Diskussion:Mimiviridae

Imitervirales vs. erweiterte Mimiviridae

Das ICTV hat zwischen 2018 und März 2020 (MSL#35) eine Neuordnung der Virustaxonomie etabliert und neue Ränge oberhalb von Ordnung bis hin zu Bereich (en. Realm, anstelle von Domäne in der Welt der zellulären Organismen "Ribosome encoding Organisms") zugelassen. Ausführliche Darstellung mit Stand Januar 2020 finden sich

• en Original: ICTV Executive Committee: The new scope of virus taxonomy: partitioning the virosphere into 15 hierarchical ranks, in: Nature Microbiology 5, S. 668–674, 27. April 2020, doi:10.1038/s41564-020-0709-x, PDF.
• de Zusammenfassung: Nadja Podbregar: Ein Stammbaum für die Virosphäre, auf: scinexx.de vom 29. April 2020.

Das dort angegeben Beispiel (mit EBOV, SARS-CoV und HSV1) ist zwar mit MSL#35 bereits wieder übetrholt, da mit diesem Stand auch bei SARS-CoV und HSV1 die höheren Ränge definiert sind. Aber natürlich gibt es immer noch jede Menge Virusspezies (Gattugen/Ordnungen) Incertae sedis , einige teilweise prominentere Beispiele sind:

• Gattungen des Hepatatitis Deltavirus und von Rhizidiovirus
• Familien Guttaviridae, die Tristromaviridae, Plasmaviridae, Anelloviridae, Guttaviridae, Finnlakeviridae
• Ordnung Ligamenvirales
• vorgeschlagene Gruppe der „Baculo-like viruses“ (Nimaviridae, Hytrosaviridae, Baculoviridae, Nudiviridae, Bracovirus (letztere Gattung bislang Polydnaviridae)

sowie einige Satellitenviren und Viroide. Dazu kommt Gattung Dinodnavirus, für die allerdings Klassifizierungsvorschläge existieren.

Was die Familie Mimiviridae anbetrifft, so gibt eine zunehmende Zahl sehr diverser (unterschiedlicher)englisch Mimivirus-like viruses. Die Situation bei den NCLDV – ursprünglich als Ordnung vorgeschlagen (damals mangels höherer Ränge), jetzt offiziell Phylum Nucleocytoviricota – spiegelt sich also hier wieder, wenn auch in kleinerem Maßstab, und das nicht erst durch die ‚Überläufer‘ von den Phycodnaviridae (u. a. OLPG). Das ICTV hat nun, da nit Zuweisung des relativ hohen Rangs eines Phylums an die NCLDV Platz geschaffen, um die Vielfalt dieser Gruppe Rechnung getragen und ihr den Rang einer Ordnung Imitervirales (imitierenals qua Synonym für mimikrieren, vgl. Ortervirales – Präfix rückwärts im Vgl. zu Retroviridae) zugewiesen. Damit ist es möglich, die Mimiviridae weiter im engen Sinn (sensu stricto) zu verstehen, die erweiterten Mimiviridae als Ordnung Imitervirales, und wie es einige Autoren bereits vorgeschlagen haben, die Erweiterung (das Delta) um die OLPG-Gruppe (Mimiviridae-Gruppe III) den Rang einer Schwesterfamilie „Mesomimiviridae“ (anstelle einer Unterfamilie „Mesomimivirinae“) innerhalb der Imitervirales zu verstehen. vermutlich wegen der anhaltenden Diskussion um die Grobstruktur der Topologie dieser Gruppe hat das ICTV mit MSL#35 noch keinen der vielen vorgeschlagenen Vertreter (neben dem Mimivirus APMV und dem Cafeteriavirus CroV) offiziell bestätigt: teilweise stehen die Cafeteriaviren (Mimiviridae-Gruppe II) basal in den erweierten Mimiviridae, teilweise bei den ‚Überläufern‘ OLPG. Nur die Verhältnisse innerhalb der Mimiviridae-Gruppe I sind relativ stabil (in der Gattung Mimivirus die Linen A, B, C, Tupanvirus-Gruppe), nicht aber bei den Klosneuviren (Klosneuvirinae?).

Da wegen der Kürze der Zeit seit Veröffentlichung von MSL#35 noch keine Arbeit vorzuliegen scheint, die die neu geschaffenen Begriffe für eine Systematik bzw. ein Kladogramm verwendet, habe ich im Artikel die obigen Zuordnungen unter Berücksichtigung der genannten Trends zitiert (und keine anderen abweichende/älteren Vorschläge) oder erschließen müssen. BTW: Das dereit angegeben Kladogramm ist nicht das neueste (das von Rolland 2019 ist neuer, aber da wäre CroV im Gegensatz zum offiziellen ICTV nicht mehr bei Mimiviridae s. s., auch wenn's sich ja vielleicht als richtig erweist...).

Kommentare / Kritik / Korrkturen gerne :-) --Ernsts (Diskussion) 09:06, 14. Mai 2020 (CEST); 04:56, 12. Mai 2020 (CEST); 22:23, 9. Mai 2020 (CEST)

Fragestellung hat sich erledigt durch die MSL #38 des ICTV vom 8. April 2023: Reorganisation der Imitervirales (WL durch Artikel ersetzt).

Dieser Abschnitt kann archiviert werden. --Ernsts (Diskussion) 10:09, 19. Mai 2023 (CEST)

Artikel aufspalten

Der Artikel behandelt eine Gruppe von Viren, die in Fachartikeln als "extended Mimiviridae" bezeichnet wird. Das ICTV hat vor einiger Zeit höhere taxonomische Rangstufen definiert und den NCLDV (Riesenviren) den Rang eines Phylums Nucleocytoviricota vergeben (statt wir ursprünglich vorgeschlagen eine Ordnung – als es noch nichts höheres gab). Gleichzeitig hat das ICTV für die Mimiviridae in diesem Phylum die Ordnung Imitervirales eingerichtet (ähnlich wie für andere Familien in diesem Phylum), hat es einen Rahmen geschafen, um Riesenviren, die den bekannten Familien nur nahestehen taxonomisch einzuordnen.

Es ist daher nicht davon auszugehen, dass es die bestehende Familie Mimiviridae so erweitert, dass diese "Extended Mimiviridae" der bestehenden Familie untergeordnet werden.

Ich schlage daher vor,

• den bestehenden Artikel Mimiviridae zu verschieben nach Extended Mimiviridae
• die dabei erzeugte Weiterleitung Mimiviridae in einen Artikel umzuwndeln und alle herkömmlichen Mimiviridae dahin zu versieben

Der Artikel Extended Mimiviridae würde dann nur noch alle Kandidaten behandeln, die nicht in die Klade der herkömmlichen Mimiviridae senso strictu gehören, und ansonsten lediglich eine WL auf das Lemma Mimiviridae mit dieser Klade. Vorteile:

• Das übergroße Kladogramm kann aufgeteilt werden.
• Es spielt keine Rolle, ob die Kandidaten der Mimiviridae-Erweiterung selbst monophyletisch sind oder nicht. Verschiedene Ansichten der Autoren könnten gegenübergestellt werden.
• der Artikel wäre Heimat der Mesoimiviridae (früher Mesomimivirinae), u. a. mit der OLPG-Group.

Nacharbeiten mit geeigneten Weiterleitungen könnten folgen. --Ernsts (Diskussion) 09:53, 11. Apr. 2021 (CEST)

Noch Klärungsbedarf wg. Clara Rolland et a. (2019) https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30935049/#&gid=article-figures&pid=figure-2-uid-1 Die Cafeteriaviren (ICTV: zu Mimiviridae) sind dort Schwestergruppe der OLPG. Damit wären die OLPG echte Mimiviridae. Lediglich die TetV-Klade (als Rest-Mesomimiviridae?) und das neue DSLLAV1 (basal) bleiben außen vor.--Ernsts (Diskussion) 11:10, 12. Apr. 2021 (CEST)

Fragestellung hat sich erledigt durch die MSL #38 des ICTV vom 8. April 2023: Reorganisation der Imitervirales (WL durch Artikel ersetzt). Der Artikel hier bedarf noch der Anpassung, s. u.

Dieser Abschnitt kann archiviert werden. --Ernsts (Diskussion) 10:10, 19. Mai 2023 (CEST)

Reorganisation der Imitervirales mit Mimiviridae durch das ICTV

Die mit der jüngsten Master Species List MSL #38 vom ICTV vorgenommene Reorganisation der Ordnung Imitervirales mit der Famlie Mimiviridae verlangt eine Überarbeitung des Artikels, sowie einer Reihe nachgelgerter Artikel, auch das Umfeld ist betroffen (Medusavirus, Yaravirus, „Clandestinovirus“ und Wirte); einige Virustaxa (bisher ohne de Artikel) wurden offiziell bestätigt. Werde mich ab jetzt darum kümmern. Viele Grüße--Ernsts (Diskussion) 11:05, 28. Apr. 2023 (CEST)

Bin gerade dabei, einen Artikel Imitervirales zu erstellen nach Maßgabe des ICTV, der die bisherige WL ersetzt. Vorgehensweise:

1. Vorbereitung: Update der äußeren Systematik in Nucleocytoviricota (abgeschlossen)
2. Verschiebung von Yaravirus (abgeschlossen)
3. neue Taxonomie von Medusavirus (abgeschlossen)
4. Übernahme der Systematik MSL#38 einschl dip:dozx-Tabelle der Stämme vom ICTV Taxonomy Browser+Proposal (abgeschlossen)
5. Identifizierung der Kladen mit ihren bisherigen provisorischen Namen anhand dieser Stämme (abgeschlossen)
6. Ergänzung dieser Kladen (jetzt Taxa) um die Vorschläge, die das ICTV mit MSL#38 noch nicht bestätigt hat, Eintragung der Referenzen. Quelle: Artikel Mimiviridae (s. l.) und nachgeordnete zu den Mitgliedern (abgeschlossen)
7. Etymologie der neuen Namen (abgeschlossen bis aud Gattungsnamen)
8. Veröffentlichung von Imitervirales (als Artikel, ersetzt WL) - bei den Mimiviridae dort nur die neuen Unterfamilien. Dazu Organic Lake (abgeschlossen).
9. Update von Artikeln der Extended Mimiviridae (Imitervirales ohne Mimiviridae): Chrysochromulina-ericina-Virus (abgeschlossen)
10. Verschiebung Tabelle Mimiviridae im Vergleich von Mimivirus zu Mimiviridae (abgeschlossen)
11. Überarbeitung des Artikels Mimiviridae (hier): Verschlankung auf die jetzt kleinere Familie (s. s.) und neue innere Systematik (abgeschlossen)
12. Aktualisierug und ggf. Ergänzung der nachgeordneten Artikel
    1. Cafeteria-roenbergensis-Virus, mit Cafeteria roenbergensis, erledigt.
    2. Bodo-saltans-Virus, mit Bodo saltans, erledigt
    3. Megavirus, erledigt
    4. Moumouvirus bzw. Acanthamoeba polyphaga moumouvirus (mit Vertauschung Artikel und WL), erledigt
    5. Mimivirus - Verschlankung, nur diese Gattung! Mit Acanthamoeba, erledigt
    6. Acanthamoeba castellanii mamavirus, erledigt
    7. Tupanvirus, erledigt
    8. „Platanovirus“, erledigt
    9. „Klosneuvirus“ => Klosneuvirinae (ist offiziell, Klosneuvirus nur Vorschlag), erledigt
    10. „Indivirus“, erledigt
    11. „Hokovirus“, erledigt
    12. „Catovirus“, erledigt
    13. „Choanovirus“, erledigt
    14. „Namao-Virus“ sNCLDV https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=2715179 Sturgeon mimivirus YRud-2019, erledigt
    15. Mimiviridae - welche Infos sind jetzt doppelt und können hier entfernt werden? - Entfernung von Detailinffos zu Aliimimivirinae zurückgestellt, da es noch keinen eigenen Artikel über die Unterfamilie gibt: erledigt
    16. Nucleocytoviricota Check/Update bzgl. Mimiviridae-Mitgliedern, erledigt
    17. Cotonvirus, doi:10.1128/JVI.00919 NCBI:2811091 - Benutzer:Ernsts/Cotonvirus japonicum, erledigt
    18. Fadolivirus - Benutzer:Ernsts/Fadolivirus, erledigt
    19. Yasminevirus - Benutzer:Ernsts/Yasminevirus saudimassiliense, erledigt
    20. Heliosvirus - Benutzer:Ernsts/Heliosvirus raunefjordenense, erledigt
    21. Oceanusvirus - Benutzer:Ernsts/Tetraselmis-Virus 1, erledigt
    22. Tethysvirus - Benutzer:Ernsts/Tethysvirus, erledigt
    23. Biavirus - Benutzer:Ernsts/Prymnesium-kappa-Virus RF01, erledigt
    24. Kratosvirus - Benutzer:Ernsts/Aureococcus-anophagefferens-Virus, erledigt
    25. Raunefjord - Benutzer:Ernsts/Raunefjord en:Raunefjorden no:Raunefjorden Habitat, erledigt
    26. Quantuck Bay - Benutzer:Ernsts/Quantuck Bay en:Quantuck Bay (Stub erweitern) Habitat, erledigt
    27. Vermamoeba vermiformis Benutzer:Ernsts/Vermamoeba vermiformis als Wirt, erledigt
    28. Saccamoeba Benutzer:Ernsts/Saccamoeba nl:Saccamoeba pl:Saccamoeba, Platanovirus, erledigt
    29. „Clandestinovirus“ Benutzer:Ernsts/Clandestinovirus, erledigt
    30. Sphaeroforma arctica Benutzer:Ernsts/Sphaeroforma arctica, en:Sphaeroforma arctica, erledigt
    31. Etymologie der neuen Gattungs- und Artnamen, abgebrochen. Die Erstautoren machen zu oft keine Angaben über die Wahl speziell des Gattungsnamens. Auch beim Vorschlag an das ICTV üblicherweise Berufung auf „schon lange im Gebrauch“.
    32. Phycodnaviridae-Gattungen checken, welche (ehemals vorgeschlagenen) Mitglieder nach Imitervirales verschobn wurden, Referenzen (teil)konsolidieren, erledigt.

Fertig. Einige Etymologien waren allerdings nicht recherchierbar. --Ernsts (Diskussion) 10:12, 19. Mai 2023 (CEST)

Gute Arbeit! Respekt! Vor allem Sphaeroforma arctica finde ich evolutionstechnisch sehr interessant. Schön das wir nun einen Artikel darüber haben. Viele Grüße, --Kogge (Diskussion) 13:48, 19. Mai 2023 (CEST)