dass ausgerechnet Nina hier einen Artikel nominiert :). --Uwe 23:06, 24. Aug 2006 (CEST)

•  Pro - yau, sehr guter Artikel zu einem biologischen Basisthema, wo bitte noch viel kommen darf -- Achim Raschka 21:11, 25. Aug 2006 (CEST)

•  Pro ein wirklich toller und informativer Artikel --> lesenswert! --Hufi ☎ ^Rating 18:04, 26. Aug 2006 (CEST)

•  Pro Sehr hübscher Artikel. Gern gelesen, gern gelobt. Gruß -- Andreas Werle d·c·b 02:14, 27. Aug 2006 (CEST)
• Pro sicher keine einfache Lektüre für jedermann, aber trotz der komplexen Materie stets um Verständlichkeit bemüht. Hat ja etwas gedauert vom Schreibwettbewerb bis zur Nominierung, aber das Warten hat sich gelohnt. Gern auch Exzellent. --Uwe G. ¿⇔? 02:59, 27. Aug 2006 (CEST)

Jo. Andreas Werle d·c·b 12:36, 27. Aug 2006 (CEST)

• Klasse! (pro), sehr aktueller, umfassender und trotzdem (mit etwas Mühe, was mich betreffend dem Thema anzulasten ist) gut lesbarer Artikel, Kompliment! JHeuser 17:48, 27. Aug 2006 (CEST)

Exzellenz-Kandidatur: Claudin (Archivierung Abstimmung 16. November bis 6. Dezember 2006)

Ursprünglich auf der Suche nach einigen Informationen aus der Festkörperphysik bin ich zufällig auf diesen Artikel gestoßen. Obwohl mir biochemische Artikel normalerweise eher Kopfschmerzen bereiten, bin ich bei diesem hier aufmerksam dabeigeblieben. Der Artikel hat mir als Laien ein komplexes Thema nähergebracht, weshalb ich ihn gerne zur Exzellenz vorschlagen möchte. Die Komentare auf der Diskussionsseite geben mir diesbezüglich auch recht: bei der Lesenswert-Kandidatur vor einigen Monaten, die ohne Gegenstimme gemeistert wurde, wurde ebenfalls schon Exzellenz in Aussicht gestellt. Daher mein  Pro -- 201.21.236.21 19:21, 16. Nov. 2006 (CET)

•  Pro--Stephan 03:29, 18. Nov. 2006 (CET)
•  Pro - Schöner, verständlicher Fachartikel, der nicht unnötig in Hypothesen ausufert. Dickes Lob an Benutzer:Nina und Coautoren. --Svеn Jähnісhеn 00:11, 21. Nov. 2006 (CET)
•  Pro - Sehr spezielles Thema, sehr gut beschrieben. YourEyesOnly ^schreibstdu 17:05, 23. Nov. 2006 (CET)
•  Pro - zwar etwas kurz aber wegen der Beschreibung eines speziellen Themas eindeutig excellent, gute Zusatzerklärung durch Bilder --Hufi ☎ ^Rating 09:08, 25. Nov. 2006 (CET)
•  Pro --Dr.cueppers 14:50, 29. Nov. 2006 (CET)
• Pro. Warum tight junction im Text groß geschrieben wird, erschließt sich mir aber nicht. (Vorstehender nicht signierter Beitrag stammt von Uwe Gille (Diskussion • Beiträge) 15:38, 29. Nov 2006 (CEST)) -- NEUROtiker 13:08, 30. Nov. 2006 (CET)
• Jo,  Pro. Aber was ist Tetraspanin? Das sollte man an der Stelle vielleicht etwas verdeutlichen. --NEUROtiker 13:04, 30. Nov. 2006 (CET)
• Mit Hilfe der wikilinks durchaus für Laien verständlich, trotzdem wissenschaftlich. Toll. --GattoVerde 10:13, 3. Dez. 2006 (CET).
• Bin fachlich hier ein Laie, trotzdem weitgehend durchgestiegen. Was ich nicht kapiert habe ist der Ausdruck Expression/exprimieren. Ansonsten wirklich klares  Pro --Lesender Arbeiter 19:05, 4. Dez. 2006 (CET)
•  Pro - kurz und knackig, der Spagat zwischen Korrektheit und Allgemeinverständlichkeit ist gut gelungen. - Gancho Kolloquium 22:29, 6. Dez. 2006 (CET)

Membrankanal

Ayacop, bitte erläutere doch etwas genauer, weshalb Du glaubst, Claudine seien "Membrankanäle". -- Nina 12:57, 23. Mai 2009 (CEST)

Membrankanal ist dasselbe wie kanal- und porenbildendes Protein, wie aus der Definition zu entnehmen. Alle Mitglieder der TCDB-Klassifikation 1 gehören dazu. Einige Claudine sind als 1.H.1 klassifiziert, siehe [1]. Die dortige Begründung muss ich aber nicht wiederholen? -- Ayacop 15:42, 23. Mai 2009 (CEST)

Ein Membrankanal ist nicht dasselbe wie ein kanal- oder porenbildendes Protein. Im parazellulären Weg gibts außerdem keine Membranen. Es wird vermutet, dass Claudine "wässrige Poren" bilden, und wahrscheinlich ist das auch so. Das macht aber nicht Claudine zu Membrankanälen. -- Nina 19:50, 23. Mai 2009 (CEST)

Welches Lemma würdest du statt Membrankanal vorschlagen, um nicht 'kanal- und porenbildende Proteine' nehmen zu müssen? Dass die TCDB Referenz für diese Entscheidung wird, ist wohl selbstverständlich. Selbst UniProt bezieht sich auf deren Klassifikation. -- Ayacop 20:03, 23. Mai 2009 (CEST)

Kanal- und porenbildende Proteine ist einfach korrekter. Ein Membrankanal kann aus vielen (verschiedenen) kanalbildenden Proteinen aufgebaut sein. Das kann man daher einfach nicht gleichsetzen. -- Nina 20:41, 23. Mai 2009 (CEST)

Gut, dann heißt die Kategorie auch so. Schön, dass das geklärt ist. Es gibt auch keine bessere Übersetzung. -- Ayacop 09:02, 24. Mai 2009 (CEST)

Bessere Übersetzung von was? Ich möchte nochmal darauf hinweisen, dass Membranen bei den Poren, die die Claudine vermutlich bilden, keine Rolle spielen. Das sollte hoffentlich im Text deutlich werden. -- Nina 10:14, 24. Mai 2009 (CEST)

Übersetzung von TCDB Klasse 1: "Channels/Pores." [2]. -- Ayacop 11:00, 24. Mai 2009 (CEST)