In der Premier Division schafften der FC Dartford und der FC Boreham Wood den Aufstieg in die Conference South. Dem FC Margate blieb der Abstieg in die Division One zum zweiten Mal in Folge nachträglich erspart, weil Mannschaften aus darüber liegenden Ligen aus dem Spielbetrieb ausschieden.[1]
Neben Lowestoft Town gelang über die Play-off-Runde auch den Concord Rangers der Aufstieg in die Premier Division. VCD Athletic musste die Liga am Saisonende verlassen, weil die Spielstätte nicht den Ligaregularien entsprach.
Aus der Südstaffel stieg neben Croydon Athletic auch Folkestone Invicta auf. Sportliche Absteiger gab es keine, weil zahlreiche Klubs aus höherklassigen Spielklasse aus dem Spielbetrieb ausschieden und sich Ashford Town (Kent) zurückzog.
3Folkestone Invicta wurden wegen des Eröffnens eines Insolvenzverfahrens zehn Punkte abgezogen. 4Godalming Town wurden wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers drei Punkte abgezogen.
Der Isthmian League Cup, der ligainterne Pokalwettbewerb an dem alle 66 Mannschaften teilnahmen, wurde zum 36. Mal ausgetragen. Im Finale setzte sich am Imber Court des FC Metropolitan Police der FC Leatherhead nach einem torlosen Spiel mit 4:3 im Elfmeterschießen gegen den FC Wealdstone durch und gewann damit den Wettbewerb zum ersten Mal.
Alle 66 Mannschaften der Isthmian League nahmen am FA Cup 2009/10 teil, die 44 Teams der Division One starteten in der Vorqualifikationsrunde, die Mannschaften der Premier Division eine Runde später in der ersten Qualifikationsrunde. Drei Mannschaften der Premier Division und mit Lowestoft Town auch ein Team aus der Division One North überstanden die vierte Qualifikationsrunde und erreichten damit die erste Hauptrunde. Dort scheiterten mit Lowestoft Town (0:1 gegen den FC Wrexham, Conference National), Sutton United (0:2 gegen Hereford United, League Two), Tooting & Mitcham United (0:5 gegen Stockport County, League One) und der FC Wealdstone (2:3 gegen Rotherham United, League Two) alle vier verbliebenen Teilnehmer der Isthmian League.